genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24048306--24048501	61	3.2	61	86	0	268	31	13	28	27	1.94
24052154--24052191	20	1.9	20	94	0	67	44	0	0	55	0.99
24061599--24062047	221	2.0	221	99	0	880	34	12	17	34	1.88
24063998--24064051	21	2.6	21	78	0	54	29	35	20	14	1.93
24090663--24090950	125	2.3	125	93	0	504	30	20	21	27	1.98
24092213--24092345	70	1.9	71	90	4	216	48	9	3	39	1.52
24092839--24092906	30	2.3	30	82	10	77	14	16	41	27	1.87
24094546--24094603	29	2.1	27	84	9	73	58	3	1	36	1.25
24094605--24094638	11	3.2	11	87	8	52	41	0	35	23	1.55
24097134--24097164	13	2.4	13	94	0	53	45	0	12	41	1.42
24097173--24097198	12	2.2	12	100	0	52	11	0	15	73	1.11
24097318--24097362	18	2.4	18	81	7	54	55	2	40	2	1.24
24103409--24103444	1	36.0	1	100	0	72	0	0	0	100	0.00
24104113--24104184	24	3.0	24	75	11	67	26	4	4	65	1.29
24104765--24104834	35	2.0	35	97	0	131	45	10	2	41	1.52
24117327--24118151	415	2.0	418	95	0	1476	37	12	17	32	1.87
24118747--24118794	15	3.1	15	77	16	62	41	0	0	58	0.98
24118737--24118787	26	2.0	26	85	11	70	35	0	0	64	0.94
24119543--24119817	138	2.0	138	97	0	514	39	17	20	22	1.92
24122919--24122948	14	2.1	14	100	0	60	30	13	20	36	1.90
24124034--24124128	38	2.5	38	89	3	129	33	18	11	35	1.87
24124055--24124129	38	2.0	38	97	0	141	34	16	13	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24125429--24125966	269	2.0	269	85	0	736	31	17	26	24	1.97
24126599--24126661	26	2.4	27	78	7	67	44	0	3	52	1.17
24126706--24126736	15	2.1	15	93	0	53	58	0	0	41	0.98
24128203--24128273	29	2.4	30	76	9	74	38	12	7	42	1.70
24128644--24128770	61	2.1	62	79	4	141	39	5	14	40	1.69
24135581--24135688	57	1.9	57	92	0	180	32	13	17	36	1.89
24136406--24136464	22	2.8	20	78	14	64	42	1	1	54	1.20
24137410--24137444	15	2.3	15	90	0	52	31	0	0	68	0.90
24147317--24147556	101	2.4	101	90	1	374	33	16	22	27	1.95
24150209--24150258	21	2.4	21	80	3	57	70	4	8	18	1.28
24150723--24150769	21	2.3	20	78	10	51	57	2	0	40	1.11
24155234--24155276	22	2.0	22	85	0	59	0	27	16	55	1.41
24156910--24156965	19	2.8	19	94	5	94	37	10	16	35	1.83
24156911--24156988	19	3.6	24	80	16	75	37	8	15	38	1.79
24157593--24157658	23	3.0	21	79	14	71	21	0	4	74	1.00
24163869--24164323	44	10.4	43	65	15	191	29	18	25	25	1.98
24163844--24164386	132	4.1	132	92	1	867	30	19	24	25	1.98
24163844--24164382	262	2.0	262	90	2	857	30	19	24	25	1.98
24164457--24165396	44	21.6	44	68	13	293	28	19	23	28	1.98
24164382--24164960	217	2.7	216	90	2	885	28	19	23	28	1.98
24164457--24165350	390	2.3	391	85	2	1179	28	19	23	28	1.98
24164378--24165268	217	4.1	217	83	6	845	28	19	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24164378--24165090	84	8.3	84	66	14	277	27	19	23	29	1.98
24164670--24165177	173	2.9	172	85	6	546	27	19	23	29	1.98
24165707--24165750	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
24165706--24165761	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
24165740--24165784	23	2.0	22	86	4	63	37	4	20	37	1.73
24165750--24165794	23	2.0	23	82	4	56	33	4	17	44	1.69
24168445--24168572	64	2.0	64	96	0	238	31	14	11	42	1.82
24169160--24169255	13	7.4	13	85	0	129	42	18	8	30	1.80
24169160--24169254	26	3.7	26	91	0	145	43	18	7	30	1.78
24175872--24175920	21	2.3	21	86	6	64	16	24	38	20	1.92
24177201--24177364	81	2.0	81	100	0	328	37	19	8	34	1.82
24179125--24180628	545	2.7	546	91	1	2341	39	12	16	30	1.86
24181219--24181246	14	2.0	14	100	0	56	7	28	0	64	1.20
24181199--24181243	19	2.5	18	83	16	58	6	26	0	66	1.16
24181312--24181353	6	7.2	6	91	5	59	2	11	19	66	1.34
24186804--24186894	45	2.0	44	85	2	119	32	29	5	31	1.80
24186873--24186926	16	3.4	16	92	0	81	29	37	0	33	1.58
24187602--24187635	17	2.0	17	100	0	68	47	11	0	41	1.40
24188293--24188348	25	2.2	25	90	0	85	42	5	8	42	1.59
24189909--24189973	34	1.9	34	83	0	85	52	4	10	32	1.57
24190076--24190127	3	17.3	3	80	7	61	67	3	0	28	1.08
24190078--24190131	24	2.1	24	86	10	72	66	5	0	27	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24208591--24208659	34	2.1	33	83	2	84	53	4	10	31	1.54
24208752--24208817	3	21.7	3	72	9	53	62	7	0	30	1.23
24208750--24208803	18	3.1	17	83	5	63	64	5	0	29	1.16
24208752--24208817	24	2.8	24	77	13	73	62	7	0	30	1.23
24218895--24218933	8	5.1	7	90	9	51	74	0	25	0	0.82
24218902--24218933	8	4.1	8	96	4	57	75	0	25	0	0.81
24227050--24227080	3	10.3	3	100	0	62	32	0	35	32	1.58
24229550--24229588	20	1.9	21	84	5	53	56	7	20	15	1.63
24238931--24238964	17	2.0	17	88	11	52	32	23	5	38	1.79
24244507--24244536	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
24245616--24245684	25	2.8	25	93	0	111	33	21	21	23	1.97
24248874--24248978	50	2.1	50	85	0	147	20	29	21	27	1.98
24266246--24266339	29	3.2	29	74	4	82	27	17	15	39	1.90
24272061--24272119	20	2.8	22	77	12	70	42	11	11	33	1.78
24283078--24283131	20	2.8	20	85	2	74	44	7	9	38	1.65
24285391--24285428	12	3.2	12	96	0	67	31	7	34	26	1.85
24288261--24288813	217	2.5	217	98	0	1070	33	17	19	29	1.95
24288595--24289186	247	2.4	243	96	1	1085	32	18	20	28	1.96
24292184--24292440	140	1.8	139	84	2	354	27	21	23	26	1.99
24300068--24300116	3	16.3	3	91	0	80	63	0	2	34	1.06
24320069--24320099	15	2.1	15	100	0	62	29	25	6	38	1.81
24322937--24322967	13	2.4	13	100	0	62	38	22	6	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24325175--24325233	30	1.9	31	86	10	86	28	25	27	18	1.98
24325365--24325415	26	2.0	26	84	0	66	35	25	21	17	1.95
24325628--24325807	81	2.2	81	84	2	245	26	15	15	43	1.86
24325628--24325814	27	6.9	27	78	7	191	26	16	15	42	1.87
24333395--24333464	35	2.0	35	100	0	140	34	17	17	31	1.93
24339748--24339780	3	11.0	3	100	0	66	33	33	33	0	1.58
24340146--24340194	22	2.1	24	85	7	66	18	8	12	61	1.55
24342225--24342262	17	2.2	17	90	0	58	57	5	0	36	1.21
24345563--24345613	21	2.4	22	77	9	61	43	1	11	43	1.52
24346403--24346625	41	5.4	41	92	0	383	28	19	28	23	1.98
24348658--24348776	43	2.8	43	87	3	152	26	15	26	30	1.96
24362057--24362084	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24362442--24362473	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24363879--24363998	20	5.9	20	80	1	141	23	15	24	36	1.94
24363876--24363993	61	1.9	61	87	0	173	22	15	23	38	1.92
24363879--24364019	41	3.5	40	78	6	149	25	16	21	36	1.94
24366507--24366676	42	4.0	42	100	0	340	47	4	33	14	1.64
24367514--24367607	47	2.0	47	91	0	152	46	4	17	31	1.67
24371207--24371236	11	2.7	11	94	0	51	43	0	20	36	1.52
24371839--24371871	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
24372487--24372568	40	2.0	40	90	0	128	23	15	30	30	1.96
24381841--24381876	17	2.1	17	89	0	54	33	0	8	58	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24381857--24381902	24	1.9	24	86	8	67	34	2	13	50	1.53
24399936--24400015	42	1.9	42	84	0	106	28	13	28	28	1.94
24402510--24402881	132	2.8	132	89	3	588	29	16	24	29	1.97
24402881--24403002	45	2.8	44	86	8	176	27	20	27	25	1.99
24408373--24408434	30	2.1	30	93	0	106	58	12	3	25	1.50
24413224--24413395	63	2.7	63	83	0	209	33	33	8	24	1.86
24416551--24416575	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24416865--24416916	26	2.0	26	85	7	70	32	5	5	55	1.47
24423680--24423767	39	2.2	39	92	8	142	50	4	3	42	1.39
24424418--24424482	31	2.1	31	97	0	121	64	0	4	30	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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