genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  76  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24895250--24895563	126	2.4	125	88	4	430	29	23	18	28	1.98
24895603--24895925	88	3.7	88	94	0	547	19	23	28	28	1.98
24895685--24895911	44	5.2	44	65	10	149	18	23	29	27	1.98
24902036--24902094	23	2.5	23	74	17	59	64	8	6	20	1.44
24902073--24902113	18	2.3	18	87	4	57	73	7	0	19	1.07
24902481--24902524	17	2.6	17	82	3	54	45	2	11	40	1.53
24902644--24902682	3	13.0	3	88	0	60	64	2	2	30	1.21
24902999--24903077	21	3.7	21	88	6	97	41	15	7	35	1.75
24914439--24914474	18	2.0	18	88	0	54	52	2	0	44	1.15
24914457--24914495	20	1.9	20	84	5	51	43	0	0	56	0.99
24918889--24918921	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
24921632--24921767	63	2.2	63	100	0	272	46	7	21	25	1.77
24921788--24921877	45	2.0	45	100	0	180	44	6	22	26	1.77
24928813--24929038	33	6.5	33	73	19	167	19	20	27	31	1.97
24928873--24929009	42	3.5	42	76	17	184	21	19	27	31	1.98
24928836--24929046	75	2.8	75	96	0	386	20	20	27	31	1.98
24943718--24943765	22	2.0	25	88	11	75	35	16	0	47	1.47
24943955--24944100	73	2.0	72	94	4	258	21	10	13	54	1.70
24945223--24945255	17	1.9	17	93	0	57	42	0	12	45	1.41
24945247--24945271	4	6.2	4	100	0	50	28	0	0	72	0.86
24945611--24945659	20	2.4	22	83	12	61	38	10	2	48	1.48
24954062--24954115	25	2.1	26	96	3	101	35	9	14	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24955782--24955806	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
24955971--24956003	12	2.8	12	90	4	50	48	0	0	51	1.00
24961765--24961802	20	1.9	20	100	0	76	57	10	15	15	1.64
24962226--24962408	101	1.8	102	86	3	271	23	17	26	32	1.96
24962226--24962406	51	3.6	50	76	5	159	23	17	25	32	1.97
24962634--24962665	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
24974820--24975197	99	3.9	99	92	2	595	34	7	19	37	1.81
24986278--24986382	42	2.5	43	84	4	142	40	16	24	18	1.90
24998536--24998572	19	1.9	19	88	0	56	75	2	0	21	0.92
25003512--25003544	17	1.9	17	88	11	50	36	0	21	42	1.53
25009576--25009602	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
25011229--25011269	21	2.0	21	90	0	64	39	0	0	60	0.96
25029110--25029145	17	2.2	17	90	5	56	0	16	5	77	0.94
25029192--25029220	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
25040357--25040479	43	2.9	43	78	11	128	18	19	30	31	1.96
25042898--25042926	15	1.9	15	100	0	58	34	3	6	55	1.44
25045086--25045206	35	3.5	35	86	0	161	38	30	13	17	1.88
25057892--25058019	68	1.9	69	91	1	213	46	19	7	26	1.75
25068435--25068476	16	2.6	16	81	11	50	47	4	23	23	1.70
25068680--25068827	62	2.5	58	84	9	174	53	2	2	41	1.26
25069671--25069704	14	2.5	14	95	4	61	50	0	11	38	1.39
25070571--25070889	157	2.0	158	96	1	595	47	11	11	29	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25072652--25072688	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
25072671--25072785	61	1.9	59	83	11	146	38	18	14	28	1.90
25076289--25076346	18	3.4	18	83	6	68	27	8	24	39	1.84
25087049--25087110	31	2.0	31	100	0	124	41	9	16	32	1.80
25093955--25094010	26	2.2	25	83	3	67	42	21	17	17	1.89
25100763--25100866	25	4.2	25	77	1	111	31	18	26	23	1.97
25100763--25100906	50	2.9	50	77	11	127	32	17	26	23	1.96
25107130--25107169	18	2.2	18	86	0	53	70	5	12	12	1.33
25113255--25113311	22	2.5	23	83	11	73	82	3	1	12	0.87
25113253--25113311	6	10.3	6	78	10	54	83	3	1	11	0.85
25113273--25113311	17	2.2	18	90	4	62	84	2	2	10	0.81
25113253--25113311	11	5.2	12	74	15	54	83	3	1	11	0.85
25114829--25114906	12	6.4	12	77	15	63	69	5	3	21	1.25
25115699--25115914	109	2.0	109	85	1	290	29	24	25	20	1.99
25118648--25118743	42	2.3	42	92	0	156	19	35	28	16	1.94
25120371--25120422	20	2.6	20	81	0	59	48	11	13	26	1.77
25120557--25120607	20	2.5	20	80	3	57	33	13	9	43	1.77
25125923--25125947	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25126437--25126485	23	2.1	23	88	0	71	55	8	6	30	1.54
25126561--25126624	25	2.6	25	72	22	62	53	9	3	34	1.49
25127376--25127428	25	2.1	25	86	6	72	60	1	5	32	1.31
25129831--25129893	27	2.3	28	88	2	92	34	1	12	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25130224--25130261	17	2.2	18	85	4	51	34	5	7	52	1.53
25130256--25130327	36	2.0	36	86	0	99	29	4	22	44	1.71
25130265--25130335	18	3.9	18	75	0	61	29	2	22	45	1.67
25130259--25130338	36	2.2	36	84	0	97	28	3	21	46	1.68
25130916--25131024	51	2.1	51	85	9	143	28	9	16	45	1.78
25135261--25135321	29	2.0	31	81	12	74	26	8	4	60	1.45
25137257--25137286	11	2.7	11	89	0	51	56	0	3	40	1.16
25137279--25137306	13	2.2	13	100	0	56	82	0	0	17	0.68
25137376--25137401	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
25138239--25138277	19	2.1	19	86	13	55	15	30	23	30	1.95
25140027--25140087	13	4.7	13	91	0	104	40	26	9	22	1.85
25140290--25140324	13	2.7	13	81	0	52	42	22	8	25	1.82
25141843--25142261	207	2.0	207	99	0	829	40	7	14	37	1.74
25147367--25147425	29	2.0	29	100	0	118	55	6	6	30	1.52
25148904--25148958	12	4.1	14	81	11	62	58	3	0	38	1.16
25148909--25148961	27	2.0	27	88	7	81	58	3	0	37	1.16
25148825--25149062	123	1.9	127	95	4	439	51	7	5	36	1.51
25154702--25154738	3	12.3	3	94	0	65	29	0	2	67	1.04
25156909--25157595	106	6.5	106	99	0	1329	31	19	18	30	1.96
25161144--25161472	178	1.8	178	95	0	595	38	7	21	32	1.81
25163871--25163929	30	1.9	31	86	3	84	30	22	6	40	1.79
25172943--25172976	16	2.1	17	88	5	52	79	2	11	5	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25174141--25174188	22	2.2	22	88	0	69	60	10	2	27	1.41
25175247--25175384	62	2.3	59	84	3	168	24	16	12	46	1.82
25176377--25176514	62	2.3	59	84	3	168	24	16	12	46	1.82
25181784--25181995	105	2.0	105	91	4	347	29	7	3	59	1.42
25181830--25182017	105	1.8	105	89	5	276	29	6	4	58	1.45
25186467--25186512	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
25194571--25195334	44	17.7	43	66	17	277	27	19	24	28	1.99
25194652--25194949	89	3.4	88	75	13	335	28	19	24	28	1.98
25194566--25194981	89	4.8	86	71	16	306	27	19	23	29	1.98
25194650--25195324	217	3.1	216	86	4	916	27	19	24	28	1.99
25194566--25194949	173	2.2	173	95	0	689	28	19	23	28	1.98
25194565--25195324	390	2.0	387	85	5	1030	27	19	24	28	1.99
25196660--25196932	135	2.0	136	97	1	512	24	15	9	49	1.74
25198679--25198722	12	3.7	12	78	0	52	36	4	2	56	1.32
25206979--25207023	23	1.9	24	86	4	65	11	6	6	75	1.18
25206979--25207029	23	2.1	25	82	10	61	11	5	7	74	1.21
25208681--25208718	17	2.3	17	81	4	51	47	5	0	47	1.24
25213135--25213275	43	3.3	43	73	7	117	40	18	17	23	1.91
25221254--25221368	43	2.7	43	82	5	128	22	29	18	29	1.97
25221511--25221575	30	2.1	30	88	2	94	40	15	10	33	1.82
25228747--25228830	31	2.7	31	87	1	98	42	14	9	33	1.78
25232304--25232439	57	2.4	57	78	7	150	25	16	12	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25235896--25236011	25	4.6	25	75	4	108	31	21	26	19	1.97
25235896--25236011	50	2.3	50	82	2	135	31	21	26	19	1.97
25237894--25238020	40	3.1	38	78	7	92	51	1	3	44	1.27
25237931--25237979	26	2.0	24	84	8	62	46	0	6	46	1.27
25240515--25240582	20	3.5	20	75	18	72	41	23	26	8	1.83
25240498--25240592	38	2.4	40	81	13	101	38	22	28	10	1.87
25240515--25240591	20	4.0	20	71	21	65	40	22	27	10	1.86
25243287--25243316	13	2.2	14	94	5	53	20	0	0	80	0.72
25243284--25243336	19	2.7	20	77	16	65	22	1	3	71	1.12
25249824--25249854	15	2.1	15	93	0	53	64	9	0	25	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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