genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  19  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6555868--6555911	22	2.0	22	86	4	63	38	2	6	52	1.41
6556900--6556939	20	2.0	20	85	5	53	35	2	5	57	1.34
6563824--6563864	20	2.0	20	100	0	82	51	4	14	29	1.63
6571952--6572028	35	2.2	35	97	0	145	29	20	12	36	1.90
6573752--6573792	13	3.1	14	86	6	50	21	7	24	46	1.77
6575214--6575245	16	2.0	16	100	0	64	56	6	12	25	1.59
6576578--6576671	47	2.0	47	89	0	143	29	14	22	32	1.94
6577163--6577558	9	43.6	9	70	20	91	46	14	0	38	1.44
6577202--6577234	16	2.1	16	94	0	57	45	21	0	33	1.52
6577221--6577510	31	9.5	31	76	16	216	46	14	0	38	1.44
6577151--6577564	137	2.8	149	83	10	539	47	14	0	38	1.44
6577151--6577564	155	2.8	145	84	11	506	47	14	0	38	1.44
6577343--6577564	77	2.8	79	88	8	346	47	15	0	36	1.46
6577399--6577557	47	3.5	46	82	9	193	47	14	0	37	1.44
6577358--6577564	31	6.7	31	77	16	150	47	14	0	37	1.45
6583412--6583462	21	2.4	21	90	0	75	35	17	43	3	1.68
6583346--6583529	87	2.1	87	86	4	255	39	17	30	11	1.86
6583514--6583568	21	2.6	21	82	0	65	40	12	40	7	1.71
6583874--6584175	42	7.1	42	89	3	387	21	20	25	32	1.98
6583870--6584233	84	4.3	84	79	6	229	23	20	24	31	1.98
6594779--6594812	16	2.1	16	100	0	68	17	0	11	70	1.16
6594816--6594841	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6595039--6595080	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
6609431--6609487	26	2.2	26	84	9	73	43	12	5	38	1.65
6611988--6612058	25	2.9	25	79	10	92	53	8	5	32	1.54
6611993--6612075	25	3.4	23	77	11	67	49	8	9	32	1.66
6613553--6614183	45	14.2	43	80	7	483	29	23	16	30	1.96
6613563--6614183	90	7.0	89	83	6	681	29	24	15	30	1.96
6615475--6615513	6	6.5	6	93	0	69	0	17	0	82	0.68
6616127--6616169	18	2.4	18	88	0	59	62	6	18	11	1.50
6617976--6618021	19	2.4	20	85	7	60	43	8	19	28	1.80
6618049--6618075	14	1.9	14	100	0	54	48	14	7	29	1.71
6618468--6618501	16	2.1	16	100	0	68	41	23	17	17	1.90
6619953--6620045	49	1.9	48	91	2	150	47	8	12	31	1.72
6629301--6629359	22	2.6	23	81	5	75	44	3	10	42	1.55
6636240--6636285	16	2.9	16	79	17	51	21	28	10	39	1.87
6638251--6638370	17	7.0	17	71	9	73	24	18	27	30	1.98
6640980--6641019	21	2.0	20	85	5	53	15	2	2	80	0.93
6643193--6643248	17	3.4	16	78	11	60	41	0	1	57	1.09
6643193--6643247	5	11.2	5	74	18	53	40	0	1	58	1.09
6643194--6643249	27	2.0	29	86	6	80	42	0	1	55	1.10
6649020--6649074	22	2.4	23	79	11	60	40	0	3	56	1.17
6649021--6649075	27	2.0	27	86	6	76	41	0	3	54	1.18
6649229--6649264	19	1.9	19	94	5	65	72	0	13	13	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6649984--6650026	12	3.6	12	87	0	50	41	0	6	51	1.29
6649992--6650030	18	2.2	18	90	0	60	38	0	5	56	1.22
6662810--6662841	15	2.1	15	100	0	64	25	6	12	56	1.59
6663256--6663352	33	2.8	35	72	20	89	45	3	1	50	1.24
6663520--6663553	13	2.6	13	80	0	50	41	5	0	52	1.25
6665205--6665231	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
6668128--6668177	25	2.0	26	92	4	84	30	2	0	68	1.01
6668129--6668183	26	2.2	26	83	9	69	30	1	0	67	1.01
6668127--6668184	25	2.2	26	84	6	82	31	1	0	67	1.01
6670237--6670261	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
6672416--6672453	17	2.2	17	86	9	51	65	0	0	34	0.93
6672421--6672486	29	2.3	27	76	16	71	60	1	0	37	1.06
6672486--6672535	6	8.2	6	78	12	57	54	0	0	46	1.00
6672498--6672544	25	1.9	24	95	4	85	59	0	0	40	0.97
6674032--6674093	24	2.6	24	84	5	72	17	32	17	32	1.94
6674195--6674350	73	2.1	75	82	5	185	17	25	23	33	1.96
6674176--6674362	24	7.6	24	69	14	78	17	25	22	34	1.96
6680909--6681087	42	4.3	42	79	2	153	42	18	22	16	1.89
6680993--6681087	21	4.5	21	69	12	61	43	16	21	18	1.88
6680909--6681105	84	2.3	84	80	6	218	42	17	23	16	1.88
6681707--6681737	16	1.9	16	93	0	53	54	9	0	35	1.33
6684600--6684667	21	3.3	21	74	12	61	42	2	5	48	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6690382--6690420	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
6699535--6699566	3	10.7	3	93	0	55	65	3	0	31	1.08
6699958--6700005	21	2.2	21	85	3	60	50	4	0	45	1.21
6701727--6701751	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
6705681--6705737	30	1.9	29	82	10	71	50	3	0	45	1.18
6705830--6705873	16	2.6	16	79	10	52	47	4	0	47	1.22
6710709--6710746	13	2.9	13	96	0	67	26	7	26	39	1.83
6715069--6715112	16	2.6	16	79	10	52	47	4	0	47	1.22
6725305--6725395	21	4.3	20	71	14	76	45	20	19	14	1.85
6725335--6725450	42	2.7	42	89	1	187	45	19	19	14	1.85
6725320--6725455	21	6.5	21	71	6	105	45	19	19	15	1.85
6733867--6734061	51	3.9	50	76	6	205	29	28	17	24	1.97
6733875--6734057	101	1.8	101	90	3	296	30	27	16	25	1.97
6738728--6738762	14	2.5	14	90	0	52	40	5	0	54	1.24
6738736--6738763	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
6739185--6739222	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
6741398--6741523	43	3.0	41	72	22	107	30	26	18	24	1.98
6746208--6746249	17	2.5	17	100	0	84	21	30	28	19	1.97
6748886--6748974	3	29.7	3	93	0	151	32	2	1	64	1.13
6748945--6748984	21	1.9	21	89	0	62	30	12	2	55	1.50
6749345--6749388	20	2.3	18	84	7	52	18	13	11	56	1.66
6753298--6753325	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6754272--6754306	18	2.0	18	88	5	54	0	11	17	71	1.14
6764254--6764294	12	3.7	12	81	18	61	65	9	0	24	1.22
6764252--6764295	21	2.1	21	100	0	88	68	9	0	22	1.18
6764315--6764360	6	8.0	6	78	9	51	76	0	23	0	0.79
6764315--6764358	11	3.9	11	85	5	61	77	0	22	0	0.77
6764316--6764360	17	2.6	17	80	10	56	75	0	24	0	0.80
6765695--6765743	6	7.8	6	84	6	62	48	14	18	18	1.80
6765723--6765829	46	2.3	46	84	4	146	41	18	18	21	1.91
6767929--6767961	7	4.7	7	88	11	50	84	0	15	0	0.61
6768831--6768883	24	2.2	24	96	0	97	33	7	28	30	1.85
6769211--6770101	44	19.9	43	68	12	307	31	19	21	27	1.97
6769213--6769924	44	15.8	45	70	10	341	30	18	22	27	1.98
6769205--6769544	178	1.9	178	90	2	540	29	20	23	26	1.99
6769213--6769561	133	2.6	135	83	4	431	30	20	23	26	1.99
6771454--6771581	26	4.9	26	76	11	127	34	3	2	59	1.29
6771588--6771671	10	7.5	11	73	17	50	25	0	3	71	1.02
6771578--6771654	23	3.2	25	73	15	74	29	1	2	66	1.13
6774033--6774086	22	2.5	22	84	0	63	31	31	11	25	1.91
6777420--6777454	18	1.9	18	88	0	52	48	0	11	40	1.39
6778882--6778956	26	2.9	26	100	0	150	14	25	32	28	1.95
6779390--6779453	30	2.2	30	83	13	80	26	10	7	54	1.62
6780539--6780581	21	2.0	21	86	8	61	53	2	2	41	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6785349--6785386	20	1.9	20	84	10	51	36	0	5	57	1.21
6789702--6789783	12	7.0	12	70	9	62	25	6	3	64	1.33
6789697--6789778	34	2.4	34	76	11	87	26	4	3	64	1.30
6796685--6796768	25	3.4	24	79	9	89	29	23	22	23	1.99
6805444--6805589	78	1.9	78	94	0	256	25	19	10	44	1.83
6807176--6807235	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
6807990--6808015	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
6813587--6813617	14	2.2	14	100	0	62	25	0	35	38	1.56
6815791--6815833	20	2.2	19	83	4	50	30	2	9	58	1.42
6815838--6815872	16	2.1	17	89	5	54	31	2	0	65	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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