genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1843158--1843224	19	3.5	19	74	10	64	67	2	1	28	1.14
1843158--1843222	10	6.7	10	77	12	64	67	3	1	27	1.14
1843675--1843730	22	2.7	22	81	8	64	64	3	0	32	1.11
1844216--1844249	9	3.4	10	88	12	52	44	0	0	55	0.99
1844206--1844249	20	2.2	20	88	4	63	40	0	2	56	1.11
1844594--1844725	9	14.2	9	69	21	51	31	3	2	62	1.25
1844632--1844725	20	4.9	19	70	11	59	29	4	1	64	1.19
1867324--1867380	28	2.0	28	86	0	78	49	1	1	47	1.22
1876934--1877003	25	2.7	26	82	4	88	57	8	11	22	1.61
1883446--1883497	27	1.9	26	84	7	68	44	1	1	51	1.23
1884063--1884130	20	3.5	19	75	18	68	30	2	4	61	1.30
1887298--1887337	21	2.0	21	90	5	64	45	0	0	55	0.99
1891183--1891235	26	2.0	26	100	0	106	41	11	7	39	1.69
1891431--1891477	24	2.0	24	91	0	76	44	12	10	31	1.77
1894526--1894559	15	2.3	15	94	0	59	67	2	5	23	1.26
1894540--1894595	26	2.2	26	81	12	62	58	5	3	32	1.37
1895788--1895836	22	2.3	21	83	13	57	67	4	2	26	1.19
1898344--1898393	20	2.4	21	80	12	68	60	8	0	32	1.26
1899480--1899523	23	2.0	22	81	4	52	56	11	2	29	1.46
1900814--1901108	146	2.0	145	87	3	423	26	7	25	41	1.81
1904517--1904610	47	2.0	47	97	2	181	52	2	8	37	1.44
1908240--1908282	20	2.2	20	100	0	86	20	23	4	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1908277--1908320	2	23.0	2	90	9	74	50	0	0	50	1.00
1909605--1910311	66	10.7	66	86	3	976	24	5	45	23	1.74
1910301--1910336	12	3.0	12	87	0	54	25	11	41	22	1.86
1910169--1910454	156	1.8	156	88	0	437	25	4	45	23	1.73
1910325--1910648	66	4.9	66	86	0	441	28	6	44	21	1.76
1910103--1910533	222	1.9	222	89	0	666	26	5	45	22	1.74
1910037--1910599	288	2.0	288	89	0	874	26	5	45	22	1.75
1909971--1910648	354	1.9	355	87	1	984	26	5	44	23	1.75
1916757--1916792	18	2.0	18	94	0	63	22	16	25	36	1.94
1916825--1917100	90	3.1	90	90	0	417	31	2	38	26	1.71
1917045--1918218	66	17.6	66	83	6	1395	25	5	45	23	1.75
1917045--1918218	204	5.9	198	84	7	1419	25	5	45	23	1.75
1917625--1917769	78	1.9	78	88	0	218	25	7	42	24	1.81
1917410--1917945	144	3.9	143	83	5	640	25	5	44	24	1.76
1917752--1918131	186	2.0	186	88	0	562	25	6	45	23	1.76
1917714--1918197	252	1.9	252	88	0	736	25	5	46	22	1.74
1919987--1920213	56	4.1	56	98	0	436	35	0	19	44	1.55
1920392--1920437	14	3.3	14	82	11	51	50	0	4	45	1.21
1925487--1925526	9	4.4	9	81	12	55	45	20	7	27	1.78
1927315--1927365	25	2.0	25	88	0	75	25	21	17	35	1.95
1929577--1929605	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
1931303--1931433	41	3.4	39	70	23	109	26	20	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1931322--1931384	31	2.0	31	87	0	90	28	20	25	25	1.99
1934939--1935012	16	4.4	16	67	21	53	66	2	1	29	1.14
1934939--1935032	24	3.8	24	74	20	86	63	3	2	30	1.21
1934926--1935034	51	2.1	52	93	1	184	63	2	1	32	1.19
1936437--1936488	20	2.5	20	81	6	59	25	7	21	46	1.77
1936690--1936732	21	2.0	22	90	4	70	41	25	13	18	1.88
1937100--1937285	12	17.2	12	68	21	69	50	12	2	34	1.55
1937112--1937169	21	2.8	21	82	10	82	44	13	5	36	1.66
1937112--1937351	95	2.5	95	97	0	444	49	13	2	34	1.58
1937204--1937365	21	8.4	20	72	16	103	48	15	2	33	1.58
1937240--1937733	9	58.0	9	68	19	224	46	19	1	31	1.60
1937323--1937347	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
1937337--1937703	16	22.7	16	68	17	98	46	21	1	30	1.62
1937453--1937541	34	2.6	34	75	10	90	47	22	2	28	1.63
1937573--1937719	34	4.4	34	80	10	160	46	19	2	30	1.64
1937573--1937719	68	2.2	68	86	2	208	46	19	2	30	1.64
1937430--1937703	120	2.3	118	85	5	390	45	20	2	31	1.63
1937335--1937729	25	15.9	25	66	21	101	46	20	1	31	1.61
1937663--1937744	25	3.3	25	84	6	112	47	15	1	35	1.54
1943154--1943318	66	2.5	66	82	7	185	40	17	26	15	1.89
1943225--1943348	66	1.9	66	81	6	153	37	19	28	14	1.91
1943419--1943456	19	2.0	19	90	10	60	31	7	2	57	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1943665--1943993	43	7.7	42	89	0	424	23	17	30	28	1.97
1943664--1943993	129	2.6	128	88	0	471	23	17	30	28	1.97
1953022--1953183	54	3.0	54	91	0	261	41	4	35	17	1.72
1952866--1953389	264	2.0	264	93	0	906	38	6	35	19	1.78
1953076--1953969	210	4.3	210	89	0	1376	39	6	34	20	1.77
1953496--1953601	54	2.0	54	92	0	176	42	6	33	16	1.75
1953598--1953632	12	2.9	12	86	0	52	51	5	22	20	1.68
1953706--1953813	54	2.0	54	94	0	189	43	5	34	16	1.71
1953806--1953843	18	2.1	18	90	0	58	44	5	31	18	1.72
1953760--1954147	156	2.5	156	97	0	731	37	7	34	20	1.81
1954128--1954381	6	42.5	6	73	6	131	44	15	23	16	1.85
1954120--1954377	18	14.3	18	75	4	153	44	15	23	16	1.85
1954134--1954365	42	5.5	42	82	5	218	43	15	23	16	1.86
1954120--1954381	30	9.2	30	71	11	174	45	14	23	16	1.85
1954174--1954389	42	5.1	42	80	8	163	43	14	25	15	1.86
1954361--1954407	12	3.9	12	82	0	58	46	23	27	2	1.63
1954465--1954518	12	4.5	12	75	9	56	40	16	27	14	1.88
1954490--1954548	18	3.3	18	82	0	73	40	22	28	8	1.83
1954491--1954572	12	6.8	12	80	0	92	41	23	28	7	1.81
1954491--1954572	6	13.7	6	72	0	56	41	23	28	7	1.81
1954503--1954607	24	4.4	24	81	4	122	46	23	25	3	1.69
1954515--1954642	12	10.7	12	77	5	125	48	21	26	3	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1957728--1957758	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
1957922--1957980	27	2.2	27	96	0	109	28	32	13	25	1.94
1962031--1962172	24	6.1	24	79	13	136	54	2	5	37	1.36
1962052--1962154	23	4.5	23	77	15	74	54	0	5	38	1.31
1962028--1962171	67	2.1	70	82	10	172	53	2	5	38	1.36
1962052--1962204	45	3.3	45	83	11	161	52	3	6	37	1.43
1962185--1962218	18	1.9	17	88	5	50	55	2	5	35	1.39
1966243--1966305	13	4.8	13	73	7	56	36	22	6	34	1.80
1971154--1971180	3	9.0	3	100	0	54	33	66	0	0	0.92
1971250--1971324	30	2.5	31	84	6	109	33	46	12	8	1.70
1971162--1971375	117	1.8	117	91	0	356	30	47	7	14	1.72
1971536--1971814	24	11.6	24	76	7	118	15	25	16	42	1.87
1971536--1971852	42	7.5	42	77	3	307	15	25	16	41	1.88
1971782--1971856	24	3.1	24	88	0	114	16	25	16	42	1.87
1971536--1971850	18	17.5	18	76	3	186	15	26	16	41	1.88
1973011--1973066	3	18.7	3	77	0	58	26	62	3	7	1.38
1973675--1973716	16	2.6	16	78	10	50	78	0	16	4	0.91
1973826--1973883	26	2.2	26	81	0	71	56	8	3	31	1.46
1976414--1976478	18	3.6	18	72	15	71	10	6	60	23	1.52
1976801--1976827	3	9.0	3	100	0	54	0	0	66	33	0.92
1976866--1977956	444	2.4	444	85	5	1309	30	9	36	23	1.86
1978292--1978383	24	3.8	24	75	5	78	44	15	20	19	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1978305--1978401	30	3.2	30	80	0	113	42	17	21	18	1.89
1978321--1978615	18	16.7	18	70	14	114	39	18	26	15	1.91
1978327--1978614	36	8.5	36	69	16	152	39	19	26	14	1.90
1978303--1978605	48	6.4	48	78	12	222	40	18	25	15	1.90
1978347--1978619	24	11.7	23	71	13	130	40	18	26	14	1.89
1978347--1978614	84	3.2	82	83	6	331	40	19	26	14	1.89
1978346--1978608	42	6.3	42	81	3	271	40	18	26	14	1.89
1978839--1978908	30	2.3	30	87	4	97	7	11	47	34	1.67
1978955--1979142	30	6.5	30	73	15	162	12	9	47	30	1.73
1978780--1979197	120	3.5	118	88	3	601	16	8	46	28	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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