genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  82  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24420282--24420519	118	2.0	119	86	3	336	35	16	12	35	1.86
24420551--24420598	8	6.0	8	80	9	53	27	0	2	70	0.98
24420551--24420580	15	2.0	15	93	0	51	23	0	0	76	0.78
24420547--24420599	17	3.2	17	82	12	58	26	0	1	71	0.96
24423396--24423513	17	7.1	17	66	21	70	31	27	17	23	1.97
24423388--24423594	34	6.1	34	79	2	195	30	25	17	26	1.98
24423771--24423831	26	2.3	27	83	5	81	26	24	29	19	1.99
24425560--24425599	21	1.9	21	90	10	64	40	5	5	50	1.46
24425707--24425756	12	4.2	12	77	10	50	56	0	0	44	0.99
24431937--24431974	20	1.9	19	89	5	58	39	18	7	34	1.80
24431957--24432008	15	3.6	14	79	7	59	36	17	5	40	1.73
24437689--24437881	51	3.8	50	80	6	210	32	25	15	26	1.95
24437693--24437879	101	1.8	101	85	5	261	33	25	14	26	1.95
24438635--24438703	5	13.8	5	77	6	68	36	21	8	33	1.84
24438635--24438702	20	3.4	19	87	4	91	35	22	8	33	1.85
24438871--24438945	7	10.0	7	71	23	55	45	14	0	40	1.45
24438878--24438927	17	2.9	18	85	8	61	46	18	0	36	1.49
24438870--24438932	23	2.7	24	83	9	78	47	15	0	36	1.46
24439455--24439570	49	2.4	49	89	0	169	18	27	25	29	1.98
24439545--24439656	49	2.3	49	89	3	172	30	31	22	16	1.95
24445395--24445587	51	3.8	51	80	6	196	23	18	27	30	1.97
24445753--24445825	37	1.9	38	86	13	107	42	2	23	31	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24449471--24449534	32	2.0	32	88	11	96	59	3	0	37	1.13
24449554--24449597	23	1.9	23	95	0	79	45	0	0	54	0.99
24452663--24452761	52	1.9	52	91	0	162	49	8	1	41	1.39
24452887--24452952	14	4.7	14	73	0	60	57	4	15	22	1.56
24452879--24452937	28	2.1	28	87	0	82	55	3	16	23	1.56
24454485--24454539	22	2.4	24	73	14	62	56	1	1	40	1.21
24466079--24466248	85	2.0	85	89	0	259	32	19	14	33	1.91
24468183--24468305	40	3.1	40	85	3	160	34	21	23	21	1.97
24468357--24468548	41	4.7	41	89	1	287	22	23	25	28	1.99
24469009--24469249	133	1.8	132	86	4	351	27	0	28	42	1.61
24469125--24469170	14	3.3	14	78	0	56	28	0	39	32	1.57
24470953--24471187	43	5.6	43	80	8	234	28	20	28	23	1.99
24470975--24471187	79	2.6	82	82	5	270	28	20	28	23	1.99
24471163--24471210	23	2.1	23	88	0	69	18	22	41	16	1.90
24471329--24471423	43	2.2	43	84	0	118	27	18	29	24	1.98
24471340--24471445	43	2.5	43	78	6	133	24	16	29	29	1.97
24471696--24471729	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
24472837--24472952	40	2.9	40	70	13	105	37	20	20	20	1.94
24473312--24473359	21	2.3	21	81	0	51	10	2	39	47	1.49
24473409--24473482	7	10.6	7	71	5	51	18	1	33	45	1.58
24473435--24473482	14	3.4	14	82	5	60	20	2	33	43	1.64
24473450--24473481	15	2.1	15	94	0	55	18	3	31	46	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24473497--24473651	7	21.1	7	70	13	62	21	0	32	44	1.57
24473497--24473651	14	10.6	14	70	11	71	21	0	32	44	1.57
24473543--24473599	29	1.9	30	89	3	89	24	0	22	52	1.47
24473859--24473933	40	1.9	38	86	7	107	50	6	4	38	1.47
24474384--24474423	20	2.0	20	90	4	64	25	42	2	30	1.68
24475064--24475137	21	3.8	20	82	17	93	40	10	2	45	1.53
24475096--24475130	16	2.2	16	100	0	70	34	11	0	54	1.37
24475101--24475136	16	2.2	16	90	0	54	38	8	0	52	1.32
24475559--24475612	28	1.9	28	96	0	99	14	1	25	57	1.48
24475615--24475688	35	2.1	35	97	0	139	25	13	17	43	1.86
24476820--24477144	9	34.8	9	71	14	196	44	19	0	35	1.57
24476830--24477051	56	4.0	56	92	0	365	45	19	0	34	1.54
24476830--24477107	112	2.5	111	85	5	366	44	19	0	34	1.54
24477037--24477151	56	2.1	54	90	3	176	43	19	1	35	1.61
24476954--24477138	85	2.2	85	91	2	291	44	18	0	36	1.54
24482660--24482716	21	2.8	21	86	5	82	40	15	40	3	1.65
24486496--24486562	35	1.9	35	96	0	125	35	17	7	38	1.78
24495026--24495206	40	4.5	40	92	0	308	30	23	19	25	1.98
24497550--24497766	44	4.7	44	70	11	164	25	23	22	28	1.99
24497410--24497890	143	3.4	142	84	4	601	26	22	20	30	1.98
24498063--24498407	89	3.9	90	84	2	412	24	22	24	28	1.99
24498223--24498377	44	3.5	44	71	13	138	19	25	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24498180--24498333	45	3.5	44	71	12	125	21	26	22	29	1.99
24511104--24511160	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
24517597--24517627	16	2.0	15	93	6	53	83	0	16	0	0.64
24522343--24522410	26	2.7	26	97	2	129	70	0	25	4	1.05
24522354--24522402	21	2.5	19	80	9	53	71	0	26	2	0.97
24523524--24523569	15	3.1	15	87	3	67	65	8	2	23	1.32
24525351--24525601	51	5.2	49	66	21	136	30	15	17	36	1.91
24525347--24525651	95	3.2	94	83	3	376	29	15	18	36	1.92
24525365--24525868	44	11.0	44	70	13	272	29	16	18	36	1.92
24535622--24535691	3	23.3	3	94	0	122	64	0	2	32	1.08
24535747--24535802	3	18.7	3	89	7	87	67	0	1	30	1.01
24535891--24535936	24	2.0	24	86	4	67	47	6	15	30	1.70
24538174--24538216	19	2.3	19	95	0	77	46	2	30	20	1.63
24553404--24553446	13	3.4	12	82	17	52	74	0	2	23	0.93
24553858--24554047	95	2.0	94	84	5	249	35	11	22	30	1.90
24554572--24554597	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
24558310--24558359	26	1.9	26	84	8	66	56	10	10	24	1.63
24559037--24559072	18	2.0	18	100	0	72	38	16	11	33	1.84
24559454--24559492	15	2.5	15	87	4	51	82	0	10	7	0.86
24560184--24560293	45	2.5	45	79	4	116	31	21	17	29	1.96
24560576--24560730	44	3.4	44	76	15	136	31	29	13	25	1.94
24571072--24571130	26	2.3	26	81	0	73	61	8	5	25	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24572604--24572644	17	2.4	17	91	0	64	9	7	39	43	1.65
24572647--24572690	17	2.4	19	81	14	56	22	2	15	59	1.48
24573145--24573238	27	3.5	27	89	5	154	36	14	10	38	1.81
24575094--24575157	33	1.9	33	84	6	85	26	15	17	40	1.89
24575571--24575622	27	1.9	27	92	0	86	32	0	15	51	1.43
24577140--24577442	163	1.9	162	91	0	498	26	17	19	36	1.94
24581629--24581778	44	3.4	44	80	5	144	26	24	18	30	1.98
24581769--24582138	85	4.3	84	75	10	291	29	20	20	29	1.97
24581667--24581920	44	5.8	44	73	11	161	28	22	18	29	1.98
24581944--24582090	41	3.5	41	71	7	125	31	18	22	27	1.97
24581983--24582135	44	3.5	44	73	5	150	29	18	21	30	1.97
24582145--24582644	45	11.0	45	87	7	692	30	24	16	28	1.96
24582779--24582880	44	2.3	45	86	5	136	24	24	27	23	2.00
24584128--24584184	12	4.5	12	81	14	62	1	17	0	80	0.79
24584131--24584196	24	2.7	25	79	13	75	6	13	0	80	0.89
24584128--24584185	20	3.0	20	85	5	75	1	17	0	81	0.78
24584141--24584193	20	2.6	19	80	11	61	5	13	0	81	0.86
24584123--24584185	26	2.4	27	76	15	78	1	20	0	77	0.85
24584372--24584396	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
24597305--24597352	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
24597422--24597466	22	2.0	23	87	12	67	26	4	4	64	1.32
24603789--24604433	44	14.7	44	80	7	533	29	18	24	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24603796--24604611	132	6.2	133	73	10	480	29	19	24	26	1.98
24604577--24604745	50	3.4	50	76	3	169	37	24	12	25	1.91
24606227--24606275	12	3.8	13	80	15	50	34	4	0	61	1.15
24606364--24606481	40	3.0	39	77	7	141	38	19	18	22	1.93
24606541--24606782	41	5.9	41	88	0	349	23	20	28	27	1.99
24609532--24609583	23	2.3	23	79	0	59	26	30	7	34	1.85
24610373--24610597	43	5.2	43	91	1	324	20	17	34	27	1.95
24610373--24610611	87	2.8	87	87	0	327	21	16	33	28	1.95
24610335--24610597	130	2.1	122	84	5	328	20	17	34	26	1.95
24610738--24610783	23	2.0	23	91	8	76	26	4	4	65	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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