genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  69  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22370706--22370746	9	4.7	9	87	6	57	19	2	2	75	1.03
22371058--22371094	6	6.2	6	100	0	74	16	16	0	67	1.23
22371092--22371125	17	2.0	17	94	0	59	20	0	2	76	0.92
22371085--22371125	9	4.7	9	87	6	57	19	2	2	75	1.03
22370659--22371416	379	2.0	379	100	0	1516	28	15	13	41	1.86
22388474--22388506	3	11.0	3	93	0	57	63	3	0	33	1.10
22388690--22388801	31	3.5	31	85	10	145	42	5	0	51	1.24
22389928--22390070	31	4.5	31	89	7	207	43	4	0	51	1.23
22395450--22395476	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
22396381--22396422	11	3.5	12	77	9	50	23	4	0	71	1.05
22396941--22396988	24	2.0	25	83	4	62	12	0	31	56	1.37
22397443--22397515	28	2.5	30	70	18	73	19	5	17	57	1.59
22398338--22398380	19	2.2	20	84	8	54	20	2	11	65	1.36
22399531--22400113	288	2.0	289	99	0	1152	47	4	16	31	1.66
22400413--22400463	24	2.2	25	82	13	72	31	19	27	21	1.97
22400419--22400464	24	2.0	23	91	4	74	28	19	28	23	1.98
22403367--22403411	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
22404420--22404474	22	2.5	23	85	5	69	32	3	20	43	1.69
22409553--22409595	23	1.9	23	85	4	61	41	2	13	41	1.57
22412727--22412865	40	3.5	40	82	5	149	28	22	24	25	2.00
22412936--22413258	95	3.4	93	87	4	430	41	1	17	39	1.60
22417038--22417071	17	2.0	17	88	0	50	29	26	8	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22418072--22418134	27	2.3	27	80	0	72	26	25	17	30	1.97
22419998--22420030	9	3.7	9	84	15	50	66	0	21	12	1.23
22421386--22421472	37	2.4	37	96	0	156	17	13	26	42	1.86
22421362--22421472	37	2.9	37	87	5	150	17	11	29	41	1.85
22432441--22432470	6	5.0	6	100	0	60	33	33	0	33	1.58
22433278--22433396	55	2.2	55	79	8	136	22	25	25	26	2.00
22435086--22435125	19	2.0	20	85	4	55	55	20	0	25	1.44
22438307--22438358	17	3.1	17	80	0	59	48	13	7	30	1.71
22439042--22439123	36	2.3	36	85	4	103	42	20	7	29	1.79
22442802--22442832	10	3.2	10	95	4	55	58	29	0	12	1.35
22447353--22447393	16	2.7	15	85	10	57	48	0	2	48	1.14
22449406--22449508	53	1.9	53	92	0	170	29	20	9	40	1.84
22467074--22467118	16	2.7	18	73	16	51	44	2	0	53	1.13
22468453--22468585	66	2.0	66	89	2	205	16	43	3	36	1.63
22470087--22470128	19	2.2	20	82	4	50	40	7	9	42	1.65
22470219--22470802	290	2.0	291	99	0	1152	45	9	7	37	1.65
22471250--22471355	53	2.0	53	98	0	203	18	27	28	25	1.98
22478667--22478788	42	2.9	42	80	2	147	18	22	18	40	1.91
22478678--22478795	21	5.6	21	70	2	76	17	22	17	41	1.90
22479743--22479776	12	2.9	12	91	4	52	23	8	44	23	1.81
22484615--22484702	1	88.0	1	95	0	158	97	1	1	0	0.18
22485572--22485631	30	2.0	30	93	0	102	58	15	3	23	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22486944--22486973	15	2.0	15	93	0	51	33	20	3	43	1.68
22491089--22491128	20	2.0	20	90	0	62	30	20	15	35	1.93
22499197--22499834	89	7.2	89	96	0	1100	30	19	23	25	1.98
22501567--22501596	15	2.0	15	93	0	51	33	20	3	43	1.68
22502879--22502916	20	2.0	20	85	10	53	34	0	5	60	1.19
22506619--22506658	16	2.4	17	87	4	55	0	27	2	70	1.01
22513839--22513872	18	1.9	18	94	5	61	52	14	0	32	1.42
22519066--22519110	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
22519710--22519873	41	4.0	41	84	9	185	26	20	23	29	1.99
22519689--22519829	41	3.4	41	87	7	196	26	20	23	29	1.99
22529092--22529122	14	2.2	14	94	0	53	29	9	6	54	1.57
22531686--22531779	39	2.4	40	91	3	147	48	31	3	15	1.61
22531786--22531810	13	1.9	13	100	0	50	52	16	8	24	1.70
22531895--22531936	22	1.9	22	90	0	66	11	23	0	64	1.27
22532912--22532944	17	2.1	17	88	11	52	78	3	0	18	0.87
22544687--22544728	21	2.0	21	86	13	59	42	2	0	54	1.13
22549253--22549341	31	2.9	30	83	6	108	31	14	15	38	1.88
22549252--22549361	29	3.7	30	81	7	116	32	13	14	39	1.85
22549887--22550144	90	2.8	91	86	2	329	40	15	12	31	1.84
22550183--22550216	17	1.9	17	88	5	50	76	0	5	17	0.98
22550532--22550607	20	3.8	19	77	8	71	47	30	3	18	1.67
22550551--22550608	19	2.9	20	77	10	64	46	31	3	18	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22552085--22552113	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
22554505--22554543	16	2.4	16	87	8	53	51	2	0	46	1.14
22555561--22555630	29	2.4	29	88	4	97	48	4	7	40	1.50
22555569--22555630	29	2.1	30	90	3	99	51	4	6	37	1.49
22559598--22559654	22	2.5	22	86	11	80	68	1	7	22	1.23
22566056--22566212	43	3.7	41	76	13	158	23	19	28	28	1.98
22566056--22566172	41	2.8	43	81	8	134	22	19	29	29	1.98
22566373--22566404	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
22574947--22575152	90	2.3	90	77	0	214	35	16	21	26	1.95
22577145--22577169	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22577754--22577818	32	2.0	32	90	0	103	30	16	16	35	1.92
22577994--22578039	20	2.2	21	88	11	69	56	0	0	43	0.99
22578575--22578620	6	7.1	7	92	7	64	26	0	0	73	0.83
22580061--22580095	8	4.2	8	96	3	61	51	2	0	45	1.16
22581433--22581578	63	2.4	60	78	17	142	50	1	6	41	1.38
22584355--22584384	15	2.0	15	93	0	51	43	26	3	26	1.70
22590610--22590650	21	2.0	21	95	0	73	41	7	21	29	1.80
22596254--22596290	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
22596737--22596777	10	4.1	10	84	9	57	63	7	2	26	1.33
22596742--22596788	11	4.5	11	89	7	64	68	4	2	25	1.19
22596742--22596787	21	2.2	21	84	7	58	69	4	2	23	1.17
22597311--22597542	10	24.7	9	66	16	62	29	3	4	62	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22597311--22597569	19	13.3	19	66	19	79	28	3	5	62	1.32
22597308--22597383	29	2.6	29	79	4	82	28	1	7	61	1.32
22597422--22597542	9	13.3	9	70	12	61	28	2	3	65	1.21
22597410--22597513	56	1.9	54	82	11	131	31	1	1	64	1.15
22597447--22597542	28	3.5	28	72	16	85	28	3	3	65	1.23
22597426--22597559	36	3.7	36	76	11	103	28	2	4	64	1.28
22597417--22597569	18	8.4	18	70	15	73	28	3	3	64	1.27
22597567--22597630	23	2.7	24	78	11	78	25	1	3	70	1.11
22602942--22603083	66	2.2	66	80	3	162	15	23	19	41	1.89
22608998--22609042	24	1.9	23	90	4	72	40	2	4	53	1.33
22609244--22609478	72	3.3	71	78	4	231	44	12	7	35	1.70
22609389--22609577	99	1.9	99	85	4	265	41	13	7	36	1.74
22609479--22609693	72	3.0	72	70	6	195	45	12	6	35	1.69
22611330--22611384	26	2.1	26	100	0	110	43	16	18	21	1.88
22614715--22614828	41	2.8	40	81	4	147	16	27	16	39	1.90
22616622--22616683	30	2.1	30	90	0	97	25	3	11	59	1.46
22616767--22616805	18	2.2	18	86	9	53	20	0	12	66	1.24
22616806--22616838	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
22622351--22622408	24	2.4	24	85	0	80	32	22	27	17	1.96
22629294--22629326	9	3.8	9	88	4	50	51	3	0	45	1.16
22629317--22629349	17	1.9	17	93	0	57	39	12	0	48	1.40
22629483--22629522	21	1.9	21	84	0	53	55	5	7	32	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22636198--22636397	27	7.4	27	79	4	199	39	19	19	22	1.93
22636198--22636397	81	2.5	81	80	8	235	39	19	19	22	1.93
22636211--22636424	54	4.0	54	79	8	231	38	20	19	21	1.94
22636414--22636495	24	3.3	24	86	3	74	29	9	21	39	1.86
22636439--22636511	24	3.0	24	93	0	119	26	6	23	43	1.78
22636439--22636525	24	3.6	24	90	0	111	25	6	22	44	1.77
22638914--22638990	38	2.0	38	97	0	145	22	12	22	42	1.87
22653795--22653865	23	3.1	23	91	0	115	35	26	21	16	1.95
22654046--22654084	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
22659880--22659907	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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