genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  75  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24426810--24426838	6	4.8	6	100	0	58	34	65	0	0	0.93
24429385--24429421	16	2.2	17	95	4	67	86	0	13	0	0.57
24430550--24430592	16	2.7	16	81	0	59	18	27	0	53	1.45
24433936--24433973	20	1.9	20	88	0	58	31	36	5	26	1.79
24435888--24435926	14	2.7	15	84	11	55	38	10	17	33	1.84
24441338--24441385	15	3.3	15	77	11	55	14	25	33	27	1.94
24453134--24453554	69	6.1	69	80	3	355	36	21	20	21	1.95
24453203--24453554	138	2.6	138	79	1	402	37	21	20	20	1.94
24453428--24453583	69	2.3	69	81	1	170	39	21	17	21	1.93
24464350--24465546	595	2.0	595	98	0	2306	30	18	22	28	1.97
24467566--24467608	16	2.6	17	77	7	52	20	9	6	62	1.48
24469316--24469359	7	6.0	7	81	7	52	70	2	11	15	1.26
24470574--24470838	88	3.0	88	90	0	404	30	20	27	22	1.98
24470582--24470826	132	1.9	132	86	1	357	29	21	26	22	1.99
24470578--24470831	44	5.8	44	81	0	310	29	20	27	22	1.98
24470819--24471146	88	3.7	88	91	0	514	27	22	26	24	2.00
24470949--24471079	43	3.1	40	67	23	113	25	25	25	22	2.00
24470851--24471146	44	6.7	43	66	13	163	26	24	25	23	2.00
24471639--24473552	957	2.0	957	99	0	3792	26	16	16	39	1.90
24477302--24477344	20	2.2	19	87	4	59	27	18	11	41	1.85
24490007--24490542	285	1.9	285	95	0	973	23	19	10	46	1.81
24529667--24529717	22	2.3	22	83	6	59	64	9	9	15	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24532559--24532654	35	2.8	35	75	1	104	28	25	15	31	1.96
24542644--24542747	12	10.3	11	72	24	63	59	0	2	37	1.12
24542676--24542772	9	10.2	9	73	12	52	68	0	2	29	1.01
24542644--24542747	39	2.6	39	90	4	165	59	0	2	37	1.12
24542709--24542765	29	1.9	30	85	3	80	64	0	1	33	1.04
24542709--24542766	30	1.9	30	85	0	80	65	0	1	32	1.03
24542644--24542764	38	3.1	39	84	9	151	62	0	2	34	1.08
24576000--24576087	44	2.0	44	97	2	169	39	2	13	44	1.57
24612857--24612897	20	2.0	20	100	0	82	41	9	14	34	1.79
24615044--24615088	23	2.0	23	90	0	72	42	22	6	28	1.79
24615045--24615094	23	2.2	23	85	0	64	46	20	8	26	1.78
24620492--24620518	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
24638199--24638272	9	8.2	9	84	0	67	22	12	24	40	1.88
24638207--24638272	18	3.6	17	83	4	78	25	12	21	40	1.88
24638207--24638272	27	2.4	27	82	5	80	25	12	21	40	1.88
24640681--24640736	15	3.7	14	73	21	51	3	16	1	78	0.97
24652134--24652207	23	3.0	24	82	7	96	54	20	0	25	1.45
24656455--24656971	258	2.0	259	99	0	1027	40	24	9	25	1.85
24660572--24660619	9	5.3	9	79	0	51	29	4	16	50	1.64
24660572--24660619	18	2.7	18	90	0	69	29	4	16	50	1.64
24661936--24661966	12	2.6	12	94	0	53	32	0	12	54	1.38
24667593--24667631	16	2.5	16	95	4	71	38	17	5	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24675391--24675442	25	2.1	25	92	0	86	36	17	15	30	1.91
24680098--24680136	18	2.2	18	86	9	53	17	0	7	74	1.05
24681878--24681919	15	2.8	16	78	10	52	26	0	0	73	0.83
24681886--24681917	5	6.2	5	96	3	55	21	0	0	78	0.76
24682939--24683003	31	2.1	31	85	2	87	43	6	6	44	1.54
24684380--24684501	54	2.3	54	81	11	144	24	29	23	22	1.99
24684380--24684501	27	4.5	26	73	10	102	24	29	23	22	1.99
24684786--24684898	40	2.7	41	78	9	122	34	4	11	49	1.59
24684917--24684985	16	4.3	16	86	0	102	40	5	30	23	1.78
24684918--24684985	32	2.1	32	94	0	118	41	5	29	23	1.78
24684965--24685054	44	2.0	44	86	2	126	28	4	27	38	1.76
24685179--24685242	18	3.4	19	82	10	78	56	4	1	37	1.30
24691776--24691813	9	4.2	9	86	0	58	42	2	36	18	1.64
24692686--24692755	30	2.3	30	100	0	140	58	15	14	11	1.63
24692817--24692850	16	2.1	17	88	5	52	26	29	2	41	1.70
24705173--24705244	21	3.3	21	80	7	74	77	4	2	15	1.03
24705272--24705302	16	1.9	16	93	0	53	74	12	9	3	1.19
24705624--24705649	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
24708004--24708070	34	2.0	34	96	0	125	37	19	8	34	1.83
24717478--24717512	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24717654--24717762	44	2.6	40	74	17	112	33	27	6	32	1.82
24717748--24717783	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24717970--24718005	16	2.2	16	95	0	63	25	0	33	41	1.55
24733666--24734094	213	2.0	213	87	0	617	29	21	14	34	1.93
24734974--24735017	19	2.4	18	77	7	52	70	4	0	25	1.06
24737748--24737857	57	1.9	57	88	3	168	26	25	31	16	1.96
24737759--24737879	57	2.2	56	80	5	138	28	27	27	17	1.98
24739510--24739564	4	13.8	4	100	0	110	25	0	23	50	1.49
24740212--24740265	16	3.6	15	76	18	51	12	20	24	42	1.87
24740865--24740907	17	2.5	17	80	3	50	55	0	2	41	1.12
24742413--24742458	22	2.1	22	84	11	60	19	2	4	73	1.10
24745734--24745758	9	2.8	9	100	0	50	32	20	12	36	1.89
24761188--24761309	31	3.9	31	84	2	156	61	6	11	20	1.52
24768909--24768939	16	1.9	16	93	0	53	74	0	3	22	0.96
24773491--24773569	36	2.2	36	95	0	140	37	12	11	37	1.80
24774534--24774559	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
24777072--24777178	42	2.5	43	83	1	135	28	26	19	25	1.99
24778911--24778971	28	2.2	28	87	0	86	27	31	19	21	1.97
24778919--24778976	28	2.1	28	93	0	98	25	32	22	18	1.97
24779710--24779756	13	3.4	14	80	14	53	53	6	0	40	1.27
24779869--24779905	19	1.9	19	89	10	58	67	8	0	24	1.17
24780461--24780514	28	1.9	28	96	0	99	59	14	5	20	1.55
24789944--24790130	93	2.0	94	98	1	367	35	12	12	39	1.82
24799957--24800000	19	2.3	19	96	0	79	31	13	27	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24800859--24800947	27	3.3	27	90	1	124	25	23	29	21	1.99
24801023--24801115	35	2.7	35	84	0	114	32	17	18	32	1.94
24807128--24807195	16	4.2	16	81	7	84	27	26	2	42	1.70
24814276--24814576	150	2.0	151	99	0	595	30	18	10	39	1.85
24815789--24815826	13	2.8	14	92	8	69	47	28	7	15	1.74
24821189--24821274	40	2.0	44	91	8	144	62	1	2	33	1.15
24821228--24821290	29	2.2	28	86	5	92	71	0	1	26	0.95
24821268--24821293	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
24824395--24824444	16	2.8	18	72	22	52	36	4	6	54	1.44
24826173--24826205	14	2.4	14	94	0	57	51	15	15	18	1.77
24827268--24827337	20	3.5	19	80	9	68	30	8	15	45	1.76
24835045--24835084	21	1.9	21	89	0	62	35	7	15	42	1.75
24840877--24841146	28	9.8	28	87	3	266	37	15	22	23	1.93
24840877--24841146	55	4.9	55	84	5	260	37	15	22	23	1.93
24854402--24854455	26	2.1	26	100	0	108	27	22	18	31	1.97
24856546--24856590	18	2.6	18	86	10	58	60	11	0	28	1.31
24856759--24856957	89	2.2	90	97	0	373	57	13	2	27	1.46
24857070--24857110	19	2.2	19	95	0	73	46	0	36	17	1.48
24860717--24860787	27	2.6	27	88	2	97	39	32	18	9	1.83
24861801--24861880	12	6.8	11	76	19	65	82	0	12	5	0.82
24861814--24861880	6	10.8	6	81	13	75	82	0	13	4	0.82
24861821--24861881	28	2.2	28	88	5	88	83	0	13	3	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24861798--24861881	10	7.9	10	76	10	69	82	0	13	4	0.83
24864843--24864904	25	2.4	25	73	21	58	30	3	6	59	1.38
24871943--24872104	52	3.1	52	67	13	161	50	3	5	41	1.41
24871937--24872146	104	2.0	105	99	0	413	50	2	6	40	1.44
24874922--24875045	39	3.2	39	82	5	137	31	19	33	16	1.94
24875937--24875975	16	2.4	17	83	16	55	23	0	7	69	1.14
24894288--24894345	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
24894301--24894398	19	4.8	19	83	9	115	39	16	7	36	1.76
24894335--24894397	21	3.1	21	88	9	103	39	14	7	38	1.75
24895236--24895603	44	8.5	44	80	6	403	28	23	19	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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