genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  88  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28915468--28915530	30	2.1	30	93	0	108	58	12	3	25	1.49
28919984--28920023	20	2.0	20	100	0	80	40	5	20	35	1.74
28921355--28921386	14	2.4	14	90	10	50	28	6	0	65	1.16
28922553--28922663	55	2.0	56	98	1	215	45	9	16	29	1.78
28925807--28925841	14	2.4	14	90	4	52	77	2	8	11	1.10
28926033--28926106	19	3.8	19	75	18	71	33	1	4	60	1.24
28929369--28929616	47	5.3	47	70	11	163	41	17	16	24	1.89
28929404--28929518	22	5.1	22	71	11	90	40	20	16	23	1.91
28929473--28929518	21	2.1	21	92	4	74	39	23	17	19	1.92
28929355--28929553	69	2.9	68	88	2	310	41	18	16	24	1.90
28929371--28929573	68	3.0	68	87	2	291	41	17	15	25	1.89
28929522--28929598	26	3.2	26	66	16	74	42	12	16	27	1.85
28929589--28929642	22	2.5	22	81	0	63	35	22	14	27	1.93
28929430--28929688	117	2.2	115	86	4	367	40	17	15	27	1.89
28930307--28930399	42	2.2	43	80	1	107	29	20	17	33	1.95
28938234--28938275	20	2.0	21	86	4	59	61	0	0	38	0.96
28938341--28938395	19	3.0	19	81	5	51	50	0	3	45	1.19
28940589--28940660	16	4.3	17	68	21	53	76	5	18	0	0.97
28941525--28941651	40	3.2	40	77	7	143	25	17	24	32	1.97
28945304--28945746	87	5.1	87	60	22	210	44	9	8	37	1.67
28945177--28945845	174	3.8	174	100	0	1338	46	9	8	35	1.67
28946615--28946844	111	2.1	112	97	2	437	49	1	6	42	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28951835--28951895	21	3.1	21	63	18	58	49	6	14	29	1.69
28951825--28951906	38	2.1	40	95	4	150	48	4	12	34	1.62
28954194--28954256	24	2.6	24	97	0	117	15	25	22	36	1.94
28959012--28959036	12	2.1	12	100	0	50	32	44	0	24	1.54
28961010--28961042	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
28965857--28965937	32	2.4	32	81	6	90	28	11	24	35	1.90
28976849--28976894	14	3.3	14	78	0	56	23	0	34	41	1.55
28979678--28979718	19	2.2	19	95	0	73	48	9	0	41	1.36
28979754--28979787	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
28979784--28979834	25	2.0	25	96	0	93	45	15	1	37	1.58
28979899--28979942	19	2.3	19	92	0	70	47	11	2	38	1.52
28982886--28982946	21	2.9	21	80	9	70	37	16	42	3	1.64
28983403--28983543	42	3.4	42	89	2	203	26	24	20	27	1.99
28983567--28983735	42	4.0	42	89	3	248	21	23	20	34	1.97
28983567--28983735	85	2.0	86	88	3	252	21	23	20	34	1.97
28984183--28984213	12	2.6	12	89	0	53	90	0	9	0	0.46
28988842--28988866	7	3.6	7	100	0	50	36	16	16	32	1.90
28988933--28988966	6	5.8	6	93	6	61	85	0	14	0	0.60
28988933--28988966	17	1.9	18	94	5	61	85	0	14	0	0.60
28991732--28991767	18	2.0	18	89	10	56	44	13	13	27	1.82
29000312--29000358	23	2.0	24	91	8	78	65	0	21	12	1.25
29001533--29001605	8	9.2	8	75	14	71	61	2	1	34	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29001926--29001974	22	2.2	22	85	0	62	57	0	22	20	1.41
29003564--29003603	10	3.8	10	81	12	53	57	5	0	37	1.21
29008871--29009667	44	18.1	44	99	0	1533	22	22	24	29	1.99
29019037--29019075	21	2.0	20	85	14	55	20	23	5	51	1.67
29021067--29021117	27	1.9	26	84	11	68	54	11	9	23	1.66
29026627--29026660	8	4.1	8	88	3	50	47	0	14	38	1.45
29031279--29031389	40	2.8	39	90	4	170	33	25	22	18	1.97
29031449--29031904	41	11.1	41	90	2	702	20	20	29	28	1.98
29031449--29031904	245	1.9	245	90	1	736	20	20	29	28	1.98
29032536--29032582	21	2.2	20	79	17	51	17	4	46	31	1.67
29036807--29037160	43	8.3	42	91	1	429	18	19	34	27	1.95
29037252--29037294	22	2.0	22	95	0	77	39	27	20	11	1.88
29047001--29047040	15	2.7	15	100	0	80	45	22	25	7	1.78
29048374--29048491	43	2.7	43	89	5	168	27	27	19	26	1.99
29048857--29048994	66	2.1	66	93	2	233	15	25	18	41	1.89
29061725--29061947	41	5.4	41	89	1	304	37	27	19	15	1.92
29067316--29067387	10	7.4	10	72	16	53	2	26	0	70	1.00
29067326--29067368	6	7.2	6	80	19	54	2	32	0	65	1.06
29067334--29067378	13	3.4	14	81	9	58	2	31	0	66	1.04
29067332--29067383	20	2.7	19	82	8	61	1	28	0	69	0.99
29073080--29073122	11	3.7	11	88	11	68	51	0	2	46	1.13
29073079--29073115	13	3.0	13	88	11	60	48	0	5	45	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29074696--29074725	15	2.0	15	100	0	60	33	33	13	20	1.91
29075761--29075936	30	5.7	30	80	9	185	44	15	6	32	1.73
29075772--29075936	64	2.7	63	83	7	196	44	15	7	32	1.73
29082872--29083016	60	2.4	60	82	2	182	42	14	6	35	1.72
29082872--29083016	30	4.8	30	82	3	164	42	14	6	35	1.72
29082957--29083027	32	2.2	32	84	0	88	43	8	5	42	1.58
29085997--29086027	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
29092655--29092735	34	2.4	34	89	0	126	40	12	2	44	1.55
29093807--29093837	16	1.9	16	100	0	62	77	6	9	6	1.12
29115535--29115581	24	2.0	24	95	0	85	31	6	4	57	1.43
29118871--29119003	61	2.2	58	85	6	169	42	3	3	51	1.35
29119406--29119436	16	1.9	16	93	0	53	19	29	6	45	1.75
29119502--29120522	347	3.0	347	88	6	1413	32	10	16	40	1.82
29119668--29120669	326	3.0	326	88	6	1333	32	10	16	40	1.83
29121230--29121275	22	2.1	22	91	0	74	50	19	15	15	1.79
29121979--29122115	63	2.2	63	82	2	168	27	23	19	29	1.98
29130958--29131019	28	2.2	27	86	11	81	40	9	1	48	1.46
29131306--29131351	15	3.2	15	80	17	53	10	0	4	84	0.75
29131326--29131355	15	2.0	15	100	0	60	13	0	0	86	0.57
29142201--29142282	42	1.9	43	85	2	112	29	13	28	29	1.94
29143185--29143313	49	2.6	49	93	0	213	31	18	20	29	1.96
29144089--29144138	5	9.8	5	91	4	82	18	2	0	80	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29145522--29145560	19	2.1	19	90	0	60	12	0	2	84	0.72
29145517--29145572	16	3.5	16	82	7	69	14	0	3	82	0.81
29147028--29147087	30	2.0	30	83	6	77	41	18	3	36	1.67
29149389--29149481	30	3.1	29	80	10	107	45	19	6	29	1.75
29149515--29149561	21	2.2	21	81	7	51	25	19	27	27	1.99
29160991--29161161	93	1.8	93	92	0	288	30	14	10	43	1.79
29165901--29166559	113	5.8	115	78	6	585	31	18	23	27	1.97
29165901--29166402	228	2.2	228	81	3	557	32	17	23	26	1.97
29165901--29166556	229	2.9	227	79	3	568	31	18	23	26	1.97
29166663--29166698	18	2.0	18	89	10	56	25	0	5	69	1.10
29167059--29167099	20	2.0	20	85	0	55	14	0	46	39	1.45
29166999--29167155	81	1.9	81	83	5	201	27	0	27	44	1.59
29167579--29167620	7	5.9	7	88	5	66	9	0	47	42	1.36
29167571--29167624	15	3.7	15	75	5	65	7	0	46	46	1.31
29167571--29167624	22	2.5	22	93	0	99	7	0	46	46	1.31
29169287--29169383	42	2.3	43	81	1	106	25	16	24	32	1.96
29169370--29169459	45	2.0	46	93	2	155	23	22	20	34	1.97
29173589--29173630	2	21.0	2	90	0	66	47	2	2	47	1.28
29173805--29173835	1	31.0	1	100	0	62	0	0	0	100	0.00
29179906--29179945	15	2.6	16	92	4	64	50	0	0	50	1.00
29179906--29179945	8	5.1	8	87	6	64	50	0	0	50	1.00
29192191--29192234	23	1.9	22	82	17	54	38	25	0	36	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29192279--29192372	45	2.1	45	89	0	143	32	22	18	26	1.97
29192378--29192513	50	2.7	52	85	5	188	29	27	18	25	1.98
29193024--29193088	33	2.0	33	93	0	112	40	16	10	32	1.84
29193922--29193970	17	2.8	18	74	17	50	36	0	16	46	1.47
29194476--29194520	21	2.1	21	87	0	63	15	28	17	37	1.91
29195763--29195801	19	2.1	19	85	4	53	56	2	15	25	1.52
29197488--29197766	87	3.2	87	84	1	353	36	18	20	24	1.94
29203727--29203791	25	2.6	25	85	4	87	27	23	21	27	1.99
29207498--29207530	16	2.0	17	88	5	50	9	21	3	66	1.33
29209025--29209073	25	2.0	25	88	8	73	26	14	24	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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