genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  9  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2689252--2689658	159	2.5	156	87	7	417	43	5	8	42	1.56
2692786--2692836	25	2.0	25	81	7	59	50	3	1	43	1.31
2704818--2704858	13	3.1	14	79	10	50	19	17	12	51	1.76
2710559--2710667	57	1.9	57	86	3	157	30	18	27	23	1.98
2710741--2710877	54	2.5	54	96	0	247	27	17	24	30	1.97
2710851--2710979	67	1.9	67	95	0	231	21	19	31	27	1.97
2712181--2712211	11	2.8	11	95	0	53	6	19	22	51	1.69
2719707--2719876	21	8.1	21	70	0	108	40	17	24	17	1.91
2719699--2719853	42	3.7	42	94	0	256	40	19	25	14	1.90
2725024--2725085	25	2.5	26	80	15	69	69	0	1	29	0.98
2725028--2725085	13	4.5	13	77	18	59	70	0	1	27	0.97
2728725--2728765	12	3.2	13	83	13	50	82	4	4	7	0.93
2728740--2728778	21	1.9	20	89	5	60	84	2	2	10	0.81
2729850--2729899	24	2.2	23	82	13	59	34	4	32	30	1.76
2739608--2739654	14	3.3	14	85	11	60	70	0	0	29	0.88
2739618--2739654	15	2.6	15	91	8	60	67	0	0	32	0.91
2740680--2740784	25	4.3	25	81	3	126	22	22	18	36	1.95
2740742--2740785	22	2.0	22	86	0	61	22	25	18	34	1.96
2741652--2741704	23	2.3	23	83	6	72	49	3	1	45	1.31
2743451--2743623	85	2.0	85	97	0	328	50	7	8	33	1.60
2743867--2743928	27	2.1	30	82	11	76	66	1	1	30	1.11
2744173--2744245	21	3.4	22	74	11	62	24	4	2	68	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2744394--2744422	10	2.9	10	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2745297--2745342	17	2.6	17	82	3	56	65	0	4	30	1.12
2747631--2747761	58	2.3	58	89	0	199	40	14	18	26	1.89
2748627--2748666	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
2748730--2748774	18	2.5	18	96	0	81	31	6	6	55	1.52
2748743--2748782	18	2.4	17	87	8	55	42	7	5	45	1.54
2748895--2748928	16	2.1	16	100	0	68	70	11	0	17	1.16
2749268--2749301	16	2.1	16	100	0	68	70	11	0	17	1.16
2758442--2758466	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2761896--2761941	23	2.0	24	95	4	85	47	4	4	43	1.42
2762003--2762040	11	3.3	12	82	14	53	63	0	0	36	0.95
2767976--2768009	17	2.0	17	94	0	59	38	5	17	38	1.74
2772445--2772493	18	2.6	19	83	6	73	34	2	0	63	1.06
2773137--2773250	54	2.1	54	80	6	124	16	33	25	24	1.96
2783511--2783624	54	2.1	54	80	6	124	16	33	25	24	1.96
2788736--2788864	61	2.1	61	97	0	240	41	9	13	34	1.77
2794824--2794874	19	2.6	19	79	14	59	33	0	0	66	0.92
2795530--2795567	18	2.1	18	85	9	51	2	21	0	76	0.91
2796464--2796579	42	2.8	42	82	2	135	28	26	17	27	1.97
2796960--2796993	13	2.4	14	90	9	52	29	8	0	61	1.26
2801746--2801791	23	2.0	23	82	0	56	10	23	23	41	1.86
2802774--2803017	90	2.8	84	75	12	244	42	18	8	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2805202--2805255	19	2.9	19	86	8	67	51	7	1	38	1.41
2805256--2805294	20	2.0	20	100	0	78	56	0	0	43	0.99
2805395--2805422	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
2808104--2808196	32	2.9	32	95	0	168	51	17	3	27	1.60
2808104--2808209	32	3.5	29	82	13	117	51	17	2	27	1.59
2811881--2812002	42	2.9	42	85	7	149	31	27	18	22	1.98
2811881--2812002	43	2.9	42	85	4	156	31	27	18	22	1.98
2825145--2825182	20	2.0	20	85	10	53	39	10	34	15	1.82
2825434--2825473	20	2.0	20	85	0	53	32	20	15	32	1.93
2835155--2836599	44	32.6	44	80	3	1513	32	17	23	26	1.96
2835121--2836599	89	16.7	89	88	2	1942	32	17	22	26	1.96
2835121--2836599	177	8.3	178	87	2	1942	32	17	22	26	1.96
2837300--2837324	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
2842983--2843011	13	2.1	14	93	6	51	62	0	0	37	0.96
2843063--2843162	49	2.1	48	81	10	116	68	5	2	25	1.21
2849309--2849357	21	2.4	21	86	3	64	69	4	2	24	1.17
2851831--2851997	45	3.8	44	75	4	120	42	15	19	22	1.89
2856852--2856881	13	2.3	13	94	0	51	50	20	0	30	1.49
2857611--2857742	40	3.4	38	72	15	99	30	23	19	26	1.98
2857873--2857932	17	3.6	16	73	22	52	51	11	0	36	1.38
2858166--2858221	19	2.9	19	77	15	62	1	30	1	66	1.12
2858168--2858214	12	3.8	12	86	11	60	2	29	0	68	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2858257--2858294	5	7.8	5	94	5	69	57	0	0	42	0.98
2858254--2858326	10	7.3	10	75	17	53	49	2	2	45	1.31
2865428--2865490	26	2.4	26	86	5	92	34	19	7	38	1.81
2866236--2866271	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
2866252--2866342	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
2876883--2876919	2	18.5	2	100	0	74	48	0	51	0	1.00
2878664--2878727	17	3.6	17	72	15	58	28	10	12	48	1.75
2878658--2878726	36	1.9	36	93	0	120	27	10	14	47	1.76
2878931--2879025	48	2.0	48	93	0	163	18	17	22	41	1.91
2880018--2880059	3	14.0	3	100	0	84	0	33	0	66	0.92
2897121--2897194	27	2.7	27	89	4	114	17	25	37	18	1.93
2897411--2897448	19	2.0	19	89	0	58	50	7	5	36	1.54
2897544--2897608	22	2.6	26	88	11	93	52	13	0	33	1.41
2908065--2908112	26	2.0	24	84	12	62	37	0	0	62	0.95
2908342--2908386	14	3.3	14	90	9	67	64	0	35	0	0.94
2908342--2908378	11	3.5	11	82	14	51	62	0	37	0	0.96
2908342--2908382	3	14.3	3	85	10	59	63	0	36	0	0.95
2908330--2908390	14	4.1	15	76	19	58	63	0	36	0	0.94
2908342--2908386	17	2.9	17	87	12	62	64	0	35	0	0.94
2908458--2908483	12	2.2	12	100	0	52	38	0	15	46	1.46
2908552--2908597	21	2.2	21	96	0	83	26	2	10	60	1.41
2910004--2910057	22	2.4	23	84	12	76	1	31	1	64	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2909997--2910057	24	2.7	22	77	7	61	3	31	1	63	1.20
2910118--2910208	27	3.4	27	86	3	121	21	32	23	21	1.98
2910118--2910224	54	2.0	54	81	7	128	24	30	24	20	1.98
2917554--2917600	6	7.8	6	92	0	76	34	31	31	2	1.70
2917921--2917989	28	2.5	28	95	4	124	36	0	8	55	1.31
2918754--2918823	37	1.9	37	88	5	108	25	21	15	37	1.93
2918822--2918912	46	2.0	45	89	2	137	27	24	19	28	1.99
2920295--2920319	11	2.3	11	100	0	50	36	24	8	32	1.84
2932288--2932337	15	3.4	15	91	8	77	42	12	0	46	1.41
2932719--2932744	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
2937932--2937991	30	2.0	29	90	3	93	40	25	3	31	1.72
2945217--2945312	44	2.2	44	81	3	122	19	33	17	29	1.95
2945488--2945527	18	2.2	18	86	0	53	15	35	22	27	1.94
2945505--2945552	25	1.9	25	82	0	60	18	37	18	25	1.94
2945567--2945617	26	2.0	26	92	0	84	17	21	23	37	1.94
2948340--2948419	31	2.6	31	78	2	90	36	11	12	40	1.79
2948648--2948672	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
2955366--2955398	16	1.9	18	88	11	52	45	3	0	51	1.16
2955491--2955543	27	2.0	27	100	0	106	41	5	22	30	1.77
2963829--2963887	29	2.0	29	100	0	118	28	23	10	37	1.88
2965758--2965787	11	2.6	11	94	5	51	36	3	0	60	1.14
2972769--2972793	8	3.1	8	100	0	50	12	24	0	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2972748--2972834	45	1.9	46	83	6	115	29	24	1	44	1.61
2972778--2972852	39	1.9	38	84	7	98	33	22	1	42	1.62
2976807--2976846	18	2.2	18	100	0	80	42	20	17	20	1.89
2982704--2982754	27	1.9	26	88	4	75	23	7	50	17	1.72
2984496--2984616	23	5.3	23	69	18	99	19	9	22	47	1.78
2984483--2984641	46	3.5	46	92	0	264	21	11	20	47	1.81
2984519--2984639	23	5.3	23	69	21	65	20	11	19	47	1.80
2987210--2987254	6	7.5	6	87	0	54	57	4	0	37	1.19
2987210--2987254	18	2.5	18	92	0	72	57	4	0	37	1.19
2987214--2987254	12	3.4	12	93	0	64	56	4	0	39	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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