genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  7  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1978784--1979220	114	3.7	114	85	7	499	16	8	45	29	1.77
1980555--1980599	23	2.0	23	82	8	56	57	13	8	20	1.62
1980896--1980975	29	2.7	30	84	7	101	31	12	15	41	1.84
1980896--1980985	29	3.0	29	80	3	90	32	12	14	41	1.83
1984546--1984576	10	3.1	10	95	0	53	51	12	19	16	1.76
1985266--1985478	105	2.0	106	99	0	419	37	21	15	26	1.93
1988240--1988286	24	2.0	24	83	8	60	27	23	4	44	1.72
1993513--1993547	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1993633--1993667	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1993753--1993787	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1993873--1993907	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1993993--1994027	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1994088--1994134	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
1993489--1994207	120	6.0	120	98	0	1357	46	6	2	44	1.44
1997392--1997453	23	2.7	23	89	0	97	22	19	25	32	1.97
2001636--2001672	7	5.4	7	84	15	51	62	2	0	35	1.10
2001636--2001678	14	3.2	12	87	12	50	65	2	0	32	1.06
2001641--2001678	19	2.0	19	85	10	51	65	2	0	31	1.06
2009567--2010477	356	2.6	354	86	4	1193	24	24	17	34	1.96
2014926--2014982	20	2.9	20	74	12	55	29	7	5	57	1.47
2015027--2015086	9	6.7	9	72	12	52	35	3	0	61	1.12
2018205--2018267	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2020508--2020536	6	4.8	6	100	0	58	0	13	34	51	1.42
2021315--2021350	14	2.6	14	100	0	72	30	0	13	55	1.39
2025175--2025369	97	2.0	97	86	0	273	34	21	14	29	1.93
2025910--2025947	15	2.5	15	91	0	58	23	28	7	39	1.83
2026291--2026334	17	2.8	15	83	12	61	29	6	4	59	1.44
2026267--2026340	23	3.5	23	75	22	90	28	6	4	60	1.40
2027183--2027238	25	2.3	24	76	11	60	51	5	1	41	1.35
2027626--2027668	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
2028197--2028232	7	5.3	7	96	3	65	61	11	0	27	1.30
2030352--2030382	15	2.1	15	100	0	62	32	12	0	54	1.38
2031479--2031510	12	2.7	12	90	0	55	56	25	18	0	1.42
2034816--2034840	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2039794--2039837	22	2.0	22	86	4	63	15	9	11	63	1.51
2040931--2040986	28	2.0	28	92	0	94	48	5	8	37	1.58
2043759--2043843	42	2.0	41	88	2	125	38	5	14	41	1.70
2045827--2045860	3	11.3	3	93	0	59	29	0	2	67	1.05
2045960--2046039	35	2.3	34	80	8	90	37	11	2	48	1.52
2047653--2047701	20	2.6	18	80	6	53	40	22	6	30	1.78
2049866--2049933	33	2.1	33	100	0	136	36	20	19	23	1.95
2052644--2052754	58	1.9	59	83	9	147	33	21	19	25	1.97
2055509--2055624	38	3.1	38	79	7	128	33	20	19	25	1.97
2056146--2056215	35	2.0	35	91	0	113	51	4	2	41	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2061611--2061855	123	2.0	123	86	3	341	44	10	14	30	1.78
2062392--2062448	25	2.3	23	86	13	87	70	0	0	29	0.88
2062382--2062443	18	3.5	18	76	12	65	67	0	0	32	0.91
2064136--2064162	13	2.1	13	100	0	54	22	0	37	40	1.54
2066530--2066569	17	2.4	17	91	8	64	30	10	12	47	1.74
2067380--2067425	17	2.5	19	76	23	53	50	0	6	43	1.28
2067510--2067569	30	2.0	31	90	3	95	43	0	36	20	1.52
2067674--2067734	30	2.0	31	90	3	97	36	0	44	19	1.51
2080610--2080667	25	2.3	25	90	3	98	50	13	3	32	1.59
2080739--2080783	20	2.4	19	85	7	56	26	2	4	66	1.22
2081828--2081994	45	3.7	45	80	4	142	28	17	25	28	1.98
2081892--2081994	44	2.3	45	85	5	129	26	20	28	25	1.99
2092693--2092723	13	2.4	13	94	0	53	45	0	0	54	0.99
2095957--2096000	18	2.3	19	85	14	56	34	2	2	61	1.21
2100662--2100704	20	2.1	21	86	4	61	55	4	0	39	1.20
2102451--2102574	59	2.1	57	79	8	133	15	20	13	50	1.77
2103096--2103181	40	2.2	39	80	12	95	24	8	4	62	1.42
2102646--2103817	622	1.9	622	99	0	2335	26	14	16	43	1.85
2103718--2103803	40	2.2	39	80	12	95	24	8	4	62	1.42
2105104--2105179	40	1.9	40	83	5	100	21	27	27	23	1.99
2110484--2110548	27	2.4	26	82	7	76	23	32	33	10	1.89
2110587--2110650	11	6.5	11	76	20	54	60	0	39	0	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110596--2110679	18	4.3	19	72	15	64	63	0	36	0	0.95
2110587--2110666	22	3.4	22	78	15	72	63	0	36	0	0.94
2110625--2110677	14	4.0	14	74	18	51	66	0	33	0	0.92
2110591--2110703	34	3.1	36	76	11	99	66	0	33	0	0.92
2111439--2111859	137	3.0	137	92	2	666	52	7	10	29	1.62
2114177--2114584	77	5.3	77	95	0	744	39	12	10	38	1.76
2116493--2116521	12	2.4	12	100	0	58	48	0	10	41	1.37
2118049--2118607	44	12.7	44	75	7	494	24	22	19	33	1.97
2118058--2118607	88	6.3	88	96	0	933	25	22	19	33	1.97
2118614--2118974	44	8.1	45	76	2	352	27	24	17	31	1.97
2118614--2118974	89	4.1	89	91	0	578	27	24	17	31	1.97
2118993--2119455	132	3.5	132	93	0	764	27	23	19	29	1.98
2120755--2120803	13	3.6	14	81	8	57	18	22	0	59	1.38
2123219--2123270	27	1.9	27	92	0	86	17	21	38	23	1.93
2124673--2124714	19	2.2	19	83	8	50	40	9	21	28	1.84
2128907--2128950	3	14.7	3	95	0	79	31	2	0	65	1.05
2130025--2130417	196	2.0	196	100	0	786	31	18	21	29	1.97
2130677--2130714	9	4.2	9	93	0	67	47	13	10	28	1.76
2130719--2130777	29	2.0	29	96	0	109	37	8	0	54	1.31
2136526--2136674	77	1.9	76	93	1	253	40	10	9	40	1.71
2137539--2137582	13	3.2	13	77	22	54	36	22	11	29	1.89
2138708--2139918	152	8.0	151	81	9	1371	31	10	7	51	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2139234--2139271	18	2.1	18	85	9	51	31	0	0	68	0.90
2140269--2140329	24	2.7	23	85	7	79	0	26	0	73	0.83
2140231--2140331	34	2.9	33	76	20	100	0	31	0	68	0.90
2140264--2140324	28	2.2	27	85	8	79	0	27	0	72	0.85
2148593--2148680	44	2.0	44	84	8	117	36	21	17	25	1.94
2150084--2150119	18	2.0	18	89	10	56	69	5	0	25	1.10
2150088--2150127	18	2.2	19	86	4	55	70	5	0	25	1.08
2152076--2152129	25	2.1	26	83	10	67	22	16	3	57	1.55
2162784--2162819	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
2175855--2175879	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2176874--2176930	19	3.0	19	75	10	62	36	3	5	54	1.40
2177269--2177322	25	2.1	26	83	10	67	22	16	3	57	1.55
2184662--2184716	22	2.4	23	84	3	76	32	9	10	47	1.70
2185051--2185145	46	2.1	46	97	0	181	32	14	21	31	1.93
2186306--2186346	20	2.0	20	90	0	64	12	14	39	34	1.84
2187939--2187989	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
2189962--2190012	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
2191355--2191727	188	2.0	189	96	0	685	28	24	10	35	1.89
2193213--2193275	21	3.0	20	75	9	63	19	19	15	46	1.85
2193183--2193335	42	3.7	42	77	7	152	18	20	17	43	1.88
2193197--2193357	42	3.9	42	76	11	134	17	21	17	43	1.88
2205444--2205558	57	2.0	57	94	0	203	33	19	8	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2206413--2206546	42	3.1	42	77	7	144	32	24	15	27	1.96
2206497--2206669	48	3.6	48	84	3	240	28	22	18	30	1.97
2206837--2206920	32	2.7	30	83	10	114	46	15	8	29	1.75
2210535--2210624	44	2.0	44	95	0	162	28	4	31	35	1.77
2210544--2210612	22	3.1	22	62	22	54	30	2	28	37	1.72
2210554--2210628	22	3.3	24	66	21	70	33	4	26	36	1.75
2210962--2210997	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
2227409--2227433	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
2239399--2239424	13	2.0	13	100	0	52	30	30	7	30	1.85
2244667--2244867	106	1.9	106	98	0	393	30	18	19	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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