genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27319596--27319649	23	2.3	24	81	9	58	22	3	7	66	1.33
27319616--27319671	16	3.6	16	79	18	64	16	0	7	76	0.99
27320057--27320598	43	12.3	44	70	7	321	23	22	23	30	1.99
27320053--27320378	88	3.7	88	87	4	476	22	22	24	31	1.98
27320053--27320378	178	1.8	178	88	2	503	22	22	24	31	1.98
27320227--27320509	131	2.2	131	96	0	521	22	25	23	27	2.00
27320358--27320651	89	3.3	89	93	0	482	24	24	21	28	1.99
27320227--27320559	131	2.5	130	89	1	360	23	25	22	28	1.99
27320496--27320633	43	3.1	43	67	20	131	26	21	19	32	1.97
27321737--27321850	42	2.7	42	81	0	129	27	29	13	29	1.94
27323368--27323481	42	2.7	42	81	0	129	27	29	13	29	1.94
27330279--27330318	21	1.9	21	84	0	53	22	27	0	50	1.50
27334697--27334745	20	2.6	19	84	9	64	36	8	2	53	1.43
27334709--27334748	20	2.0	20	100	0	80	40	10	0	50	1.36
27341089--27341118	11	2.7	11	89	0	51	50	0	3	46	1.18
27341059--27341143	41	2.0	43	86	4	120	63	0	2	34	1.07
27341653--27341709	9	6.2	9	74	9	53	40	3	1	54	1.28
27341658--27341704	20	2.4	20	79	10	53	36	4	2	57	1.30
27342029--27342066	20	2.0	20	89	5	60	55	0	0	44	0.99
27348902--27349142	103	2.4	102	83	10	273	32	6	12	47	1.68
27353592--27353841	46	5.4	46	93	0	410	38	9	24	27	1.87
27357874--27357907	6	5.7	6	100	0	68	17	0	35	47	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27358512--27358569	21	2.9	20	75	7	55	48	1	1	48	1.22
27360929--27361264	114	3.0	114	90	1	507	30	16	12	41	1.85
27362981--27363354	187	2.0	187	100	0	748	30	12	14	42	1.83
27364209--27364248	6	6.7	6	100	0	80	17	0	35	47	1.48
27365706--27365749	23	2.0	22	90	4	70	31	4	0	63	1.14
27365744--27365785	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
27365748--27365784	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
27367586--27367615	2	14.5	2	93	6	51	50	0	3	46	1.18
27367615--27367650	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
27376704--27376736	12	2.8	12	90	4	50	36	0	0	63	0.95
27387895--27387942	24	2.0	24	100	0	96	37	20	12	29	1.90
27394916--27394984	29	2.4	29	83	9	95	33	31	11	23	1.90
27396059--27396107	18	2.6	19	80	6	64	30	0	2	67	1.02
27398030--27398094	6	10.3	6	77	9	58	1	44	6	47	1.37
27399110--27399151	17	2.3	19	80	12	52	45	2	2	50	1.27
27407570--27407689	42	2.9	42	81	5	143	17	20	17	44	1.87
27407570--27407715	42	3.5	42	81	0	121	16	20	17	45	1.86
27415123--27415205	41	2.0	41	90	2	132	26	4	8	60	1.46
27433871--27433915	21	2.0	23	83	8	58	40	4	0	55	1.20
27434304--27434356	27	2.0	27	84	0	70	33	3	20	41	1.70
27435908--27435951	21	2.0	22	95	4	81	63	13	4	18	1.46
27441403--27441427	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27441503--27441539	19	1.9	19	88	0	56	51	2	10	35	1.51
27442149--27442190	22	1.9	22	85	9	59	66	9	7	16	1.42
27446084--27446123	21	2.0	20	85	5	53	57	0	5	37	1.21
27450188--27450296	37	3.1	37	66	26	99	38	11	11	39	1.76
27450160--27450296	69	2.0	69	97	0	256	39	12	9	38	1.76
27457484--27457547	13	4.9	13	77	7	76	32	6	23	37	1.80
27464555--27465301	371	2.0	371	89	1	1138	39	14	19	26	1.90
27467528--27467646	63	1.9	63	85	0	166	28	34	8	28	1.86
27473347--27473383	18	2.1	18	100	0	74	37	10	10	40	1.75
27473911--27473973	30	2.1	30	90	0	99	26	3	14	55	1.54
27474935--27474973	20	2.0	21	85	10	55	43	2	23	30	1.67
27483045--27483249	24	8.2	25	73	8	116	32	20	26	20	1.97
27486935--27486985	21	2.4	21	100	0	102	17	0	49	33	1.47
27487252--27487330	38	2.1	39	92	2	133	31	12	25	30	1.93
27487315--27487810	251	2.0	250	83	4	631	28	16	20	34	1.94
27488490--27488536	22	2.1	22	100	0	94	40	4	12	42	1.63
27489932--27490051	9	13.7	9	73	19	103	43	20	1	34	1.62
27490017--27490049	17	1.9	17	100	0	66	51	18	0	30	1.46
27492797--27493091	42	7.0	42	82	9	314	26	21	20	32	1.97
27492840--27493110	127	2.1	130	85	4	363	25	21	21	31	1.98
27492797--27493110	85	3.7	83	81	7	330	26	21	21	31	1.98
27497894--27497930	18	2.1	18	100	0	74	51	10	5	32	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27499584--27499638	20	2.5	24	77	22	66	58	5	5	30	1.44
27500768--27500799	16	1.9	17	93	6	57	15	0	34	50	1.45
27501240--27501610	50	7.4	49	69	8	230	23	20	24	31	1.98
27501217--27501610	100	3.9	100	91	0	619	23	20	23	32	1.98
27503114--27503167	7	8.0	7	81	8	67	14	16	0	68	1.21
27503114--27503167	13	4.0	13	85	4	72	14	16	0	68	1.21
27504032--27504157	30	4.4	28	73	15	96	11	6	11	70	1.32
27504032--27504157	58	2.2	55	81	8	137	11	6	11	70	1.32
27504095--27504140	6	7.7	6	100	0	92	15	0	15	69	1.19
27508828--27508882	20	2.5	21	75	16	58	58	5	5	30	1.44
27510001--27510038	16	2.4	16	90	0	58	18	2	34	44	1.64
27510009--27510045	16	2.2	17	95	4	67	24	0	27	48	1.51
27521663--27521709	24	2.0	24	82	0	58	34	17	25	23	1.96
27527360--27527387	12	2.3	12	100	0	56	39	0	39	21	1.54
27529869--27530027	38	4.2	38	100	0	318	38	8	13	39	1.74
27532641--27532740	28	3.6	28	84	8	114	28	26	12	34	1.92
27537047--27537076	16	1.9	16	93	6	53	23	10	20	46	1.80
27538621--27539080	234	2.0	234	97	0	875	33	20	17	28	1.95
27543512--27543570	11	5.8	11	74	25	51	62	0	0	37	0.95
27543496--27543600	39	2.6	41	89	4	169	62	0	1	35	1.06
27543553--27543610	30	2.0	29	90	9	93	58	0	1	39	1.08
27562034--27562165	43	3.1	42	80	10	178	32	23	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27562173--27562357	51	3.7	50	79	6	203	30	27	17	24	1.97
27562171--27562355	101	1.8	102	88	3	284	30	26	17	24	1.97
27562167--27562389	101	2.2	102	80	4	254	29	27	16	26	1.97
27568091--27568141	23	2.2	23	85	0	75	35	25	19	19	1.95
27570156--27570214	28	2.1	28	100	0	118	49	16	8	25	1.74
27574161--27574209	24	2.0	24	92	7	82	73	0	20	6	1.04
27574130--27574205	31	2.4	32	80	10	86	72	2	17	7	1.20
27574174--27574213	8	4.8	9	79	17	50	72	0	20	7	1.08
27574873--27574930	24	2.4	24	77	16	66	32	0	18	48	1.49
27575088--27575190	37	2.7	38	75	6	100	27	18	23	31	1.97
27580184--27580208	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
27591417--27591449	16	2.1	16	100	0	66	51	18	6	24	1.68
27599772--27599813	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
27606613--27606693	36	2.3	35	89	8	128	32	4	18	44	1.71
27623091--27623128	17	2.2	17	90	0	58	57	10	5	26	1.53
27646729--27646868	67	2.1	67	84	0	181	32	15	19	33	1.92
27649312--27649392	42	1.9	42	87	5	119	27	29	16	27	1.97
27650168--27650226	30	2.0	30	83	6	75	32	15	11	40	1.83
27650311--27650358	18	2.5	19	90	6	71	22	29	0	47	1.51
27653143--27653206	17	3.7	19	67	28	54	53	0	0	46	1.00
27659922--27659952	14	2.2	14	94	0	53	25	6	3	64	1.33
27667512--27667537	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27681973--27682116	44	3.3	44	64	7	121	24	25	25	24	2.00
27681925--27682138	88	2.4	88	96	0	401	26	27	25	20	1.99
27682148--27682419	44	6.2	43	74	9	174	26	19	24	29	1.99
27682144--27682465	175	1.8	175	80	4	389	27	20	23	28	1.99
27682538--27682653	44	2.6	45	78	2	128	30	19	22	27	1.98
27690477--27690517	21	2.0	21	85	9	57	65	4	2	26	1.25
27693884--27693923	18	2.2	19	86	4	55	27	0	2	70	1.01
27715444--27715469	5	5.2	5	100	0	52	42	0	38	19	1.51
27719018--27719101	32	2.6	32	88	0	123	28	2	16	52	1.56
27723613--27723664	16	3.2	16	77	0	59	40	3	23	32	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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