genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   

This is table  84  of  128  ( 15303 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27723812--27723863	26	2.0	26	88	3	79	46	0	3	50	1.20
27724770--27724885	57	2.1	57	86	4	164	50	18	6	25	1.71
27735225--27735265	7	5.9	7	94	0	73	68	2	29	0	1.03
27735215--27735265	21	2.3	22	90	6	77	66	3	27	1	1.20
27742292--27742337	25	1.9	25	91	8	78	28	0	10	60	1.30
27742328--27742378	14	3.7	14	84	2	68	19	0	5	74	1.02
27742319--27742378	28	2.1	29	84	3	77	20	0	8	71	1.11
27742288--27742372	7	11.4	7	78	9	53	24	0	10	64	1.25
27759958--27760255	120	2.5	120	79	4	318	33	22	13	29	1.93
27761319--27761358	19	2.1	19	95	0	71	52	5	0	42	1.23
27761321--27761358	10	3.9	10	89	6	60	50	5	0	44	1.24
27765740--27765795	24	2.3	24	84	6	69	48	12	7	32	1.68
27765752--27765803	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
27767623--27767863	17	13.8	17	73	14	188	28	16	11	43	1.82
27767628--27767815	18	10.7	17	73	16	152	28	16	10	44	1.81
27767623--27767863	35	6.9	35	83	4	281	28	16	11	43	1.82
27769876--27769989	24	4.8	24	75	11	85	37	4	2	55	1.34
27769927--27770117	24	8.0	24	77	10	169	31	7	5	56	1.49
27770413--27770444	12	2.7	12	95	0	55	34	0	0	65	0.93
27770832--27770874	17	2.4	18	88	3	61	18	2	16	62	1.43
27772598--27772645	24	2.0	24	91	0	78	45	6	6	41	1.54
27772600--27772652	24	2.2	24	86	0	70	49	7	3	39	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27776396--27776441	3	14.7	3	91	8	74	65	0	34	0	0.93
27776441--27776483	21	2.0	21	95	0	77	0	0	83	16	0.64
27779898--27779938	22	2.0	22	85	9	59	24	9	0	65	1.22
27786837--27786895	29	2.0	30	83	3	75	50	15	5	28	1.65
27787929--27787988	18	3.4	17	71	13	50	65	3	3	28	1.25
27794251--27794292	8	5.4	8	85	5	50	83	4	2	9	0.88
27794894--27795012	44	2.7	43	87	5	166	21	28	15	34	1.94
27795329--27795442	44	2.6	44	84	5	142	27	23	22	26	2.00
27795667--27795973	89	3.4	89	90	0	461	22	25	24	28	2.00
27797344--27797390	17	2.7	17	81	15	60	4	10	0	85	0.74
27797362--27797390	12	2.4	12	100	0	58	6	6	0	86	0.72
27797346--27797397	17	3.0	16	78	13	50	5	9	1	82	0.90
27797344--27797396	12	4.5	11	76	19	54	3	9	1	84	0.81
27804113--27804179	30	2.2	31	84	12	86	43	7	7	41	1.61
27804255--27804285	13	2.3	14	94	5	55	35	16	19	29	1.93
27813561--27813645	43	2.0	43	95	0	152	49	2	25	22	1.62
27813619--27813669	18	2.7	19	81	6	59	49	0	27	23	1.51
27813634--27813688	27	2.0	27	86	6	76	47	1	27	23	1.62
27815504--27815557	25	2.2	25	86	0	72	12	38	31	16	1.87
27819374--27819418	18	2.6	18	86	10	58	42	6	15	35	1.73
27836746--27836968	113	2.0	114	99	0	439	32	17	19	30	1.95
27854410--27854448	20	2.0	20	85	10	53	12	5	2	79	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27857797--27858059	129	2.0	129	97	0	490	33	25	5	35	1.80
27860080--27860132	28	1.9	27	85	11	72	69	3	0	26	1.05
27861024--27861154	69	1.9	69	96	3	246	33	14	16	35	1.90
27862391--27862435	13	3.4	13	78	3	54	15	11	13	60	1.60
27870251--27870285	17	2.1	17	100	0	70	34	0	17	48	1.47
27871011--27871041	5	6.2	5	96	0	53	41	0	0	58	0.98
27871129--27871247	45	2.6	45	80	2	132	49	14	15	20	1.79
27873240--27873303	27	2.4	26	89	2	92	39	4	4	51	1.44
27873381--27873446	34	1.9	33	84	6	78	50	6	15	28	1.67
27875943--27876006	30	2.1	30	85	5	85	23	28	20	28	1.99
27875983--27876090	42	2.6	42	90	0	171	22	28	25	23	1.99
27875986--27876102	42	2.8	42	84	7	157	23	28	25	23	1.99
27884272--27884525	45	5.6	45	81	3	262	46	16	16	20	1.84
27884272--27884522	135	1.9	135	82	5	319	47	15	16	20	1.83
27888754--27888793	19	2.1	19	95	0	71	65	12	10	12	1.49
27897457--27897581	63	2.0	63	84	3	162	29	10	17	42	1.83
27902982--27903111	65	2.0	65	100	0	260	40	12	21	26	1.88
27903047--27903198	27	5.6	28	73	4	100	36	13	23	26	1.92
27903047--27903199	54	2.8	54	77	8	143	35	14	23	26	1.93
27903165--27903225	27	2.3	27	85	5	79	24	18	27	29	1.98
27906417--27906543	50	2.6	49	80	7	123	43	5	8	42	1.58
27912865--27912922	29	2.0	29	96	0	107	36	17	8	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27915726--27915759	15	2.2	16	89	5	52	14	8	2	73	1.19
27919948--27920008	18	3.4	18	84	13	65	16	22	22	37	1.93
27928235--27928286	24	2.2	24	86	6	70	55	7	1	34	1.39
27931810--27931879	27	2.6	27	93	0	122	22	20	11	45	1.82
27935589--27935660	34	2.1	34	82	14	87	40	5	2	51	1.40
27941093--27942163	132	7.9	132	87	6	1402	28	18	24	28	1.98
27941069--27942146	536	2.0	540	89	3	1672	28	18	23	28	1.98
27942981--27943009	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
27943585--27943646	3	21.7	3	93	6	103	32	0	0	67	0.91
27946147--27946189	13	3.3	13	83	9	61	39	30	2	27	1.69
27955837--27955897	24	2.4	24	81	8	77	44	0	1	54	1.10
27955849--27955925	24	3.5	24	72	26	89	48	0	2	49	1.15
27955870--27955908	16	2.4	16	86	0	60	48	0	0	51	1.00
27955845--27955926	40	2.0	41	97	2	157	47	0	2	50	1.14
27955904--27955952	19	2.5	19	83	9	64	40	0	6	53	1.26
27957748--27957787	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
27957964--27958004	3	14.0	3	89	5	66	29	0	0	70	0.87
27962073--27962112	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
27972528--27972592	30	2.2	28	82	15	78	80	3	10	6	1.01
27983820--27983934	45	2.6	45	80	5	117	42	10	22	24	1.85
27984180--27984232	27	2.0	27	84	0	70	37	18	26	16	1.93
27987483--27987993	257	2.0	256	97	0	959	38	17	15	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27990070--27990164	40	2.4	40	78	3	102	17	28	17	35	1.93
27990803--27990844	2	21.0	2	100	0	84	0	0	50	50	1.00
28000160--28000376	108	2.0	111	97	2	413	41	9	12	35	1.76
28008255--28008296	22	1.9	22	90	9	68	61	0	2	35	1.09
28009958--28010243	147	1.9	147	93	1	493	39	18	8	33	1.82
28013561--28013775	21	10.3	21	75	5	177	15	21	16	46	1.84
28013560--28013756	42	4.7	42	84	5	245	16	21	16	45	1.85
28017153--28017199	21	2.1	21	81	18	60	55	0	0	44	0.99
28017158--28017205	20	2.5	19	80	12	62	60	0	0	39	0.97
28017163--28017205	20	2.1	20	91	4	68	62	0	0	37	0.95
28018305--28018391	42	2.1	42	97	0	165	33	0	19	47	1.50
28021928--28022023	49	2.0	49	100	0	192	36	10	29	23	1.88
28022602--28022642	19	2.2	19	95	0	73	34	7	14	43	1.73
28027950--28027989	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
28027973--28028012	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
28027958--28028024	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
28027952--28028028	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
28029071--28029104	11	3.1	11	91	0	59	47	8	11	32	1.71
28029978--28030011	16	2.1	16	94	0	59	52	0	35	11	1.38
28033537--28033588	20	2.8	18	78	21	63	51	1	1	44	1.23
28048363--28048404	19	2.2	19	86	0	57	38	0	47	14	1.44
28048369--28048433	14	4.3	16	81	18	77	35	0	46	18	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28048394--28048430	7	5.1	7	87	6	56	29	0	45	24	1.53
28050582--28050629	23	2.1	22	85	11	62	56	14	0	29	1.39
28052322--28052359	20	1.9	20	89	10	60	60	5	0	34	1.19
28058941--28059005	14	4.3	16	78	18	68	36	0	44	18	1.50
28061504--28061529	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28063758--28063785	12	2.3	12	100	0	56	92	0	7	0	0.37
28072372--28072448	31	2.5	31	83	6	86	28	3	9	58	1.47
28075156--28075220	21	3.1	21	69	8	60	43	15	20	21	1.88
28075146--28075261	42	2.8	42	83	0	151	46	17	17	18	1.84
28082812--28082967	42	3.7	42	78	4	136	44	16	21	17	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128