genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  56  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16991656--16991749	19	4.8	19	78	5	91	61	2	0	36	1.08
16991659--16991749	28	3.1	29	87	9	132	61	2	0	36	1.08
16991680--16991760	28	2.9	28	89	7	94	64	4	0	30	1.15
16991925--16991968	18	2.4	18	85	7	63	27	6	0	65	1.17
16992050--16992112	26	2.3	27	84	10	76	39	0	1	58	1.07
16994451--16994481	15	2.0	16	93	6	55	0	38	0	61	0.96
16999335--16999385	6	8.5	6	95	0	93	15	29	0	54	1.41
17008147--17008178	14	2.4	13	90	10	55	75	0	0	25	0.81
17010348--17010413	27	2.4	27	82	0	69	21	27	15	36	1.93
17013007--17013033	13	2.1	13	100	0	54	55	0	14	29	1.40
17013675--17013715	9	4.6	9	90	0	64	24	9	24	41	1.85
17013667--17013715	18	2.7	18	96	0	89	26	8	24	40	1.83
17018758--17018790	6	5.5	6	100	0	66	30	0	51	18	1.46
17020267--17020301	16	2.2	16	100	0	70	22	0	34	42	1.54
17020528--17020564	18	2.1	18	90	10	58	59	0	5	35	1.20
17021838--17021886	8	6.1	8	81	6	55	57	0	2	40	1.10
17028423--17028494	16	4.5	16	80	0	72	38	2	29	29	1.71
17028457--17028599	62	2.3	62	98	0	277	32	4	27	34	1.78
17032574--17032650	9	8.4	9	84	8	102	40	27	10	22	1.86
17032573--17032650	27	2.9	27	86	7	113	41	26	10	21	1.85
17037808--17037884	18	4.4	18	83	4	88	38	23	7	29	1.83
17040318--17040389	21	3.3	21	90	5	99	54	13	20	11	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17043141--17043166	7	3.7	7	100	0	52	15	0	11	73	1.11
17051154--17051187	12	2.9	12	91	4	52	64	0	2	32	1.08
17057903--17057961	30	2.0	30	89	0	91	38	8	25	27	1.84
17058403--17058447	23	2.0	23	95	0	81	17	20	26	35	1.95
17058405--17058454	23	2.2	23	88	0	73	22	16	28	34	1.95
17077965--17077995	5	6.4	5	92	7	55	54	0	0	45	0.99
17077968--17077995	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
17081023--17081059	15	2.4	16	90	4	58	81	0	2	16	0.81
17092552--17092615	27	2.4	27	85	10	80	20	18	28	32	1.96
17095293--17095359	17	4.1	16	75	12	55	38	23	11	25	1.89
17106638--17106671	17	1.9	18	88	5	52	11	5	29	52	1.61
17108528--17108579	26	2.0	26	96	0	95	53	19	1	25	1.55
17116273--17116354	30	2.7	30	92	0	137	24	23	6	46	1.75
17116273--17116348	15	5.1	15	67	10	57	25	22	6	46	1.76
17120935--17121016	30	2.7	30	92	0	137	24	23	6	46	1.75
17120935--17121010	15	5.1	15	67	10	57	25	22	6	46	1.76
17129275--17129438	72	2.3	72	82	4	206	24	5	14	56	1.59
17131202--17131226	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
17131214--17131251	19	2.0	19	85	10	51	39	2	2	55	1.28
17131481--17131528	13	3.7	13	77	0	60	35	29	4	31	1.76
17137626--17137687	31	2.0	31	87	0	88	43	11	8	37	1.70
17137639--17137708	31	2.2	32	80	7	81	48	10	7	34	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17138090--17138120	13	2.4	13	100	0	62	58	0	0	41	0.98
17139019--17139065	19	2.4	19	86	10	60	23	14	0	61	1.33
17139524--17139581	26	2.2	28	79	14	70	48	3	3	44	1.36
17142379--17142436	26	2.3	25	90	3	89	31	17	6	44	1.75
17142379--17142449	26	2.8	26	85	6	83	33	15	7	43	1.74
17146690--17146852	73	2.2	73	81	5	204	34	19	17	28	1.94
17146690--17147037	37	9.7	36	75	9	223	31	20	17	30	1.95
17146792--17146890	36	2.9	33	83	8	92	32	20	19	28	1.97
17146971--17147046	39	1.9	39	91	0	125	32	19	14	32	1.92
17155503--17155608	54	2.0	54	87	7	153	27	22	32	17	1.97
17155645--17155683	19	2.1	19	85	0	51	15	35	25	23	1.94
17157985--17158032	20	2.5	20	83	9	57	43	2	4	50	1.33
17162366--17162446	39	2.1	39	100	0	162	38	19	12	29	1.89
17163142--17163966	412	2.0	414	94	0	1465	33	22	17	26	1.96
17166410--17166441	12	2.8	11	90	9	55	37	9	15	37	1.80
17167248--17167420	91	1.9	91	93	0	301	31	23	12	32	1.92
17167284--17167424	45	3.1	45	64	9	115	32	24	12	29	1.93
17168677--17168716	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
17168663--17168728	35	1.9	34	90	6	107	31	7	13	46	1.71
17168657--17168732	14	5.0	15	71	21	52	34	7	14	43	1.74
17171105--17171168	30	2.2	30	82	2	76	53	9	14	23	1.69
17171113--17171183	30	2.4	30	85	0	97	46	9	18	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17173239--17173293	19	2.8	20	75	8	60	27	5	0	67	1.12
17173877--17174170	43	6.8	43	84	0	363	26	29	19	24	1.99
17173877--17174184	86	3.6	86	87	1	413	26	29	19	24	1.98
17175496--17175546	2	25.5	2	100	0	102	49	0	50	0	1.00
17175729--17175768	20	2.0	20	100	0	80	65	10	0	25	1.24
17177922--17177970	14	3.4	14	78	15	55	32	42	2	22	1.65
17177993--17178034	14	2.9	14	89	6	66	35	38	0	26	1.57
17177989--17178035	15	3.3	15	88	8	71	40	34	0	25	1.56
17178210--17178313	15	6.9	14	73	17	75	32	44	0	23	1.54
17178249--17178330	23	3.7	23	90	4	123	32	43	0	23	1.54
17178656--17178816	41	3.9	41	94	1	279	26	31	22	19	1.97
17185732--17185786	27	2.0	27	82	6	67	43	3	1	50	1.30
17189929--17189965	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
17190001--17190043	21	2.0	21	82	8	52	20	37	0	41	1.53
17195106--17195143	20	1.9	20	88	0	58	50	15	2	31	1.58
17195469--17195536	4	15.8	4	81	14	57	1	23	1	73	1.00
17198369--17198417	21	2.3	20	80	13	53	34	4	0	61	1.15
17198366--17198429	22	3.0	22	77	9	69	32	4	0	62	1.16
17199168--17199248	29	2.8	28	85	9	92	29	4	2	62	1.29
17199168--17199243	30	2.6	30	85	10	95	28	5	2	63	1.30
17199444--17199502	29	2.0	30	83	3	75	55	8	11	23	1.63
17199872--17199903	16	1.9	17	93	6	57	68	18	6	6	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17199904--17199966	27	2.3	27	97	0	117	28	23	34	12	1.92
17200434--17200496	19	3.3	19	63	0	54	41	11	3	44	1.56
17200531--17200565	17	2.0	17	88	5	52	48	0	17	34	1.47
17201964--17202028	28	2.4	28	84	2	87	53	1	7	36	1.39
17204060--17204092	10	3.4	10	91	4	50	69	6	0	24	1.10
17204557--17204618	28	2.2	29	82	2	72	38	4	3	53	1.39
17211887--17211975	46	2.0	44	95	4	160	35	8	22	32	1.85
17221707--17221762	3	18.7	3	100	0	112	33	0	0	66	0.92
17229084--17229132	26	1.9	25	84	12	64	46	8	26	18	1.76
17229082--17229138	26	2.2	25	75	9	62	54	7	22	15	1.65
17233643--17233703	24	2.6	24	84	2	88	18	21	9	50	1.75
17233670--17233783	40	2.8	40	84	2	131	18	22	7	50	1.72
17242749--17242801	3	17.7	3	100	0	106	33	0	32	33	1.58
17247221--17247246	3	8.7	3	100	0	52	0	65	0	34	0.93
17249979--17250025	23	2.1	23	84	11	62	21	2	4	72	1.12
17252691--17252814	66	1.9	66	80	6	144	30	8	6	54	1.55
17253413--17253475	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
17258610--17258702	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
17259034--17259130	3	32.3	3	93	0	167	63	1	0	35	1.01
17260021--17260066	14	3.3	14	93	0	83	56	2	0	41	1.11
17260011--17260077	28	2.3	28	76	5	80	44	2	0	52	1.16
17262978--17263010	13	2.4	14	90	5	50	57	0	6	36	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17271302--17271342	21	1.9	22	90	5	66	46	29	0	24	1.53
17276074--17276132	21	2.8	21	78	0	73	20	38	20	20	1.93
17283443--17283490	20	2.3	20	79	10	53	31	0	10	58	1.32
17284621--17284655	18	1.9	18	88	0	52	25	14	11	48	1.77
17287081--17287129	13	3.7	13	80	2	53	32	8	14	44	1.74
17289110--17289184	26	2.9	25	90	5	114	44	21	18	16	1.87
17296385--17296549	23	7.2	23	81	9	185	31	25	18	24	1.97
17296385--17296552	46	3.7	46	89	0	246	32	25	17	25	1.97
17296385--17296552	69	2.4	69	82	11	218	32	25	17	25	1.97
17296778--17296816	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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