genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168015.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_27, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15675301

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7823577--7823668	46	2.0	47	89	2	141	35	4	14	45	1.64
7823779--7824081	110	2.7	111	73	16	262	34	7	14	42	1.75
7824128--7824198	17	4.1	17	78	3	61	33	14	9	42	1.78
7824202--7824238	18	2.1	18	89	0	56	43	5	13	37	1.67
7824292--7824344	18	2.9	18	75	8	54	30	11	13	45	1.78
7824617--7824673	12	4.8	12	76	6	62	22	3	12	61	1.46
7824725--7824771	24	2.0	24	86	0	67	63	4	19	12	1.44
7829405--7829451	23	2.0	23	95	0	85	25	14	17	42	1.87
7830069--7830155	42	2.1	41	82	6	104	44	5	2	47	1.39
7835789--7835854	12	5.4	12	75	20	57	36	0	0	63	0.95
7835791--7835848	26	2.2	27	76	14	68	32	0	0	67	0.91
7835803--7835846	16	2.5	18	85	10	56	36	0	0	63	0.95
7835817--7835846	10	3.1	10	95	4	53	40	0	0	60	0.97
7835803--7835852	25	2.0	26	92	4	84	36	0	0	64	0.94
7840441--7840471	16	2.0	16	93	6	55	6	0	25	67	1.14
7842673--7842703	16	1.9	16	100	0	62	45	16	0	38	1.47
7850107--7850142	18	1.9	18	88	5	54	11	8	2	77	1.08
7855393--7855425	16	1.9	18	88	11	52	48	12	6	33	1.65
7860068--7860114	25	1.9	24	91	4	76	4	14	2	78	0.99
7863500--7863536	7	4.8	8	93	6	51	89	0	10	0	0.49
7863500--7863535	10	3.3	11	92	7	56	91	0	8	0	0.41
7864010--7864092	20	4.2	19	81	6	94	25	2	12	60	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7865997--7866050	27	2.1	25	82	6	63	46	3	7	42	1.49
7869775--7869818	23	2.0	22	86	4	61	11	13	0	75	1.06
7870403--7870444	23	1.9	21	85	9	57	40	7	9	42	1.65
7877029--7877186	53	3.0	52	77	7	140	29	15	8	46	1.75
7878271--7878305	17	2.0	18	88	5	54	17	0	5	77	0.96
7879732--7879774	19	2.2	20	80	12	54	76	2	16	4	1.05
7880571--7880656	28	3.0	28	80	10	102	39	3	3	53	1.35
7880782--7880833	25	2.0	26	82	10	63	57	0	1	40	1.10
7881443--7881487	23	2.0	23	82	8	56	44	0	4	51	1.21
7881940--7881971	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
7887646--7887680	8	4.4	8	88	0	52	60	0	0	40	0.97
7897373--7897552	51	3.7	48	77	8	177	28	11	7	52	1.64
7897952--7897982	16	1.9	16	93	0	53	74	3	0	22	0.96
7900065--7900264	64	3.2	64	78	6	176	41	13	11	34	1.81
7900089--7900298	64	3.3	63	76	9	196	40	15	10	34	1.81
7900017--7900296	62	4.5	62	72	13	180	38	15	10	36	1.80
7903104--7903189	34	2.5	34	73	14	95	37	12	10	39	1.78
7904069--7904104	18	2.0	18	94	0	63	11	41	27	19	1.85
7905263--7905308	23	2.0	23	100	0	92	17	17	21	43	1.88
7906231--7906285	25	2.2	24	84	15	69	63	1	3	30	1.22
7906334--7906368	16	2.2	16	100	0	70	62	0	0	37	0.95
7907328--7907360	12	3.0	11	87	12	50	51	3	0	45	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7910536--7910711	64	2.8	64	88	0	264	33	12	20	33	1.90
7915984--7916097	60	1.9	59	89	5	176	26	12	7	53	1.65
7919920--7919964	22	2.0	23	83	12	58	11	24	0	64	1.26
7919916--7919964	24	2.1	23	85	7	64	10	24	0	65	1.23
7923461--7923500	18	2.2	18	86	0	53	45	0	0	55	0.99
7941889--7941930	2	21.0	2	95	0	75	47	50	0	2	1.14
7942677--7942791	22	5.2	22	78	2	115	52	6	7	33	1.57
7942921--7942962	22	1.9	22	85	0	57	50	7	9	33	1.62
7942944--7943133	22	8.8	22	68	10	77	50	5	8	35	1.58
7943139--7943262	22	5.7	22	71	12	76	42	10	8	37	1.71
7943203--7943261	21	2.7	22	78	5	75	45	11	8	33	1.71
7943852--7943916	22	3.0	22	81	4	60	47	9	3	40	1.51
7943867--7943933	22	3.1	21	81	14	66	50	5	4	38	1.47
7944138--7944203	22	3.0	22	77	4	71	42	6	9	42	1.61
7944050--7944237	95	2.0	95	80	6	211	44	6	10	38	1.65
7944229--7944318	11	8.2	11	74	0	81	48	4	7	38	1.52
7944229--7944344	22	5.3	22	79	0	115	46	4	8	40	1.54
7944163--7944375	44	4.8	44	74	1	140	47	5	7	38	1.56
7944636--7944683	20	2.3	20	80	13	53	54	2	4	39	1.32
7944834--7944901	20	3.1	20	76	21	57	48	0	1	50	1.10
7944861--7944901	20	2.0	22	85	9	59	46	0	0	53	1.00
7968837--7968861	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7972411--7972458	24	2.0	24	87	0	69	72	6	2	18	1.15
7979290--7979331	18	2.4	18	88	7	61	80	2	0	16	0.81
7980607--7980679	35	2.1	35	89	0	110	24	15	16	43	1.86
7984484--7984511	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
7986396--7986425	14	2.1	14	93	0	51	30	36	20	13	1.90
7986937--7986963	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7988394--7988420	14	1.9	14	100	0	54	37	22	11	29	1.89
8001095--8001160	34	1.9	34	84	6	89	34	19	19	25	1.96
8001980--8002247	129	2.1	129	90	2	414	39	19	17	22	1.92
8003836--8003869	14	2.5	14	90	4	52	26	0	5	67	1.13
8005406--8005436	10	3.1	10	90	0	53	80	6	0	12	0.89
8009198--8009243	22	2.1	22	88	8	67	45	0	0	54	0.99
8009186--8009288	47	2.1	47	82	12	118	47	2	0	48	1.23
8009530--8009585	20	2.6	21	81	10	60	5	14	1	78	1.00
8009527--8009601	25	3.0	23	79	14	71	4	16	1	78	0.96
8012425--8012489	30	2.2	30	88	0	94	16	47	18	16	1.83
8018722--8018776	29	2.0	26	86	10	74	50	1	0	47	1.11
8023754--8023830	12	6.4	12	76	19	72	68	0	0	31	0.90
8023756--8023831	22	3.5	21	75	5	71	69	0	0	30	0.88
8023754--8023835	21	3.8	22	74	9	71	69	0	0	30	0.89
8023766--8023829	26	2.4	26	84	7	76	68	0	0	31	0.90
8024693--8024821	16	8.2	15	67	20	68	31	0	4	63	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8024690--8024820	3	42.3	3	71	22	69	32	0	4	63	1.15
8024694--8024820	48	2.6	50	74	18	140	32	0	4	62	1.15
8025820--8025877	10	5.7	10	80	11	64	15	5	1	77	1.02
8025891--8026145	59	4.1	65	82	11	225	47	6	10	35	1.64
8025975--8026145	59	2.9	58	88	6	247	44	6	12	36	1.69
8026183--8026208	13	2.0	13	100	0	52	15	0	7	76	0.99
8029996--8030037	12	3.6	12	93	3	68	83	0	14	2	0.75
8029990--8030042	12	4.5	11	90	6	61	83	0	13	3	0.79
8029997--8030058	12	4.6	13	78	17	65	82	0	12	4	0.82
8029991--8030056	21	3.2	21	77	18	59	80	0	13	6	0.89
8030030--8030062	16	2.1	16	88	11	50	75	0	15	9	1.03
8029987--8030058	18	3.8	20	76	14	71	79	0	13	6	0.93
8031292--8031401	39	2.7	39	91	6	168	19	20	20	40	1.91
8031345--8031452	54	2.0	54	98	0	207	16	21	24	37	1.93
8031405--8031711	41	7.5	41	87	3	447	23	16	22	38	1.93
8031399--8031711	83	3.8	81	88	3	441	22	16	22	38	1.93
8031946--8031989	9	4.7	10	86	13	51	27	0	6	65	1.17
8031951--8032016	16	4.1	15	75	11	60	28	0	3	68	1.05
8031946--8032066	38	3.2	39	73	18	112	31	0	5	61	1.25
8032574--8032620	19	2.5	19	96	0	85	31	21	21	25	1.98
8033061--8033140	22	3.6	21	74	14	63	18	2	1	77	0.95
8033061--8033131	11	6.7	11	77	7	51	18	2	1	77	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8033075--8033147	6	11.7	6	72	22	53	16	4	1	78	0.98
8033072--8033133	26	2.3	25	86	13	88	14	3	1	80	0.91
8033088--8033147	26	2.3	25	86	11	77	16	3	1	78	0.97
8033229--8033399	58	2.9	57	89	6	263	43	7	12	36	1.72
8033435--8033460	13	2.0	13	100	0	52	15	0	7	76	0.99
8038142--8038174	16	2.1	16	88	11	50	27	0	0	72	0.85
8038312--8038336	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8057234--8057327	2	47.0	2	100	0	188	0	50	0	50	1.00
8058128--8058174	21	2.2	21	81	7	51	65	6	2	25	1.27
8058377--8058411	18	1.9	18	88	0	52	65	0	5	28	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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