genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   

This is table  22  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7421335--7421371	12	3.1	12	92	0	56	21	0	16	62	1.33
7427620--7427657	19	2.0	19	85	10	51	60	7	0	31	1.25
7427696--7427831	12	11.7	12	69	18	60	0	33	0	66	0.92
7427721--7427833	4	27.5	4	75	18	99	0	32	0	67	0.91
7427721--7427833	24	4.7	25	77	17	116	0	32	0	67	0.91
7427888--7427931	18	2.4	18	100	0	88	22	31	22	22	1.98
7427984--7428058	28	2.7	28	87	4	107	42	1	14	41	1.54
7437055--7437190	27	5.0	27	93	0	236	16	20	39	23	1.91
7437055--7437211	27	5.8	27	85	7	203	18	21	37	22	1.94
7437055--7437211	81	1.9	81	88	5	237	18	21	37	22	1.94
7437055--7437190	54	2.5	54	98	0	263	16	20	39	23	1.91
7437273--7437319	18	2.5	20	79	10	62	63	2	34	0	1.06
7437269--7437322	22	2.4	23	84	12	76	64	1	33	0	1.04
7440950--7440991	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
7441508--7441547	14	2.6	16	77	22	50	0	42	0	57	0.98
7441508--7441544	15	2.5	14	91	8	56	0	43	0	56	0.99
7441674--7441739	27	2.4	27	89	0	105	12	37	22	27	1.90
7443334--7443372	21	1.9	20	84	5	51	71	5	10	12	1.28
7444890--7444916	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
7444900--7445060	84	1.9	85	81	11	197	31	14	8	45	1.76
7445754--7445783	16	1.9	16	93	6	53	23	6	0	70	1.11
7446160--7446202	15	2.8	16	75	7	52	23	20	13	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7447225--7447262	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
7447737--7447870	40	3.5	39	73	17	120	29	20	22	27	1.98
7447733--7447914	75	2.4	76	77	5	210	29	21	23	25	1.99
7454337--7454427	35	2.4	35	82	15	103	27	1	3	68	1.12
7455411--7455482	38	2.0	37	86	10	105	50	16	0	33	1.46
7457978--7458024	22	2.1	21	81	14	51	53	4	8	34	1.51
7476026--7476133	54	2.0	54	87	3	155	43	9	7	39	1.65
7484776--7484828	6	9.2	6	73	22	51	0	16	0	83	0.66
7484775--7484826	7	7.6	7	78	18	56	0	15	0	84	0.62
7484774--7484824	15	3.5	15	81	2	68	0	15	0	84	0.63
7484943--7484967	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
7485001--7485040	19	2.0	21	85	9	57	2	25	40	32	1.69
7485202--7485277	6	12.7	6	75	14	68	2	17	0	80	0.83
7485182--7485278	26	4.0	25	73	17	89	3	17	1	78	0.94
7485183--7485277	49	2.0	48	85	6	129	3	16	1	78	0.93
7485363--7485406	14	3.3	14	81	12	65	0	29	0	70	0.88
7485883--7486000	29	4.0	30	79	10	127	44	4	17	33	1.69
7488314--7488347	14	2.3	15	90	5	52	35	0	29	35	1.58
7488384--7488427	7	6.6	7	84	10	65	15	0	50	34	1.45
7488389--7488427	12	3.1	12	92	7	60	15	0	51	33	1.44
7488389--7488441	26	2.0	26	82	7	63	20	0	45	33	1.52
7488527--7488595	7	9.9	7	76	6	68	18	1	47	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7488792--7488845	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
7488840--7488884	20	2.2	20	88	0	63	62	4	6	26	1.39
7488878--7488921	20	2.2	21	84	15	58	81	2	4	11	0.92
7488955--7489018	31	2.1	31	100	0	128	43	6	9	40	1.62
7489398--7489823	198	2.2	198	91	1	685	29	16	20	34	1.94
7491099--7491142	18	2.4	19	84	3	54	13	15	13	56	1.67
7491146--7491254	7	15.3	7	84	3	146	4	11	11	72	1.26
7491146--7491254	21	5.1	21	91	3	173	4	11	11	72	1.26
7491131--7491254	43	2.9	42	90	4	185	5	11	10	72	1.27
7491995--7492245	9	28.8	9	70	12	157	45	19	3	31	1.69
7492154--7492253	25	4.0	25	75	12	87	46	18	3	33	1.64
7497741--7497780	12	3.3	12	89	0	62	42	17	37	2	1.63
7498203--7498554	42	8.3	42	87	4	435	25	22	20	31	1.98
7498203--7498554	85	4.2	85	84	5	430	25	22	20	31	1.98
7507918--7507947	2	14.5	2	93	6	51	46	0	3	50	1.18
7509366--7509400	18	1.9	18	94	0	61	25	28	14	31	1.95
7525602--7525634	15	2.2	15	89	10	50	57	0	0	42	0.98
7528219--7528313	42	2.3	42	94	0	163	25	27	10	36	1.89
7530619--7530702	6	14.5	6	73	9	50	76	5	4	13	1.13
7530593--7530692	27	3.6	27	79	13	98	73	6	6	15	1.23
7540395--7540438	21	2.0	21	82	4	52	11	2	38	47	1.52
7545406--7545437	16	2.0	16	93	0	55	12	3	28	56	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7549695--7549746	3	17.0	3	88	4	68	59	0	5	34	1.21
7563287--7563327	21	1.9	22	90	5	66	17	24	2	56	1.53
7567166--7567247	3	27.0	3	92	2	128	62	0	3	34	1.13
7577908--7578000	46	2.0	44	82	15	109	24	0	19	55	1.43
7577992--7578079	33	2.6	34	80	7	108	39	0	14	45	1.45
7578146--7578381	127	1.9	126	80	2	276	38	15	16	28	1.90
7578146--7578418	127	2.2	126	79	4	273	36	16	16	30	1.91
7581505--7581638	33	4.3	33	66	19	106	58	3	1	36	1.25
7581503--7581557	25	2.2	24	78	12	67	54	3	0	41	1.18
7581505--7581697	92	2.1	92	97	0	359	55	4	2	37	1.33
7586857--7586900	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
7590059--7590086	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7595520--7595592	27	2.7	27	87	4	94	31	12	27	28	1.93
7602705--7602885	98	1.8	98	93	0	317	37	25	10	26	1.88
7623277--7623495	97	2.3	97	95	0	393	23	26	24	26	2.00
7623793--7623843	20	2.5	20	87	0	66	27	23	7	41	1.82
7632397--7632425	3	9.7	3	100	0	58	31	34	34	0	1.58
7633356--7633403	21	2.3	23	75	20	59	45	0	2	52	1.12
7633569--7633628	29	2.2	27	82	14	70	25	13	16	45	1.84
7633869--7633937	22	3.1	21	81	8	84	31	26	1	40	1.65
7633890--7633995	52	2.1	51	83	1	131	33	30	1	34	1.69
7635014--7635340	122	2.8	113	85	8	396	32	20	15	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7635114--7635341	122	1.9	122	93	3	397	32	19	14	33	1.92
7635699--7635825	61	2.0	61	87	9	182	62	14	10	12	1.53
7637240--7637289	6	8.0	6	91	8	82	0	18	0	82	0.68
7637317--7637371	13	4.3	13	80	13	53	9	3	3	83	0.88
7637315--7637355	19	2.2	19	95	4	75	12	0	4	82	0.81
7639419--7639467	19	2.5	20	80	6	57	42	10	18	28	1.83
7646451--7646607	52	3.0	52	94	0	278	36	28	10	24	1.89
7649765--7649808	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
7654769--7654842	22	3.4	23	80	9	84	63	9	2	24	1.37
7656810--7656867	30	1.9	31	89	10	93	27	0	6	65	1.18
7657087--7657131	22	2.0	22	91	0	72	64	13	8	13	1.49
7657657--7657726	16	4.4	16	96	0	104	31	0	35	32	1.58
7657705--7657814	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
7657940--7657981	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
7657949--7657990	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
7666255--7666279	10	2.5	10	100	0	50	84	0	0	16	0.63
7669967--7670023	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
7670118--7670187	16	4.4	16	96	0	104	31	0	35	32	1.58
7670166--7670275	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
7670401--7670442	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
7670410--7670451	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
7670404--7670698	122	2.4	122	93	2	497	50	5	2	42	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7670404--7670702	59	5.0	59	69	16	175	50	5	2	42	1.35
7670520--7670571	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
7670680--7670846	47	3.6	46	71	12	146	47	4	2	45	1.35
7670739--7670810	28	2.6	28	84	8	85	51	4	0	44	1.20
7670978--7671022	22	2.0	22	100	0	90	42	13	0	44	1.43
7678733--7678762	12	2.5	12	94	0	51	53	0	10	36	1.35
7680509--7680666	44	3.6	44	91	1	239	15	22	17	44	1.86
7680939--7680968	14	2.1	15	93	6	53	30	0	20	50	1.49
7687399--7687514	43	2.7	43	79	14	123	22	18	29	29	1.98
7692667--7692699	12	2.8	12	95	0	57	30	12	0	57	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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