genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  66  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21230205--21230261	9	6.4	9	74	11	55	36	0	1	61	1.07
21230173--21230259	18	4.7	18	71	15	54	39	3	2	55	1.30
21230210--21230267	10	6.1	9	82	11	55	36	0	1	62	1.06
21230215--21230266	18	2.8	20	82	14	74	34	0	1	63	1.06
21230439--21230472	17	2.0	17	88	0	50	32	8	8	50	1.64
21233730--21233764	7	5.0	7	100	0	70	28	14	0	57	1.38
21235973--21236001	13	2.2	13	100	0	58	34	41	0	24	1.55
21235914--21236065	81	1.9	81	92	0	259	32	20	7	39	1.80
21242719--21242757	13	2.9	13	88	3	51	53	5	0	41	1.23
21246746--21246818	34	2.1	35	84	2	94	45	15	8	31	1.75
21247532--21247573	22	1.9	22	85	9	59	42	4	4	47	1.45
21248413--21248449	15	2.5	15	90	0	56	27	18	8	45	1.77
21248709--21248737	7	4.1	7	100	0	58	44	13	0	41	1.44
21248904--21248954	20	2.5	20	90	0	75	35	23	31	9	1.87
21258498--21258559	28	2.2	28	83	11	74	29	12	6	51	1.65
21263543--21263639	44	2.2	45	79	5	108	35	19	17	27	1.94
21263650--21264098	89	5.1	88	94	0	720	26	22	19	32	1.97
21263569--21264092	44	11.8	44	71	6	358	27	22	19	30	1.98
21271724--21271763	20	2.0	20	95	0	71	32	15	22	30	1.94
21275670--21275699	15	2.0	15	93	0	51	43	3	20	33	1.68
21277577--21277672	49	2.0	49	100	0	192	45	17	2	34	1.60
21278069--21278192	18	6.8	18	67	13	51	65	2	2	29	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21278106--21278172	27	2.5	27	80	4	64	65	2	1	29	1.16
21278887--21278973	28	3.1	28	85	4	115	57	0	5	36	1.23
21279258--21279604	174	2.0	170	95	2	622	32	7	19	39	1.81
21283418--21283651	41	5.6	40	80	8	270	21	17	25	35	1.95
21283419--21283655	84	2.8	84	92	0	384	21	17	25	35	1.95
21283419--21283700	42	6.7	44	78	9	268	22	17	25	34	1.96
21292189--21292221	16	2.1	16	88	11	50	54	0	3	42	1.15
21292188--21292232	22	2.0	22	87	8	65	53	0	4	42	1.21
21292359--21292405	10	4.6	10	80	12	51	63	0	2	34	1.06
21299166--21299191	13	2.0	13	100	0	52	30	38	0	30	1.58
21299277--21299356	42	1.9	42	92	5	135	25	26	0	48	1.51
21305079--21305106	8	3.5	8	100	0	56	10	14	0	75	1.06
21309170--21309211	21	2.0	21	90	0	66	47	7	2	42	1.43
21310244--21310305	28	2.2	28	85	2	81	33	9	12	43	1.76
21313959--21313992	18	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
21325311--21325351	22	2.0	21	90	9	66	31	0	12	56	1.36
21329231--21329299	29	2.4	29	87	4	95	18	27	30	23	1.98
21329920--21329978	18	3.5	17	72	13	59	16	42	1	38	1.59
21336187--21336264	38	2.1	38	97	0	147	33	10	14	42	1.79
21338796--21338985	102	1.9	102	87	2	283	34	16	30	18	1.93
21339066--21339091	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
21346117--21346223	41	2.5	42	83	4	126	33	0	9	56	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21346159--21346224	19	3.3	19	67	19	53	37	0	6	56	1.24
21349408--21349506	31	3.3	31	69	11	89	52	11	7	29	1.63
21352356--21352411	29	1.9	29	89	7	87	41	19	16	23	1.90
21368697--21368736	13	3.1	13	81	0	53	35	25	7	32	1.84
21375287--21375402	46	2.6	46	90	4	184	27	24	15	32	1.95
21386942--21386967	12	2.2	12	100	0	52	34	26	15	23	1.94
21389313--21389337	10	2.5	10	100	0	50	40	8	0	52	1.31
21399999--21400033	18	1.9	18	100	0	70	14	17	5	62	1.49
21400947--21401025	35	2.3	33	77	12	86	15	16	25	43	1.87
21401039--21401099	33	1.9	32	87	12	90	11	4	34	49	1.61
21413389--21413446	22	2.6	22	76	10	64	5	10	25	58	1.52
21415751--21415867	58	2.0	57	85	1	153	25	19	16	38	1.92
21420746--21420800	21	2.6	21	82	0	65	23	3	23	49	1.66
21425413--21425472	29	2.0	30	83	3	77	43	0	33	23	1.54
21425600--21425645	15	3.1	15	87	6	58	50	0	2	47	1.13
21425724--21425761	18	2.1	19	85	5	51	31	2	7	57	1.41
21425847--21425881	17	1.9	19	88	11	56	31	2	2	62	1.24
21426283--21426406	59	2.1	59	90	3	196	21	23	13	41	1.89
21427559--21427676	43	2.7	43	89	5	184	25	27	22	24	2.00
21427652--21427699	23	2.1	23	92	7	80	25	22	27	25	2.00
21427609--21427742	66	2.0	66	94	2	234	23	27	23	24	2.00
21427675--21427807	43	3.1	42	90	4	196	25	30	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21427578--21427785	109	1.9	109	93	0	362	24	28	22	25	1.99
21427930--21427964	13	2.6	14	86	9	54	48	2	5	42	1.41
21428537--21428562	11	2.4	11	100	0	52	65	15	7	11	1.46
21430833--21431188	145	2.4	146	89	5	531	30	13	15	40	1.86
21431520--21431563	21	2.2	20	87	4	61	68	4	6	20	1.31
21432896--21432935	19	2.0	21	85	9	57	20	7	17	55	1.66
21435972--21436135	46	3.6	46	81	0	157	29	25	17	28	1.97
21446847--21446881	10	3.5	10	92	0	61	60	5	20	14	1.54
21447048--21447103	28	2.0	28	89	0	85	35	21	19	23	1.96
21447457--21447741	27	10.7	27	81	2	315	18	16	24	40	1.90
21455517--21455557	19	2.2	19	86	8	57	29	9	9	51	1.67
21464993--21465052	27	2.2	27	84	0	75	33	13	31	21	1.92
21477189--21477302	25	4.6	25	72	12	83	27	22	19	30	1.98
21477190--21477302	50	2.3	49	80	4	129	26	23	19	30	1.98
21478390--21478533	76	1.9	73	81	5	173	22	21	24	31	1.98
21481509--21481562	26	2.1	26	100	0	108	29	31	3	35	1.75
21489225--21489260	15	2.4	15	90	0	54	55	8	0	36	1.30
21499544--21499586	18	2.4	18	84	0	50	18	4	18	58	1.56
21502791--21502836	23	2.0	23	83	8	58	67	2	30	0	1.03
21513596--21513710	56	2.1	56	98	0	221	33	16	16	33	1.92
21518770--21518803	15	2.3	15	90	10	52	14	20	0	64	1.28
21529217--21529506	50	5.8	50	85	2	377	25	21	31	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21529217--21529506	149	1.9	149	84	1	384	25	21	31	21	1.98
21544048--21544856	404	2.0	405	99	0	1602	37	15	14	31	1.89
21548752--21548805	20	2.8	20	85	2	65	14	29	12	42	1.83
21548788--21548848	20	3.0	20	74	9	61	16	27	16	39	1.90
21550337--21550549	39	5.5	39	84	4	261	16	29	17	36	1.92
21550340--21550569	77	3.0	77	87	1	311	16	29	17	36	1.92
21554781--21554827	20	2.3	20	92	3	76	53	10	14	21	1.71
21555697--21555905	39	5.4	39	85	2	244	17	31	16	34	1.92
21555749--21555848	19	5.2	18	66	20	51	17	29	17	37	1.92
21555766--21555868	19	5.3	19	66	20	54	18	28	16	36	1.92
21555696--21555886	77	2.5	77	83	7	244	16	31	16	35	1.92
21568718--21569067	173	2.0	174	96	1	648	29	6	20	43	1.77
21571770--21572009	50	4.7	50	76	6	180	23	25	21	29	1.99
21577797--21577834	16	2.2	18	86	9	53	50	10	0	39	1.37
21578026--21578063	16	2.2	18	86	9	53	50	10	0	39	1.37
21577717--21578175	229	2.0	229	99	0	909	43	16	8	31	1.78
21580822--21580884	27	2.3	26	81	10	72	31	9	31	26	1.88
21582157--21582184	13	2.2	13	100	0	56	35	21	28	14	1.92
21582279--21582311	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
21584679--21584707	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
21586914--21586976	31	2.0	32	93	3	110	33	9	15	41	1.80
21592618--21592658	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21594124--21594196	28	2.6	28	77	16	71	35	5	2	56	1.37
21595863--21595932	14	4.6	14	70	29	54	27	1	5	65	1.23
21598544--21598598	23	2.3	25	75	6	60	43	1	1	52	1.22
21598718--21598765	18	2.8	17	85	14	64	50	2	0	47	1.12
21598718--21598796	18	4.6	17	74	9	63	48	1	0	50	1.08
21598996--21599023	14	2.0	14	100	0	56	71	14	0	14	1.15
21599720--21599755	10	3.7	10	92	7	65	63	0	0	36	0.94
21599721--21599761	19	2.2	19	95	0	73	63	2	0	34	1.08
21600697--21600753	24	2.4	23	80	11	62	17	3	1	77	1.00
21600696--21600753	6	9.8	6	83	3	55	17	3	1	77	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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