genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  85  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28082809--28082871	21	3.0	21	73	0	63	39	19	26	14	1.90
28082898--28082950	21	2.5	21	81	0	61	45	18	18	16	1.86
28091024--28091094	25	2.9	24	77	4	70	39	16	23	19	1.92
28092487--28092529	18	2.4	17	81	11	50	37	18	0	44	1.50
28092950--28093010	16	4.0	16	79	12	74	54	16	1	27	1.52
28092958--28093028	29	2.5	29	88	2	108	53	16	1	28	1.52
28095129--28095170	19	2.2	20	86	4	59	59	16	0	23	1.37
28095756--28095809	13	4.0	13	81	13	65	53	18	1	25	1.54
28095756--28095806	9	5.6	9	80	13	59	54	17	1	25	1.53
28095843--28095928	24	3.2	24	67	25	64	53	17	3	25	1.59
28095756--28095927	33	5.2	33	64	22	99	52	16	4	25	1.63
28095756--28095927	77	2.2	75	80	8	193	52	16	4	25	1.63
28097148--28097184	19	2.0	19	89	5	58	29	10	0	59	1.31
28097177--28097206	9	3.2	9	95	4	51	36	3	0	60	1.14
28099511--28099580	31	2.3	31	76	0	77	37	4	8	50	1.53
28100644--28100672	13	2.1	14	93	6	51	82	0	17	0	0.66
28104778--28104816	14	2.8	14	88	7	53	25	15	20	38	1.92
28112515--28112573	25	2.4	25	100	0	118	37	25	18	18	1.94
28115140--28115269	26	4.9	26	77	8	102	25	17	20	36	1.94
28115158--28115438	29	10.0	29	70	10	117	24	17	20	36	1.94
28124176--28124218	22	2.0	20	82	8	50	37	2	18	41	1.63
28126351--28126395	18	2.5	17	85	7	63	42	2	35	20	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28133364--28133423	30	2.0	31	83	6	79	36	0	3	60	1.14
28133327--28133439	40	2.8	41	80	14	128	38	0	1	60	1.07
28138738--28138788	23	2.2	23	85	0	66	84	5	9	0	0.78
28139619--28139671	27	2.0	27	81	7	63	18	7	16	56	1.63
28143765--28143844	27	3.0	27	85	7	90	28	21	30	20	1.98
28143856--28143942	28	3.1	28	80	3	95	32	13	36	17	1.89
28157902--28157953	25	2.1	24	82	10	61	15	17	25	42	1.88
28166068--28166180	30	3.8	30	91	0	172	28	24	26	20	1.99
28166291--28166388	26	3.8	26	78	4	108	39	24	20	15	1.91
28166587--28167216	27	23.3	27	83	5	695	21	19	17	41	1.90
28168343--28168371	14	2.1	14	100	0	58	20	0	34	44	1.52
28170543--28170602	26	2.3	26	88	0	93	38	23	23	15	1.92
28170543--28170612	26	2.7	26	84	4	79	40	21	24	14	1.90
28172357--28172404	24	2.0	24	83	0	60	31	22	31	14	1.94
28172379--28172510	26	5.3	26	69	10	80	40	19	22	17	1.92
28174112--28174341	33	6.6	33	70	21	166	18	20	27	33	1.96
28174108--28174310	102	2.0	102	94	0	352	20	20	27	32	1.97
28174210--28174390	75	2.4	76	89	1	274	20	18	27	32	1.97
28176223--28176250	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
28202359--28202821	230	2.0	230	99	0	917	47	13	17	22	1.82
28204338--28204417	25	3.3	23	72	8	61	30	22	27	20	1.98
28204348--28204427	25	3.2	25	75	1	72	33	20	28	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28204990--28205021	10	3.0	11	90	9	57	37	18	0	43	1.51
28208202--28208348	46	3.2	46	84	1	161	29	23	18	28	1.97
28210074--28210277	27	7.6	27	87	2	250	43	18	16	21	1.88
28210074--28210277	80	2.5	81	84	6	245	43	18	16	21	1.88
28210631--28210688	28	2.1	27	93	3	98	22	25	25	25	2.00
28210620--28210709	28	2.8	33	74	20	93	22	23	25	28	1.99
28217267--28217487	27	8.2	27	82	4	232	46	18	13	21	1.84
28217793--28218000	27	7.7	27	77	7	172	46	19	12	21	1.83
28217793--28218014	81	2.7	82	80	8	231	46	18	13	21	1.83
28218359--28218415	28	2.1	27	90	3	87	24	24	24	26	2.00
28221236--28221277	19	2.4	17	78	17	50	47	21	7	23	1.75
28221242--28221279	19	2.0	19	94	0	67	47	18	7	26	1.76
28221374--28221419	3	15.3	3	95	0	83	32	2	0	65	1.05
28226724--28226775	25	2.1	25	96	0	95	42	3	13	40	1.62
28229346--28229465	40	3.0	40	78	12	95	20	29	27	23	1.98
28230927--28230960	16	2.2	16	89	5	52	41	0	0	58	0.98
28235557--28235677	42	2.9	42	82	0	125	42	18	22	16	1.88
28250275--28250309	16	2.2	16	89	0	52	37	14	2	45	1.59
28251203--28251238	13	2.7	13	91	4	54	52	11	13	22	1.72
28254810--28254906	49	2.0	49	91	0	158	26	23	6	43	1.77
28256213--28256298	43	2.0	43	88	0	127	24	22	1	52	1.54
28256974--28257014	19	2.2	18	86	4	55	34	17	0	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28257103--28257819	371	1.9	370	91	3	1174	33	22	7	36	1.83
28260246--28260315	28	2.3	30	85	9	90	45	10	20	24	1.81
28260693--28260832	43	3.3	43	87	1	201	27	33	21	17	1.96
28262599--28262631	18	1.9	17	88	11	50	69	3	9	18	1.28
28262583--28262631	23	2.1	23	88	0	71	69	4	8	18	1.30
28264715--28264821	48	2.2	47	74	21	105	60	5	23	10	1.50
28268982--28269380	109	3.6	109	90	0	573	35	19	14	30	1.92
28268982--28269384	220	1.8	218	87	1	590	35	18	14	30	1.91
28269718--28269789	30	2.4	30	80	13	85	55	2	5	36	1.38
28270037--28270089	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
28270707--28270739	10	3.4	10	91	4	50	78	0	3	18	0.87
28274556--28274928	121	3.0	125	90	5	592	33	10	10	45	1.73
28274780--28274818	20	2.0	20	90	10	62	17	10	20	51	1.74
28274679--28274926	133	1.9	133	95	0	451	33	10	10	45	1.72
28274797--28275080	154	1.8	153	92	6	480	32	10	10	45	1.74
28275607--28275649	17	2.6	17	96	3	79	34	51	0	13	1.42
28275935--28276098	72	2.3	73	91	1	267	25	28	21	23	1.99
28276087--28276176	41	2.2	41	91	0	153	31	28	17	22	1.97
28275994--28276280	155	1.9	155	87	1	432	27	28	20	23	1.99
28276132--28276459	114	2.9	113	86	3	453	26	26	21	25	1.99
28276990--28277027	16	2.4	16	86	4	51	55	5	5	34	1.45
28280333--28280440	55	2.0	55	83	3	137	37	7	8	47	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28282926--28282954	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
28284805--28284875	9	7.9	9	73	6	54	69	1	0	29	0.98
28284805--28284942	10	14.7	9	72	16	93	62	2	2	33	1.19
28284807--28284941	19	7.2	17	73	18	92	62	2	2	33	1.20
28284822--28284941	39	3.1	37	76	13	111	60	2	2	35	1.24
28295019--28295093	20	3.6	20	87	5	87	78	5	4	12	1.05
28295007--28295077	26	2.7	25	80	10	79	78	5	4	11	1.05
28294999--28295085	14	5.9	14	71	16	52	78	4	4	12	1.06
28295066--28295123	23	2.4	25	77	8	66	77	0	13	8	0.98
28295084--28295123	18	2.2	18	90	4	62	77	0	17	5	0.94
28297473--28298407	89	10.6	89	80	1	899	29	20	24	25	1.99
28297277--28298407	177	6.4	177	80	1	893	29	19	24	26	1.98
28297478--28298321	45	19.0	45	64	10	252	29	19	24	26	1.98
28297277--28298409	266	4.3	265	84	1	1318	30	19	24	26	1.98
28298416--28298536	51	2.3	51	76	4	118	23	16	28	31	1.96
28298605--28298797	50	3.9	50	73	2	181	33	20	19	26	1.96
28298611--28298796	100	1.9	100	87	0	273	34	20	18	26	1.96
28300152--28300192	12	3.7	12	78	18	52	26	2	7	63	1.33
28302819--28302849	15	2.1	15	93	0	53	12	22	12	51	1.74
28303900--28303962	29	2.2	29	80	5	74	46	6	12	34	1.68
28305312--28305400	44	2.0	44	86	8	126	34	28	5	31	1.80
28305387--28305439	16	3.3	16	83	0	70	28	28	3	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28305908--28306258	190	1.8	191	81	6	444	29	22	11	36	1.89
28306352--28306557	43	4.8	43	84	0	268	28	33	17	21	1.96
28306352--28306557	86	2.4	86	90	0	304	28	33	17	21	1.96
28308725--28308777	16	3.3	16	100	0	106	39	16	18	24	1.91
28308986--28309012	8	3.4	8	100	0	54	88	11	0	0	0.50
28310828--28310870	19	2.2	20	87	4	61	13	2	4	79	1.00
28311161--28311201	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
28311612--28311708	41	2.4	41	92	0	158	25	25	21	26	2.00
28317084--28317121	20	1.9	20	100	0	76	31	39	7	21	1.82
28318406--28318842	49	8.9	49	79	7	377	26	24	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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