genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  74  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22275056--22275127	37	1.9	37	85	0	99	20	15	11	52	1.72
22275102--22275269	37	4.5	37	77	4	97	18	22	12	47	1.82
22275124--22275275	37	4.1	37	78	6	148	19	21	14	44	1.86
22275115--22275275	74	2.2	74	80	2	189	19	21	14	44	1.86
22278093--22278178	5	17.2	5	80	4	93	36	17	4	41	1.70
22279048--22279751	6	116.5	6	89	1	816	66	8	0	24	1.23
22279772--22279805	13	2.6	13	86	13	52	82	0	17	0	0.67
22286687--22286741	21	2.7	20	80	8	65	30	34	7	27	1.84
22290825--22290906	41	2.0	41	83	4	103	34	13	13	39	1.84
22291325--22291414	41	2.2	41	90	4	137	36	11	10	42	1.74
22290614--22292207	501	3.2	500	85	2	2056	37	13	12	36	1.82
22291826--22291910	41	2.1	41	82	4	100	36	10	9	43	1.72
22295113--22295212	42	2.4	42	83	3	121	30	22	24	24	1.99
22295680--22295723	13	3.4	13	93	0	70	11	22	40	25	1.87
22297881--22298030	41	3.7	41	82	5	169	24	26	19	29	1.98
22297884--22298050	41	4.1	40	74	10	117	25	26	19	29	1.98
22302044--22302075	13	2.3	15	89	10	50	15	9	0	75	1.05
22303600--22303635	16	2.2	17	90	5	56	41	0	0	58	0.98
22304108--22304201	49	1.9	49	91	0	152	25	23	8	42	1.82
22305569--22305655	44	2.0	44	88	0	129	22	21	1	54	1.52
22318406--22318489	25	3.5	25	68	12	77	19	17	14	48	1.81
22320725--22320778	22	2.5	22	100	0	108	31	25	7	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22322834--22322867	16	2.1	16	89	10	52	38	0	2	58	1.13
22340035--22340093	29	2.0	30	83	3	75	50	11	5	32	1.61
22342651--22343108	242	1.9	242	85	2	643	36	7	28	26	1.85
22346725--22346776	5	10.2	5	80	12	61	25	1	0	73	0.94
22348411--22348444	12	2.8	12	81	0	50	17	5	0	76	0.98
22354604--22354660	9	6.4	9	81	4	62	43	22	7	26	1.78
22354763--22354811	18	2.7	18	83	0	62	18	2	40	38	1.62
22364167--22364204	14	2.8	13	88	7	58	60	0	0	39	0.97
22367222--22367273	24	2.2	24	85	0	68	9	7	17	65	1.45
22367369--22367623	125	2.0	126	87	0	368	25	21	19	33	1.97
22368793--22369118	47	7.0	47	91	2	496	40	13	12	32	1.83
22370010--22370044	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
22372598--22372719	30	4.1	30	85	7	167	36	9	17	36	1.83
22372592--22372712	59	2.0	60	95	1	217	38	10	15	35	1.83
22377312--22377433	30	4.1	30	87	7	185	36	10	16	36	1.83
22377306--22377426	59	2.0	60	98	1	235	38	11	14	34	1.83
22378499--22378610	24	4.6	24	79	13	122	31	21	23	24	1.98
22388230--22388327	34	2.9	35	87	4	146	43	1	12	42	1.48
22388211--22388338	34	3.7	34	83	5	141	40	0	14	43	1.51
22391906--22391948	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
22393702--22393762	17	3.4	17	70	12	59	52	14	3	29	1.58
22393693--22393763	37	1.9	37	100	0	142	49	15	5	29	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22393693--22393784	37	2.5	37	89	7	125	47	15	5	31	1.68
22393895--22394011	39	3.0	39	91	1	191	19	2	26	51	1.60
22393992--22394016	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
22395379--22395435	2	28.0	2	96	3	105	49	1	0	49	1.11
22395798--22395847	23	2.4	20	87	12	66	62	0	0	38	0.96
22395826--22395863	16	2.2	18	86	13	53	55	0	0	44	0.99
22396320--22396351	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22400704--22401221	179	2.9	179	79	7	550	35	23	14	25	1.93
22403512--22403554	22	1.9	22	85	4	59	30	9	0	60	1.28
22403599--22403647	20	2.5	20	86	0	71	42	6	4	46	1.47
22405013--22405050	12	3.1	12	79	20	51	36	0	0	63	0.95
22404997--22405050	25	2.2	24	90	6	83	33	1	0	64	1.04
22405007--22405047	13	3.2	13	77	19	50	36	2	0	60	1.10
22405494--22405536	19	2.3	19	100	0	86	37	4	0	58	1.19
22405488--22405536	19	2.7	18	87	12	73	38	4	0	57	1.18
22409363--22409427	19	3.6	18	71	12	62	41	0	20	38	1.52
22409775--22409879	45	2.3	45	90	3	158	20	15	19	44	1.86
22409859--22409900	6	6.8	6	86	2	57	16	21	16	45	1.86
22415573--22415628	27	2.1	27	96	0	103	28	14	23	33	1.94
22420484--22420595	56	2.0	56	87	3	163	46	8	27	17	1.76
22421819--22421876	28	2.0	30	83	6	75	39	1	31	27	1.67
22425123--22425189	23	2.8	25	82	13	79	19	4	5	70	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22425233--22425326	21	4.3	22	82	9	104	45	0	1	53	1.07
22425206--22425316	45	2.5	44	82	8	129	43	0	3	53	1.18
22425232--22425314	21	3.8	22	84	9	116	40	0	1	57	1.06
22425542--22425583	18	2.4	17	92	7	75	52	0	7	40	1.29
22425594--22425652	21	2.8	21	78	2	73	61	0	3	35	1.13
22429370--22429526	43	3.7	43	75	7	140	24	19	26	29	1.98
22431916--22432052	30	4.6	29	81	5	132	25	25	22	26	2.00
22431916--22432047	60	2.2	60	83	5	160	25	25	22	27	2.00
22434261--22434988	363	2.0	363	98	0	1393	26	26	17	29	1.98
22436031--22436087	20	2.8	21	81	10	73	64	0	0	35	0.93
22437565--22437729	40	4.2	38	77	12	163	35	1	0	62	1.06
22437614--22437735	12	11.9	11	68	23	61	38	0	0	60	1.02
22437597--22437735	70	2.0	70	87	7	201	37	0	0	61	1.01
22437565--22437735	39	4.5	39	77	18	173	37	1	0	60	1.07
22437633--22437687	9	5.8	9	77	10	56	30	0	0	69	0.89
22437625--22437698	29	2.5	29	91	8	123	35	0	0	64	0.94
22437654--22437735	41	2.0	42	90	7	132	39	1	0	59	1.05
22437645--22437735	32	3.0	32	84	9	102	37	1	0	61	1.03
22438917--22438982	27	2.4	27	84	0	105	24	33	34	7	1.84
22439057--22439114	3	19.7	3	75	10	57	68	0	31	0	0.89
22439057--22439112	12	4.8	12	80	10	71	69	0	30	0	0.89
22441042--22441115	3	25.3	3	76	10	73	68	0	31	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22441046--22441127	29	2.9	27	75	17	78	65	0	34	0	0.93
22441043--22441115	23	3.3	22	84	11	96	69	0	30	0	0.88
22441142--22441189	21	2.3	20	85	3	60	68	0	29	2	1.01
22441392--22441610	76	2.8	76	77	9	228	34	5	10	50	1.59
22441585--22441744	3	53.3	3	94	0	284	33	2	0	64	1.07
22444619--22444660	8	5.4	8	85	5	59	23	0	26	50	1.50
22445397--22445456	26	2.3	26	80	11	70	60	10	6	23	1.52
22447461--22447798	157	2.2	158	93	4	577	28	8	8	54	1.60
22447955--22448115	30	5.6	30	82	13	196	60	8	6	24	1.49
22447960--22448017	14	3.9	14	77	18	64	65	6	5	22	1.37
22448346--22448454	3	36.3	3	69	14	55	1	36	1	59	1.19
22448405--22448454	11	4.5	11	80	14	59	4	34	0	62	1.14
22448990--22449023	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
22449719--22449795	31	2.6	29	81	6	91	53	6	2	37	1.41
22451755--22451791	7	5.3	7	90	0	56	27	29	5	37	1.79
22451705--22451931	51	4.4	50	86	8	292	31	23	12	32	1.92
22452987--22453074	30	2.9	30	82	1	104	31	10	19	38	1.85
22453048--22453261	105	2.0	105	90	0	338	28	7	26	37	1.84
22455447--22455479	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
22465141--22465195	20	2.8	20	97	0	101	36	9	27	27	1.87
22467068--22467116	23	2.2	22	79	10	55	51	4	8	36	1.51
22467292--22467343	3	17.3	3	79	0	59	61	5	1	30	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22472191--22472243	22	2.6	19	82	11	70	47	1	0	50	1.12
22473857--22474078	41	5.4	41	88	0	336	28	25	23	22	1.99
22474116--22474250	40	3.4	38	73	11	103	19	23	22	34	1.96
22495348--22495433	40	2.2	37	82	14	93	50	1	11	37	1.47
22495459--22495488	15	1.9	16	93	6	53	40	0	13	46	1.43
22501957--22501991	18	1.9	18	88	0	52	45	0	2	51	1.16
22520115--22520140	6	4.3	6	100	0	52	50	0	15	34	1.45
22525327--22525361	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
22527366--22527443	38	2.1	38	97	0	147	30	25	14	29	1.94
22529162--22529196	17	1.9	17	88	11	52	31	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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