genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168015.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_27, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15675301

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8688469--8688497	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
8701223--8701259	2	18.5	2	100	0	74	48	0	51	0	1.00
8701853--8701880	14	2.0	14	100	0	56	21	7	0	71	1.09
8708683--8708782	44	2.3	45	80	5	132	49	7	4	40	1.49
8709446--8709502	29	2.0	29	86	3	80	52	7	0	40	1.28
8710522--8710556	17	2.1	17	88	0	52	62	2	5	28	1.32
8711975--8711999	13	1.9	13	100	0	50	80	4	8	8	1.03
8715125--8715192	11	6.4	10	73	10	55	79	2	14	2	0.97
8715118--8715179	20	3.2	19	74	14	54	77	3	17	1	0.98
8716196--8716243	24	2.0	24	100	0	96	12	16	12	58	1.63
8732405--8732495	44	2.1	44	91	0	146	32	21	2	42	1.65
8737723--8737756	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
8740524--8740585	31	2.0	31	93	0	106	43	6	12	37	1.69
8740526--8740600	31	2.5	31	84	6	100	42	8	13	36	1.73
8754267--8754302	19	1.9	18	88	5	54	41	13	5	38	1.68
8754477--8754506	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
8754760--8754873	61	1.9	61	87	3	169	41	7	11	39	1.70
8755177--8755210	2	17.0	2	87	0	50	44	0	2	52	1.16
8761402--8761433	16	2.0	16	93	0	55	59	0	6	34	1.23
8761429--8761469	20	2.0	20	86	9	57	65	0	0	34	0.93
8763582--8763624	5	9.0	5	87	5	54	79	18	2	0	0.85
8763588--8763625	18	2.1	18	90	9	60	84	15	0	0	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8763582--8763638	28	2.0	29	82	3	71	78	14	7	0	0.94
8765157--8765204	23	2.1	23	100	0	96	37	12	16	33	1.86
8770974--8771111	59	2.4	57	75	15	138	32	8	11	47	1.71
8771934--8771988	27	2.1	25	86	6	74	50	0	3	45	1.19
8772340--8772364	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
8772982--8773011	6	5.0	6	91	0	51	80	0	20	0	0.72
8785124--8785162	19	2.0	20	90	5	62	43	0	2	53	1.14
8785124--8785169	19	2.4	19	85	10	58	43	2	2	52	1.25
8787273--8787298	7	3.7	7	100	0	52	76	0	23	0	0.78
8801286--8801329	21	2.1	21	83	8	54	61	2	4	31	1.28
8801719--8801747	15	1.9	15	100	0	58	27	0	3	68	1.05
8802116--8802190	31	2.5	31	86	2	98	44	8	9	38	1.66
8802286--8802340	21	2.7	19	78	15	65	32	23	20	23	1.98
8822472--8822503	16	2.0	16	93	0	55	25	12	15	46	1.81
8823665--8823703	19	2.1	19	90	0	60	43	0	20	35	1.52
8824316--8824418	30	3.6	30	80	6	108	37	5	2	53	1.40
8827074--8827111	18	2.1	18	90	0	58	26	23	0	50	1.50
8828109--8828167	20	3.0	20	94	0	100	18	30	28	22	1.97
8828456--8828488	11	2.8	12	86	9	50	18	0	0	81	0.68
8828804--8828874	31	2.3	31	85	4	99	21	23	25	29	1.99
8828938--8828982	19	2.4	19	92	0	72	24	31	22	22	1.99
8829202--8829244	5	8.6	5	85	10	61	20	44	34	0	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8829202--8829256	15	3.5	15	85	9	67	20	43	34	1	1.62
8829269--8829301	17	1.9	17	93	0	57	12	0	6	81	0.85
8829330--8829632	155	1.9	157	91	1	502	30	14	16	37	1.89
8833262--8833333	16	4.3	17	81	8	67	80	0	13	5	0.88
8833277--8833342	23	2.8	24	75	13	66	80	0	15	4	0.87
8833311--8833340	8	3.8	8	90	0	51	80	0	10	10	0.92
8833597--8833639	16	2.7	16	96	0	77	13	23	0	62	1.31
8834579--8834671	37	2.5	38	77	12	102	27	17	20	34	1.95
8834716--8834964	39	6.6	39	87	9	342	23	17	20	38	1.93
8834768--8834964	79	2.5	80	94	4	346	22	17	21	37	1.94
8835117--8835160	20	2.3	19	84	7	61	18	34	27	20	1.96
8835455--8835487	12	2.9	12	86	13	52	21	0	0	78	0.75
8835803--8835873	31	2.3	31	85	4	99	21	23	25	29	1.99
8835937--8835981	19	2.4	19	92	0	72	24	31	22	22	1.99
8836201--8836238	5	7.6	5	82	11	51	21	44	34	0	1.52
8836265--8836291	10	2.7	10	100	0	54	14	0	7	77	0.97
8836329--8836631	155	1.9	157	93	1	520	30	14	17	37	1.89
8840924--8840957	6	5.8	6	96	3	61	52	11	17	17	1.73
8842318--8842357	19	2.0	21	85	9	57	42	17	5	35	1.71
8843645--8843865	38	6.2	38	70	13	164	35	6	8	49	1.59
8843622--8843924	141	2.2	139	98	1	581	33	6	9	51	1.59
8843685--8843911	35	6.5	34	69	19	119	34	5	8	50	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8844074--8844110	11	3.5	11	88	3	58	81	2	8	8	0.97
8844919--8844969	17	3.1	16	81	10	59	84	1	7	5	0.85
8844915--8844969	22	2.5	22	77	13	60	83	1	7	7	0.87
8845112--8845170	20	3.0	20	76	16	61	62	0	1	35	1.05
8845609--8845653	21	2.2	21	84	4	56	24	2	2	71	1.09
8847020--8847054	16	2.2	16	89	0	52	48	0	0	51	1.00
8847915--8847958	23	1.9	23	81	9	54	15	11	0	72	1.11
8856582--8856637	2	28.0	2	100	0	112	0	50	0	50	1.00
8856824--8856935	52	2.1	53	88	1	163	30	10	19	39	1.86
8858246--8858305	30	2.0	31	80	6	70	46	1	1	50	1.21
8858495--8858536	2	21.5	2	90	4	68	50	0	0	50	1.00
8858536--8858569	17	1.9	18	88	5	52	35	2	5	55	1.39
8861397--8861449	27	1.9	27	85	11	72	64	0	5	30	1.17
8861847--8861895	21	2.3	21	86	10	64	59	10	2	28	1.41
8862298--8862346	22	2.2	23	85	10	66	61	4	0	34	1.15
8862309--8862356	25	1.9	25	83	8	62	68	2	0	29	1.01
8862813--8862846	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
8863520--8863583	25	2.5	25	87	5	83	64	0	1	34	1.03
8863534--8863577	17	2.6	17	77	0	52	65	0	0	34	0.93
8865073--8865119	24	2.0	24	95	0	85	34	4	14	46	1.64
8867135--8867159	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8867458--8867525	28	2.4	29	85	7	88	35	2	0	61	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8867550--8867705	30	5.1	30	82	6	156	55	3	1	39	1.27
8867912--8867959	20	2.4	20	92	0	78	20	8	27	43	1.80
8868079--8868126	19	2.5	19	77	12	53	22	4	10	62	1.44
8868092--8868217	3	41.7	3	67	16	55	30	2	7	58	1.39
8869008--8869055	25	2.0	24	83	4	60	22	2	2	72	1.05
8869032--8869084	22	2.6	21	79	11	65	16	3	5	73	1.17
8869312--8869548	104	2.3	104	85	0	339	43	13	6	35	1.70
8871974--8872017	23	1.9	23	85	0	61	47	0	0	52	1.00
8873119--8873172	26	2.1	26	86	6	74	29	9	27	33	1.88
8873434--8873489	26	2.2	25	84	12	78	48	0	5	46	1.25
8873975--8874015	13	3.2	13	83	12	50	70	0	0	29	0.87
8886615--8886681	32	2.1	32	94	0	116	43	10	5	40	1.63
8886620--8886671	16	3.2	16	73	10	61	42	9	5	42	1.61
8888664--8888697	16	2.1	16	100	0	68	58	17	5	17	1.57
8891130--8891161	14	2.4	14	90	10	50	37	12	9	40	1.75
8891545--8891635	31	3.0	29	75	10	83	32	6	10	49	1.64
8892761--8892833	31	2.4	31	88	2	103	46	9	6	36	1.63
8894643--8894679	19	1.9	19	94	0	65	27	5	0	67	1.12
8894994--8895039	17	2.8	16	83	3	56	17	10	4	67	1.37
8901241--8901275	17	1.9	19	88	11	56	17	2	0	80	0.84
8903111--8903360	125	2.0	125	92	0	419	34	17	13	34	1.89
8912754--8912796	11	3.6	12	84	9	52	76	2	18	2	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8913813--8914006	42	4.7	41	81	8	225	25	9	20	44	1.81
8913813--8914006	83	2.4	80	86	5	264	25	9	20	44	1.81
8913989--8914024	18	2.0	18	94	0	63	19	16	25	38	1.92
8913907--8914102	98	2.0	98	100	0	392	25	9	23	41	1.84
8914024--8914098	39	1.9	38	86	2	105	28	5	24	42	1.76
8914007--8914173	41	4.1	41	78	11	191	23	9	22	43	1.83
8914450--8914513	5	11.8	5	78	18	58	23	1	1	73	1.01
8914454--8914513	12	4.8	12	85	6	75	23	1	1	73	1.01
8914450--8914513	18	3.8	18	84	10	75	23	1	1	73	1.01
8914450--8914512	6	10.3	6	78	8	56	22	1	1	74	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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