genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  78  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25580367--25580409	22	2.0	21	86	4	59	51	30	2	16	1.57
25580458--25580498	13	3.1	13	86	6	55	51	21	2	24	1.60
25580849--25581603	114	6.6	114	89	1	1005	25	20	19	34	1.96
25581507--25581697	99	1.9	99	91	0	310	25	19	19	35	1.96
25589243--25589580	180	1.9	180	91	0	559	31	26	14	26	1.95
25589570--25589686	24	4.9	24	81	4	128	28	23	21	26	1.99
25589568--25589686	48	2.5	48	88	2	168	27	24	21	26	1.99
25589777--25589879	42	2.5	42	79	3	109	39	17	12	30	1.87
25591075--25591226	64	2.4	64	86	2	207	28	25	19	26	1.99
25591180--25591298	24	5.0	24	86	4	141	33	25	17	23	1.96
25599297--25599368	34	2.0	35	84	7	92	30	8	5	55	1.52
25602744--25602787	11	4.0	11	93	0	79	56	9	6	27	1.55
25606542--25606764	111	2.0	112	92	1	378	39	12	24	24	1.89
25608057--25609110	44	24.5	44	70	13	447	28	22	20	28	1.98
25608353--25608507	40	3.8	40	73	7	148	29	22	22	25	1.99
25608356--25608548	84	2.3	84	94	0	341	28	22	21	26	1.99
25608139--25608826	301	2.3	301	89	0	1045	28	22	20	28	1.98
25608666--25608803	40	3.4	40	73	5	123	34	21	18	26	1.96
25608698--25608833	43	3.3	43	72	7	145	32	22	16	28	1.96
25608677--25608838	83	2.0	81	90	2	252	32	20	17	29	1.96
25608318--25609240	513	1.8	510	88	2	1422	28	22	20	28	1.99
25608057--25609278	44	28.5	42	70	16	432	28	22	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25625745--25626105	44	8.1	44	80	6	188	29	21	18	31	1.96
25625616--25626151	138	3.9	138	76	10	390	29	21	18	30	1.97
25625749--25626107	88	4.0	88	82	5	400	28	21	18	31	1.97
25625721--25626150	138	3.2	134	78	7	458	29	21	18	30	1.97
25630851--25630961	55	2.0	55	98	0	213	10	41	3	44	1.57
25630867--25630954	26	3.3	26	65	20	72	11	38	3	46	1.57
25639225--25639262	18	2.1	18	95	0	67	5	18	5	71	1.25
25640536--25640566	14	2.3	13	94	5	53	38	9	0	51	1.35
25642496--25642536	7	5.9	7	97	0	64	29	36	0	34	1.58
25643436--25643469	15	2.3	15	89	0	50	8	0	5	85	0.75
25645350--25646096	371	2.0	372	99	0	1487	40	9	9	40	1.70
25648599--25648627	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
25653252--25653284	17	2.0	17	94	5	59	45	0	0	54	0.99
25653387--25653607	108	2.0	108	90	1	345	38	7	28	24	1.82
25655619--25655829	105	2.0	105	100	0	422	31	25	8	35	1.86
25656576--25656608	15	2.3	15	89	5	50	0	21	0	78	0.75
25660410--25660480	36	2.0	36	97	0	133	30	19	11	38	1.87
25660365--25660447	45	1.9	42	85	7	112	30	21	14	33	1.93
25662166--25662249	28	2.7	31	73	17	77	25	25	26	23	2.00
25662169--25662268	33	3.2	32	73	13	91	29	23	24	24	1.99
25676403--25676444	22	1.9	22	100	0	84	23	33	14	28	1.94
25683524--25683656	70	1.9	67	87	4	194	42	12	13	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25686654--25686693	14	2.9	14	84	0	53	35	7	15	42	1.75
25688148--25689426	123	10.4	122	78	3	1062	23	22	18	35	1.95
25688148--25689391	369	3.4	366	80	3	1275	24	22	18	35	1.95
25688320--25689648	123	10.9	120	79	5	395	23	22	18	35	1.95
25699343--25699402	30	1.9	33	86	10	90	36	10	13	40	1.78
25699699--25699736	16	2.4	16	95	0	67	15	5	0	78	0.91
25700449--25700486	16	2.4	16	95	4	69	18	5	0	76	0.97
25699700--25701194	750	2.0	750	99	0	2974	43	6	7	43	1.56
25702244--25702317	36	2.0	39	86	7	109	62	0	4	33	1.14
25702464--25703014	229	2.4	229	93	0	935	34	2	17	44	1.64
25703369--25703986	309	2.0	309	99	0	1218	32	12	23	32	1.91
25704829--25704872	21	2.1	21	86	0	61	2	22	47	27	1.63
25707006--25707090	11	8.0	11	74	18	65	44	1	30	23	1.61
25706990--25707089	51	2.0	51	90	4	157	46	1	29	24	1.59
25708641--25708676	16	2.2	16	95	0	63	25	2	33	38	1.70
25716564--25716599	17	2.1	17	94	0	63	69	11	8	11	1.37
25717319--25717350	14	2.4	14	94	5	57	50	37	6	6	1.53
25721933--25722098	43	3.9	42	84	3	215	22	18	29	28	1.98
25726140--25726267	51	2.5	50	86	5	168	23	17	27	31	1.97
25726189--25726269	26	3.2	26	64	22	62	23	14	28	33	1.94
25726450--25726481	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
25732503--25732632	51	2.6	50	83	4	163	23	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25732858--25732889	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
25738553--25738718	25	6.7	25	69	15	96	34	18	26	21	1.96
25741190--25741215	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
25743719--25743861	63	2.3	63	77	0	151	24	28	21	25	1.99
25745172--25745347	39	4.5	39	79	3	176	40	21	6	31	1.78
25760197--25760236	6	6.7	6	94	0	62	52	5	25	17	1.64
25760380--25760435	27	2.1	27	90	6	87	46	14	12	26	1.80
25779264--25779394	25	5.2	24	67	14	77	33	20	21	24	1.97
25779299--25779440	49	2.9	49	77	9	139	34	19	25	21	1.96
25783191--25783230	6	6.5	6	91	2	62	67	0	17	15	1.23
25783721--25783760	21	1.9	21	84	0	53	27	5	7	60	1.45
25783768--25783815	18	2.7	18	84	15	64	39	0	0	60	0.97
25788151--25788354	100	2.0	100	98	1	392	26	20	25	26	1.99
25790730--25790763	18	1.9	18	88	5	52	67	2	0	29	1.05
25798658--25798702	24	1.9	23	81	4	54	35	2	4	57	1.31
25807727--25807811	27	3.1	27	88	6	127	20	16	21	42	1.89
25813689--25813723	14	2.5	14	95	0	61	34	5	25	34	1.80
25821157--25821193	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
25826677--25826732	28	2.0	28	100	0	112	35	3	25	35	1.73
25827022--25827115	42	2.3	42	78	7	104	21	29	32	15	1.95
25828759--25828945	29	6.4	28	84	5	230	34	0	22	43	1.54
25828759--25828944	59	3.2	57	86	6	250	33	0	22	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25830254--25830311	29	2.0	29	90	6	91	58	1	0	39	1.08
25830344--25830449	52	2.1	51	85	1	140	33	1	31	33	1.69
25830402--25830470	22	3.1	22	87	0	102	39	1	27	31	1.66
25830687--25830740	29	1.9	27	85	7	72	40	18	14	25	1.89
25834660--25834776	25	4.7	25	73	16	71	29	21	23	26	1.99
25836681--25836786	36	2.9	36	97	0	194	38	15	14	32	1.87
25842803--25842914	44	2.5	44	86	0	161	30	24	19	25	1.98
25842841--25843437	44	13.8	44	72	11	330	26	20	21	31	1.98
25842839--25843392	129	4.3	129	87	1	741	26	20	21	31	1.98
25843023--25843441	85	4.9	85	75	9	375	26	20	22	30	1.98
25843445--25843860	101	4.2	100	89	1	584	25	23	22	28	1.99
25843475--25843857	50	7.7	50	73	2	259	25	24	23	27	2.00
25846255--25846358	42	2.5	42	96	0	190	32	27	16	23	1.96
25846370--25846421	26	2.0	27	92	3	88	30	30	21	17	1.96
25846154--25846421	143	1.9	143	92	1	457	30	28	19	21	1.97
25847775--25847824	12	4.4	11	80	14	57	2	6	6	86	0.79
25847791--25847835	15	2.9	16	83	12	58	0	8	11	80	0.92
25847791--25847835	8	5.9	8	89	7	67	0	8	11	80	0.92
25857321--25857427	25	4.3	25	80	11	112	28	23	25	22	1.99
25857315--25857428	50	2.3	51	89	3	169	28	23	25	21	1.99
25870395--25870435	20	2.0	20	86	9	57	73	0	0	26	0.84
25880852--25880891	22	2.0	20	85	14	55	37	0	2	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25884578--25884635	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
25886333--25886407	12	6.3	11	71	15	51	29	6	2	61	1.35
25891609--25891691	41	2.0	41	97	0	157	22	18	26	32	1.97
25901105--25901159	27	2.0	27	96	0	101	50	10	7	30	1.64
25904762--25904794	16	2.1	16	94	0	57	39	12	9	39	1.74
25906835--25906903	33	2.1	33	94	0	120	26	23	5	44	1.75
25913981--25914041	22	2.7	23	82	12	74	19	22	21	36	1.95
25917844--25917870	8	3.4	8	100	0	54	51	0	11	37	1.37
25919126--25919219	9	10.4	9	83	4	109	24	9	24	41	1.84
25919134--25919219	18	4.8	18	87	5	120	23	10	24	41	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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