genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  86  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28318406--28318828	99	4.3	96	74	8	350	26	24	19	29	1.98
28318582--28318681	52	1.9	51	87	2	146	36	27	18	19	1.94
28318406--28318841	48	8.8	49	79	9	361	26	24	18	30	1.98
28318497--28318783	148	1.9	147	81	6	346	27	25	20	26	1.99
28322979--28323009	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
28326489--28326609	43	2.8	43	81	7	113	24	17	26	31	1.97
28329822--28329847	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
28330581--28330626	9	5.1	9	89	0	74	30	10	10	47	1.73
28330680--28330710	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
28344498--28344535	18	2.1	18	85	9	51	39	7	7	44	1.63
28357455--28357647	29	6.6	29	73	3	109	24	25	11	38	1.89
28357495--28357737	29	8.4	29	73	1	137	25	25	12	36	1.92
28357455--28357728	87	3.1	87	81	0	278	23	26	12	37	1.91
28357513--28357728	58	3.7	57	71	9	159	23	26	12	37	1.90
28362961--28363718	379	2.0	379	100	0	1516	27	18	20	34	1.95
28369540--28369566	13	2.1	13	100	0	54	0	14	14	70	1.17
28371094--28371145	22	2.5	20	80	14	61	25	5	34	34	1.80
28380477--28380511	5	7.0	5	100	0	70	20	0	0	80	0.72
28382062--28382127	23	3.0	22	80	8	80	25	31	0	42	1.55
28382059--28382117	23	2.7	21	85	10	82	25	30	0	44	1.55
28382059--28382130	11	6.7	10	74	13	63	27	30	0	41	1.56
28382059--28382130	21	3.3	21	83	7	90	27	30	0	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28383283--28383382	7	14.3	7	100	0	200	28	0	15	57	1.39
28384432--28384554	34	3.7	34	80	16	159	44	5	4	44	1.49
28384475--28384609	30	4.5	30	64	15	100	43	2	6	46	1.45
28386175--28386478	96	3.2	97	86	1	416	40	19	2	37	1.67
28386501--28386554	14	3.9	14	76	9	56	48	40	0	11	1.39
28386503--28386565	28	2.3	28	91	2	101	44	42	0	12	1.42
28388300--28388330	14	2.2	14	94	0	53	61	6	3	29	1.37
28391081--28391131	24	2.1	24	82	7	59	13	7	0	78	0.96
28391265--28391301	16	2.5	15	87	12	51	2	18	0	78	0.87
28407515--28407573	26	2.3	26	85	2	84	20	25	18	35	1.95
28409236--28409359	36	3.2	36	67	18	106	19	10	20	49	1.78
28409231--28409481	79	3.2	79	93	0	430	21	11	21	45	1.83
28409339--28409460	36	3.2	36	65	18	93	20	8	24	46	1.78
28409356--28409386	16	1.9	16	93	0	53	19	9	29	41	1.83
28410215--28410290	21	3.6	21	87	3	100	11	17	34	36	1.86
28410998--28411167	77	2.2	77	90	0	259	50	22	7	19	1.71
28413346--28413380	6	5.7	6	89	3	52	65	14	0	20	1.26
28413385--28413415	16	1.9	16	93	0	53	54	25	3	16	1.56
28420237--28420289	22	2.4	23	84	6	65	45	28	9	16	1.79
28425864--28425994	25	5.2	25	83	0	163	35	27	12	24	1.92
28425864--28425994	50	2.6	50	88	0	190	35	27	12	24	1.92
28427057--28427121	31	2.1	31	94	0	112	21	16	29	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28431283--28431320	17	2.1	19	85	9	53	78	0	2	18	0.86
28434448--28434512	27	2.4	27	94	0	112	50	29	10	9	1.68
28436303--28436360	30	1.9	30	82	0	71	37	3	17	41	1.66
28436990--28437128	46	3.0	45	85	2	179	34	10	26	28	1.90
28441380--28441436	24	2.3	24	79	11	62	24	26	17	31	1.97
28445495--28445528	12	2.8	12	87	12	52	55	26	0	17	1.42
28455377--28455535	78	2.0	79	98	1	311	32	3	8	54	1.49
28471040--28471093	13	4.4	13	72	13	60	27	1	20	50	1.59
28471030--28471099	36	1.9	36	100	0	140	27	2	20	50	1.62
28471044--28471089	23	2.0	24	82	4	58	26	2	21	50	1.60
28472376--28472526	33	4.6	33	80	1	171	16	19	18	45	1.86
28474973--28475014	18	2.4	18	84	11	52	42	7	0	50	1.30
28481016--28481058	11	3.7	12	79	14	54	34	0	0	65	0.93
28481016--28481087	11	6.2	13	75	16	52	34	1	2	61	1.19
28483362--28483990	43	14.6	43	80	1	596	21	17	21	39	1.92
28483396--28483970	87	6.7	86	78	4	413	21	16	21	40	1.91
28483389--28483990	130	4.6	130	82	3	676	21	16	21	40	1.91
28483471--28483990	173	3.0	173	84	3	600	21	16	21	40	1.91
28485654--28485944	50	5.7	50	85	2	321	27	17	29	26	1.98
28488356--28488401	16	2.6	17	80	19	51	45	0	32	21	1.52
28490050--28490095	3	15.7	3	95	4	85	34	0	0	65	0.93
28492479--28492631	42	3.6	42	84	1	144	16	24	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28492513--28492640	42	3.0	43	86	6	172	15	24	17	42	1.88
28492534--28492643	21	5.2	21	64	6	69	16	26	18	39	1.91
28492523--28492640	43	2.8	42	86	7	166	16	24	18	40	1.90
28496384--28496409	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
28498376--28498431	21	2.7	21	91	0	94	28	8	35	26	1.87
28498883--28498921	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
28502660--28502703	6	7.2	6	84	5	61	40	0	59	0	0.98
28502660--28502712	24	2.2	24	86	0	70	41	0	58	0	0.98
28505208--28505278	28	2.5	28	97	0	133	21	26	26	25	1.99
28505631--28505752	27	4.5	26	82	10	122	22	18	18	40	1.92
28505627--28505766	54	2.6	53	84	8	160	22	17	19	40	1.91
28505658--28505763	27	3.9	27	86	4	126	21	17	17	42	1.89
28517240--28517289	11	4.7	10	80	9	55	50	2	24	24	1.60
28517240--28517289	5	9.4	5	81	12	55	50	2	24	24	1.60
28519390--28519460	34	2.1	35	97	2	135	39	15	2	42	1.62
28531785--28531820	18	2.0	18	100	0	72	33	0	0	66	0.92
28531929--28532021	44	2.1	44	90	6	143	36	26	4	32	1.76
28532003--28532058	16	3.5	16	90	0	94	28	26	7	37	1.83
28538177--28538208	11	2.9	11	100	0	64	0	18	18	62	1.33
28550016--28550106	29	3.1	29	65	13	78	45	16	9	28	1.79
28549997--28550128	59	2.2	59	94	0	228	37	18	12	30	1.89
28550253--28550325	29	2.4	30	81	6	85	28	2	12	56	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28550366--28550436	19	3.8	19	74	17	69	40	1	2	54	1.23
28568539--28568738	93	2.2	90	80	12	219	37	15	9	38	1.79
28568903--28569000	10	10.4	9	68	19	58	64	3	2	30	1.20
28568911--28569000	19	4.8	19	73	17	64	64	3	1	31	1.17
28568917--28569000	29	2.9	29	71	15	75	63	3	1	32	1.19
28570252--28570339	44	2.0	44	86	0	122	39	9	4	46	1.56
28573153--28573219	30	2.2	30	79	12	75	31	7	22	38	1.82
28577677--28577743	30	2.2	30	82	12	84	29	8	22	38	1.85
28580711--28581018	142	2.2	142	90	2	483	27	21	19	32	1.97
28580828--28580924	44	2.2	44	81	3	115	24	21	20	32	1.97
28595487--28595529	22	2.0	22	90	0	68	11	20	23	44	1.84
28595601--28595892	43	6.8	43	81	2	291	29	29	17	22	1.97
28597460--28597611	76	2.0	77	96	1	279	46	13	13	26	1.80
28599885--28599932	23	2.0	24	84	8	62	27	6	8	58	1.51
28600524--28600561	7	5.3	7	90	3	58	34	50	0	15	1.45
28600516--28600633	22	5.5	22	79	10	109	41	38	0	20	1.52
28600516--28600585	14	4.8	15	80	7	56	37	45	0	17	1.48
28601306--28601349	7	6.1	7	84	5	61	43	31	0	25	1.55
28601312--28601356	14	3.1	14	87	6	63	42	35	0	22	1.54
28601320--28601361	22	1.9	22	85	0	57	45	30	0	23	1.53
28601769--28601861	41	2.3	41	98	0	177	26	29	22	21	1.99
28601769--28601887	41	2.9	40	91	2	166	26	26	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28601875--28601992	40	3.0	39	75	9	123	23	18	17	39	1.92
28601858--28601967	39	2.8	40	78	9	111	24	19	18	38	1.93
28601858--28601980	40	3.1	40	76	10	119	23	17	18	39	1.92
28609184--28609224	21	2.0	21	85	0	55	31	0	2	65	1.05
28616263--28616301	2	19.5	2	94	0	69	0	53	0	46	1.00
28617227--28617268	7	6.1	7	97	2	77	69	0	0	30	0.89
28621418--28621568	71	2.1	74	87	3	218	25	21	25	27	1.99
28621302--28621704	186	2.1	187	88	4	607	27	20	24	27	1.99
28621486--28621918	115	3.8	111	85	6	598	24	21	26	27	1.99
28621491--28621928	228	1.9	227	95	1	797	25	21	25	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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