genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2245607--2245663	22	2.6	23	78	18	75	64	3	7	24	1.34
2246374--2246398	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
2253910--2253950	20	2.0	20	86	9	57	82	2	2	12	0.86
2253909--2253950	16	2.6	17	85	7	52	83	2	2	11	0.84
2261644--2261698	26	2.1	26	89	0	83	20	10	30	38	1.87
2267695--2267736	20	2.1	20	95	0	75	54	0	4	40	1.21
2268234--2268290	18	3.2	18	77	5	53	24	22	22	29	1.99
2274231--2275562	666	2.0	664	91	4	2197	43	7	9	39	1.66
2276138--2276176	14	2.8	13	85	11	51	38	2	2	56	1.27
2281120--2281163	7	6.4	7	94	5	81	29	0	11	59	1.32
2281120--2281163	20	2.1	21	95	4	81	29	0	11	59	1.32
2284518--2284551	13	2.6	13	90	0	50	17	0	2	79	0.86
2290809--2290863	26	2.1	26	96	0	101	20	10	30	38	1.87
2292403--2292458	28	2.0	28	96	0	103	32	23	21	23	1.98
2296638--2296680	21	2.0	21	100	0	86	48	18	4	27	1.68
2308008--2308059	27	2.0	27	85	11	72	30	11	3	53	1.54
2319811--2319870	31	1.9	31	83	6	77	23	8	15	53	1.68
2321305--2321330	10	2.6	10	100	0	52	19	19	0	61	1.35
2326104--2326218	35	3.3	34	80	4	131	53	14	7	23	1.67
2330619--2330651	12	2.8	12	86	4	50	27	0	9	63	1.24
2330901--2331007	43	2.5	43	90	0	160	20	21	28	29	1.98
2340480--2340510	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2340744--2340772	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2349424--2349486	31	2.0	31	84	6	83	38	12	6	42	1.68
2353553--2353592	20	2.0	20	100	0	80	50	0	25	25	1.50
2354982--2355090	36	3.0	36	93	0	182	36	12	20	30	1.90
2355054--2355273	46	4.8	46	89	3	329	35	15	20	28	1.93
2358186--2358238	19	2.8	19	91	0	88	26	28	26	18	1.98
2368745--2368863	39	3.0	40	82	2	159	25	8	19	47	1.77
2370572--2371343	215	3.6	209	78	12	598	34	13	19	31	1.91
2370600--2371360	220	3.5	215	79	10	691	34	13	19	32	1.91
2379219--2379741	221	2.4	221	83	7	642	32	20	13	33	1.91
2380773--2380798	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
2392330--2393337	504	2.0	504	100	0	2016	29	21	23	25	1.99
2403089--2403135	22	2.1	23	88	4	69	51	10	4	34	1.56
2408616--2408661	24	1.9	24	82	8	58	17	26	17	39	1.91
2412682--2412716	15	2.2	16	90	5	54	42	14	0	42	1.45
2414620--2414657	19	2.0	19	100	0	76	26	0	21	52	1.47
2416231--2416270	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
2416254--2416293	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
2416239--2416305	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
2419611--2419668	24	2.4	24	94	0	98	31	6	43	18	1.77
2423481--2423526	21	2.2	21	92	0	74	28	4	23	43	1.73
2429872--2429901	7	4.3	7	95	0	51	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2443445--2443493	23	2.3	21	82	10	55	63	6	2	28	1.30
2445800--2445848	23	2.3	21	82	10	55	63	6	2	28	1.30
2446876--2446924	23	2.3	21	82	10	55	63	6	2	28	1.30
2449614--2449684	30	2.4	31	86	9	103	30	1	5	61	1.27
2450240--2450272	15	2.3	15	89	5	50	36	24	0	39	1.56
2450104--2450360	129	2.0	129	96	0	478	43	21	1	32	1.64
2450953--2451047	24	3.9	25	87	1	113	32	21	26	20	1.97
2451084--2451148	25	2.6	25	95	0	121	41	23	18	16	1.90
2452868--2452920	19	2.7	19	77	16	54	43	9	7	39	1.65
2453771--2453807	17	2.1	19	90	10	60	40	0	0	59	0.97
2454002--2454056	26	2.1	27	82	3	67	29	1	5	63	1.27
2457106--2457146	17	2.3	18	80	16	50	68	2	2	26	1.15
2464153--2464267	56	2.1	56	98	0	221	36	17	4	41	1.69
2464987--2465110	46	2.8	45	88	3	189	29	21	16	33	1.95
2476907--2476946	18	2.2	19	86	4	55	47	5	12	35	1.63
2478760--2478862	38	2.6	40	92	6	174	64	0	2	33	1.09
2478834--2478900	28	2.4	28	71	19	50	71	0	2	25	1.00
2478865--2478897	7	5.0	7	92	7	52	84	0	0	15	0.61
2478867--2478896	6	4.8	6	95	4	51	86	0	0	13	0.57
2488250--2488305	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
2496877--2496906	12	2.5	12	94	0	51	26	0	16	56	1.40
2501863--2501913	24	2.2	23	93	6	86	39	7	0	52	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2508547--2508593	22	2.1	23	88	4	69	48	0	4	46	1.21
2508561--2508606	23	2.0	23	83	8	58	45	0	2	52	1.13
2508545--2508758	104	2.0	105	97	1	403	42	4	9	43	1.57
2508651--2508697	23	2.0	24	88	8	71	53	0	0	46	1.00
2508660--2508710	23	2.3	23	83	10	61	45	0	1	52	1.12
2510092--2510135	16	2.8	16	79	3	54	65	2	0	31	1.05
2510094--2510156	14	4.3	14	74	9	54	63	1	0	34	1.04
2511198--2511224	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2525661--2525690	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
2526345--2526379	18	1.9	18	94	0	61	71	8	11	8	1.31
2526762--2526815	22	2.5	22	93	0	99	16	1	37	44	1.59
2526881--2527185	124	2.5	124	89	1	470	31	18	20	29	1.96
2529849--2529947	50	2.0	51	84	6	130	48	2	22	27	1.61
2529933--2529963	11	2.8	11	100	0	62	48	6	25	19	1.72
2532237--2532280	18	2.4	18	88	7	63	13	20	13	52	1.74
2539157--2539181	11	2.3	11	100	0	50	32	16	8	44	1.76
2541729--2541765	3	12.7	3	94	5	67	67	0	0	32	0.91
2541729--2541761	17	1.9	17	100	0	66	69	0	0	30	0.88
2562251--2562284	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2565069--2565099	15	2.1	15	100	0	62	61	6	6	25	1.45
2572766--2572816	12	4.4	11	81	16	59	76	1	3	17	1.03
2572766--2572815	18	2.8	18	77	17	50	78	2	4	16	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2572766--2572816	24	2.2	23	86	10	68	76	1	3	17	1.03
2578209--2578262	22	2.5	21	76	8	54	38	20	1	38	1.63
2578591--2578638	17	2.8	17	81	12	53	29	27	2	41	1.67
2579253--2579301	22	2.2	23	82	10	66	59	2	0	38	1.09
2581765--2581814	25	2.0	25	100	0	100	36	32	12	20	1.89
2583006--2583063	28	2.1	28	100	0	116	37	12	17	32	1.86
2584500--2584551	23	2.3	24	84	12	67	32	0	5	61	1.20
2587190--2587242	19	2.8	19	80	8	63	58	7	0	33	1.26
2587376--2587421	22	2.1	22	88	8	67	39	2	0	58	1.10
2609133--2609201	20	3.2	21	75	21	63	44	2	1	50	1.25
2609647--2609723	36	2.2	35	86	6	102	45	12	12	28	1.80
2610533--2610591	29	2.0	29	93	0	100	38	11	0	49	1.40
2612523--2612565	19	2.3	19	87	0	59	16	4	25	53	1.62
2613867--2613894	14	2.0	14	100	0	56	7	7	7	78	1.09
2617482--2617604	59	2.1	59	83	6	151	24	16	10	48	1.77
2618256--2618325	35	2.0	35	94	0	122	42	11	14	31	1.81
2632672--2632814	50	2.8	50	83	1	187	27	23	28	20	1.99
2634191--2634224	4	8.5	4	93	0	59	0	26	0	73	0.83
2635108--2635141	12	2.8	12	86	0	50	52	5	0	41	1.25
2637684--2637723	21	2.0	21	85	5	55	32	2	5	60	1.32
2637965--2638111	72	2.0	73	98	1	287	48	4	10	36	1.57
2642190--2642238	9	5.4	9	87	0	62	44	24	6	24	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2642190--2642238	18	2.7	18	87	0	71	44	24	6	24	1.76
2670554--2670604	17	3.0	17	82	5	68	31	43	7	17	1.78
2671468--2671580	21	5.4	21	65	4	66	44	17	23	14	1.86
2671473--2671598	42	3.0	42	90	2	191	44	18	22	15	1.86
2671532--2671597	21	3.1	21	69	4	62	46	19	21	12	1.82
2672935--2672981	24	2.0	24	91	0	76	38	17	4	40	1.69
2678779--2678826	3	16.3	3	95	4	89	68	31	0	0	0.90
2681801--2681914	42	2.7	42	76	10	115	31	28	15	24	1.96
2689252--2689586	159	2.1	159	97	1	636	43	5	8	42	1.58
2689570--2689620	25	2.0	25	81	7	59	50	3	1	43	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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