genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  71  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21242881--21242933	18	2.9	17	72	10	52	62	0	11	26	1.29
21244253--21244298	24	1.9	24	86	8	67	6	0	41	52	1.27
21244494--21244976	239	2.0	242	89	4	742	31	21	14	32	1.93
21245148--21245213	11	6.4	10	77	8	53	6	15	0	78	0.93
21245164--21245209	10	4.5	10	89	5	65	8	15	0	76	1.02
21245164--21245208	21	2.1	21	91	0	72	8	13	0	77	0.98
21245153--21245211	10	5.9	9	83	14	55	6	15	0	77	0.96
21245153--21245215	21	3.0	21	77	13	67	7	14	0	77	0.97
21251905--21252834	44	20.6	44	74	6	660	28	20	17	32	1.96
21251899--21252834	133	6.9	133	81	4	789	28	21	17	32	1.96
21251907--21252834	272	3.4	268	79	4	866	28	20	17	32	1.96
21251890--21252834	412	2.3	405	81	2	1061	28	20	17	32	1.96
21255790--21255832	23	2.0	23	86	9	63	27	13	11	46	1.78
21256249--21256375	43	3.0	42	85	3	175	25	17	14	42	1.87
21261028--21261081	19	2.8	20	83	5	67	44	9	18	27	1.80
21263175--21263234	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
21263449--21263483	18	1.9	18	94	0	61	22	11	17	48	1.79
21273572--21273677	41	2.6	41	89	3	151	50	10	20	18	1.76
21280690--21280753	29	2.2	29	97	2	121	31	10	20	37	1.87
21294948--21295033	22	4.0	22	86	1	111	32	12	25	29	1.93
21296712--21296760	14	3.5	14	89	8	73	26	12	0	61	1.31
21296721--21296765	14	3.2	14	87	0	63	24	11	0	64	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21299926--21299956	5	6.2	5	100	0	62	0	0	19	80	0.71
21300478--21300512	4	9.0	4	87	6	54	22	0	2	74	0.95
21300478--21300512	11	3.0	12	91	4	54	22	0	2	74	0.95
21300828--21300863	3	12.3	3	88	5	56	30	0	2	66	1.06
21300830--21300863	17	2.0	17	94	0	59	29	0	2	67	1.05
21302038--21302101	6	9.8	6	77	15	56	15	0	6	78	0.95
21302023--21302100	26	2.9	25	73	17	68	14	2	6	76	1.08
21316019--21316060	15	2.6	16	85	11	59	26	7	0	66	1.17
21320758--21320812	27	2.0	27	100	0	110	32	10	7	49	1.65
21324545--21324596	17	3.1	17	70	10	52	69	0	26	3	1.06
21324556--21324604	23	2.0	23	84	11	62	65	0	26	8	1.20
21325608--21325648	21	2.0	21	90	0	64	29	26	17	26	1.97
21326781--21326849	24	2.9	24	82	4	77	40	7	7	44	1.60
21329100--21329160	23	2.6	23	84	2	86	39	4	8	47	1.55
21341764--21341870	24	4.5	24	73	17	91	70	3	5	20	1.24
21341783--21341865	9	9.3	9	68	19	50	69	3	4	21	1.22
21341827--21341873	15	3.3	14	77	14	51	72	2	2	23	1.06
21341764--21341883	24	5.1	24	75	14	81	69	4	5	20	1.27
21348414--21348447	18	1.9	17	88	5	50	76	2	0	20	0.92
21355858--21355896	16	2.4	16	87	8	53	41	2	0	56	1.13
21355825--21355937	42	2.7	41	72	15	113	37	5	3	53	1.41
21371738--21371781	18	2.4	18	88	0	70	47	20	4	27	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21378889--21378921	16	2.1	16	100	0	66	45	6	18	30	1.73
21381144--21381286	19	7.4	19	77	11	112	19	23	25	31	1.98
21381128--21381293	39	4.3	39	70	5	122	19	24	25	30	1.98
21384441--21384489	27	1.9	25	84	12	64	36	0	2	61	1.08
21384639--21384665	13	2.1	13	100	0	54	37	40	7	14	1.74
21384948--21385010	21	3.2	20	74	24	55	42	19	1	36	1.61
21385172--21385309	50	2.7	50	80	5	163	31	28	16	23	1.96
21388181--21388242	33	1.9	32	86	3	88	33	11	20	33	1.89
21389405--21389442	12	3.1	13	81	11	53	15	23	0	60	1.35
21389443--21389532	45	2.0	46	84	2	119	31	15	6	46	1.72
21392413--21392453	20	2.0	20	100	0	82	43	4	26	24	1.74
21394310--21394347	20	1.9	20	100	0	76	47	0	2	50	1.15
21398056--21398090	16	2.2	16	89	0	52	54	0	5	40	1.24
21399269--21399430	44	3.7	44	81	5	159	26	26	20	26	1.99
21410639--21410669	16	1.9	16	100	0	62	38	0	0	61	0.96
21414887--21414934	25	2.0	24	87	4	69	35	25	22	16	1.95
21415535--21415586	2	26.0	2	92	7	88	50	0	1	48	1.12
21421342--21421373	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
21426750--21426776	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21429779--21429896	59	2.0	60	86	1	166	36	15	9	38	1.79
21430144--21430197	19	2.8	19	97	0	99	37	9	16	37	1.81
21430653--21430720	34	2.0	34	83	8	86	22	5	2	69	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21430671--21430727	28	2.0	28	86	10	80	21	3	1	73	1.07
21430788--21430845	4	13.5	4	77	13	53	29	1	3	65	1.19
21430792--21430845	22	2.5	22	90	6	83	29	1	3	64	1.21
21438286--21438901	44	14.0	44	78	5	602	27	15	26	30	1.96
21438286--21438911	132	4.7	132	91	1	812	28	15	26	29	1.96
21438301--21438888	220	2.7	220	86	1	716	27	15	26	30	1.96
21439047--21439153	44	2.4	44	81	6	119	31	21	18	28	1.97
21439581--21439657	19	3.8	19	80	11	91	33	9	19	37	1.83
21439581--21439657	42	1.9	40	84	10	104	33	9	19	37	1.83
21440134--21440200	33	2.0	33	82	5	82	22	5	2	68	1.25
21440272--21440324	21	2.5	22	84	12	74	28	1	3	66	1.20
21440242--21440318	26	2.8	28	77	18	74	31	1	5	62	1.25
21444142--21444217	38	2.0	38	89	0	116	31	21	22	25	1.98
21454987--21455015	12	2.3	13	94	5	51	20	10	0	68	1.18
21458017--21458070	24	2.2	24	90	0	81	37	0	7	55	1.28
21469236--21469271	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
21470608--21470691	11	8.4	10	68	22	52	36	1	2	59	1.18
21470609--21470691	20	4.2	20	68	20	66	37	1	2	59	1.19
21474806--21474864	19	3.0	20	80	12	68	22	6	0	71	1.09
21474807--21474861	6	8.7	6	78	9	56	21	5	0	72	1.04
21478258--21478333	23	3.3	25	83	10	92	27	19	21	31	1.97
21485425--21485463	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21485681--21485756	23	3.3	23	84	0	116	22	18	27	31	1.97
21487470--21487545	23	3.3	23	88	5	109	31	26	18	23	1.97
21490709--21490734	13	2.0	13	100	0	52	46	7	46	0	1.31
21502960--21502995	16	2.2	17	90	5	56	13	8	19	58	1.61
21513140--21513170	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
21521300--21521328	13	2.1	14	93	6	51	41	3	0	55	1.17
21529182--21529270	46	1.9	44	86	13	126	35	1	3	59	1.21
21530124--21530179	28	2.0	28	82	6	69	53	0	1	44	1.11
21530188--21530221	5	6.8	5	100	0	68	41	0	0	58	0.98
21530124--21530206	34	2.3	37	81	12	109	49	0	3	46	1.19
21530967--21531013	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
21531555--21531622	31	2.1	33	83	5	86	36	2	22	38	1.69
21532765--21532817	26	2.0	26	96	0	97	28	3	37	30	1.75
21533338--21533371	6	5.5	6	93	6	59	85	0	14	0	0.60
21533471--21533540	20	3.5	20	84	2	86	22	11	11	54	1.68
21548191--21548223	13	2.6	13	90	4	50	18	3	27	51	1.60
21550045--21550179	25	5.5	24	68	14	80	25	17	13	42	1.86
21550077--21550154	23	3.3	23	72	13	86	25	19	16	38	1.92
21550026--21550182	48	3.3	48	90	1	235	26	17	14	41	1.88
21553280--21553312	17	2.0	17	88	5	50	36	21	0	42	1.53
21563474--21563515	3	14.0	3	84	0	57	0	26	33	40	1.56
21563474--21563515	12	3.5	12	90	0	66	0	26	33	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21570397--21570551	82	1.9	81	84	4	204	49	12	3	34	1.60
21577266--21577290	9	2.8	9	100	0	50	48	24	8	20	1.76
21582095--21582199	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
21582093--21582202	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
21582181--21582234	16	3.4	16	92	0	72	35	33	0	31	1.58
21585357--21585391	18	1.9	18	100	0	70	45	20	11	22	1.82
21591141--21591165	13	1.9	13	100	0	50	56	16	4	24	1.57
21592685--21592754	28	2.5	28	90	6	108	40	10	0	50	1.36
21592817--21592874	27	2.1	27	93	6	100	32	24	31	12	1.91
21592817--21592894	27	2.9	27	86	3	95	29	26	28	15	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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