genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  59  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18744247--18744304	28	2.0	28	83	9	73	36	20	18	24	1.95
18745424--18745536	45	2.5	45	82	0	145	20	24	12	42	1.86
18753690--18753760	17	4.0	17	72	15	63	53	5	4	36	1.44
18756879--18756929	6	9.2	6	91	4	65	80	0	19	0	0.71
18756880--18756926	5	8.8	5	92	2	58	80	0	19	0	0.70
18758294--18758369	31	2.5	30	81	10	82	55	2	6	35	1.40
18758391--18758431	8	4.9	8	87	6	55	48	0	0	51	1.00
18759214--18759282	30	2.3	30	82	7	86	49	8	0	42	1.34
18760548--18760581	16	2.1	17	94	5	61	26	5	20	47	1.73
18768181--18768238	25	2.3	25	90	0	89	29	22	22	25	1.99
18768171--18768278	25	4.3	24	77	11	85	27	25	19	27	1.99
18768242--18768294	25	2.2	25	86	10	74	32	26	16	24	1.97
18769055--18769096	20	2.2	20	87	12	61	57	4	21	16	1.58
18777782--18778065	29	9.8	29	74	4	133	22	25	14	38	1.92
18777782--18777856	30	2.5	30	89	2	107	21	30	12	36	1.90
18777818--18778032	86	2.5	87	86	3	281	22	23	13	40	1.90
18787780--18787819	18	2.2	18	95	0	71	42	0	12	45	1.42
18790318--18790505	51	3.7	49	80	6	207	23	17	28	30	1.97
18790317--18790505	102	1.9	101	87	3	281	23	16	29	30	1.97
18790501--18790599	46	2.2	43	82	12	119	24	18	24	33	1.97
18790724--18790754	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
18794566--18794599	15	2.1	17	89	10	54	23	29	8	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18794942--18795008	27	2.5	27	87	0	89	22	28	13	35	1.92
18795066--18795137	26	2.7	27	84	4	101	22	23	13	40	1.90
18800109--18800165	29	2.0	29	85	0	78	29	22	8	38	1.85
18829865--18830074	46	4.6	45	78	7	199	26	22	20	30	1.99
18829865--18830074	92	2.3	92	83	4	246	26	22	20	30	1.99
18838256--18838289	18	1.9	17	94	5	59	70	0	0	29	0.87
18851834--18851859	12	2.2	12	100	0	52	42	26	7	23	1.81
18853728--18853771	21	2.1	21	91	0	70	27	29	18	25	1.98
18864232--18864664	27	16.1	27	84	5	461	41	18	21	18	1.90
18864232--18864678	81	5.6	80	84	5	517	41	17	21	19	1.90
18864855--18864906	26	2.0	26	84	0	68	19	15	21	44	1.87
18867225--18867274	24	2.1	24	100	0	100	38	24	26	12	1.90
18870560--18870826	29	9.1	29	72	8	128	22	23	13	40	1.89
18870750--18870848	29	3.4	29	90	0	144	24	23	12	40	1.88
18872206--18872490	138	2.1	138	95	0	507	41	9	5	43	1.59
18878972--18879222	138	1.8	138	92	0	430	40	8	6	44	1.62
18879130--18879319	95	2.0	95	93	0	326	46	7	3	42	1.47
18889361--18889443	26	3.2	25	88	5	121	33	19	7	39	1.79
18889372--18889461	26	3.5	26	87	3	101	34	16	8	40	1.80
18901934--18902109	39	4.5	39	87	2	237	28	6	22	42	1.78
18902725--18902830	52	2.0	52	94	0	185	31	16	19	33	1.94
18903914--18903950	19	2.0	18	89	5	56	35	2	13	48	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18908800--18908957	23	6.8	23	78	1	145	34	17	8	39	1.80
18908800--18908956	69	2.3	69	83	5	201	34	17	8	39	1.81
18910702--18910864	82	2.0	82	97	0	308	34	21	7	35	1.83
18912825--18912923	50	2.0	50	86	4	137	19	18	31	31	1.95
18914324--18914361	19	2.0	19	94	0	67	44	18	5	31	1.72
18914638--18914827	80	2.4	80	83	3	231	40	16	25	17	1.90
18914638--18914828	40	4.8	40	80	5	179	40	16	25	17	1.90
18915588--18915636	16	3.1	16	74	11	55	42	16	0	40	1.48
18916207--18916253	24	2.0	24	87	4	69	12	42	2	42	1.55
18918825--18918860	9	3.8	9	89	10	54	2	13	0	83	0.76
18931509--18931539	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
18935057--18935092	17	2.2	16	90	5	54	55	0	0	44	0.99
18935065--18935107	12	3.5	12	81	6	50	55	0	0	44	0.99
18936092--18936116	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
18936309--18936355	23	2.2	21	85	11	60	29	2	4	63	1.25
18936858--18936905	9	5.8	9	74	18	50	66	0	2	31	1.03
18938331--18938475	23	6.2	22	73	12	110	19	2	33	44	1.65
18942780--18942827	12	4.1	12	75	24	57	47	2	0	50	1.12
18942866--18942914	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
18943637--18943684	12	4.1	12	75	24	57	47	2	0	50	1.12
18943723--18943771	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
18942121--18943834	857	2.0	857	100	0	3428	38	13	12	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18946507--18946552	9	5.1	9	86	0	56	8	54	0	36	1.32
18960758--18960807	21	2.4	21	86	0	64	32	10	28	30	1.89
18963502--18963555	21	2.6	21	85	5	65	70	1	16	11	1.25
18963516--18963556	10	4.0	10	81	6	55	75	0	12	12	1.05
18963606--18963667	32	2.0	32	84	9	83	62	1	24	11	1.37
18972861--18972947	43	2.0	44	90	2	140	49	2	25	22	1.62
18977411--18977449	19	2.0	19	85	14	53	76	5	10	7	1.13
18979581--18979761	48	3.8	48	89	0	245	25	25	18	29	1.98
18986755--18986821	27	2.5	27	85	0	107	40	7	8	43	1.64
18988060--18988115	3	18.7	3	81	7	69	64	3	1	30	1.21
18988060--18988115	19	2.9	19	87	10	71	64	3	1	30	1.21
18989621--18989929	100	3.1	100	89	0	447	24	22	20	32	1.98
18989720--18989877	50	3.2	50	62	0	127	25	20	20	33	1.97
18989794--18990344	267	2.1	268	87	1	791	25	23	21	28	1.99
18990201--18990512	168	1.9	168	95	0	561	26	25	18	29	1.98
18990512--18990687	44	4.0	44	91	0	246	30	25	17	26	1.97
18994721--18994779	29	2.0	29	100	0	118	16	13	28	40	1.87
18996740--18996794	18	3.1	18	77	12	51	70	3	1	23	1.12
18996746--18996794	22	2.2	22	85	0	62	69	4	2	24	1.17
18996956--18996999	3	14.3	3	80	4	52	63	6	0	29	1.20
18998220--18998410	48	4.0	48	90	1	258	24	28	19	27	1.98
18998368--18998503	57	2.4	57	94	0	236	25	32	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19000136--19000223	43	2.0	44	88	2	133	50	3	25	21	1.64
19008055--19008095	21	1.9	22	90	5	66	17	36	2	43	1.62
19017321--19017419	27	3.6	27	83	6	121	33	16	20	30	1.94
19017466--19017637	88	2.0	88	94	0	299	36	5	27	30	1.79
19019227--19019335	41	2.7	41	82	5	139	29	27	19	23	1.98
19024573--19024613	21	2.0	21	85	9	57	46	7	2	43	1.44
19024822--19024898	38	2.1	37	95	2	136	28	10	16	44	1.81
19030957--19031008	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
19030989--19031098	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
19031225--19031266	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
19031234--19031275	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
19034414--19034465	17	3.3	17	79	20	76	59	11	28	0	1.32
19034408--19034474	30	2.2	30	89	2	107	65	8	25	0	1.21
19034427--19034460	12	2.7	13	95	4	61	61	8	29	0	1.26
19034408--19034483	10	7.5	10	73	17	50	67	7	25	0	1.18
19035338--19035380	18	2.3	18	80	11	52	65	6	4	23	1.37
19036670--19036704	9	3.9	9	96	0	61	88	2	0	8	0.61
19043726--19043851	28	4.5	28	73	11	107	33	13	21	31	1.92
19043706--19043826	55	2.2	56	86	1	163	31	12	23	32	1.92
19051174--19051217	22	2.0	22	100	0	88	40	9	9	40	1.68
19058171--19058287	40	3.0	38	76	14	107	24	17	25	31	1.97
19067366--19067410	18	2.5	18	92	0	72	40	8	20	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19078923--19079316	196	2.0	196	94	0	689	29	13	26	29	1.94
19083005--19083038	13	2.7	12	90	9	50	61	0	5	32	1.20
19086887--19087205	158	2.0	158	94	0	557	27	23	9	39	1.85
19089387--19089452	32	2.1	32	97	0	123	24	3	31	40	1.70
19090076--19090126	23	2.2	23	92	0	84	29	7	21	41	1.81
19090076--19090134	23	2.6	23	86	0	55	30	10	18	40	1.84
19105251--19105275	13	1.9	13	100	0	50	24	16	4	56	1.57
19106441--19106682	50	4.7	50	80	6	222	22	26	22	27	1.99
19117879--19118002	43	2.9	43	76	11	128	31	25	20	22	1.98
19120528--19120825	151	2.0	151	97	0	560	38	21	10	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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