genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23074240--23074301	25	2.5	24	74	7	61	53	9	1	35	1.44
23078884--23078910	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
23083474--23083528	25	2.2	25	75	9	60	50	0	0	49	1.00
23083507--23083550	19	2.3	19	88	4	61	61	0	0	38	0.96
23083514--23083555	19	2.2	19	83	8	50	64	0	0	35	0.94
23083836--23083873	20	2.0	20	84	5	51	42	2	2	52	1.29
23085065--23085372	43	7.2	43	86	2	359	30	29	18	21	1.97
23085065--23085372	86	3.6	86	86	0	418	30	29	18	21	1.97
23085065--23085413	129	2.7	128	79	4	380	31	28	17	22	1.97
23086307--23086390	40	2.1	40	84	4	107	48	14	5	30	1.67
23086450--23087040	46	12.9	45	87	2	813	30	28	16	24	1.97
23091592--23091702	41	2.7	41	78	0	114	28	27	20	23	1.99
23093385--23093414	14	2.1	14	100	0	60	43	6	16	33	1.74
23098470--23098686	108	2.0	108	93	1	373	37	29	15	17	1.91
23104626--23104656	13	2.4	13	100	0	62	93	6	0	0	0.35
23107006--23107050	2	22.5	2	90	0	72	0	48	0	51	1.00
23108200--23108247	15	3.1	15	77	14	53	31	0	0	68	0.90
23111761--23111856	44	2.2	44	82	0	120	27	25	19	28	1.99
23111869--23112194	132	2.5	132	86	4	444	24	23	21	30	1.99
23112002--23112186	44	4.2	44	64	15	112	22	21	22	32	1.98
23113021--23113058	17	2.2	18	85	4	51	60	10	2	26	1.43
23120750--23120804	25	2.2	24	83	3	65	20	23	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23124131--23124165	17	2.1	17	88	0	52	51	0	8	40	1.33
23125864--23125918	27	2.0	25	80	19	58	41	5	9	43	1.59
23128377--23128428	23	2.3	23	93	0	86	34	0	15	50	1.45
23128386--23128428	13	3.5	13	81	18	65	34	0	16	48	1.46
23128384--23128430	23	2.0	23	100	0	94	36	0	17	46	1.48
23135814--23135851	18	2.1	18	100	0	76	34	23	21	21	1.97
23142796--23142832	17	2.1	18	95	5	67	70	0	0	29	0.88
23148574--23148635	32	2.0	32	90	3	99	59	0	1	38	1.07
23148574--23148666	41	2.2	41	96	1	168	59	0	2	38	1.10
23148574--23148669	11	9.2	11	74	16	80	59	0	2	38	1.09
23153876--23154146	55	4.9	56	83	4	273	33	16	15	34	1.91
23153868--23154146	110	2.5	109	81	8	303	33	16	15	34	1.91
23165145--23165226	23	3.4	23	83	8	85	24	20	21	32	1.98
23165167--23165244	23	3.2	23	79	12	75	28	21	23	26	1.99
23165185--23165244	26	2.4	25	81	8	68	30	23	23	23	1.99
23165981--23166016	18	2.0	18	88	0	54	19	30	22	27	1.98
23166055--23166081	11	2.5	11	100	0	54	59	0	0	40	0.98
23166078--23166177	51	2.0	51	88	4	148	45	2	27	26	1.65
23166137--23166205	22	3.0	23	80	18	81	42	1	33	23	1.63
23166102--23166201	11	9.4	11	69	17	68	43	2	31	24	1.65
23168560--23168606	25	1.9	24	83	12	60	31	0	17	51	1.46
23174146--23174515	43	8.7	42	80	12	402	33	27	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23174146--23174503	84	4.2	83	79	11	440	32	27	17	21	1.96
23174146--23174499	127	2.8	127	99	0	690	32	27	18	21	1.97
23181545--23181607	21	2.7	24	80	14	78	9	7	7	74	1.22
23183773--23183956	88	2.1	90	81	5	223	37	15	7	39	1.76
23184124--23184189	28	2.3	28	84	7	80	60	0	3	36	1.12
23184205--23184268	30	2.1	30	82	5	76	64	4	3	28	1.29
23184512--23184548	18	2.0	19	89	5	58	37	0	0	62	0.96
23186706--23186742	10	3.7	10	92	0	56	72	5	0	21	1.04
23186706--23186745	11	3.6	11	86	10	55	70	5	0	25	1.08
23186706--23186746	21	1.9	22	90	5	66	68	7	0	24	1.15
23187889--23187951	17	3.6	18	73	16	60	58	3	23	14	1.50
23187891--23187964	34	2.2	35	90	4	116	58	4	25	12	1.52
23243951--23243994	23	1.9	23	85	0	61	63	2	2	31	1.19
23248106--23248158	21	2.5	20	82	8	70	30	33	7	28	1.85
23250012--23250077	21	3.1	21	78	6	71	16	16	7	59	1.59
23257023--23257092	36	1.9	37	91	2	115	48	2	1	47	1.25
23257370--23257394	13	1.9	13	100	0	50	48	16	4	32	1.64
23259475--23259593	3	39.3	3	76	14	111	31	3	4	61	1.31
23259839--23259870	15	2.2	14	94	5	55	40	12	0	46	1.42
23261430--23261853	109	3.9	108	89	3	588	33	18	16	30	1.94
23262561--23262609	12	4.1	12	83	0	53	53	2	10	34	1.47
23262574--23262626	21	2.5	21	84	0	61	52	1	9	35	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23262614--23262653	15	2.7	16	81	14	50	65	5	2	27	1.27
23264452--23264807	45	7.9	45	80	1	383	28	25	17	29	1.97
23264452--23264807	134	2.6	134	84	3	455	28	25	17	29	1.97
23267461--23267493	16	2.1	16	100	0	66	24	18	18	39	1.92
23268350--23268392	19	2.3	17	78	21	50	41	11	23	23	1.87
23269790--23269992	106	1.9	107	83	1	264	35	18	15	30	1.92
23270816--23271014	106	1.9	107	89	3	312	27	17	20	35	1.94
23273088--23273352	125	2.1	125	100	0	530	44	6	6	43	1.55
23273555--23273608	21	2.6	21	80	8	65	9	18	12	59	1.60
23274533--23274574	13	2.9	14	79	13	50	61	14	2	21	1.43
23274671--23274722	16	3.4	16	81	5	54	76	9	1	11	1.09
23276464--23277036	132	4.3	132	92	0	939	26	24	19	29	1.98
23288435--23288480	24	1.9	24	86	8	67	10	23	17	47	1.79
23292441--23292488	16	2.9	16	87	9	69	52	6	4	37	1.46
23297249--23297293	22	2.0	22	100	0	90	37	4	17	40	1.70
23303802--23303926	31	4.1	31	66	19	91	20	24	20	34	1.96
23303748--23303926	91	2.0	91	88	0	268	21	22	20	35	1.96
23311514--23311640	43	3.0	43	75	4	114	29	21	20	28	1.98
23312027--23312075	21	2.3	21	92	0	80	4	40	20	34	1.71
23313908--23313939	7	4.6	7	92	0	55	75	9	12	3	1.16
23313896--23313939	21	2.1	21	91	8	72	70	11	13	4	1.31
23313915--23313954	14	2.8	14	88	3	53	75	7	10	7	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23313943--23313991	18	2.6	19	77	6	55	59	10	16	14	1.61
23314761--23314789	6	4.8	6	100	0	58	51	13	0	34	1.42
23315143--23315194	18	2.8	18	73	5	50	23	1	44	30	1.64
23316203--23316299	47	2.1	47	86	0	131	45	2	8	44	1.45
23316288--23316321	16	2.1	16	94	0	59	11	0	2	85	0.71
23316294--23316332	16	2.4	16	87	8	53	12	2	0	84	0.72
23316371--23316397	14	1.9	14	100	0	54	44	7	0	48	1.31
23316531--23316557	14	1.9	14	100	0	54	29	55	0	14	1.40
23316664--23316708	7	7.0	7	76	19	53	31	51	0	17	1.46
23316664--23316708	12	3.6	12	93	6	72	31	51	0	17	1.46
23316742--23316775	15	2.3	15	90	5	52	35	29	0	35	1.58
23316936--23317521	114	5.1	114	100	0	1172	27	27	23	21	1.99
23318598--23318894	100	3.0	99	82	6	366	31	17	20	29	1.96
23318783--23318988	111	1.8	112	83	5	272	31	16	20	31	1.95
23318783--23319007	113	2.0	112	81	5	265	36	15	19	29	1.92
23321289--23321328	12	3.2	12	92	7	62	55	7	0	37	1.29
23323071--23323340	112	2.4	110	90	3	418	31	17	18	32	1.94
23323075--23323340	110	2.4	110	90	3	410	31	17	19	31	1.95
23323345--23323881	121	4.8	111	89	7	716	25	16	15	42	1.87
23323445--23323883	103	4.1	105	88	7	548	25	16	15	42	1.87
23323347--23323881	213	2.4	220	87	8	746	25	16	14	42	1.87
23325095--23325190	40	2.5	38	80	6	106	23	21	17	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23328546--23328724	28	6.4	27	81	6	187	32	13	26	26	1.93
23332852--23332892	20	2.3	19	84	16	52	46	0	0	53	1.00
23334618--23334660	21	2.0	21	90	0	68	32	11	13	41	1.81
23336317--23336342	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
23339595--23339632	20	2.0	20	85	10	53	55	0	7	36	1.29
23340070--23340161	37	2.4	37	81	12	98	41	3	4	51	1.38
23341596--23341621	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
23343070--23343113	23	1.9	23	95	0	79	43	13	13	29	1.83
23347418--23347612	78	2.5	78	90	0	309	35	4	17	42	1.69
23347418--23347671	78	3.3	76	84	4	296	35	4	18	41	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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