genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  47  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14852279--14852346	29	2.3	29	84	0	91	36	11	26	25	1.90
14852335--14852406	29	2.5	29	84	8	94	38	13	30	16	1.88
14852332--14852524	30	6.5	30	76	8	164	38	13	24	23	1.91
14852364--14852529	90	1.9	89	83	3	217	39	13	22	24	1.91
14856491--14856554	18	3.3	20	81	14	66	26	34	4	34	1.77
14856501--14856560	18	3.3	18	81	6	77	23	31	6	38	1.81
14856508--14856586	36	2.2	35	82	13	90	26	32	7	32	1.85
14860366--14860559	51	3.8	50	76	8	187	28	14	25	30	1.95
14866057--14866637	296	2.0	296	90	0	921	35	13	21	29	1.91
14875505--14875666	42	3.8	43	73	9	118	32	24	17	25	1.97
14875836--14875927	26	3.4	26	68	16	78	41	11	4	42	1.61
14875816--14875902	26	3.0	30	65	19	76	41	14	4	39	1.67
14875816--14875927	56	2.0	56	94	0	197	41	14	4	40	1.66
14879774--14879937	42	3.9	40	71	15	127	33	26	17	22	1.96
14884870--14885105	27	8.7	27	77	10	207	41	19	15	23	1.90
14884882--14885107	81	2.8	81	81	4	233	40	21	15	22	1.90
14886139--14886171	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
14886482--14886529	19	2.4	21	76	16	66	54	8	2	35	1.42
14891617--14891845	110	2.1	110	97	1	433	44	8	5	41	1.58
14910184--14910239	27	2.1	27	89	0	85	50	5	33	10	1.60
14921506--14921553	20	2.4	20	86	6	62	6	31	22	39	1.79
14927360--14927421	20	3.1	20	90	0	97	8	27	19	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14929036--14929123	34	2.6	33	85	7	117	31	5	15	46	1.70
14929118--14929343	92	2.5	90	84	6	294	29	19	22	28	1.98
14929118--14929300	48	3.9	48	85	5	257	30	18	22	28	1.97
14929122--14929369	48	5.5	43	75	16	173	30	19	21	28	1.98
14932878--14932917	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91
14942506--14942552	19	2.4	20	89	3	69	0	8	10	80	0.89
14943795--14943830	4	9.8	4	82	17	51	25	0	0	75	0.81
14943795--14943836	7	6.0	7	91	8	68	26	0	0	73	0.83
14943800--14943844	21	2.3	20	85	11	58	28	0	0	71	0.87
14943803--14943845	14	3.2	13	90	6	50	27	0	0	72	0.85
14947320--14947357	9	4.3	9	90	6	51	39	0	0	60	0.97
14959092--14959120	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
14964846--14964879	17	2.0	17	88	0	50	35	14	8	41	1.77
14965126--14965224	27	3.7	27	76	6	94	38	16	21	24	1.93
14966705--14966737	17	2.1	17	88	11	52	51	0	6	42	1.26
14984025--14984094	20	3.5	20	96	0	122	22	25	0	51	1.48
14985564--14985589	12	2.2	12	100	0	52	42	34	0	23	1.54
14997374--14997410	5	7.4	5	100	0	74	40	0	0	59	0.97
15000067--15000260	51	3.9	50	75	7	187	29	28	17	23	1.97
15000075--15000258	100	1.8	101	84	4	255	30	27	17	23	1.97
15005862--15005997	50	2.7	50	88	3	193	29	29	16	25	1.96
15007704--15007753	26	1.9	26	88	8	75	40	10	16	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15009144--15009251	27	4.0	27	81	2	110	29	21	15	33	1.94
15011153--15011637	247	2.0	247	86	1	686	31	4	22	41	1.75
15014171--15014211	16	2.6	16	80	11	57	19	0	4	75	0.98
15038362--15038400	20	2.0	20	84	0	51	23	35	0	41	1.55
15040641--15040711	35	2.0	35	97	0	133	25	21	25	28	1.99
15041439--15041463	12	2.1	12	100	0	50	44	16	16	24	1.86
15042356--15042389	17	2.0	17	88	0	50	61	8	11	17	1.54
15049992--15050024	17	1.9	17	100	0	66	57	12	12	18	1.64
15053916--15053956	21	2.0	21	90	0	64	14	14	29	41	1.86
15061214--15061332	45	2.6	45	84	2	150	24	14	25	36	1.93
15061214--15061359	45	3.2	45	79	5	143	25	13	26	34	1.93
15076110--15076190	25	3.3	23	77	12	81	32	17	19	30	1.95
15076116--15076237	50	2.4	50	83	2	138	32	17	18	31	1.94
15076119--15076209	25	3.6	25	76	8	78	32	16	17	32	1.93
15076166--15076246	25	3.2	25	72	10	76	32	16	19	32	1.94
15078723--15078910	50	3.8	49	83	6	225	20	30	21	27	1.98
15078723--15078939	50	4.2	51	78	14	196	21	30	21	26	1.98
15085462--15085709	50	4.8	50	89	4	327	20	30	23	25	1.98
15086963--15086992	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
15093403--15093468	25	2.6	25	82	0	78	25	18	25	30	1.98
15116702--15116805	29	3.6	29	88	5	156	40	12	0	47	1.41
15116872--15116938	27	2.5	27	95	0	116	28	29	26	14	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15116987--15117118	22	5.6	23	78	12	126	65	0	34	0	0.93
15117061--15117117	16	3.5	16	79	13	55	70	0	29	0	0.88
15116973--15117117	18	7.1	20	71	24	108	66	0	33	0	0.92
15117046--15117182	49	2.9	46	79	14	108	70	0	29	0	0.93
15117080--15117182	44	2.3	44	82	12	115	69	0	29	0	0.94
15116973--15117182	40	5.0	41	76	13	148	67	0	31	0	0.94
15117010--15117183	75	2.2	80	81	14	189	67	0	31	0	0.95
15117005--15117181	84	2.1	84	80	10	191	67	0	31	0	0.95
15117186--15117223	19	2.0	20	90	10	62	34	0	5	60	1.19
15124414--15124466	26	2.0	26	85	7	72	47	7	1	43	1.42
15124601--15124644	3	14.7	3	100	0	88	68	31	0	0	0.90
15124717--15124755	20	2.0	21	85	10	55	66	7	0	25	1.18
15124897--15124999	27	3.8	27	90	0	152	16	28	29	26	1.97
15125069--15125167	29	3.5	28	82	8	121	49	2	10	38	1.48
15127955--15128055	47	2.1	47	80	3	114	30	18	15	34	1.93
15130469--15130750	41	6.8	41	78	7	282	23	17	24	35	1.95
15130468--15130763	84	3.6	84	88	1	427	23	17	23	35	1.95
15135470--15135556	36	2.3	38	80	5	97	29	27	3	39	1.73
15137297--15137321	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
15140577--15140878	43	7.1	43	78	4	225	26	19	22	31	1.97
15140660--15140877	84	2.6	85	80	2	242	26	18	22	32	1.97
15143828--15144241	115	3.6	115	89	0	594	27	20	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15151576--15151605	13	2.3	13	100	0	60	0	20	0	80	0.72
15151576--15151613	14	2.8	13	85	14	51	0	21	0	78	0.74
15155904--15155938	1	35.0	1	94	0	61	0	2	0	97	0.19
15156566--15156630	17	3.4	19	70	18	53	63	0	1	35	1.04
15156702--15156751	16	3.1	16	75	13	57	28	0	6	66	1.15
15165223--15165263	21	1.9	22	90	5	66	56	0	7	36	1.27
15169187--15169261	38	2.1	36	82	7	89	18	16	20	45	1.86
15169196--15169272	38	2.0	38	92	0	127	16	16	18	48	1.82
15170701--15170756	16	3.5	16	85	4	78	30	23	7	39	1.81
15170927--15170976	19	2.6	18	78	12	55	54	6	2	38	1.37
15172680--15172716	6	6.3	6	87	6	58	16	2	0	81	0.81
15172680--15172714	11	3.1	11	87	4	52	14	2	0	82	0.77
15172683--15172715	17	1.9	17	100	0	66	12	3	0	84	0.72
15173317--15173380	3	21.3	3	76	12	60	28	3	3	65	1.23
15173318--15173356	20	2.0	20	85	10	53	25	5	2	66	1.25
15177549--15177605	8	6.8	8	80	11	69	85	1	0	12	0.66
15177549--15177604	17	3.2	17	89	2	85	87	1	0	10	0.62
15177622--15177660	6	6.3	6	83	16	53	79	0	20	0	0.73
15178653--15178705	9	5.9	9	78	8	54	73	0	26	0	0.83
15178788--15178904	43	2.7	44	82	5	132	30	13	29	26	1.94
15180029--15181829	50	36.1	50	68	5	870	33	23	19	23	1.97
15180636--15181122	251	1.9	251	82	1	609	33	24	19	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15180536--15181215	351	1.9	349	82	2	853	33	23	20	22	1.97
15180792--15181818	99	10.3	98	85	2	1142	33	23	20	22	1.97
15181920--15182115	95	2.1	95	90	1	304	28	16	25	29	1.97
15183626--15183689	3	21.3	3	76	12	60	28	3	3	65	1.23
15183627--15183665	20	2.0	20	85	10	53	25	5	2	66	1.25
15183946--15183984	18	2.2	18	86	13	55	20	0	5	74	1.01
15187581--15187738	32	5.0	32	84	1	183	41	18	15	24	1.89
15187581--15187739	64	2.5	64	87	1	221	41	18	15	23	1.89
15187729--15187778	26	1.9	26	91	0	82	38	28	20	14	1.91
15187782--15187846	27	2.4	27	85	7	80	32	21	23	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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