genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  66  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19872463--19872508	16	2.9	16	83	0	56	26	28	0	45	1.54
19873465--19873535	25	2.8	24	77	10	79	40	11	15	32	1.83
19874960--19874989	8	3.8	8	100	0	60	60	40	0	0	0.97
19876146--19876185	21	1.9	20	85	10	53	40	0	0	60	0.97
19879392--19879424	8	4.1	8	85	14	50	75	0	12	12	1.04
19879392--19879424	16	2.1	16	94	5	59	75	0	12	12	1.04
19880645--19881172	46	11.5	46	90	0	804	25	16	29	28	1.97
19887805--19888371	126	4.5	125	83	4	680	30	17	23	28	1.97
19891518--19891927	22	19.0	22	85	3	469	24	0	29	45	1.54
19891518--19891927	43	9.5	43	87	4	524	24	0	29	45	1.54
19891518--19891927	65	6.3	62	85	8	484	24	0	29	45	1.54
19891889--19891955	27	2.4	27	82	7	71	23	0	31	44	1.54
19892214--19892260	21	2.2	21	85	7	60	10	21	31	36	1.88
19893348--19893385	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
19894370--19894446	11	6.9	11	73	24	72	45	1	27	25	1.61
19894370--19894446	33	2.3	33	82	10	102	45	1	27	25	1.61
19902439--19902507	3	23.0	3	100	0	138	66	0	0	33	0.92
19907385--19907415	15	2.0	16	93	6	55	25	0	3	70	1.02
19908166--19908216	15	3.4	15	72	5	50	52	0	1	45	1.12
19909766--19909801	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
19913691--19913773	33	2.4	33	82	9	96	39	12	10	37	1.78
19917225--19917337	19	5.8	19	85	4	145	39	11	14	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19917226--19917332	40	2.7	40	89	2	164	40	12	13	34	1.81
19918821--19919016	98	2.0	98	90	1	313	28	9	24	38	1.86
19925397--19925713	44	7.2	44	64	15	145	30	20	23	25	1.99
19925797--19926174	44	8.6	44	71	13	219	27	20	24	26	1.99
19925285--19925805	132	3.9	132	93	0	880	30	20	24	24	1.99
19925876--19926176	133	2.3	133	90	4	473	26	20	25	26	1.99
19925876--19926176	44	6.8	44	80	8	351	26	20	25	26	1.99
19925876--19926186	89	3.5	88	83	8	357	27	20	26	25	1.99
19926352--19926464	19	5.8	19	83	4	145	40	11	15	32	1.83
19926353--19926459	40	2.7	40	89	2	173	41	12	14	32	1.82
19927223--19927271	25	2.0	25	95	0	89	30	8	4	57	1.47
19927943--19928133	98	1.9	98	93	0	328	28	9	23	38	1.87
19928540--19928597	20	3.0	19	80	10	64	51	0	1	46	1.11
19928552--19928596	18	2.4	19	81	7	56	51	0	0	48	1.00
19929354--19929407	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
19929864--19929890	7	3.9	7	100	0	54	29	14	0	55	1.40
19929919--19929956	18	2.0	20	90	10	62	50	2	0	47	1.15
19930626--19930669	23	1.9	23	85	0	61	38	4	15	40	1.68
19938182--19938227	16	2.9	16	84	12	60	39	15	6	39	1.73
19938766--19938825	28	2.2	27	81	3	66	46	0	5	48	1.24
19938798--19938867	32	2.2	32	82	12	83	47	0	4	48	1.21
19938764--19939088	172	1.9	172	85	5	451	40	4	3	51	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19939314--19939350	14	2.7	13	88	12	56	81	0	16	2	0.81
19940273--19940438	43	3.9	43	90	0	260	27	26	20	25	1.99
19940273--19940450	86	2.1	86	92	0	293	28	27	20	23	1.99
19949511--19949553	19	2.3	19	80	11	52	65	4	4	25	1.32
19949558--19949756	41	4.9	41	93	0	326	28	24	21	25	1.99
19949796--19949887	40	2.3	39	83	7	112	18	19	26	35	1.95
19953598--19953719	40	3.1	40	80	9	142	33	22	21	22	1.97
19953770--19954085	41	7.7	41	87	1	418	24	22	24	28	1.99
19953770--19954064	122	2.4	123	87	1	423	24	22	24	28	2.00
19954488--19954520	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
19954666--19954732	7	9.6	7	72	6	55	16	1	50	31	1.54
19954664--19954730	21	3.1	21	70	10	64	14	1	50	32	1.52
19959168--19959227	18	3.4	18	64	13	52	43	6	10	40	1.64
19968129--19968194	32	2.1	32	100	0	132	27	12	21	39	1.88
19968939--19969035	29	3.3	28	81	7	113	42	16	5	36	1.71
19968938--19969023	30	2.9	30	82	3	113	39	17	4	38	1.70
19968939--19969055	29	4.0	30	76	8	80	38	17	6	37	1.76
19969405--19969460	10	5.5	10	81	10	69	69	0	28	1	0.98
19969407--19969479	24	3.3	23	76	16	73	75	0	21	2	0.93
19969401--19969460	21	3.0	21	83	9	72	68	0	30	1	0.99
19969405--19969454	14	3.1	17	72	19	52	68	0	30	2	1.01
19969682--19969735	28	1.9	28	88	0	81	25	35	27	11	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19978798--19979927	78	14.6	77	85	6	1241	28	17	20	33	1.95
19978792--19979964	156	7.6	154	84	5	1403	28	16	20	34	1.95
19980092--19980245	29	5.2	30	80	6	172	37	20	3	38	1.69
19980092--19980245	59	2.6	59	83	5	195	37	20	3	38	1.69
19980602--19980639	19	2.0	19	89	0	58	68	0	31	0	0.90
19980878--19980931	28	1.9	28	92	0	90	29	40	24	5	1.77
19985842--19985938	41	2.4	41	92	0	158	31	20	19	27	1.97
19985842--19985953	41	2.7	41	87	2	127	33	21	19	25	1.97
19986096--19986257	65	2.4	65	81	10	175	40	15	9	35	1.79
19986139--19986270	71	1.9	69	84	6	176	42	14	8	34	1.76
19993193--19993265	6	11.8	6	71	18	53	75	1	20	2	1.00
19993196--19993263	20	3.7	18	72	12	57	73	1	22	2	1.05
19994247--19994517	138	2.0	138	88	4	413	46	12	23	17	1.83
19995706--19995778	36	2.0	36	100	0	146	28	13	30	27	1.94
19996303--19996359	3	19.0	3	100	0	114	66	0	33	0	0.92
20006234--20006268	15	2.3	15	90	0	52	37	34	5	22	1.78
20014028--20014174	75	2.0	75	93	0	249	35	19	19	25	1.95
20015493--20015520	14	2.0	14	100	0	56	21	7	0	71	1.09
20017652--20017711	27	2.2	27	96	0	111	20	23	23	33	1.97
20022877--20022936	30	2.0	31	83	9	79	41	0	36	21	1.54
20022955--20023000	23	2.0	23	82	0	56	0	43	0	56	0.99
20024277--20024342	32	2.1	31	83	13	82	63	0	1	34	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20024277--20024342	31	2.1	31	83	13	82	63	0	1	34	1.04
20030202--20030548	46	7.5	46	88	1	480	26	15	28	29	1.96
20030527--20030938	132	3.1	132	92	0	671	30	18	24	26	1.98
20034908--20034947	20	2.0	21	85	9	57	45	12	5	37	1.64
20035241--20035302	31	2.0	32	81	9	74	46	6	11	35	1.65
20038318--20038370	25	2.2	24	82	3	61	26	3	15	54	1.57
20038506--20038581	22	2.9	28	66	24	65	26	0	23	50	1.50
20040208--20040323	21	5.4	21	80	14	130	41	0	2	56	1.13
20040429--20040466	20	2.0	20	89	5	60	36	0	0	63	0.95
20040338--20040586	118	2.1	114	85	7	331	36	2	4	57	1.31
20040504--20040582	30	2.7	27	80	16	79	41	1	0	56	1.07
20040531--20040576	15	3.1	15	77	22	53	41	0	0	58	0.98
20045411--20045553	25	5.8	24	70	12	96	18	25	18	37	1.94
20045423--20045555	50	2.7	48	81	6	144	18	24	19	36	1.94
20045423--20045490	24	2.8	23	75	14	66	14	26	20	38	1.91
20051959--20052986	256	4.0	256	79	6	965	35	16	17	30	1.93
20052885--20053087	105	1.9	105	84	2	273	41	16	13	28	1.87
20052628--20053341	362	2.0	361	82	3	873	36	16	16	30	1.91
20052988--20053743	258	2.9	257	79	7	786	35	16	17	30	1.92
20056864--20057805	258	3.7	259	77	6	865	35	17	15	31	1.91
20057539--20058122	317	1.8	317	80	4	694	35	15	18	31	1.91
20057836--20058368	258	2.1	258	83	4	666	33	15	18	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20058828--20058896	6	11.5	6	73	0	57	1	36	0	62	1.04
20058832--20058893	24	2.6	24	84	0	70	1	37	0	61	1.06
20058829--20058896	18	3.9	18	73	11	70	1	36	0	61	1.05
20058829--20058872	9	4.9	9	85	0	52	2	36	0	61	1.09
20058895--20058968	3	24.7	3	100	0	148	32	33	0	33	1.58
20059093--20059143	3	17.0	3	100	0	102	0	33	0	66	0.92
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20070195--20071789	528	3.0	524	87	3	2164	29	15	18	35	1.92
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20073318--20073355	17	2.2	17	86	9	51	63	2	0	34	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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