genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168015.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_27, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15675301

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2686049--2686098	17	2.9	17	77	14	50	86	4	8	2	0.78
2687362--2687705	33	10.5	33	82	6	409	29	20	16	33	1.95
2687359--2687705	66	5.3	66	86	5	465	29	20	16	33	1.95
2687362--2687705	131	2.6	131	88	7	486	29	20	16	33	1.95
2688493--2688559	23	3.0	23	80	2	82	25	25	20	28	1.99
2688497--2688564	22	3.0	22	78	2	73	26	23	20	29	1.99
2688625--2688692	23	3.0	22	84	2	91	26	25	20	27	1.99
2688493--2688769	133	2.1	133	86	2	378	24	23	17	35	1.95
2688671--2688899	87	2.6	88	84	5	331	20	21	17	39	1.93
2689085--2689125	13	3.1	14	79	13	59	75	9	0	14	1.04
2691250--2691302	26	2.0	26	92	0	88	28	24	22	24	2.00
2690518--2695698	900	5.9	857	83	6	5891	26	23	24	26	2.00
2693009--2693061	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
2695672--2695724	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
2695942--2695981	14	2.8	15	81	11	57	77	10	0	12	0.99
2695950--2695983	12	2.6	13	90	9	52	76	8	0	14	1.01
2695948--2696001	22	2.5	22	75	6	56	79	9	1	9	1.00
2702318--2702349	15	2.1	16	94	5	57	87	0	12	0	0.54
2703613--2703956	33	10.5	33	83	7	416	29	20	16	33	1.95
2704876--2704945	23	3.0	22	79	4	77	27	22	20	30	1.98
2704659--2705025	134	2.8	132	83	3	427	24	21	16	37	1.94
2704923--2705154	88	2.6	87	84	3	313	22	21	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2706255--2706321	17	3.9	18	70	14	52	23	0	2	73	0.97
2706699--2706763	17	3.9	17	78	9	71	52	27	0	20	1.47
2710710--2710762	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
2710022--2711638	885	1.8	894	86	5	2366	27	23	22	26	2.00
2710877--2712466	828	1.9	807	83	7	2025	28	24	22	25	1.99
2712890--2712942	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
2713787--2713839	26	2.0	26	85	7	72	28	26	20	24	1.99
2712855--2715157	909	2.6	889	83	5	2918	26	23	23	26	2.00
2716735--2716787	26	2.0	26	92	0	88	26	15	26	32	1.95
2715437--2716851	708	2.0	701	84	4	1839	27	22	22	27	1.99
2717639--2717715	26	3.0	26	92	0	118	27	19	23	29	1.98
2718563--2718615	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
2716138--2721103	900	5.5	896	85	5	6238	26	23	23	26	2.00
2721313--2721391	26	3.0	26	96	0	140	27	25	20	26	1.99
2726573--2726651	26	3.0	26	96	0	140	26	25	20	27	1.99
2728874--2728932	27	2.2	27	81	6	66	55	6	11	25	1.60
2726599--2731508	896	5.5	892	84	5	6028	26	24	23	25	2.00
2730167--2730219	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
2733218--2733270	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
2731922--2755906	895	26.4	894	73	11	13313	25	24	24	25	2.00
2734979--2735031	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
2735866--2735918	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2736751--2736803	26	2.0	26	92	0	88	30	20	20	28	1.98
2734101--2740436	889	7.1	885	85	3	7933	26	24	23	26	2.00
2737640--2737692	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
2741505--2741557	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
2741908--2741990	31	2.7	31	94	0	139	38	16	14	30	1.89
2742459--2742511	26	2.0	26	88	0	79	28	24	22	24	2.00
2743445--2743483	19	2.1	19	100	0	78	20	51	23	5	1.67
2742485--2755843	898	15.0	896	84	5	15762	25	24	24	26	2.00
2746234--2746286	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
2747086--2747136	26	2.0	26	100	0	102	23	25	23	27	2.00
2748880--2748932	26	2.0	26	81	0	61	30	22	16	30	1.96
2750673--2750725	26	2.0	26	88	0	79	26	20	22	30	1.98
2747059--2755900	896	10.0	896	87	3	11454	25	23	24	26	2.00
2759525--2759603	26	3.0	26	98	0	149	26	25	21	26	1.99
2760274--2760326	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
2762942--2762994	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
2760191--2766774	896	7.4	891	84	4	8245	25	23	24	25	2.00
2764728--2764777	26	1.9	26	91	0	82	26	22	22	30	1.99
2766493--2766545	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
2766973--2767025	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
2773781--2773833	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
2774666--2774718	26	2.0	26	85	0	70	28	16	22	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2773696--2775917	884	2.5	883	87	2	3116	24	24	25	26	2.00
2775551--2775603	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
2775854--2775976	59	2.1	59	95	0	219	27	14	21	36	1.92
2778774--2778826	26	2.0	26	92	0	88	28	20	22	28	1.99
2779669--2779721	26	2.0	26	88	0	79	32	24	15	28	1.95
2777487--2787598	895	11.4	892	85	3	12773	25	23	24	26	2.00
2783221--2783273	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
2784996--2785048	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
2793339--2793417	26	3.0	26	90	0	122	29	22	20	27	1.98
2799182--2799234	26	2.0	26	92	0	88	26	20	20	32	1.98
2800967--2801019	26	2.0	26	81	0	61	30	24	15	30	1.95
2801857--2801909	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
2798581--2804394	890	6.5	893	84	5	7251	26	23	23	26	2.00
2803630--2803682	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
2800075--2804394	884	4.8	886	85	5	5373	26	23	24	25	2.00
2808341--2808393	26	2.0	26	81	0	61	26	20	22	30	1.98
2809235--2809287	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
2813082--2813134	26	2.0	26	85	0	70	28	20	20	30	1.98
2814849--2814901	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
2812178--2815897	885	4.2	887	85	3	4862	26	23	24	25	2.00
2817103--2817154	26	2.0	26	88	0	77	28	23	21	26	1.99
2818884--2818936	26	2.0	26	88	0	79	30	22	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2817103--2821444	897	4.9	886	86	3	5676	26	23	23	26	2.00
2819781--2819833	26	2.0	26	96	0	97	30	24	18	26	1.98
2821510--2821536	10	2.7	10	100	0	54	11	40	25	22	1.87
2821600--2821664	26	2.5	26	100	0	130	29	27	15	27	1.96
2830170--2830222	26	2.0	26	85	0	70	30	22	18	28	1.98
2831946--2831998	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
2828335--2832777	884	5.0	881	84	4	5754	26	23	24	26	2.00
2836911--2837333	45	9.4	45	72	7	189	21	29	26	21	1.99
2836864--2837197	90	3.7	90	72	2	267	20	30	27	21	1.98
2836876--2837263	180	2.2	180	84	2	512	20	29	27	21	1.98
2837357--2837480	45	2.8	45	81	0	158	20	29	28	20	1.98
2836866--2837480	90	6.8	90	72	5	256	20	29	27	21	1.98
2837091--2837469	135	2.8	135	76	4	368	20	29	27	22	1.98
2845297--2845902	171	3.5	170	76	7	431	24	28	25	20	1.99
2846417--2846444	11	2.5	11	100	0	56	17	32	25	25	1.97
2846593--2848056	45	32.3	45	68	10	277	19	31	28	21	1.97
2847084--2847453	193	1.9	193	89	1	580	21	31	27	19	1.97
2847330--2848070	90	8.2	90	74	1	509	18	31	28	21	1.97
2847361--2847702	135	2.5	134	74	1	333	17	30	30	21	1.96
2848876--2848923	13	3.9	13	73	15	57	25	16	37	20	1.93
2848868--2848923	23	2.4	23	90	0	94	26	17	35	19	1.94
2848926--2849362	45	9.7	45	74	4	191	20	32	26	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2848948--2849118	90	1.9	91	81	6	213	18	34	26	21	1.96
2849606--2851594	45	44.2	45	68	8	381	19	30	29	21	1.98
2849549--2849792	89	2.7	90	78	3	233	21	30	27	20	1.98
2848950--2850428	674	2.2	674	81	3	1681	20	30	27	20	1.98
2851217--2851554	135	2.5	135	85	2	446	18	28	30	21	1.97
2865601--2865885	135	2.1	135	80	2	322	18	30	29	21	1.97
2865653--2865930	90	3.1	90	77	5	265	17	29	30	22	1.96
2865676--2865982	135	2.3	135	80	5	327	17	28	30	22	1.97
2865593--2866005	45	9.2	45	74	6	219	18	30	29	22	1.97
2866977--2867532	45	12.4	45	73	3	258	18	28	29	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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