genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168015.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_27, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15675301

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2096341--2100488	874	4.8	875	85	2	5290	25	24	24	25	2.00
2101671--2103079	716	2.0	715	87	2	2071	26	23	22	26	2.00
2103320--2103352	11	3.0	11	95	0	57	21	27	33	18	1.96
2104982--2105026	23	2.0	23	100	0	90	26	24	17	31	1.97
2106205--2106488	140	2.0	138	89	4	428	37	19	14	28	1.91
2107731--2107782	26	2.0	26	92	3	88	28	25	19	26	1.98
2108628--2108680	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
2106771--2111744	898	5.7	890	83	6	5687	26	24	23	26	2.00
2109504--2109556	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2110369--2110418	26	1.9	26	95	0	91	26	26	18	30	1.98
2111744--2117212	861	6.2	876	83	7	6011	25	24	23	25	2.00
2117486--2117537	26	2.0	26	92	0	86	26	23	19	30	1.98
2118550--2118602	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
2119448--2119500	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
2118395--2121243	889	3.2	875	84	5	3455	25	24	24	25	2.00
2120335--2120385	26	2.0	26	96	0	93	29	25	17	27	1.98
2122875--2122927	26	2.0	26	88	0	79	28	28	18	24	1.98
2123729--2123781	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
2124627--2124679	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
2125526--2125578	26	2.0	26	96	0	97	30	24	16	28	1.97
2123665--2126236	898	2.9	898	90	1	3953	26	24	23	25	2.00
2125673--2126792	558	2.0	560	91	0	1814	29	22	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2126989--2127038	26	1.9	26	95	0	91	24	26	20	30	1.98
2127012--2128468	716	2.0	712	87	3	2088	26	23	23	26	2.00
2128599--2128651	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2130013--2135986	890	6.7	894	86	5	7560	26	24	23	25	2.00
2133135--2133187	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
2134929--2134981	26	2.0	26	96	0	97	28	26	20	24	1.99
2132259--2135946	885	4.1	899	85	6	4134	25	24	24	25	2.00
2135826--2135878	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2135680--2136255	314	1.8	312	85	2	818	21	27	27	23	1.99
2137009--2137067	26	2.3	26	88	11	88	33	27	11	27	1.92
2137310--2138745	750	1.9	753	86	3	2066	27	24	22	25	2.00
2139559--2139611	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
2138066--2140231	896	2.4	893	87	3	3035	27	23	23	25	2.00
2142312--2142364	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
2144970--2145021	25	2.0	26	88	3	79	28	25	19	26	1.98
2145857--2145909	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
2147605--2147654	26	1.9	26	87	0	73	24	22	24	30	1.99
2142338--2151883	887	10.8	872	84	6	11152	25	24	23	26	2.00
2149366--2149418	26	2.0	26	96	0	97	32	26	15	26	1.95
2151857--2151909	26	2.0	26	96	0	97	28	22	22	26	1.99
2152747--2152799	26	2.0	26	100	0	106	30	26	16	26	1.97
2153633--2153685	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2151834--2160267	890	9.5	881	74	12	6046	25	24	23	26	2.00
2156827--2156884	26	2.2	26	81	3	62	55	12	10	22	1.66
2158129--2158181	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
2154692--2160267	875	6.4	871	82	6	6233	25	24	24	25	2.00
2160827--2160894	33	2.1	33	97	0	127	39	7	27	25	1.82
2160882--2161229	60	5.8	59	86	6	477	34	12	8	44	1.72
2160882--2161229	122	2.9	120	88	7	496	34	12	8	44	1.72
2160883--2161227	182	1.9	180	89	5	545	34	12	8	44	1.72
2161243--2161317	5	14.8	5	74	18	66	77	2	5	14	1.06
2162232--2162312	20	4.0	21	69	18	55	70	6	3	19	1.24
2162188--2162263	33	2.4	31	81	12	100	73	6	6	13	1.23
2162233--2162316	43	2.0	43	83	9	109	70	5	3	20	1.24
2162277--2162402	27	4.6	27	65	15	71	66	4	1	26	1.20
2162299--2162353	19	2.8	20	78	13	62	65	1	0	32	1.03
2162447--2162479	15	2.1	16	88	5	50	81	3	0	15	0.80
2162637--2162684	6	8.0	6	84	15	64	0	0	14	85	0.60
2162635--2162683	19	2.8	17	87	12	64	0	0	12	87	0.54
2162638--2162684	11	4.0	11	89	10	67	0	0	14	85	0.61
2162638--2162684	23	2.0	24	88	12	71	0	0	14	85	0.61
2162691--2162864	42	4.1	42	89	3	253	34	22	17	25	1.96
2162691--2162864	84	2.1	84	91	4	280	34	22	17	25	1.96
2163884--2163957	8	9.0	8	88	10	98	10	13	0	75	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2175194--2175246	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
2181977--2182032	26	2.2	26	90	0	85	26	21	21	30	1.98
2182864--2182914	26	2.0	26	92	0	84	31	21	19	27	1.97
2181248--2183590	887	2.6	885	86	4	3209	26	22	23	27	2.00
2184235--2184286	26	2.0	25	88	3	77	28	21	23	26	1.99
2185125--2185177	26	2.0	26	85	0	70	30	20	20	28	1.98
2183598--2194452	897	12.0	888	72	13	5874	26	24	23	25	2.00
2187827--2187879	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
2189780--2189831	26	2.0	26	88	3	79	26	25	21	26	1.99
2193334--2193386	26	2.0	26	88	0	79	30	22	22	24	1.99
2187990--2194474	897	7.3	896	85	3	8015	26	24	23	25	2.00
2195750--2195803	17	3.2	16	82	10	63	18	0	29	51	1.46
2197160--2197220	24	2.6	22	80	14	68	9	1	9	78	1.03
2197181--2197220	14	2.9	14	88	3	64	12	0	10	77	0.99
2197407--2197613	85	2.4	87	86	7	285	39	17	21	21	1.92
2197620--2197681	23	2.8	23	85	4	83	29	20	24	25	1.99
2197752--2197809	22	2.6	22	86	5	73	29	18	25	25	1.98
2197533--2197893	129	2.8	127	83	8	424	36	18	22	22	1.95
2198597--2198907	33	9.6	31	79	13	274	34	16	19	29	1.94
2198597--2198904	65	4.7	66	83	6	380	34	16	19	28	1.94
2200521--2200564	17	2.6	17	85	7	54	18	2	2	77	0.98
2200943--2201051	33	3.4	32	78	11	107	51	26	0	21	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2200943--2201074	17	8.2	15	78	13	113	50	26	0	21	1.54
2200943--2201014	33	2.2	33	90	2	110	50	27	1	20	1.57
2200943--2201061	46	2.5	47	87	6	177	50	26	0	21	1.55
2201000--2201074	33	2.4	31	93	4	123	52	24	0	24	1.48
2202150--2202191	18	2.3	18	100	0	84	30	14	19	35	1.91
2203578--2203630	26	2.0	26	85	0	70	28	20	20	30	1.98
2203787--2204929	580	2.0	581	90	1	1790	30	22	19	27	1.98
2205058--2205110	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
2205959--2206011	26	2.0	26	85	7	72	33	18	16	30	1.94
2204362--2207141	894	3.1	891	87	2	3974	26	23	23	26	2.00
2208071--2208123	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
2209834--2209886	26	2.0	26	92	0	88	24	24	24	26	2.00
2207154--2212926	898	6.5	885	85	4	7300	25	23	24	26	2.00
2211611--2211663	26	2.0	26	81	0	61	26	24	24	24	2.00
2213015--2213067	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
2212486--2213432	506	1.9	503	85	4	1323	22	23	25	29	1.99
2213909--2213960	26	2.0	26	92	0	86	28	23	21	26	1.99
2214806--2214858	26	2.0	26	85	0	70	28	20	22	28	1.99
2212928--2216374	898	3.9	895	85	3	4287	26	23	23	26	2.00
2221817--2221869	26	2.0	26	88	0	79	26	20	22	30	1.98
2222716--2222768	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
2221843--2224564	897	3.1	865	83	6	3361	25	23	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2225832--2225884	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
2226717--2226769	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
2228541--2228593	26	2.0	26	88	0	79	30	22	20	26	1.98
2225567--2231586	896	6.7	894	84	6	7408	25	24	24	25	2.00
2229437--2229489	26	2.0	26	85	0	70	30	20	20	28	1.98
2232077--2232129	25	2.0	25	82	10	61	26	20	22	30	1.98
2233890--2233942	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
2239907--2239959	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
2244192--2244244	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
2240651--2245083	898	5.0	896	85	4	5620	26	24	23	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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