genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  64  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20549566--20549603	20	1.9	20	94	0	67	34	0	34	31	1.58
20556170--20556215	10	4.5	10	83	2	56	47	23	2	26	1.63
20563800--20563845	10	4.5	10	83	2	56	47	23	2	26	1.63
20572581--20572692	50	2.2	50	85	6	147	29	23	17	29	1.97
20572581--20572692	25	4.5	25	84	4	129	29	23	17	29	1.97
20575685--20575720	17	2.0	19	89	10	58	66	11	2	19	1.35
20575717--20575951	117	2.0	118	99	0	463	61	6	11	20	1.51
20579747--20579876	41	3.2	41	98	1	253	14	19	12	53	1.72
20580316--20580567	29	8.7	28	75	13	165	33	21	17	27	1.96
20582673--20582698	9	2.9	9	100	0	52	42	23	0	34	1.54
20589265--20589308	10	4.8	9	81	13	54	31	0	2	65	1.05
20591902--20591944	21	2.0	21	91	8	70	11	18	4	65	1.42
20594100--20594148	14	3.4	14	88	5	71	24	2	0	73	0.94
20597993--20598199	48	4.3	48	80	3	236	27	21	28	23	1.99
20600568--20600639	30	2.4	30	90	0	108	33	27	20	18	1.96
20601474--20601546	3	23.7	3	73	8	51	26	2	5	65	1.27
20603532--20603647	58	2.0	58	89	1	180	28	16	12	43	1.83
20609464--20609588	63	2.0	64	87	4	182	48	4	19	27	1.68
20612479--20612564	42	2.0	43	82	6	104	33	15	8	43	1.76
20613556--20613591	3	12.0	3	100	0	72	0	33	0	66	0.92
20622530--20622564	18	1.9	18	88	0	52	48	0	11	40	1.39
20622828--20622863	17	2.0	18	89	10	56	5	5	22	66	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20622866--20622930	27	2.4	28	94	2	114	49	1	10	38	1.47
20623676--20623876	100	2.0	101	98	0	386	40	12	6	40	1.69
20623954--20630031	299	20.3	299	99	0	12147	36	11	16	36	1.85
20632774--20632971	99	2.0	99	100	0	396	25	23	24	27	2.00
20633044--20633272	42	5.5	42	100	0	458	16	30	29	24	1.96
20634210--20634288	31	2.6	30	82	7	90	44	17	16	21	1.87
20634376--20634419	19	2.3	19	96	0	79	45	15	9	29	1.77
20634419--20634490	29	2.4	31	81	6	85	31	11	19	37	1.87
20643015--20643147	25	5.3	25	73	12	76	29	26	17	27	1.97
20645131--20645214	35	2.4	35	82	4	89	15	25	17	41	1.89
20648108--20648140	16	2.1	16	100	0	66	18	33	6	42	1.75
20656240--20656290	16	3.2	16	86	5	68	29	27	3	39	1.74
20660888--20661012	45	2.8	45	87	2	189	26	20	10	42	1.84
20664297--20665004	353	2.0	354	93	0	1220	33	12	23	30	1.92
20665822--20667927	708	3.0	707	98	0	4047	31	15	18	34	1.92
20670621--20670658	17	2.4	16	86	8	51	26	2	31	39	1.70
20673781--20673829	21	2.3	21	85	0	62	38	20	36	4	1.72
20674572--20674757	42	4.4	42	92	3	302	24	21	20	32	1.98
20674571--20674755	85	2.2	85	94	1	318	24	21	21	32	1.98
20674849--20674891	22	2.0	22	90	0	68	44	27	18	9	1.80
20679348--20679391	7	6.3	7	86	0	52	75	0	4	20	0.98
20679349--20679390	21	2.0	22	85	4	59	76	0	4	19	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20679544--20679590	24	1.9	25	83	12	62	48	2	10	38	1.50
20679874--20679943	17	3.8	17	72	12	50	35	2	0	61	1.11
20679883--20679936	17	3.1	17	80	15	65	35	1	0	62	1.06
20679883--20679954	36	1.9	38	83	13	96	36	2	0	61	1.11
20681566--20681619	29	1.9	29	85	7	76	40	0	1	57	1.09
20690983--20691210	27	8.5	27	83	3	212	34	19	21	25	1.96
20690996--20691205	81	2.6	81	78	1	242	35	20	20	24	1.96
20690996--20691193	54	3.7	54	82	1	254	34	21	19	24	1.96
20692677--20692730	26	2.1	26	85	0	72	22	20	20	37	1.95
20692731--20692857	32	4.0	32	84	0	164	22	22	20	35	1.96
20694111--20694288	25	7.2	24	73	15	130	17	27	21	33	1.96
20694111--20694252	50	2.9	48	80	11	162	17	28	21	33	1.96
20694117--20694252	49	2.7	50	81	7	161	18	27	21	32	1.97
20696439--20696473	18	1.9	18	88	11	54	71	0	0	28	0.86
20696429--20696465	13	2.7	14	91	8	67	70	0	0	29	0.88
20701545--20701584	18	2.2	19	86	4	55	2	25	0	72	0.97
20703551--20703618	27	2.5	27	85	0	82	32	20	32	14	1.93
20713785--20713822	18	2.2	18	85	4	51	71	2	23	2	1.12
20713960--20714071	59	1.9	59	81	0	134	41	4	12	41	1.63
20715558--20715757	89	2.2	87	82	9	240	40	21	7	31	1.81
20715590--20715787	89	2.2	90	87	3	283	34	21	9	33	1.86
20715864--20715905	18	2.3	19	79	4	50	71	0	9	19	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20717446--20717485	20	2.0	20	85	0	53	45	5	0	50	1.23
20717502--20717706	86	2.4	84	82	11	260	32	7	20	40	1.80
20718944--20719089	72	2.0	72	92	7	242	34	0	15	50	1.44
20720813--20721007	27	7.2	27	79	4	196	29	19	12	38	1.88
20720816--20721007	81	2.4	81	87	0	267	30	19	12	38	1.88
20721332--20721364	14	2.4	14	90	5	50	48	24	0	27	1.51
20727071--20727168	17	5.4	17	64	13	52	33	3	13	50	1.57
20727087--20727151	20	3.4	19	69	14	62	35	4	15	44	1.67
20727046--20727174	37	3.5	37	93	3	208	32	3	13	49	1.61
20727175--20727235	9	6.6	9	81	7	77	24	9	27	37	1.87
20728228--20728268	20	2.0	20	85	9	55	39	7	4	48	1.52
20728417--20728492	19	4.1	18	80	11	91	56	23	5	14	1.58
20735401--20735426	7	3.7	7	100	0	52	30	0	38	30	1.58
20744863--20744897	18	1.9	18	88	0	52	2	2	22	71	1.13
20779485--20779632	56	2.6	57	82	7	167	58	6	3	31	1.41
20795899--20795924	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
20797051--20797111	29	2.1	29	81	3	68	32	13	8	45	1.72
20798952--20799271	161	2.0	162	93	1	554	33	15	11	39	1.83
20799173--20799340	74	2.3	74	85	5	223	38	10	12	38	1.78
20799555--20799600	18	2.6	18	82	0	56	13	30	10	45	1.77
20804821--20804852	2	16.0	2	93	0	55	46	3	0	50	1.17
20808332--20808386	17	3.2	17	73	14	58	56	14	7	21	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20810322--20810450	31	4.2	31	85	2	179	43	18	8	29	1.80
20810323--20810480	61	2.6	61	83	3	165	46	16	8	29	1.76
20813626--20813669	13	3.5	13	93	3	72	36	27	0	36	1.57
20813835--20813915	21	3.7	21	83	5	90	37	24	22	16	1.93
20813830--20813938	23	5.0	23	80	10	113	36	23	20	19	1.95
20814998--20815030	3	11.0	3	87	12	50	63	0	0	36	0.95
20814998--20815026	10	3.0	10	95	5	51	62	0	0	37	0.96
20818519--20818599	30	2.7	30	86	1	99	43	16	8	32	1.78
20823664--20823705	13	3.3	12	81	18	50	23	4	0	71	1.05
20823664--20823705	4	10.0	4	80	19	50	23	4	0	71	1.05
20824310--20824409	49	2.0	49	100	0	200	25	13	18	44	1.85
20856895--20856919	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
20857325--20857390	24	2.6	25	85	11	89	39	10	0	50	1.37
20857347--20857392	24	1.9	24	100	0	92	39	8	0	52	1.33
20857465--20857531	27	2.5	27	90	0	98	26	28	28	16	1.97
20857676--20857714	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
20857775--20857809	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
20857875--20857908	18	1.9	17	88	5	50	26	5	2	64	1.30
20858056--20858092	12	3.1	12	92	0	56	21	0	16	62	1.33
20862032--20862094	29	2.2	28	83	8	83	28	14	7	49	1.71
20870113--20870149	19	1.9	19	94	0	65	40	5	8	45	1.56
20875267--20875325	20	3.1	18	83	9	64	28	6	1	62	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20875269--20875317	20	2.3	21	89	6	73	32	6	2	59	1.34
20875269--20875317	21	2.3	20	86	6	62	32	6	2	59	1.34
20875656--20875714	18	3.2	18	78	4	64	37	3	1	57	1.25
20875731--20875769	19	2.0	20	85	14	55	41	0	2	56	1.13
20875676--20875757	18	4.4	19	71	15	64	40	0	4	54	1.22
20877965--20878022	3	19.3	3	96	0	107	67	1	0	31	1.01
20884914--20884952	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
20892032--20892153	23	5.3	23	91	0	181	29	21	22	27	1.99
20892365--20892403	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
20898398--20898455	20	2.8	20	84	7	64	65	1	3	29	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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