genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  21  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7041681--7041710	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7042440--7042509	28	2.4	30	83	7	90	32	10	14	42	1.78
7045495--7045539	20	2.2	20	88	0	63	33	31	4	31	1.78
7050847--7050880	18	1.9	18	94	5	61	70	0	29	0	0.87
7051482--7051520	16	2.4	16	87	8	53	48	2	25	23	1.63
7055098--7055165	25	2.6	25	86	4	91	38	7	16	38	1.76
7060127--7060181	28	1.9	29	81	3	67	32	10	23	32	1.90
7060568--7060640	29	2.5	29	86	0	101	43	20	12	23	1.85
7061500--7061596	48	2.0	48	95	0	176	44	18	5	31	1.72
7066822--7066849	9	3.1	9	100	0	56	42	0	21	35	1.53
7068442--7068655	111	1.9	111	100	0	428	35	25	9	28	1.88
7073876--7073909	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
7083103--7083140	20	1.9	20	89	10	60	26	0	7	65	1.19
7083520--7083564	9	4.9	9	78	5	54	64	0	2	33	1.06
7083503--7083572	28	2.5	28	90	2	104	61	0	1	37	1.05
7091641--7091702	31	2.0	31	90	0	97	33	6	11	48	1.65
7091873--7091912	20	2.1	19	86	9	55	30	10	5	55	1.54
7092253--7092361	53	2.1	53	98	0	209	22	20	12	44	1.85
7103984--7104048	23	3.0	22	73	10	62	55	4	1	38	1.30
7104202--7104275	17	4.8	14	74	19	58	62	2	2	32	1.23
7104221--7104275	15	3.6	15	79	15	51	61	0	3	34	1.13
7104303--7104336	17	1.9	18	94	5	61	44	2	0	52	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7105572--7105619	21	2.3	22	82	13	57	41	2	2	54	1.24
7107513--7107565	23	2.3	23	86	0	88	20	18	26	33	1.96
7108375--7108411	14	2.6	15	79	16	51	27	2	0	70	1.01
7108450--7108479	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7108683--7108726	22	2.0	22	86	8	63	31	9	2	56	1.43
7109123--7109376	107	2.4	107	91	0	409	31	20	15	32	1.94
7117319--7117343	13	1.9	13	100	0	50	16	8	4	72	1.24
7121340--7121379	15	2.7	14	85	11	53	47	2	2	47	1.29
7123692--7123810	53	2.3	53	97	1	222	42	31	10	15	1.81
7130736--7130777	22	1.9	22	100	0	84	26	23	4	45	1.73
7132821--7132871	25	2.0	25	100	0	102	19	13	19	47	1.83
7136061--7136201	21	6.8	21	73	1	104	43	17	20	19	1.88
7136045--7136157	42	2.7	42	83	2	138	40	18	23	16	1.91
7147890--7147919	14	2.1	14	93	0	51	30	13	33	23	1.93
7161611--7161681	36	1.9	36	82	2	88	42	8	18	30	1.80
7161734--7161772	17	2.2	18	86	4	53	48	2	2	46	1.29
7174813--7174875	11	6.1	11	68	20	55	71	1	1	25	1.04
7174812--7174869	20	2.9	20	84	7	82	70	1	1	25	1.06
7174847--7174902	27	2.1	26	83	9	69	66	3	3	26	1.25
7175139--7175183	21	2.1	21	84	8	56	26	4	4	64	1.32
7175818--7175858	19	2.2	19	86	4	57	51	7	2	39	1.43
7177221--7177266	21	2.2	21	84	7	58	47	2	2	47	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7177421--7177490	22	3.4	20	75	11	70	45	0	0	54	0.99
7181494--7181548	22	2.5	22	100	0	110	45	7	12	34	1.70
7190823--7190871	19	2.5	20	80	9	57	48	6	0	44	1.27
7202280--7202306	5	5.4	5	100	0	54	37	0	0	62	0.95
7204507--7204544	18	2.2	18	90	9	62	71	2	5	21	1.19
7207267--7207308	21	2.0	21	100	0	84	14	19	28	38	1.90
7209023--7209060	18	2.2	18	86	9	53	68	2	7	21	1.28
7215277--7215333	25	2.3	24	85	8	78	68	8	7	15	1.37
7217693--7217732	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
7217678--7217744	34	1.9	35	87	3	100	29	8	14	46	1.76
7221176--7221216	20	2.0	20	86	9	57	39	7	9	43	1.65
7229010--7229047	12	2.9	13	77	14	51	36	23	5	34	1.78
7230734--7230764	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
7232719--7232747	8	3.6	8	100	0	58	89	0	0	10	0.48
7233873--7233928	27	2.1	27	96	0	103	23	7	33	35	1.82
7263879--7263942	29	2.2	29	85	2	83	31	18	3	46	1.65
7263895--7263957	29	2.1	31	88	5	94	33	14	4	47	1.65
7264438--7264492	25	2.2	25	86	0	74	65	0	30	3	1.10
7264587--7264637	24	2.2	24	86	6	70	76	0	19	3	0.94
7266658--7266698	22	1.9	22	85	5	57	39	4	2	53	1.35
7271986--7272024	20	2.0	20	85	10	53	38	10	12	38	1.78
7307038--7307071	2	16.5	2	93	6	59	47	0	2	50	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7309756--7309832	26	2.9	26	75	9	75	32	5	20	41	1.75
7309858--7309896	20	2.1	18	85	9	51	46	5	12	35	1.65
7310220--7310268	20	2.4	21	82	3	64	61	10	4	24	1.45
7310929--7310981	13	4.1	13	71	9	54	37	28	7	26	1.83
7316130--7316174	20	2.2	20	92	4	72	60	15	11	13	1.60
7316130--7316210	21	4.0	20	80	4	81	53	9	16	20	1.71
7318862--7318906	3	15.0	3	95	0	81	31	2	0	66	1.04
7331628--7331746	44	2.7	43	76	15	127	28	16	23	31	1.96
7334025--7334061	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
7334637--7334684	3	16.0	3	95	0	87	31	2	0	66	1.03
7340603--7340636	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
7341977--7342067	45	2.0	48	84	6	125	43	21	15	18	1.87
7342278--7342331	17	3.1	17	70	19	56	46	14	12	25	1.81
7342261--7342331	36	2.0	36	97	0	133	46	12	12	28	1.78
7342263--7342323	17	3.5	17	72	16	61	47	11	13	27	1.77
7347374--7347438	17	3.7	17	75	15	69	47	12	12	27	1.77
7347393--7347446	17	3.1	17	70	19	56	46	14	12	25	1.81
7347378--7347446	36	1.9	36	96	0	129	46	13	13	27	1.79
7348667--7348748	24	3.2	24	75	24	87	54	4	1	39	1.29
7348680--7348736	29	2.0	29	86	13	82	49	5	1	43	1.35
7348733--7348812	24	3.4	24	78	1	63	47	1	8	42	1.42
7348821--7348879	23	2.5	25	78	13	70	55	3	5	35	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7350223--7350276	16	3.4	16	89	0	81	33	0	33	33	1.58
7350470--7350581	56	2.0	56	82	3	136	51	4	0	43	1.21
7350838--7350999	77	2.1	77	100	0	324	41	9	7	41	1.66
7351892--7351934	10	4.4	10	88	2	61	74	11	2	11	1.17
7370162--7370324	13	12.2	13	68	22	54	24	12	9	53	1.68
7370227--7370293	23	2.8	23	84	11	82	25	14	10	49	1.76
7370226--7370324	13	7.9	12	74	15	76	27	12	9	51	1.69
7371107--7371178	36	2.0	37	81	8	85	22	11	6	59	1.55
7382400--7382428	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
7382468--7382638	41	4.2	41	96	1	317	20	29	20	29	1.98
7383313--7383367	2	29.0	2	78	10	62	47	0	3	49	1.19
7384365--7384423	28	2.0	31	83	9	79	50	5	0	44	1.24
7402013--7402142	42	3.1	42	88	2	181	42	18	21	17	1.89
7402013--7402142	21	6.2	21	69	7	84	42	18	21	17	1.89
7402053--7402159	21	5.2	20	72	7	79	42	19	19	18	1.90
7404041--7404268	43	5.3	43	87	0	276	30	29	16	23	1.96
7404538--7404622	43	2.0	43	86	4	118	44	11	8	35	1.71
7408621--7408681	7	8.6	7	78	3	50	34	40	0	24	1.55
7408609--7408682	22	3.4	22	79	3	69	35	39	0	25	1.56
7408641--7408681	21	2.0	21	90	9	66	31	46	0	21	1.52
7408673--7408705	14	2.3	15	89	5	50	39	45	0	15	1.46
7408970--7409008	20	1.9	21	94	5	71	51	33	0	15	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7409053--7409171	7	16.7	7	69	10	53	47	31	2	17	1.61
7408971--7409099	21	6.2	21	68	13	70	43	33	3	20	1.67
7409109--7409171	14	4.5	14	87	0	81	49	34	0	15	1.45
7409413--7409748	114	2.9	114	87	1	494	27	25	19	26	1.99
7409720--7409774	27	2.0	27	100	0	110	40	32	16	10	1.83
7419976--7420017	22	1.9	22	85	0	57	69	9	9	11	1.38
7420608--7420678	28	2.6	28	93	6	119	40	11	0	47	1.39
7420737--7420812	27	2.8	27	86	4	91	26	27	27	18	1.98
7420943--7420981	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
7421051--7421097	3	15.7	3	100	0	94	0	0	31	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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