genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  84  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24812271--24812347	41	2.0	40	87	7	104	36	3	5	54	1.41
24812492--24812555	29	2.2	28	86	8	85	46	32	0	20	1.51
24812477--24812674	7	28.0	7	69	9	71	47	32	1	18	1.55
24812973--24813052	21	3.8	20	80	8	70	38	40	1	20	1.60
24812981--24813063	7	11.7	7	76	2	58	36	44	1	18	1.57
24813151--24813184	15	2.3	15	90	5	52	44	32	0	23	1.54
24814253--24814314	30	2.0	31	90	3	99	33	11	9	45	1.73
24816379--24816414	6	6.0	6	93	0	54	61	33	0	5	1.19
24816377--24816413	18	2.1	18	94	0	65	59	32	0	8	1.27
24823915--24823963	21	2.3	21	92	0	80	20	24	34	20	1.96
24824023--24824098	21	3.6	21	81	0	89	30	27	26	15	1.96
24826655--24826723	34	2.0	36	85	5	97	34	11	15	37	1.84
24830020--24830096	35	2.2	34	82	13	86	55	6	6	31	1.51
24830155--24830219	2	32.0	2	77	11	53	50	3	3	43	1.33
24830258--24830293	16	2.2	16	100	0	72	50	5	5	38	1.49
24830437--24830541	3	34.7	3	81	5	122	60	0	5	33	1.27
24830688--24830829	68	2.1	68	97	1	266	46	7	26	20	1.76
24831172--24831295	59	2.1	59	98	0	239	48	8	13	29	1.71
24831620--24831668	21	2.3	22	89	6	75	26	16	0	57	1.40
24832142--24832215	20	3.4	21	75	12	60	36	0	1	62	1.04
24832173--24832248	31	2.5	30	80	8	73	36	0	1	61	1.04
24832271--24832324	20	2.7	20	77	11	65	33	0	3	62	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24841849--24841887	20	2.0	20	84	0	51	43	2	0	53	1.14
24841871--24841937	25	2.6	25	81	13	82	46	2	2	47	1.33
24853126--24853739	309	2.0	302	93	2	1048	35	15	20	27	1.94
24855304--24855499	63	3.2	62	79	12	210	41	3	4	51	1.36
24857906--24857931	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24858676--24858790	29	4.0	29	82	0	131	23	24	12	40	1.89
24873121--24873160	9	4.7	9	79	20	50	47	10	0	42	1.37
24873115--24873170	20	2.8	21	78	10	64	44	10	0	44	1.38
24877525--24877566	18	2.3	18	87	0	57	4	47	4	42	1.45
24888197--24888227	16	1.9	16	100	0	62	25	0	9	64	1.24
24888784--24888815	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
24890094--24890164	3	23.0	3	83	16	92	66	1	2	29	1.15
24891766--24891863	51	1.9	51	83	4	126	28	21	18	31	1.97
24891832--24891988	44	3.7	43	78	10	151	31	19	15	32	1.94
24892303--24892607	45	6.7	45	71	7	213	29	20	16	33	1.94
24899285--24899349	3	21.7	3	93	0	112	64	1	1	32	1.12
24899418--24899454	4	9.2	4	87	0	56	70	2	0	27	1.01
24899532--24899579	24	2.0	25	84	12	64	64	2	4	29	1.23
24899545--24899580	15	2.3	16	95	4	65	63	0	8	27	1.23
24899603--24899658	4	14.2	4	75	3	51	67	0	8	23	1.18
24906349--24906402	23	2.4	21	77	17	54	51	7	1	38	1.41
24906522--24906582	30	1.9	33	87	9	92	55	0	1	42	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24906552--24906595	22	2.0	21	87	12	63	56	0	2	40	1.11
24909939--24910018	11	6.8	12	70	22	53	1	26	1	71	1.01
24914154--24914216	17	3.4	17	70	19	54	46	22	1	30	1.61
24914146--24914322	39	4.5	39	86	0	237	45	19	4	31	1.70
24915511--24915685	7	24.3	7	84	4	224	46	37	0	16	1.51
24915514--24915661	15	10.1	15	85	9	173	48	35	0	15	1.45
24917942--24917971	15	2.0	15	93	0	51	40	30	6	23	1.80
24918050--24918108	30	2.0	30	83	6	75	49	18	11	20	1.79
24918665--24918706	16	2.6	16	88	3	57	57	23	0	19	1.41
24923602--24923785	42	4.4	42	86	2	235	32	27	19	20	1.97
24924649--24924706	23	2.5	23	83	10	82	36	25	8	29	1.86
24926726--24926777	10	5.1	10	77	13	52	42	1	1	53	1.23
24927031--24927122	22	4.2	22	79	5	80	35	38	0	26	1.57
24927037--24927100	14	4.5	14	78	3	56	34	42	0	23	1.55
24927059--24927099	21	2.0	21	90	9	66	31	46	0	21	1.52
24929953--24930116	73	2.2	73	84	4	222	25	27	18	28	1.98
24929843--24930053	114	1.9	114	91	0	350	25	26	21	27	1.99
24930140--24930289	72	2.1	72	85	0	201	27	24	21	26	1.99
24934283--24934381	48	2.1	48	98	0	189	49	4	19	27	1.66
24935600--24935672	26	2.8	26	84	10	96	32	15	9	42	1.79
24935816--24935842	6	4.5	6	100	0	54	29	0	0	70	0.88
24938380--24938456	26	2.9	27	86	5	102	24	25	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24943125--24943164	15	2.8	14	85	7	53	50	7	2	40	1.44
24945528--24945571	17	2.6	17	82	7	54	20	6	0	72	1.07
24947433--24947527	28	3.4	28	80	7	111	29	21	25	24	1.99
24947890--24948158	81	3.3	80	84	6	330	17	17	21	43	1.88
24947895--24948164	27	10.0	26	85	5	283	17	17	21	43	1.88
24948118--24948186	27	2.9	22	76	10	57	17	18	24	39	1.92
24948412--24948992	287	2.0	288	97	0	1101	38	21	15	24	1.92
24950181--24950220	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
24950293--24950329	9	4.1	9	92	0	65	35	0	10	54	1.36
24953447--24953520	27	2.7	27	81	8	96	17	10	22	48	1.78
24953487--24953617	54	2.4	54	85	0	172	17	17	20	44	1.87
24953514--24953617	27	3.9	27	80	0	118	17	20	20	42	1.90
24971472--24971538	24	2.7	25	83	2	82	31	22	19	26	1.98
24985656--24985853	102	1.9	102	89	2	308	38	29	9	22	1.85
24988722--24988785	21	3.0	21	73	8	67	50	17	6	26	1.69
24989008--24989123	29	4.0	29	77	6	128	20	32	21	25	1.97
24989009--24989123	58	2.0	58	84	6	153	20	33	21	24	1.97
24990375--24990459	30	2.8	30	80	3	100	27	18	23	30	1.98
24996823--24996847	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
24996829--24996855	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
24998982--24999027	21	2.2	21	85	11	60	60	2	2	34	1.21
25008028--25008126	51	1.9	51	91	0	162	41	11	21	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25008252--25008496	49	4.9	50	81	2	296	22	16	23	37	1.93
25008296--25008369	24	3.0	26	72	11	73	17	16	29	36	1.92
25008252--25008496	99	2.5	99	81	4	305	22	16	23	37	1.93
25017419--25017453	15	2.2	16	90	5	54	37	0	14	48	1.44
25020551--25020601	21	2.4	21	83	0	66	33	17	45	3	1.67
25020984--25021271	42	6.8	42	80	0	252	32	21	19	26	1.97
25021833--25021883	20	2.5	20	83	0	66	31	13	17	37	1.89
25022664--25022714	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
25024168--25024248	9	8.7	9	72	20	60	61	1	2	34	1.17
25024600--25024625	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
25026295--25026333	19	2.1	19	85	0	51	23	0	25	51	1.49
25026442--25026760	125	2.5	126	87	1	426	31	15	23	29	1.95
25029932--25030298	21	16.7	21	71	14	208	26	1	26	45	1.61
25029932--25030298	43	8.3	43	77	7	344	26	1	26	45	1.61
25030089--25030134	15	3.0	15	81	6	56	19	2	34	43	1.63
25030117--25030300	22	8.5	22	74	10	164	28	0	24	46	1.57
25031079--25031180	42	2.5	42	79	7	120	29	21	19	29	1.98
25033477--25033507	15	2.1	15	100	0	62	45	12	0	41	1.42
25034140--25034227	39	2.2	40	88	9	137	50	22	0	27	1.50
25041267--25041312	20	2.2	21	84	7	58	56	0	0	43	0.99
25041894--25042003	30	3.7	30	97	0	202	23	20	6	49	1.72
25041919--25041999	15	5.4	15	65	11	58	23	19	7	49	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25046589--25046670	30	2.7	30	90	0	128	23	23	7	46	1.77
25046614--25046664	15	3.4	15	68	10	50	23	19	7	49	1.74
25051394--25051422	12	2.5	12	94	5	51	55	0	0	44	0.99
25058414--25058466	22	2.4	22	96	0	97	45	18	9	26	1.80
25063984--25064060	3	25.7	3	83	0	100	62	2	0	35	1.09
25063978--25064064	30	2.9	30	96	1	158	62	2	0	35	1.08
25064906--25064970	5	13.2	5	84	9	80	61	3	0	35	1.12
25065655--25065694	18	2.2	18	90	0	62	15	45	25	15	1.84
25072908--25072964	17	3.3	17	65	4	51	38	5	5	50	1.47
25072908--25072978	35	2.0	35	97	0	133	36	9	5	47	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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