genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168015.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_27, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15675301

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762542--762881	184	1.8	184	84	1	466	19	27	29	24	1.98
763412--763464	26	2.0	26	81	0	61	32	20	16	30	1.95
763252--763624	185	2.0	186	83	4	468	21	24	28	25	1.99
763768--763872	26	4.0	26	96	0	183	30	27	16	25	1.96
764657--764709	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
769811--769863	26	2.0	26	88	0	79	24	26	22	26	2.00
769843--770336	157	3.1	157	75	6	489	19	27	30	22	1.98
771509--771561	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
771590--772207	158	3.8	159	73	7	403	20	27	29	22	1.98
771280--777468	672	9.1	668	71	11	2536	20	26	29	23	1.99
772351--772728	158	2.4	159	75	7	365	18	25	30	24	1.98
772865--772917	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
772664--773475	368	2.2	368	91	0	1302	19	27	29	23	1.98
773233--773285	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
773259--773760	158	3.2	157	79	3	576	19	27	30	22	1.98
773734--773784	26	2.0	26	92	0	84	29	25	17	27	1.98
773579--773946	185	2.0	184	87	2	524	21	28	27	22	1.99
774579--774631	26	2.0	26	88	0	79	26	22	16	33	1.96
774934--774986	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
775079--775492	158	2.6	159	75	3	420	21	25	29	24	1.99
775692--776063	159	2.3	158	77	7	351	18	28	30	22	1.97
776296--776346	26	2.0	26	96	0	93	27	23	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776966--777475	158	3.2	156	73	6	418	20	26	28	23	1.99
776392--777468	317	3.4	313	72	11	845	20	27	28	23	1.99
777441--777493	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
778061--778113	26	2.0	26	85	7	72	32	28	16	22	1.96
778562--778614	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
778650--779102	158	2.9	156	85	5	563	18	27	30	23	1.98
778004--779338	513	2.6	510	80	5	1355	20	27	29	22	1.99
779075--779127	26	2.0	26	88	0	79	24	22	22	30	1.99
779455--779507	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
779481--780667	317	3.7	318	83	3	1305	20	27	29	22	1.98
779481--780480	158	6.3	158	75	6	826	20	27	29	22	1.98
780818--781174	159	2.3	158	77	8	373	19	26	30	22	1.98
781286--781337	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
782009--782060	26	2.0	26	88	7	79	28	26	17	26	1.97
782071--782536	158	2.9	159	76	5	415	19	25	30	24	1.98
782510--782562	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
784188--784240	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
785665--785707	21	2.0	21	100	0	86	23	27	20	27	1.99
785669--785715	21	2.2	21	92	0	76	25	27	21	25	1.99
790702--790754	26	2.0	26	85	0	70	26	26	18	28	1.98
791565--791617	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
791868--792604	317	2.3	315	78	6	774	19	27	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792957--793009	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
793299--793351	26	2.0	26	89	7	81	24	26	20	28	1.99
794020--794072	26	2.0	26	85	0	70	32	26	16	24	1.97
794742--794794	26	2.0	26	85	0	70	26	24	20	28	1.99
794768--795270	159	3.2	157	80	7	575	18	27	30	23	1.98
795244--795296	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
795137--795501	197	1.9	197	82	3	466	21	26	26	24	1.99
795587--796003	160	2.6	159	77	6	434	19	25	30	24	1.98
796326--796378	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
796352--796852	158	3.2	155	77	8	499	19	25	29	24	1.99
797714--797766	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
801303--801871	158	3.5	158	75	5	469	19	26	29	24	1.98
801857--801909	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
801164--802602	672	2.1	668	81	4	1638	20	26	29	24	1.99
802542--802593	26	2.0	26	88	3	79	26	25	21	26	1.99
802812--802864	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
804518--804933	159	2.6	159	77	3	444	19	27	28	24	1.98
804909--804959	26	2.0	26	88	7	77	27	25	15	31	1.96
804997--805303	171	1.8	170	82	2	400	21	26	28	23	1.99
805277--805327	26	2.0	26	88	0	75	31	23	15	29	1.95
805776--805828	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
804342--806052	869	2.0	869	82	4	2081	21	26	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805802--806169	170	2.2	171	80	3	402	22	26	28	23	1.99
806303--806353	26	2.0	26	88	0	75	31	31	11	25	1.92
806037--806697	343	1.9	342	80	4	778	20	26	28	24	1.99
807651--807990	184	1.8	184	85	2	477	23	26	26	23	2.00
808115--808167	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
808148--808630	158	3.1	154	75	8	441	19	26	30	24	1.98
809016--809068	26	2.0	26	82	7	63	28	26	16	28	1.97
809042--809434	159	2.5	156	77	8	400	20	26	30	22	1.98
809868--809923	26	2.2	26	90	6	87	30	25	17	26	1.97
810035--810399	158	2.3	157	75	5	358	21	25	26	26	1.99
810372--810424	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
811087--811136	26	1.9	26	95	0	91	26	28	20	26	1.99
811188--811553	159	2.3	158	80	4	407	18	25	30	25	1.98
812252--812304	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
812437--812489	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
812179--812844	185	3.5	184	77	8	626	20	26	27	24	1.99
812630--812685	26	2.2	26	90	0	85	30	25	17	26	1.97
812723--813161	159	2.8	159	85	4	523	19	28	29	23	1.98
813478--813528	26	2.0	26	88	7	77	29	21	15	33	1.94
814200--814252	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
814936--814988	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
821481--821533	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821507--821911	159	2.6	158	79	5	417	24	29	27	18	1.98
821992--822043	27	1.9	27	85	14	72	26	23	23	26	2.00
822480--822531	26	2.0	26	85	7	70	28	19	21	30	1.97
822509--822933	159	2.7	157	78	7	432	24	29	28	17	1.97
824717--824769	26	2.0	26	81	0	61	24	20	24	30	1.99
825073--825123	26	2.0	26	84	0	66	27	15	29	27	1.96
825424--825502	26	3.0	26	90	3	124	29	17	24	29	1.97
826321--826698	159	2.4	158	75	10	369	23	30	27	18	1.98
826798--826850	26	2.0	26	85	0	70	26	18	28	26	1.98
827665--827717	26	2.0	26	85	0	70	24	16	30	28	1.97
827861--827913	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
828671--828723	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
828163--828744	324	1.8	324	84	2	803	23	28	26	20	1.99
829389--829438	26	1.9	26	92	8	84	36	20	20	24	1.95
830333--830385	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
831559--831611	26	2.0	26	92	0	88	24	20	28	26	1.99
831584--832150	171	3.4	171	77	10	523	23	29	26	20	1.98
833001--833466	158	2.9	158	77	7	433	24	30	25	18	1.98
833479--833529	26	2.0	26	84	0	66	27	15	25	31	1.96
833880--834382	158	3.2	157	75	7	478	23	30	27	18	1.98
834356--834408	26	2.0	26	89	7	81	26	16	26	30	1.97
837229--837281	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837254--837612	158	2.3	158	79	6	413	24	30	25	18	1.98
837729--837781	26	2.0	26	85	0	70	22	16	28	32	1.96
838110--838162	26	2.0	26	89	7	81	33	18	20	26	1.96
842183--842292	33	3.5	30	75	21	93	76	0	13	10	1.02
842182--842291	40	2.8	40	83	6	127	76	0	13	10	1.02
842184--842291	8	13.6	8	76	13	107	76	0	12	10	1.01
843297--843555	42	6.1	42	87	6	364	24	16	23	35	1.95
843769--843808	16	2.5	16	88	12	64	17	0	2	80	0.83
843770--843808	8	4.9	8	84	12	53	15	0	2	82	0.79
843770--843817	23	2.0	24	84	4	62	16	2	2	79	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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