genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168015.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_27, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15675301

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8064080--8064264	98	1.9	98	93	0	316	43	16	17	22	1.87
8068968--8069018	24	2.2	24	82	10	61	49	3	0	47	1.20
8069013--8069064	18	2.9	18	78	13	54	53	1	1	42	1.23
8069088--8069166	23	3.5	23	83	8	99	43	1	0	55	1.07
8069127--8069166	19	2.2	18	90	4	62	40	0	0	60	0.97
8080003--8080032	14	2.1	15	93	6	53	90	3	6	0	0.56
8080003--8080032	15	2.0	15	93	0	51	90	3	6	0	0.56
8081002--8081058	17	3.4	17	72	18	64	29	0	8	61	1.26
8081010--8081068	19	3.3	19	72	18	72	25	0	13	61	1.33
8080995--8081069	34	2.2	34	97	2	143	24	0	13	62	1.30
8099628--8099801	84	2.1	83	81	4	197	30	12	18	39	1.87
8108433--8108458	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
8117251--8117331	30	2.7	30	78	12	87	41	7	7	43	1.61
8117283--8117406	30	4.1	30	77	10	110	41	15	7	35	1.75
8118080--8118108	6	4.8	6	100	0	58	51	0	31	17	1.45
8120169--8120218	26	1.9	26	84	8	66	40	16	4	40	1.67
8120761--8120802	20	2.1	20	90	0	66	26	0	21	52	1.47
8120818--8120858	15	2.6	17	77	18	52	75	2	21	0	0.92
8121706--8121730	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
8125101--8125190	34	2.8	34	85	8	125	45	11	2	41	1.52
8125103--8125190	30	2.8	31	86	6	115	46	11	2	39	1.52
8127803--8127997	93	2.1	95	82	9	240	42	6	7	44	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8127801--8128179	101	3.8	97	77	10	326	40	7	7	44	1.61
8128226--8128266	19	2.1	19	86	4	55	68	2	0	29	1.03
8130239--8130292	21	2.6	21	96	0	99	29	9	14	46	1.76
8139897--8140003	55	1.9	55	81	3	126	44	7	12	35	1.70
8141914--8141981	33	2.1	33	86	5	93	36	20	20	22	1.95
8145550--8145584	13	2.7	13	95	0	61	48	28	0	22	1.51
8146047--8146249	109	1.9	110	87	7	306	49	14	10	25	1.75
8146830--8146873	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
8147829--8148035	108	1.9	105	82	4	254	42	14	11	31	1.81
8148577--8148614	19	2.0	19	90	10	60	50	0	2	47	1.15
8149099--8149130	16	2.0	16	100	0	64	12	6	6	75	1.19
8149792--8149830	13	3.0	13	80	0	51	69	5	0	25	1.09
8150534--8150582	23	2.2	22	85	3	62	34	2	4	59	1.28
8151247--8151279	10	3.4	10	91	4	50	24	15	0	60	1.35
8151339--8151395	24	2.5	23	77	8	62	40	3	0	56	1.17
8151968--8151998	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8152219--8152245	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
8160030--8160105	37	2.1	37	97	0	143	39	13	13	34	1.83
8165070--8165127	25	2.3	26	79	11	66	6	60	0	32	1.23
8166051--8166095	22	2.0	22	95	0	81	40	13	11	35	1.80
8176211--8176240	14	2.1	14	100	0	60	36	0	30	33	1.58
8182658--8182689	16	2.0	16	100	0	64	37	12	12	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8186398--8186441	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
8190301--8190344	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
8199160--8199200	21	2.0	21	90	0	64	39	12	14	34	1.84
8199206--8199401	59	3.5	58	73	12	192	35	14	13	37	1.85
8199181--8199342	50	3.1	50	72	14	153	34	11	16	37	1.85
8199181--8199415	109	2.2	109	92	0	389	34	14	15	36	1.87
8199383--8199497	50	2.3	50	80	3	133	34	13	14	36	1.86
8199878--8199990	37	3.1	37	82	5	138	25	22	4	47	1.69
8206984--8207031	23	2.1	22	88	3	69	43	0	0	56	0.99
8206984--8207051	23	3.0	22	79	10	66	44	2	1	51	1.25
8209789--8209830	15	2.7	16	85	10	52	23	2	2	71	1.10
8211567--8211598	16	2.0	16	93	0	55	18	9	6	65	1.42
8214224--8214328	52	2.0	52	88	3	158	34	16	16	33	1.91
8214778--8214821	21	2.0	22	82	4	54	13	15	2	68	1.31
8216685--8216714	15	1.9	16	93	6	53	63	0	6	30	1.20
8217554--8217609	27	2.0	27	82	10	67	46	5	3	44	1.43
8225463--8225530	33	2.1	33	91	0	109	33	20	7	38	1.81
8226188--8226239	20	2.6	21	84	9	72	67	0	0	32	0.91
8228395--8228429	12	2.9	12	95	0	61	14	11	0	74	1.08
8228705--8228735	11	2.7	11	95	5	53	87	0	3	9	0.66
8230507--8230553	21	2.2	22	88	3	69	0	51	0	48	1.00
8230518--8230598	27	3.0	27	79	13	78	4	53	0	41	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8245454--8245633	88	2.0	88	92	0	297	39	10	10	40	1.73
8246958--8246983	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8248967--8249024	21	2.9	18	74	18	53	51	8	3	36	1.49
8249166--8249197	15	2.2	15	94	5	57	75	0	0	25	0.81
8249582--8249627	20	2.3	20	78	10	51	67	19	2	10	1.31
8249898--8249940	14	3.0	14	75	3	50	65	27	0	6	1.18
8252598--8252624	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8254558--8254586	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8261539--8261564	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8265845--8265891	20	2.5	18	77	19	51	36	8	2	53	1.44
8271791--8271821	16	1.9	16	93	0	53	38	0	6	54	1.26
8272156--8272207	26	2.0	27	85	11	72	23	13	7	55	1.63
8272246--8272274	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8277479--8277512	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8278755--8278819	4	16.2	4	86	0	76	47	0	26	26	1.52
8279571--8279596	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8286406--8286439	13	2.5	14	90	9	61	50	0	14	35	1.44
8286410--8286441	13	2.5	13	100	0	64	50	0	15	34	1.45
8288047--8288102	16	3.2	17	75	12	51	64	0	19	16	1.29
8299101--8299125	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8300204--8300231	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8302175--8302222	23	2.0	24	88	4	71	29	18	6	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8305638--8305811	86	2.0	87	81	1	206	37	13	15	32	1.87
8317820--8317992	86	2.0	87	83	1	222	36	14	15	32	1.88
8319528--8319560	17	2.0	17	88	5	50	54	12	0	33	1.37
8320187--8320219	15	2.1	16	88	5	50	45	0	0	54	0.99
8322347--8322388	22	1.9	22	85	9	59	4	16	2	76	1.07
8322604--8322639	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
8324905--8324939	17	2.1	17	88	0	52	82	5	0	11	0.82
8324881--8324938	14	4.2	13	76	23	57	75	8	1	13	1.10
8326051--8326211	44	3.7	44	82	4	164	44	13	12	30	1.80
8334514--8334549	2	18.0	2	94	0	54	55	0	0	44	0.99
8339046--8339088	2	22.0	2	90	4	70	51	2	0	46	1.13
8339645--8339820	86	2.0	87	86	3	248	34	15	15	34	1.90
8343576--8343608	15	2.1	16	88	5	50	36	12	39	12	1.80
8349983--8350025	23	1.9	23	85	4	61	0	16	6	76	0.99
8350947--8350980	10	3.5	10	92	8	61	38	0	0	61	0.96
8350949--8350980	9	3.4	9	95	4	55	37	0	0	62	0.95
8363715--8365132	160	8.9	158	75	6	941	34	9	13	42	1.77
8363728--8365140	320	4.4	319	77	6	1097	34	9	13	42	1.77
8363729--8365137	479	2.9	477	77	7	1244	34	9	13	42	1.76
8363871--8365273	318	4.4	316	77	6	1054	34	9	14	42	1.77
8371215--8371270	26	2.1	26	80	12	60	30	8	1	58	1.39
8373804--8373972	86	2.0	87	87	1	250	37	10	16	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8376404--8376582	91	2.0	91	88	0	268	43	11	7	37	1.70
8388357--8388433	38	2.0	38	100	0	154	35	18	7	38	1.79
8393371--8393397	13	2.1	13	100	0	54	40	0	22	37	1.54
8397070--8397096	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
8400748--8400787	19	2.1	19	100	0	80	45	10	10	35	1.71
8404167--8404192	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8408804--8408847	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
8409828--8409865	19	2.0	20	89	5	60	81	10	0	7	0.87
8412004--8412141	70	2.0	70	91	2	224	28	26	12	33	1.92
8413484--8413585	30	3.3	29	82	9	105	52	1	1	43	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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