genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  72  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21593184--21593241	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
21595988--21596031	13	3.3	13	82	17	54	4	9	2	84	0.85
21595989--21596040	27	1.9	27	84	7	70	9	7	1	80	0.97
21596031--21596099	27	2.5	28	95	4	124	47	0	10	42	1.37
21596135--21596175	19	2.2	19	86	8	57	68	4	0	26	1.10
21596873--21597022	38	4.3	32	74	23	92	0	33	0	66	0.97
21596934--21597044	18	6.1	18	73	15	86	0	32	0	65	1.05
21596965--21597044	34	2.8	28	73	24	76	0	32	1	66	1.00
21596923--21597013	38	2.4	38	96	0	164	1	36	0	62	1.02
21597005--21597047	22	1.9	23	85	4	61	0	30	2	67	1.03
21596967--21597048	28	2.7	30	73	19	80	0	32	1	65	1.00
21597096--21597164	27	2.6	27	83	4	95	17	26	28	27	1.97
21597220--21597288	27	2.5	28	90	4	106	46	1	11	40	1.49
21598292--21598365	21	3.5	21	66	0	67	25	0	27	47	1.52
21598387--21598516	34	3.8	33	78	11	138	40	1	15	43	1.56
21598577--21598844	126	2.1	125	86	2	376	35	18	15	30	1.92
21602932--21602963	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
21604113--21604177	30	2.2	30	97	0	121	41	3	29	26	1.71
21605018--21605076	20	3.1	19	78	9	66	44	1	10	44	1.48
21609609--21609655	14	3.5	13	81	16	51	46	4	0	48	1.21
21610669--21610707	5	7.8	5	91	0	51	20	23	20	35	1.96
21612740--21612765	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21622081--21622197	62	1.9	62	88	8	179	51	3	3	41	1.35
21625379--21625426	20	2.5	20	77	16	55	37	0	20	41	1.53
21625753--21625843	24	3.8	24	73	21	68	65	2	4	27	1.23
21630570--21630677	36	3.0	36	93	0	171	34	18	13	33	1.90
21633183--21633246	3	21.3	3	100	0	128	65	0	0	34	0.93
21633525--21633562	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
21641231--21641272	23	1.9	23	85	9	61	30	4	0	64	1.14
21642992--21643043	26	2.0	26	82	10	63	11	11	1	75	1.14
21649998--21650045	17	2.8	17	80	3	60	27	0	2	70	0.98
21656621--21656653	16	2.1	16	94	0	57	15	12	18	54	1.71
21660104--21660266	58	2.7	60	78	12	156	41	1	4	52	1.32
21663544--21663592	3	16.0	3	95	4	89	32	0	2	65	1.04
21671265--21671316	17	3.1	17	91	0	86	50	1	9	38	1.46
21671616--21672014	90	4.4	90	89	5	613	30	10	10	49	1.70
21671629--21672019	186	2.1	186	92	4	657	30	10	9	49	1.69
21681942--21682040	46	2.2	46	90	0	153	51	8	7	33	1.58
21684657--21684831	45	3.9	45	90	5	275	22	18	10	48	1.79
21684738--21684810	24	3.2	24	64	25	57	24	17	10	46	1.80
21688729--21688831	46	2.2	46	92	0	170	49	10	6	33	1.64
21693446--21693663	46	4.8	46	78	4	210	45	15	19	20	1.85
21693536--21693706	46	3.7	46	85	0	155	45	14	21	19	1.85
21713018--21713075	29	2.0	29	100	0	116	34	13	20	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21713537--21713681	47	3.1	47	72	16	158	44	2	3	49	1.30
21713522--21713737	91	2.4	91	93	0	369	47	2	3	46	1.33
21713614--21713805	101	2.0	92	78	15	194	47	2	2	47	1.30
21713553--21713696	47	3.1	47	69	20	140	45	2	2	50	1.28
21713523--21713804	91	3.0	90	87	8	359	46	2	2	47	1.30
21713981--21714015	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21713744--21714035	120	2.5	120	91	4	479	44	3	4	48	1.37
21720967--21721024	17	3.4	17	70	13	55	22	12	8	56	1.62
21720952--21721024	35	2.1	35	89	0	110	24	9	10	54	1.65
21727501--21727542	13	2.9	14	80	13	50	45	2	0	52	1.13
21734665--21734802	42	3.3	43	83	5	183	10	20	17	51	1.75
21737340--21737371	16	2.0	16	93	0	55	31	21	0	46	1.52
21738554--21738592	20	1.9	21	84	5	53	61	7	0	30	1.24
21750958--21751192	101	2.3	99	83	9	271	30	7	15	46	1.72
21755194--21755257	26	2.5	26	79	2	76	39	17	18	25	1.92
21764268--21764295	14	2.0	14	100	0	56	7	21	42	28	1.79
21764579--21764641	26	2.4	28	86	7	87	63	11	0	25	1.27
21770647--21770694	25	1.9	25	82	0	60	12	22	22	41	1.88
21777600--21777774	45	3.9	45	84	1	228	33	24	16	26	1.95
21780631--21780690	29	2.0	30	84	9	79	60	1	15	23	1.44
21781658--21781717	27	2.3	26	82	5	86	21	20	18	40	1.92
21783026--21783158	42	3.2	42	90	2	205	20	30	30	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21784446--21784582	53	2.6	53	83	0	184	13	24	43	17	1.86
21784817--21784855	13	3.0	13	84	0	51	17	15	15	51	1.77
21792142--21792240	27	3.7	26	82	5	108	38	23	21	17	1.93
21813014--21813123	38	2.9	38	87	0	157	35	24	20	19	1.96
21818487--21818515	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
21819559--21819682	43	2.9	42	78	14	128	23	19	28	29	1.98
21820570--21820619	23	2.2	23	85	0	64	30	18	16	36	1.92
21820534--21820691	71	2.2	71	81	7	180	29	12	18	38	1.88
21820578--21820691	23	4.9	23	75	8	95	30	12	18	38	1.87
21823441--21823719	27	10.4	27	86	0	344	42	20	17	20	1.90
21823441--21823719	134	2.1	135	89	2	418	42	20	17	20	1.90
21826152--21826190	3	13.0	3	94	0	69	64	2	33	0	1.08
21827192--21827241	24	2.1	24	100	0	100	40	18	4	38	1.69
21828879--21828905	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21830248--21830336	29	3.3	27	71	20	80	43	3	12	40	1.59
21830762--21830788	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
21832967--21832992	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21836680--21836731	26	2.0	26	88	0	77	23	25	28	23	1.99
21836706--21836935	42	5.5	41	77	11	218	23	15	25	35	1.94
21836706--21836943	84	2.8	84	89	2	352	23	16	24	34	1.95
21839787--21839821	6	5.8	6	93	0	61	20	17	31	31	1.95
21845273--21845340	22	3.0	22	68	19	68	33	8	13	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21849861--21849889	12	2.4	12	100	0	58	20	17	37	24	1.93
21850002--21850272	27	10.1	27	76	10	191	36	20	19	24	1.95
21850004--21850272	81	3.3	80	80	5	283	36	20	19	24	1.95
21850017--21850255	54	4.4	54	80	2	255	36	20	18	24	1.95
21850291--21850337	24	2.0	24	87	8	69	27	4	21	46	1.69
21850433--21850485	27	2.0	27	84	0	70	24	24	20	30	1.99
21850467--21850521	26	2.1	26	93	0	92	18	21	25	34	1.96
21850522--21850679	32	4.9	32	79	4	149	22	19	20	37	1.94
21850520--21850679	64	2.5	64	83	4	207	23	19	20	37	1.94
21853976--21854236	27	9.7	27	84	3	258	35	20	20	23	1.96
21853976--21854281	81	3.8	80	80	7	307	35	19	20	23	1.96
21853976--21854281	27	11.4	27	79	9	254	35	19	20	23	1.96
21854298--21854346	24	2.0	24	96	0	89	24	6	24	44	1.76
21854298--21854361	24	2.7	24	87	0	74	25	6	21	46	1.74
21854476--21854529	26	2.1	26	85	0	72	20	22	22	35	1.96
21854530--21854766	32	7.4	32	87	1	298	22	20	19	37	1.94
21856739--21856854	48	2.4	48	84	5	155	47	6	29	16	1.72
21856937--21857053	41	2.9	41	85	8	159	19	24	16	39	1.92
21864939--21865003	28	2.3	27	74	7	67	29	24	26	20	1.99
21865124--21865188	22	3.0	21	71	13	51	47	16	18	16	1.83
21865207--21865432	64	3.5	64	80	10	239	37	20	20	21	1.95
21865180--21865434	96	2.7	96	76	5	257	37	19	21	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21865200--21865446	32	7.7	32	76	7	182	37	20	20	21	1.95
21865603--21865649	24	1.9	25	91	4	78	48	29	8	12	1.71
21865661--21865712	27	2.0	27	84	3	70	44	11	17	26	1.83
21865714--21866019	27	11.3	27	84	2	314	22	20	20	35	1.96
21865710--21866019	81	3.8	81	83	3	349	22	20	21	35	1.96
21869110--21869218	40	2.8	38	82	12	141	33	26	22	16	1.95
21869276--21869413	41	3.4	41	93	2	233	23	20	24	31	1.98
21869527--21869583	26	2.2	26	84	9	73	57	5	8	28	1.50
21869823--21869855	14	2.3	15	89	5	50	33	0	27	39	1.57
21869875--21870116	132	1.8	132	84	4	328	29	1	26	42	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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