genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  95  of  210  ( 25152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27813284--27813414	66	2.0	66	92	0	217	24	19	19	35	1.95
27813386--27813557	53	3.2	54	81	5	161	22	20	19	37	1.94
27813387--27813558	27	6.4	27	83	4	163	21	20	19	37	1.94
27813350--27813573	54	4.2	55	80	6	194	22	19	20	38	1.94
27813416--27813572	27	5.9	27	83	8	169	22	20	19	38	1.94
27816149--27816360	32	6.6	31	71	8	115	39	22	18	19	1.92
27816148--27816357	96	2.2	96	81	5	237	39	21	18	20	1.92
27816148--27816360	64	3.3	64	75	7	218	39	22	18	19	1.93
27816533--27816610	24	3.3	23	80	5	84	47	23	7	21	1.76
27816647--27816964	27	11.8	27	87	2	397	23	22	20	33	1.97
27816712--27817036	27	12.1	27	83	7	197	21	21	20	35	1.96
27816682--27817017	81	4.2	81	79	9	262	23	22	20	34	1.97
27818651--27818830	57	3.2	57	83	6	231	47	15	14	22	1.82
27827278--27827341	30	2.1	30	91	0	101	20	29	20	29	1.97
27827573--27828019	224	2.0	224	95	0	795	33	13	17	35	1.89
27839687--27839725	18	2.1	19	85	4	53	28	12	15	43	1.83
27860512--27860571	6	9.8	6	74	16	52	15	3	3	78	1.01
27867256--27867284	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
27874516--27874732	72	3.0	71	77	5	220	34	20	15	29	1.94
27878234--27878279	23	1.9	25	86	8	69	45	0	4	50	1.21
27878234--27878287	23	2.2	24	83	9	65	46	0	3	50	1.19
27880346--27880512	27	6.1	27	85	1	181	37	20	10	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27880361--27880512	81	1.9	82	84	4	209	38	18	10	32	1.85
27880726--27880785	27	2.2	27	85	5	77	18	23	21	36	1.95
27890223--27890285	25	2.5	25	84	5	74	33	15	11	39	1.83
27890616--27890659	18	2.5	17	78	10	52	40	15	2	40	1.60
27893627--27894108	85	5.8	84	77	8	336	31	14	12	41	1.83
27893883--27894116	79	3.0	78	80	6	251	31	16	11	41	1.83
27894124--27894429	84	3.7	82	79	7	280	33	10	10	46	1.72
27906724--27907369	325	2.0	325	85	7	882	46	8	8	35	1.66
27912510--27912571	23	2.5	24	76	10	63	66	6	9	17	1.42
27914430--27914794	132	2.8	131	93	1	606	27	23	19	30	1.98
27914828--27915109	50	5.6	50	67	9	180	25	24	21	28	1.99
27914985--27915921	49	18.9	50	67	6	438	22	21	24	32	1.98
27914885--27915921	99	10.5	99	89	2	1327	22	21	23	31	1.98
27914818--27915921	296	3.7	297	86	2	1385	23	21	23	31	1.99
27914818--27915921	197	5.6	198	87	2	1383	23	21	23	31	1.99
27918887--27919085	88	2.3	88	91	0	317	26	22	23	27	2.00
27920184--27920283	42	2.4	42	91	1	155	28	26	15	31	1.95
27920368--27920406	9	4.6	9	87	12	64	10	10	0	79	0.94
27920368--27920404	16	2.3	16	100	0	74	10	10	0	78	0.97
27921255--27921288	6	5.8	6	93	3	52	2	0	8	88	0.62
27925820--27926076	112	2.3	107	79	15	247	26	4	20	48	1.68
27925820--27926031	112	1.9	116	80	15	255	25	3	22	48	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27929156--27929215	6	10.0	6	82	7	50	16	35	3	45	1.64
27929172--27929217	24	1.9	24	90	0	74	13	36	6	43	1.69
27931784--27931862	21	3.7	22	80	12	78	36	8	16	37	1.80
27931784--27931839	19	2.8	19	94	5	94	37	10	16	35	1.83
27931785--27931862	19	3.6	24	80	16	75	37	8	15	38	1.79
27932066--27932110	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
27932370--27932446	37	2.1	36	80	9	84	38	9	1	50	1.42
27936279--27936318	17	2.3	18	86	4	55	82	5	12	0	0.82
27936287--27936319	11	3.0	11	91	8	50	81	0	18	0	0.68
27937363--27937551	88	2.1	88	83	1	236	26	17	24	30	1.98
27937733--27938416	50	13.7	50	68	7	332	31	20	21	26	1.98
27937724--27938491	100	7.7	100	85	2	907	31	20	22	26	1.98
27937724--27938491	300	2.6	299	86	1	1007	31	20	22	26	1.98
27938225--27938491	50	5.3	50	66	2	151	30	18	23	27	1.98
27938498--27938619	44	2.8	43	82	2	145	34	16	18	30	1.93
27938625--27939184	44	12.8	44	70	9	220	26	18	25	29	1.98
27938499--27939281	218	3.6	218	89	0	1161	28	18	24	29	1.98
27938625--27938913	89	3.3	88	74	8	250	25	18	26	29	1.98
27939153--27939263	44	2.5	43	78	5	107	30	20	19	28	1.97
27939761--27939839	21	3.7	22	80	12	78	36	8	16	37	1.80
27939761--27939816	19	2.8	19	94	5	94	37	10	16	35	1.83
27939762--27939839	19	3.6	24	80	16	75	37	8	15	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27940043--27940088	23	2.0	23	82	0	56	19	4	15	60	1.51
27940424--27940487	2	33.5	2	78	9	62	45	1	1	51	1.20
27940516--27940559	23	2.0	22	90	4	70	34	6	2	56	1.38
27941457--27941580	61	2.0	61	92	0	203	34	14	9	41	1.79
27942882--27942943	30	2.1	30	84	6	81	41	0	37	20	1.53
27942985--27943021	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
27943075--27943105	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
27946196--27946241	23	2.0	23	83	8	58	36	0	0	63	0.95
27946462--27946523	25	2.4	25	89	10	90	38	11	0	50	1.39
27946462--27946527	26	2.5	26	88	11	100	39	10	0	50	1.37
27947132--27947186	18	2.9	19	75	5	58	40	12	0	47	1.42
27947131--27947187	19	3.1	19	74	5	62	38	12	0	49	1.41
27947266--27947321	18	3.0	19	78	5	78	37	12	0	50	1.41
27947261--27947323	18	3.4	18	72	12	65	39	11	1	47	1.49
27947925--27947985	26	2.2	28	94	5	108	50	0	8	40	1.32
27948595--27948645	16	2.9	17	88	8	68	31	0	1	66	1.03
27954867--27954935	34	2.0	34	88	0	102	28	23	5	42	1.77
27955663--27955729	18	3.7	18	76	7	73	13	37	5	43	1.69
27955663--27955740	36	2.2	36	88	0	111	12	38	6	42	1.69
27958546--27958714	31	5.3	31	68	5	122	46	10	16	26	1.80
27958576--27958679	33	3.2	33	69	10	97	45	10	17	26	1.81
27958546--27958715	64	2.7	64	91	1	279	45	10	17	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27965683--27965716	15	2.3	15	89	0	50	58	17	0	23	1.38
27965689--27965744	24	2.3	24	90	0	85	62	16	0	21	1.32
27972323--27972360	16	2.4	16	95	4	69	31	13	36	18	1.89
27987053--27987111	28	2.1	28	100	0	118	11	40	6	40	1.68
27996567--27996600	15	2.3	15	94	0	59	32	11	0	55	1.36
27997889--27997944	29	1.9	30	85	7	80	41	5	3	50	1.43
27999322--27999371	25	2.0	25	84	0	64	52	0	0	48	1.00
28002638--28002673	18	2.1	18	89	5	56	2	27	5	63	1.30
28003744--28003781	19	2.0	19	85	10	51	15	15	44	23	1.85
28003904--28004036	27	5.0	27	78	8	141	33	18	21	26	1.96
28003906--28004031	53	2.4	53	88	6	175	34	18	21	25	1.96
28004057--28004138	24	3.5	24	81	5	87	21	7	23	47	1.75
28004212--28004266	27	2.0	27	83	13	69	20	25	23	30	1.98
28004220--28004272	27	2.0	27	81	7	63	22	26	20	30	1.98
28004254--28004319	26	2.5	26	90	0	96	18	19	25	36	1.94
28004313--28004550	32	7.4	32	77	9	189	18	21	23	37	1.94
28004342--28004550	64	3.2	64	79	6	226	18	21	22	37	1.94
28004341--28004557	95	2.2	98	83	5	280	18	22	22	36	1.95
28009075--28009207	49	2.7	49	77	3	160	24	14	27	34	1.94
28013423--28013485	27	2.3	27	83	0	72	41	20	19	19	1.91
28015360--28015419	30	2.0	31	90	3	95	68	0	0	31	0.90
28016950--28016994	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28018715--28018833	44	2.7	45	76	13	129	25	21	26	26	2.00
28018808--28018921	44	2.6	44	79	4	124	29	19	22	28	1.98
28018930--28019051	45	2.7	45	85	2	165	30	22	22	24	1.99
28019603--28019694	19	4.8	19	91	0	148	38	8	16	36	1.79
28019603--28019717	38	2.9	38	89	5	167	37	7	16	38	1.78
28019616--28019717	19	5.0	22	80	11	78	38	6	16	38	1.76
28019902--28019946	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
28020166--28020204	3	12.7	3	89	5	60	30	0	0	69	0.89
28020166--28020196	16	1.9	16	100	0	62	32	0	0	67	0.91
28030879--28031062	50	3.7	50	82	6	205	23	27	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210