genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  102  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29750709--29750819	55	2.0	55	96	0	204	28	22	17	31	1.96
29769670--29769702	16	2.1	16	100	0	66	36	6	33	24	1.80
29770130--29770157	14	2.0	14	100	0	56	7	28	0	64	1.20
29770110--29770154	19	2.5	18	83	16	58	6	26	0	66	1.16
29773500--29773690	61	3.2	61	73	11	230	44	1	5	49	1.31
29773441--29773725	120	2.4	120	99	0	561	44	0	4	50	1.27
29774364--29774428	18	4.2	16	72	18	57	60	0	1	38	1.07
29774391--29774428	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
29774212--29775097	122	7.3	121	92	2	1412	52	5	1	40	1.34
29774486--29774551	15	4.4	14	73	19	53	62	0	0	37	0.96
29774486--29774657	28	5.8	28	67	25	86	57	2	1	37	1.24
29774498--29774550	16	3.2	16	86	10	63	64	0	0	35	0.94
29774513--29774550	18	2.2	18	95	4	69	65	0	0	34	0.93
29774608--29774673	15	4.4	14	70	22	53	62	0	1	36	1.05
29776485--29776588	49	2.1	49	94	0	181	50	10	7	31	1.65
29781253--29781315	15	4.4	15	72	11	69	33	1	3	61	1.21
29781245--29781313	21	3.3	21	73	15	79	33	2	2	60	1.26
29781233--29781315	42	2.0	42	97	0	157	31	3	3	61	1.30
29786719--29786764	22	2.1	22	100	0	92	30	23	4	41	1.74
29791688--29791760	30	2.4	30	77	8	78	43	12	2	41	1.56
29792430--29792478	20	2.4	21	80	19	59	48	4	10	36	1.56
29799685--29799723	19	2.1	19	90	0	60	48	0	30	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29804550--29804583	17	1.9	18	94	5	61	11	29	44	14	1.81
29805951--29806345	203	1.9	203	96	0	736	24	19	14	41	1.89
29808139--29808188	18	2.5	20	87	9	68	72	4	20	4	1.18
29814132--29814171	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
29814120--29814185	35	1.9	34	90	6	107	46	13	7	31	1.71
29815171--29815250	34	2.5	33	83	6	101	28	21	22	27	1.99
29815521--29815644	27	4.6	27	88	5	171	37	15	14	32	1.88
29818387--29818415	15	1.9	15	100	0	58	34	6	6	51	1.55
29821173--29821203	13	2.4	13	100	0	62	41	9	6	41	1.63
29822871--29822975	34	3.2	33	68	16	83	37	5	8	48	1.58
29823587--29823624	18	2.2	18	85	4	51	31	15	10	42	1.81
29827641--29827681	20	2.1	19	86	4	55	17	7	9	65	1.44
29831706--29831784	39	2.1	38	88	7	115	36	8	0	54	1.32
29834082--29834314	27	8.6	27	91	0	367	37	14	17	31	1.89
29841722--29841874	27	5.7	27	84	5	204	38	14	14	32	1.86
29841712--29841874	53	3.1	54	85	6	226	39	14	13	32	1.84
29843977--29844062	41	2.1	41	82	0	100	43	15	25	16	1.87
29843989--29844178	41	4.6	42	77	7	136	43	15	23	17	1.87
29849602--29849640	20	2.0	20	94	0	69	58	15	10	15	1.62
29860190--29860257	21	3.3	19	78	15	64	48	17	16	17	1.81
29860022--29860258	42	5.6	41	79	5	199	45	17	20	16	1.86
29860022--29860262	126	1.9	126	79	6	274	45	17	20	16	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29864543--29864580	18	2.1	18	90	0	58	28	2	15	52	1.56
29864596--29864635	14	2.7	15	88	3	55	30	0	10	60	1.30
29864596--29864641	15	3.1	15	87	3	58	28	0	10	60	1.30
29874879--29874963	42	2.0	42	100	0	170	30	4	16	48	1.67
29879162--29879230	32	2.2	32	82	12	81	43	0	0	56	0.99
29879181--29879227	23	2.1	21	88	7	67	46	0	0	53	1.00
29879395--29879439	14	3.1	14	83	3	54	35	11	2	51	1.50
29880657--29880689	5	6.6	5	86	13	50	21	0	0	78	0.75
29884552--29884752	70	2.9	70	82	6	241	27	22	20	29	1.98
29889394--29889440	10	4.6	10	85	12	51	34	0	4	61	1.15
29890246--29890284	9	4.4	9	83	6	53	74	2	2	20	1.06
29898331--29898374	16	2.8	16	80	10	54	65	2	27	4	1.23
29898871--29898901	11	2.8	11	100	0	62	19	9	12	58	1.62
29903571--29903815	132	1.9	132	91	0	400	31	22	22	23	1.98
29903708--29903900	88	2.2	88	92	0	314	30	22	22	24	1.99
29903562--29904110	44	12.5	44	65	10	190	31	20	23	24	1.98
29903574--29903846	132	2.1	132	85	0	366	32	21	21	24	1.98
29903576--29904010	220	2.0	220	93	0	737	31	20	23	23	1.98
29903796--29904181	132	2.9	132	92	0	639	29	20	25	24	1.99
29904466--29904504	9	4.4	9	87	6	53	71	2	2	23	1.10
29913651--29913701	25	2.0	25	81	7	59	9	35	0	54	1.33
29923433--29923475	17	2.5	17	81	7	52	6	4	18	69	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29925601--29925626	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
29928631--29928697	34	1.9	35	82	8	84	22	22	22	32	1.98
29935596--29935650	26	2.1	26	93	0	92	36	14	10	38	1.81
29943776--29943926	62	2.4	62	83	0	194	29	30	19	20	1.97
29947443--29947618	95	1.9	95	90	0	280	35	16	14	32	1.89
29958848--29959172	80	3.9	80	77	10	287	42	9	15	32	1.80
29958869--29959314	86	5.4	84	74	15	344	43	9	13	33	1.76
29958848--29959312	159	2.9	158	79	9	419	43	9	13	33	1.76
29959966--29960029	30	2.1	31	88	2	94	39	6	28	26	1.80
29964695--29964745	25	2.0	25	96	0	93	50	7	17	23	1.72
29964692--29964780	30	3.1	30	84	12	116	42	6	24	25	1.79
29969813--29969848	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
29969949--29969981	9	3.7	9	100	0	66	33	0	0	66	0.92
29970744--29970798	24	2.3	24	100	0	110	49	23	3	23	1.66
29973553--29973594	11	4.1	10	82	11	50	26	0	0	73	0.83
29973555--29973597	10	3.9	11	90	9	70	27	0	0	72	0.85
29973555--29973596	21	2.0	22	95	4	77	26	0	0	73	0.83
29973658--29973719	27	2.3	27	97	0	115	29	22	33	14	1.94
29973822--29973866	22	2.2	20	92	8	72	71	0	2	26	0.98
29974028--29974065	19	2.0	19	89	0	58	50	7	5	36	1.54
29974164--29974228	27	2.4	27	94	0	112	52	13	0	33	1.41
29974520--29974557	19	2.0	19	89	0	58	36	5	7	50	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29974777--29974853	27	2.9	28	90	3	115	19	38	24	16	1.92
29982311--29982361	21	2.4	22	80	6	59	27	21	33	17	1.96
29983126--29983155	15	2.1	15	93	6	53	0	13	0	86	0.57
29983243--29983291	17	2.7	18	90	6	73	4	14	4	77	1.06
29984025--29984100	25	3.0	25	90	5	118	30	1	0	68	0.98
29984037--29984176	26	5.6	24	70	17	81	32	7	2	58	1.37
29984027--29984126	51	1.9	53	82	8	125	29	4	2	65	1.22
29984251--29984323	28	2.8	25	78	13	83	30	8	2	58	1.41
29984349--29984396	23	2.1	23	84	0	60	18	6	10	64	1.45
29984369--29984408	21	2.0	20	85	5	53	22	10	10	57	1.61
29994159--29994229	36	2.0	36	88	0	106	35	26	11	26	1.90
29994159--29994240	36	2.3	36	84	0	101	34	26	9	29	1.88
29996327--29996551	43	5.3	43	93	0	362	25	31	20	23	1.98
30000257--30000298	20	2.1	20	100	0	84	54	30	4	9	1.53
30000579--30000924	146	2.3	145	86	2	449	30	13	15	40	1.85
30001831--30002071	96	2.7	94	83	13	326	45	26	0	27	1.59
30001831--30002077	82	2.8	88	87	9	319	44	26	0	27	1.60
30002606--30002689	41	2.0	41	93	4	143	29	26	22	21	1.99
30010154--30010385	115	2.0	117	85	3	317	27	14	22	35	1.93
30020307--30020430	27	4.6	27	79	6	108	18	20	17	43	1.88
30020320--30020430	53	2.1	54	84	5	145	18	18	17	45	1.86
30022515--30022558	22	2.0	21	91	4	70	40	20	25	13	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30025409--30025494	42	2.0	43	88	2	129	24	23	37	15	1.93
30038030--30038080	23	2.3	22	87	12	77	39	29	11	19	1.87
30039334--30039368	11	3.2	11	95	0	61	28	28	14	28	1.95
30039905--30039937	17	1.9	17	100	0	66	36	3	6	54	1.41
30042791--30043476	342	2.0	342	90	1	1070	39	15	21	23	1.92
30049632--30049665	17	2.1	17	88	5	52	35	20	0	44	1.52
30052641--30052807	69	2.4	69	80	4	167	28	21	14	35	1.93
30052679--30052816	69	2.0	69	85	2	188	26	21	14	37	1.92
30063048--30063110	30	2.1	30	100	0	126	36	17	12	33	1.88
30063047--30063093	15	3.1	15	70	11	51	40	17	10	31	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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