genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168015.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_27, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15675301

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843789--843906	12	9.8	12	70	14	55	26	4	1	67	1.18
843886--843925	17	2.3	19	79	16	50	17	0	5	77	0.94
844894--844982	5	18.6	5	70	19	57	13	5	3	77	1.07
844927--844983	30	1.9	30	92	0	96	15	5	1	77	1.03
844999--845334	60	5.7	58	89	2	492	44	7	13	34	1.71
846113--846165	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
846614--846666	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
847545--847919	159	2.4	159	75	6	375	23	30	26	19	1.98
848036--848088	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
849588--849640	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
850262--850314	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
851046--851547	159	3.2	157	77	5	460	23	30	27	18	1.98
851521--851573	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
851896--851952	26	2.2	26	90	6	89	28	19	21	31	1.97
852182--852236	26	2.1	26	90	6	85	27	20	25	27	1.99
853761--854229	159	3.0	157	77	6	534	23	31	27	17	1.97
854275--854327	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
854654--854706	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
853959--854816	366	2.4	350	74	13	794	23	29	26	20	1.99
855155--855207	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
854634--856248	501	3.3	501	77	7	1402	22	28	27	21	1.99
855656--856055	158	2.5	157	78	4	358	24	30	26	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855230--855964	317	2.3	317	77	3	694	22	29	27	21	1.99
855787--856157	158	2.3	158	82	3	426	23	31	25	18	1.97
855947--856623	355	1.9	355	82	2	840	23	29	26	20	1.99
856486--856538	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
856327--856699	184	2.0	184	84	1	487	24	29	24	20	1.99
856511--857013	158	3.2	157	76	3	481	24	29	26	19	1.98
856987--857039	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
863601--863653	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
864482--864537	26	2.2	26	90	0	85	30	17	23	28	1.97
864983--865032	26	1.9	26	87	0	73	28	16	26	30	1.96
865483--865538	26	2.2	26	90	6	87	26	23	25	25	2.00
865337--865694	184	1.9	184	82	0	446	22	31	26	19	1.98
865521--866290	158	4.9	158	77	5	696	22	31	27	19	1.98
864292--866013	501	3.4	499	80	4	1816	23	29	26	19	1.98
865521--866327	317	2.5	315	85	4	1068	22	30	27	19	1.98
866301--866353	26	2.0	26	88	0	79	20	13	32	33	1.91
867024--867076	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
867643--867695	26	2.0	26	85	0	70	20	13	30	35	1.91
868363--868868	159	3.2	157	78	5	525	23	29	26	19	1.98
868842--868894	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
869590--869882	159	1.8	159	78	5	333	23	31	26	18	1.98
870228--870280	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870412--870464	26	2.0	26	85	0	70	26	22	24	26	2.00
871157--871209	26	2.0	26	85	7	72	28	24	24	22	2.00
871182--871614	159	2.7	159	77	4	460	24	31	27	17	1.97
872014--872066	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
871474--872167	355	2.0	354	84	4	907	23	29	27	20	1.98
871855--872224	184	2.0	184	83	1	472	24	28	27	20	1.99
872040--872449	159	2.6	156	78	8	434	23	29	29	18	1.97
872515--872567	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
873481--873533	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
873849--873901	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
873875--874449	158	3.6	158	75	4	550	23	29	28	19	1.98
873874--874450	317	1.8	317	84	2	782	23	29	28	19	1.98
875039--875090	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
875327--875379	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
875037--875560	288	1.8	288	84	2	712	26	26	24	23	2.00
876033--876317	158	1.8	157	80	2	347	22	28	29	18	1.98
876354--876404	26	2.0	26	92	0	84	27	17	25	29	1.98
877113--877460	159	2.2	158	80	3	378	24	31	26	17	1.97
878029--878061	11	3.0	11	100	0	66	9	36	36	18	1.82
878858--879320	159	2.9	158	75	2	417	24	31	26	17	1.97
891259--891291	11	3.0	11	95	0	57	12	27	33	27	1.92
891387--891729	158	2.2	157	81	6	381	24	28	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891703--891755	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
891888--891940	26	2.0	26	85	7	72	30	22	20	26	1.98
891545--892461	185	5.0	185	80	2	995	23	28	26	20	1.99
891554--892468	369	2.5	369	89	1	1377	23	28	26	20	1.99
892257--892309	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
892283--892640	159	2.3	158	79	8	370	25	28	25	20	1.99
892759--892811	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
893483--893532	26	2.0	25	92	4	82	32	16	20	32	1.94
893825--893877	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
894552--894601	26	1.9	26	95	0	91	24	22	28	26	1.99
894537--894708	95	1.8	95	90	0	281	28	25	22	23	1.99
895182--895410	125	1.8	125	83	3	300	26	29	29	14	1.95
895306--895880	158	3.6	157	74	5	460	23	30	27	18	1.98
895282--895719	159	2.8	159	76	3	427	23	29	29	18	1.97
895282--895859	317	1.8	317	80	4	709	23	30	27	18	1.98
896820--896872	26	2.0	26	88	0	79	24	18	32	24	1.97
897016--897068	26	2.0	26	82	7	63	30	18	20	30	1.97
896800--897171	196	1.9	195	85	4	518	24	27	26	20	1.99
897041--897469	159	2.7	157	76	6	418	23	30	27	18	1.98
897517--897569	26	2.0	26	82	7	63	26	18	26	28	1.98
899260--899557	159	1.9	159	79	2	339	24	29	25	19	1.98
899726--899778	26	2.0	26	85	7	72	24	16	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
900095--900147	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
900841--900893	26	2.0	26	85	0	70	30	18	24	26	1.98
901310--901360	26	2.0	26	84	7	68	35	19	17	27	1.94
901677--901729	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
901844--901896	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
903065--903115	26	2.0	26	88	7	77	25	27	13	33	1.94
903265--903334	26	2.7	26	93	0	113	31	22	14	31	1.94
903684--904185	158	3.2	157	77	5	499	17	24	32	26	1.97
904870--904922	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
904895--905274	159	2.4	159	75	8	405	19	26	32	22	1.98
905372--905424	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
905731--905781	26	2.0	26	92	0	84	29	29	15	25	1.96
906639--906691	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
907361--907411	26	2.0	26	84	7	68	25	27	17	29	1.98
907542--907597	26	2.2	26	93	6	96	28	23	19	28	1.98
908010--908442	159	2.7	159	75	3	370	19	27	30	22	1.98
907939--908440	158	3.2	157	75	4	479	19	25	31	23	1.98
909156--909652	158	3.1	155	74	8	455	21	25	27	24	1.99
910482--910534	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
916057--916418	159	2.3	160	80	5	403	19	28	29	22	1.98
916392--916442	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
916771--916822	26	2.0	25	92	3	86	26	28	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
916851--917300	159	2.8	159	78	4	460	19	28	29	22	1.98
917398--917427	11	2.7	11	100	0	60	16	26	40	16	1.90
918510--918562	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
918353--918719	183	2.0	183	86	5	519	20	26	28	24	1.99
919390--919442	26	2.0	26	92	0	88	33	22	13	30	1.92
919424--919916	159	3.1	156	76	6	490	18	26	30	24	1.98
919890--919942	26	2.0	26	85	0	70	24	20	20	33	1.97
921572--921959	158	2.4	158	78	3	411	19	28	29	22	1.98
921508--921958	159	2.8	158	76	3	465	19	28	30	22	1.98
921932--921984	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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