genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20898397--20898455	3	20.0	3	73	16	52	64	1	3	30	1.20
20898421--20898456	17	2.1	18	89	5	56	69	0	5	25	1.10
20898573--20898630	3	19.3	3	76	13	57	63	1	3	31	1.21
20898596--20898631	17	2.1	18	89	5	56	69	0	5	25	1.10
20898573--20898630	21	2.8	21	86	5	64	63	1	3	31	1.21
20898397--20898749	175	2.0	176	98	1	690	45	12	13	29	1.79
20899213--20899298	34	2.6	34	96	1	156	38	8	9	44	1.66
20899440--20899750	154	2.0	154	94	3	554	42	8	7	41	1.64
20910631--20910690	25	2.3	26	81	16	70	35	3	13	48	1.59
20910631--20910695	27	2.4	28	74	23	68	35	3	13	47	1.59
20920692--20920722	12	2.6	12	94	0	53	6	29	41	22	1.78
20921871--20921943	25	3.0	24	82	7	85	31	16	28	23	1.96
20934096--20934126	15	2.1	15	93	0	53	16	0	16	67	1.23
20935961--20936254	152	1.9	152	100	0	588	28	12	32	25	1.93
20943453--20943482	16	1.9	15	93	6	51	30	0	16	53	1.44
20948048--20948096	26	1.9	26	84	12	66	16	14	10	59	1.61
20948968--20950035	44	24.2	45	79	4	1012	28	15	25	30	1.96
20948968--20950035	309	3.5	308	82	4	1125	28	15	25	30	1.96
20948968--20950023	133	8.0	133	85	2	1304	28	15	25	30	1.96
20950317--20950766	44	10.2	44	76	6	401	29	16	26	28	1.96
20950316--20950766	132	3.4	132	91	1	733	29	16	25	28	1.97
20950698--20950836	70	2.0	70	100	0	278	25	17	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20950768--20950894	44	2.9	44	75	4	139	29	17	28	25	1.97
20950768--20950947	88	2.0	89	92	3	301	28	16	26	27	1.97
20950784--20950956	44	3.9	44	77	3	186	30	14	26	28	1.95
20950566--20950939	202	1.9	202	83	2	491	28	16	26	27	1.97
20952967--20953012	19	2.4	19	85	10	58	15	2	4	78	1.01
20953141--20953171	15	2.1	15	93	0	53	16	0	16	67	1.23
20966356--20966391	17	2.1	17	89	5	54	19	2	11	66	1.35
20970113--20970254	58	2.4	57	84	5	178	45	0	4	50	1.26
20970348--20970440	44	2.1	46	81	4	109	37	15	6	40	1.72
20993288--20993388	43	2.3	43	89	0	148	23	18	25	31	1.98
20993295--20993450	43	3.6	42	79	8	145	22	19	29	28	1.98
21000012--21000056	21	2.1	22	83	4	56	57	0	4	37	1.19
21000789--21000830	21	2.0	21	95	0	75	14	16	42	26	1.86
21002164--21002258	45	2.1	45	88	0	145	27	20	22	30	1.98
21017136--21017179	16	2.8	16	86	10	56	38	9	0	52	1.33
21017652--21017730	38	2.1	39	92	2	133	36	8	10	44	1.70
21024250--21024340	38	2.4	39	90	3	148	34	8	10	46	1.70
21032270--21032318	25	2.0	25	84	8	64	18	48	0	32	1.48
21032370--21032419	19	2.5	20	87	6	75	28	36	2	34	1.69
21032759--21032808	19	2.6	19	93	0	82	20	50	10	20	1.76
21032791--21032819	14	2.1	14	100	0	58	20	55	6	17	1.65
21032971--21033072	44	2.5	40	83	12	141	10	12	21	54	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21032982--21033072	44	2.1	44	97	0	173	10	12	23	53	1.69
21033192--21033245	24	2.2	24	96	0	99	25	16	18	38	1.92
21033783--21033812	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
21034717--21034772	27	2.0	27	86	10	76	17	26	1	53	1.54
21034771--21034842	36	1.9	38	86	8	103	30	8	5	55	1.52
21036901--21036926	13	2.0	13	100	0	52	92	0	0	7	0.39
21041740--21041768	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
21044227--21044261	19	1.9	17	88	11	52	65	11	2	20	1.37
21044243--21044285	22	2.0	22	85	0	59	60	6	2	30	1.35
21046042--21046131	31	3.0	31	71	11	87	45	5	14	34	1.68
21052703--21052736	6	5.7	6	96	0	50	26	0	0	73	0.83
21054530--21055213	341	2.0	341	98	0	1323	40	8	19	31	1.82
21058333--21058383	21	2.4	21	74	6	59	23	15	19	41	1.90
21061491--21061534	18	2.5	17	82	7	52	15	27	40	15	1.88
21061502--21061536	18	1.9	18	94	0	61	20	28	37	14	1.91
21064355--21064674	110	2.9	110	84	2	412	30	26	17	25	1.97
21064710--21064798	40	2.2	40	82	7	110	39	31	16	12	1.86
21064793--21064853	25	2.4	25	88	0	86	44	24	16	14	1.85
21069877--21069924	17	2.8	17	77	0	60	29	14	31	25	1.95
21071502--21071601	38	2.6	39	83	1	121	50	7	3	40	1.45
21073235--21073278	18	2.5	18	79	17	56	40	2	38	18	1.63
21074839--21074899	31	2.0	31	96	0	113	45	14	9	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21089701--21089762	29	2.1	28	82	5	70	25	9	14	50	1.73
21090041--21090266	124	1.8	124	94	1	400	29	16	21	33	1.95
21095094--21095157	25	2.5	26	84	2	94	37	10	1	50	1.47
21095567--21095601	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
21097111--21097168	10	5.8	10	77	0	53	60	0	0	39	0.97
21097111--21097166	21	2.8	19	89	8	76	60	0	0	39	0.97
21097112--21097168	30	1.9	30	92	0	96	59	0	0	40	0.97
21097169--21097278	50	2.2	51	93	1	186	42	0	29	28	1.56
21097252--21097299	22	2.2	22	96	0	87	37	0	31	31	1.58
21097466--21097630	80	2.1	80	84	0	213	17	27	33	21	1.96
21099616--21099653	17	2.2	17	100	0	76	26	28	5	39	1.78
21107911--21107943	17	1.9	17	93	0	57	42	9	27	21	1.83
21112236--21112268	17	1.9	17	93	0	57	42	6	30	21	1.77
21113535--21113564	10	2.8	11	90	10	53	6	13	0	80	0.91
21113535--21113567	15	2.2	15	89	10	50	6	12	0	81	0.85
21114173--21114225	16	3.1	18	70	10	56	30	16	28	24	1.97
21123207--21123232	11	2.4	11	100	0	52	30	7	38	23	1.83
21129636--21129857	50	4.3	50	85	5	266	20	30	22	27	1.98
21129667--21129857	106	1.9	100	85	8	267	20	30	22	26	1.98
21132078--21132115	18	2.1	18	85	9	51	39	7	7	44	1.63
21135529--21135567	19	2.1	19	90	0	60	35	10	10	43	1.73
21135516--21135577	33	1.9	31	87	12	90	40	8	11	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21139339--21139383	22	2.0	22	100	0	90	31	8	31	28	1.88
21139944--21140047	52	2.0	52	98	0	199	34	12	26	25	1.92
21142648--21142708	29	2.1	28	81	3	68	27	14	14	42	1.85
21142927--21143269	123	2.8	123	91	1	537	30	17	21	31	1.96
21146212--21146246	10	3.5	10	100	0	70	48	0	8	42	1.33
21147307--21147341	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
21147988--21148012	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
21149141--21149192	10	5.1	10	76	4	50	67	0	1	30	1.02
21149141--21149205	31	2.1	31	94	0	112	63	1	1	33	1.13
21149147--21149192	21	2.2	20	84	3	56	65	0	2	32	1.05
21149230--21149313	29	3.1	29	62	22	74	41	0	28	29	1.56
21149207--21149319	51	2.2	51	95	0	199	41	0	29	28	1.62
21149291--21149341	22	2.3	22	100	0	102	39	0	33	27	1.57
21149924--21149975	21	2.4	21	87	3	68	34	13	13	38	1.84
21149937--21149980	21	2.1	21	100	0	88	27	18	13	40	1.88
21151977--21152009	17	1.9	17	100	0	66	42	9	30	18	1.81
21156278--21156313	17	2.1	17	100	0	72	41	11	27	19	1.85
21161977--21162027	27	1.9	26	84	11	68	21	9	13	54	1.67
21174040--21174706	142	4.7	142	93	0	1111	33	17	20	28	1.96
21174562--21174655	44	2.1	44	88	0	134	31	18	21	28	1.96
21174578--21174733	44	3.6	42	77	10	131	29	17	21	31	1.96
21174626--21174796	85	2.0	85	82	2	209	30	18	21	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21178543--21178745	85	2.4	85	80	3	221	23	24	31	20	1.98
21180511--21180569	23	2.6	22	79	10	66	40	18	6	33	1.77
21186197--21186245	23	2.1	23	96	0	89	36	14	24	24	1.93
21192241--21192429	50	3.8	50	79	0	198	28	20	28	23	1.99
21201438--21201494	28	2.0	29	96	3	107	21	15	28	35	1.94
21202979--21203026	23	2.1	23	100	0	96	39	4	25	31	1.74
21214311--21214358	24	2.0	24	83	0	60	27	18	27	27	1.98
21216459--21216735	138	2.0	138	94	1	484	30	7	12	49	1.68
21225853--21225886	16	2.1	16	100	0	68	58	11	5	23	1.55
21227519--21227556	15	2.5	15	86	0	58	28	15	13	42	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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