genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  67  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21600950--21601090	8	17.6	8	75	15	87	0	59	0	40	0.97
21600956--21601055	18	5.7	18	74	11	73	0	63	0	37	0.95
21600960--21601050	26	3.3	26	83	9	92	0	63	0	36	0.94
21600960--21601054	32	2.9	32	82	3	100	0	64	0	35	0.94
21600978--21601018	14	2.9	14	82	13	57	0	68	0	31	0.90
21601022--21601093	2	38.0	2	81	10	89	0	54	0	45	0.99
21601006--21601093	28	3.2	28	85	7	110	0	55	0	44	0.99
21609023--21609066	22	2.0	22	100	0	88	68	9	13	9	1.40
21614600--21614647	24	2.0	25	84	12	64	45	10	0	43	1.38
21614868--21614905	20	1.9	20	88	0	58	18	26	0	55	1.43
21619005--21619045	20	2.0	20	90	4	64	31	2	14	51	1.56
21622242--21622286	20	2.3	20	80	3	56	17	0	17	64	1.29
21623207--21623403	98	2.0	98	92	0	331	29	9	23	37	1.87
21624804--21624833	15	2.0	15	100	0	60	26	20	33	20	1.97
21629834--21629858	12	2.1	12	100	0	50	36	16	40	8	1.77
21633679--21633708	14	2.1	14	93	0	51	43	13	23	20	1.86
21651771--21651805	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
21652533--21652630	32	3.1	31	86	5	133	45	0	13	40	1.43
21656437--21656467	16	1.9	16	93	0	53	29	12	25	32	1.93
21679395--21679425	14	2.2	14	100	0	62	80	0	12	6	0.89
21679370--21679425	26	2.2	26	83	6	69	73	5	12	8	1.24
21685943--21685985	21	2.0	21	82	8	52	65	9	4	20	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21686241--21686287	24	1.9	25	83	12	62	31	21	2	44	1.64
21686499--21686608	57	1.9	56	87	1	157	29	18	6	46	1.73
21686499--21686628	57	2.3	57	84	5	156	26	17	6	48	1.72
21691254--21691306	21	2.5	21	82	14	72	22	33	5	37	1.78
21691261--21691314	21	2.7	21	86	8	60	27	35	5	31	1.80
21697761--21698023	133	2.0	133	99	0	517	33	12	21	33	1.90
21703446--21703488	21	2.0	21	95	0	77	25	18	25	30	1.98
21706976--21707200	29	7.8	29	76	9	138	39	13	24	23	1.91
21706963--21707203	58	4.2	56	76	7	180	38	14	23	23	1.92
21706999--21707188	87	2.2	86	85	4	265	41	13	23	22	1.89
21707003--21707203	29	7.0	28	73	11	140	40	13	23	22	1.90
21709555--21709634	30	2.7	30	100	0	160	23	2	26	47	1.64
21711532--21712756	610	2.0	610	99	0	2441	30	16	23	30	1.96
21715128--21715289	43	3.8	42	74	8	119	25	14	25	34	1.94
21715200--21715302	43	2.4	42	75	9	109	23	14	27	34	1.94
21718261--21718315	21	2.6	21	88	0	83	30	36	9	23	1.86
21720921--21721193	136	2.0	136	96	0	501	42	12	17	28	1.85
21721497--21721546	21	2.3	21	86	10	66	56	0	0	44	0.99
21730829--21730977	53	2.8	53	83	2	192	31	12	26	29	1.93
21731102--21731366	28	9.5	28	80	0	262	25	16	24	33	1.96
21734297--21734350	20	2.7	21	82	8	76	53	3	1	40	1.29
21734296--21734346	21	2.4	22	87	9	79	52	1	1	43	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21735709--21735774	25	2.6	25	82	0	78	34	21	22	21	1.96
21737257--21737312	22	2.5	22	85	5	78	33	14	26	25	1.94
21738413--21738448	17	2.2	16	90	5	54	2	19	0	77	0.88
21745552--21745674	54	2.3	54	94	0	210	26	15	27	30	1.96
21745907--21745982	29	2.6	30	83	10	95	15	15	26	42	1.87
21750891--21750943	21	2.5	21	90	0	79	7	32	49	11	1.67
21753936--21753972	5	7.4	5	100	0	74	40	0	0	59	0.97
21754151--21754211	19	3.3	18	76	13	61	50	4	1	42	1.33
21755981--21756627	57	11.4	57	84	1	771	34	17	23	25	1.96
21756133--21756616	28	17.1	28	69	12	283	33	17	24	25	1.96
21756574--21756627	28	1.9	28	88	0	81	33	20	20	25	1.97
21775285--21775335	25	2.0	25	100	0	102	21	23	11	43	1.85
21777457--21777497	18	2.2	20	86	8	59	46	0	4	48	1.23
21778135--21778171	15	2.2	18	86	13	53	32	0	10	56	1.34
21778064--21778349	151	1.9	152	79	11	322	43	11	7	37	1.68
21782111--21782140	6	5.0	6	100	0	60	66	0	16	16	1.25
21792134--21792221	42	2.1	42	95	0	158	19	15	26	38	1.92
21793024--21793490	146	3.1	146	78	9	469	42	4	10	42	1.58
21793384--21793432	22	2.3	22	82	10	57	38	4	10	46	1.57
21793473--21793517	23	2.0	22	87	8	65	44	2	11	42	1.52
21806842--21806870	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
21814092--21814402	42	7.2	42	83	6	388	21	19	24	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21814096--21814402	126	2.4	131	86	6	428	21	19	24	34	1.96
21814306--21814402	51	1.9	51	87	8	144	22	18	23	35	1.96
21815199--21815656	148	3.0	150	83	6	559	42	5	10	42	1.61
21816232--21816286	21	2.6	21	85	8	67	20	10	1	67	1.30
21816637--21816836	100	2.0	100	93	0	337	37	5	11	46	1.63
21818666--21818760	45	2.1	45	90	0	154	27	18	23	30	1.98
21826587--21826878	50	5.9	50	83	3	320	26	21	29	22	1.99
21828082--21828320	119	2.0	119	100	0	478	32	15	23	28	1.95
21837225--21837325	49	2.1	49	92	0	166	26	25	6	40	1.81
21837701--21837768	30	2.3	30	92	0	118	14	30	27	26	1.95
21861469--21861502	6	5.7	6	89	0	50	17	23	0	58	1.38
21865252--21865283	14	2.3	14	100	0	64	25	15	6	53	1.65
21884790--21884888	38	2.6	37	84	4	135	38	4	9	48	1.54
21890342--21890508	82	2.0	83	98	1	327	47	10	14	27	1.77
21903686--21903744	25	2.3	27	79	11	77	28	25	18	27	1.98
21903697--21903754	25	2.3	25	96	0	107	29	22	13	34	1.93
21906068--21906100	12	2.8	12	100	0	66	18	0	42	39	1.50
21920653--21920684	10	3.2	10	95	0	55	6	50	0	43	1.27
21921612--21921645	3	11.0	3	93	6	59	0	32	0	67	0.91
21929853--21929895	22	2.0	22	81	4	52	46	4	0	48	1.22
21930821--21930883	30	2.1	30	84	0	81	39	7	20	31	1.81
21931300--21931357	29	2.0	29	100	0	116	48	6	13	31	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21939671--21939727	26	2.2	26	87	6	80	71	8	3	15	1.24
21941476--21941502	6	4.5	6	100	0	54	51	0	14	33	1.43
21941761--21941953	30	6.5	30	75	8	162	35	11	28	24	1.90
21941843--21942091	128	1.9	128	82	1	311	38	15	25	21	1.92
21948279--21948833	306	1.8	306	91	0	923	36	9	16	36	1.82
21949848--21950073	30	7.5	31	74	14	111	37	14	22	25	1.92
21949963--21950032	29	2.4	30	90	2	106	41	12	27	18	1.87
21949721--21950087	179	2.1	179	84	3	470	38	13	23	23	1.91
21949721--21950086	30	12.3	30	73	7	104	38	13	23	24	1.91
21951274--21951314	20	2.0	20	85	0	55	29	7	9	53	1.60
21955469--21955594	27	4.6	28	77	9	102	36	20	21	21	1.95
21957062--21957392	33	10.0	33	100	0	662	27	21	3	48	1.64
21974056--21974258	105	1.9	106	91	3	338	34	20	16	28	1.94
21975295--21975342	3	16.3	3	86	4	71	66	2	2	29	1.14
21977166--21977190	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
21989201--21989316	57	2.0	56	85	6	153	46	6	18	28	1.74
21989201--21989367	51	3.2	51	77	13	135	44	8	19	27	1.80
22009415--22009445	16	1.9	16	93	0	53	74	9	9	6	1.23
22017100--22017859	114	6.7	114	73	8	521	31	18	21	28	1.97
22017984--22018072	39	2.3	39	86	0	124	26	3	23	46	1.68
22020547--22020626	31	2.6	31	86	7	117	18	13	20	47	1.82
22021028--22021553	16	32.4	16	69	21	239	46	19	1	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22021024--22021546	9	61.2	9	70	19	306	46	19	1	32	1.58
22021099--22021137	20	2.0	19	90	5	60	53	12	0	33	1.39
22021119--22021451	34	9.9	32	67	18	115	46	20	1	31	1.58
22021038--22021553	25	20.5	25	78	15	403	47	19	1	31	1.58
22024157--22024447	43	6.8	43	85	3	313	28	18	26	25	1.98
22024157--22024427	85	3.2	87	83	3	320	29	18	26	25	1.98
22024157--22024494	86	4.0	84	81	5	347	28	19	25	26	1.99
22024140--22024494	43	8.3	43	83	3	281	28	18	25	27	1.98
22024151--22024501	85	4.1	84	79	6	244	29	18	24	26	1.98
22034736--22034773	14	2.7	14	84	8	51	0	31	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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