genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   

This is table  77  of  128  ( 15303 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25250279--25250324	16	2.6	18	86	13	60	23	0	0	76	0.79
25250286--25250343	21	2.7	22	86	2	82	27	0	1	70	0.97
25250291--25250343	22	2.5	20	85	11	70	28	0	1	69	0.99
25268487--25268519	17	1.9	17	88	11	50	30	21	0	48	1.50
25272075--25272121	21	2.3	20	78	10	51	38	0	0	61	0.96
25272414--25272508	46	2.1	46	100	0	190	47	8	8	35	1.64
25272416--25272490	23	3.2	25	62	14	68	46	9	10	33	1.71
25276273--25276334	26	2.4	26	86	5	81	37	14	12	35	1.85
25282534--25282615	23	3.6	23	84	0	110	18	13	23	45	1.84
25282553--25282653	23	4.4	23	77	2	69	24	14	18	41	1.89
25290869--25290909	22	2.0	20	85	9	55	34	7	17	41	1.77
25291430--25291680	81	3.1	81	81	1	288	11	39	20	29	1.87
25291424--25291680	27	9.5	27	85	1	228	10	39	20	29	1.86
25300700--25300794	3	31.7	3	85	0	91	57	1	7	33	1.33
25304744--25304786	14	3.0	14	89	3	59	37	4	2	55	1.33
25305911--25305974	21	3.0	21	88	0	92	10	20	20	48	1.79
25306501--25306540	21	1.9	21	84	0	53	37	7	15	40	1.75
25308591--25308648	20	2.9	21	82	12	68	34	1	5	58	1.30
25308610--25308648	21	1.9	21	89	5	62	33	2	2	61	1.23
25311721--25311788	33	2.1	33	100	0	136	17	29	17	35	1.93
25316818--25316875	30	1.9	30	85	0	80	41	12	3	43	1.59
25320551--25320668	36	3.3	35	91	4	191	20	45	5	27	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25320620--25320807	45	4.2	45	91	0	259	17	50	9	23	1.74
25321325--25321357	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
25329787--25329828	13	3.2	13	74	12	50	11	9	11	66	1.44
25333808--25333932	41	3.3	41	65	19	124	20	35	27	16	1.94
25333802--25333959	73	2.2	73	100	0	316	22	34	27	15	1.94
25341649--25341677	12	2.3	13	94	5	51	68	13	0	17	1.20
25343364--25344068	99	7.1	98	85	4	853	24	20	22	32	1.98
25343644--25343796	49	3.1	49	70	5	164	22	18	24	34	1.96
25343378--25344056	50	13.7	50	67	6	331	24	20	22	31	1.98
25343364--25344068	199	3.6	198	85	2	912	24	20	22	32	1.98
25354232--25354281	24	2.1	24	100	0	100	24	22	20	34	1.97
25356459--25356547	3	30.7	3	72	13	62	61	1	6	30	1.29
25356467--25356496	11	2.8	11	95	5	53	63	0	0	36	0.95
25356460--25356547	25	3.4	27	79	9	83	62	1	6	29	1.28
25356487--25356560	25	2.9	25	84	6	69	60	2	10	25	1.43
25357771--25357815	23	2.0	23	82	4	56	64	6	0	28	1.19
25361044--25361386	104	3.2	106	89	5	523	39	13	17	29	1.89
25362201--25362855	111	6.0	109	82	8	782	38	12	15	32	1.86
25362201--25362855	217	3.0	216	87	5	856	38	12	15	32	1.86
25362783--25362932	83	1.8	79	84	5	201	45	15	9	30	1.77
25363014--25363239	109	2.1	109	90	2	355	27	15	13	42	1.85
25363232--25363263	16	2.0	16	93	0	55	0	21	0	78	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25363825--25363913	44	2.0	45	93	2	153	25	21	15	37	1.93
25364788--25365168	108	3.5	111	88	5	535	39	11	15	33	1.83
25375734--25375768	17	1.9	19	88	11	56	42	5	14	37	1.69
25376945--25376979	17	1.9	19	88	11	56	42	5	14	37	1.69
25381847--25381899	18	2.9	18	80	2	61	43	45	0	11	1.40
25382019--25382077	9	6.6	9	94	0	91	22	11	27	38	1.89
25382119--25382161	14	3.1	14	90	3	61	51	18	6	23	1.70
25390876--25390945	33	2.1	33	86	0	95	24	4	24	47	1.70
25403782--25403864	42	2.0	42	97	0	157	34	16	16	31	1.92
25418215--25418313	28	3.5	29	91	5	150	39	13	0	47	1.42
25418346--25418429	27	3.1	27	91	1	134	25	29	27	17	1.98
25419367--25419423	27	2.2	26	90	3	87	17	26	29	26	1.97
25419467--25419567	29	3.5	29	90	6	161	49	0	11	38	1.40
25424231--25424255	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
25425400--25425550	74	2.0	75	98	1	295	25	22	20	31	1.98
25425631--25426334	88	7.9	88	90	1	1043	28	18	25	26	1.98
25437878--25437910	15	2.2	15	94	0	57	0	27	0	72	0.85
25442628--25442816	101	1.9	101	98	0	369	26	15	16	40	1.89
25443041--25443085	24	1.9	23	81	4	54	15	11	13	60	1.60
25444663--25444735	21	3.6	21	68	7	69	42	0	26	31	1.56
25454324--25454365	17	2.4	18	92	4	68	26	23	9	40	1.85
25460944--25460986	21	2.0	21	100	0	86	32	4	20	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25461895--25461934	21	1.9	21	100	0	80	27	10	22	40	1.86
25462802--25462862	4	15.2	4	96	0	113	50	26	0	22	1.49
25464690--25464811	42	2.9	42	75	9	104	32	24	17	25	1.96
25476357--25476411	27	2.0	28	82	10	69	52	0	1	45	1.11
25476407--25476459	21	2.5	21	81	0	70	39	26	5	28	1.79
25486217--25486274	30	1.9	30	100	0	116	24	3	3	68	1.20
25486220--25486269	12	4.2	12	78	19	50	22	2	2	74	1.03
25494925--25494958	16	2.1	16	88	0	50	5	5	17	70	1.28
25496319--25496366	19	2.6	19	75	15	55	62	0	2	35	1.07
25500328--25500369	18	2.3	18	83	0	57	7	33	11	47	1.68
25504485--25504649	43	3.9	41	79	10	131	41	21	16	20	1.90
25504638--25504662	13	1.9	13	100	0	50	40	32	8	20	1.81
25504595--25504705	56	2.0	56	87	3	161	40	23	15	20	1.90
25507992--25508192	107	1.9	107	88	4	307	35	19	15	29	1.93
25508387--25508441	21	2.6	20	80	8	56	72	3	1	21	1.09
25515344--25515546	101	2.0	101	93	0	343	26	30	12	31	1.92
25521958--25522045	41	2.2	41	91	2	142	39	2	12	45	1.55
25522289--25522344	28	2.0	28	100	0	112	39	3	10	46	1.56
25523969--25524014	23	2.0	23	100	0	92	47	34	0	17	1.48
25527024--25527062	20	2.0	19	90	5	60	33	28	7	30	1.85
25535083--25535311	111	2.1	111	98	0	440	40	6	10	41	1.67
25545735--25545768	17	1.9	18	94	5	61	0	29	38	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25547580--25547622	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
25548473--25548532	21	2.9	20	73	11	59	40	23	20	16	1.91
25551031--25551106	24	3.2	24	77	7	91	42	10	9	38	1.71
25551298--25551352	25	2.2	25	96	3	103	25	21	29	23	1.99
25558247--25558281	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25558243--25558292	15	3.2	16	79	17	52	52	0	0	48	1.00
25558514--25558546	16	2.1	16	100	0	66	21	36	6	36	1.78
25560269--25560329	11	5.5	11	77	11	54	22	27	1	47	1.61
25560305--25560402	51	1.9	51	89	4	153	26	23	3	46	1.66
25562750--25564318	22	72.0	22	81	7	1648	45	30	0	23	1.59
25562750--25564318	43	36.0	44	81	5	1648	45	30	0	23	1.59
25562804--25562858	28	2.0	28	96	0	101	43	36	0	20	1.52
25562806--25562859	14	3.8	15	75	20	62	44	37	0	18	1.50
25563824--25563853	15	2.0	15	93	0	51	50	36	0	13	1.42
25564123--25564157	14	2.4	14	85	4	52	48	34	0	17	1.47
25567252--25567804	251	2.2	250	85	2	734	30	22	16	30	1.96
25567252--25567806	126	4.4	125	82	3	668	30	23	16	30	1.96
25568299--25568387	45	2.0	45	84	0	115	61	4	13	20	1.49
25569949--25570013	30	2.2	29	94	2	112	63	0	3	33	1.10
25569990--25570021	16	2.0	16	93	0	55	71	0	0	28	0.86
25569962--25570035	29	2.5	30	80	14	91	64	0	2	32	1.07
25572189--25572227	20	2.0	20	89	0	60	64	0	2	33	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25575697--25575733	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
25577371--25577495	20	6.2	20	71	14	96	39	6	8	46	1.59
25577339--25577474	57	2.4	57	100	0	272	40	5	9	44	1.59
25577237--25577451	94	2.3	94	80	3	245	42	4	10	42	1.59
25577431--25577496	24	3.0	22	78	8	73	37	7	9	45	1.64
25579336--25579633	147	2.0	147	94	0	524	40	20	13	24	1.89
25579395--25579640	72	3.4	71	69	8	215	37	22	15	24	1.92
25580213--25580252	14	2.9	14	80	0	53	52	27	0	20	1.46
25580221--25580245	7	3.6	7	100	0	50	60	16	0	24	1.36
25580367--25580442	21	3.6	21	71	15	66	51	27	2	18	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128