Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Please cite: G. Benson, "Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences" Nucleic Acid Research(1999) Vol. 27, No. 2, pp. 573-580. Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0 Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Length: 62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  141  of  210  ( 25152 repeats found )
Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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18
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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(0-2)
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3
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Indels
Score
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1
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1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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16
2.0
17
88
5
50
45
3
0
51
1.16
43105344--43105375
7
4.6
7
92
0
55
12
0
3
84
0.74
43106409--43106434
13
2.0
13
100
0
52
46
23
7
23
1.78
43108653--43108690
3
12.7
3
100
0
76
34
0
0
65
0.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
43112874--43112915
20
2.1
20
86
0
57
47
0
7
45
1.30
43130804--43130900
21
4.7
21
91
2
144
39
10
11
39
1.75
43130892--43130936
21
2.0
23
83
8
58
37
4
13
44
1.64
43131293--43131333
17
2.4
17
83
0
55
26
0
9
63
1.25
43138032--43138065
6
5.7
6
96
0
50
76
0
23
0
0.79
43139293--43139477
44
4.2
44
62
15
112
30
19
22
27
1.98
43139247--43139904
132
5.0
132
92
0
1039
31
20
22
25
1.98
43139890--43140494
44
14.0
44
69
14
253
28
19
23
28
1.98
43139993--43140110
45
2.7
43
77
13
114
28
21
23
26
1.99
43139890--43140503
217
2.8
217
91
0
1003
28
19
23
28
1.98
43139952--43140504
84
6.4
84
68
15
290
28
19
23
28
1.98
43140210--43140540
44
7.6
44
71
13
177
27
19
23
28
1.98
43140851--43140913
19
3.2
19
89
8
99
38
11
12
38
1.79
43140851--43140933
21
4.1
21
90
6
120
40
10
12
36
1.77
43140851--43140933
40
2.1
40
86
8
116
40
10
12
36
1.77
43141314--43141354
17
2.4
17
83
0
55
26
0
9
63
1.25
43144821--43144933
49
2.3
49
82
1
127
26
18
23
31
1.97
43145891--43145915
13
1.9
13
100
0
50
52
16
16
16
1.76
43147320--43147366
9
5.2
9
86
0
67
68
14
0
17
1.22
43152891--43152915
13
1.9
13
100
0
50
60
16
8
16
1.58
43158617--43158669
11
4.7
12
75
15
51
26
28
0
45
1.54
43158615--43158667
23
2.4
21
81
12
61
24
30
0
45
1.54
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
43158731--43158755
12
2.1
12
100
0
50
60
0
0
40
0.97
43161181--43161405
123
1.8
123
95
0
405
32
23
16
27
1.96
43164245--43164756
256
2.0
255
94
0
907
31
9
17
41
1.81
43165992--43166082
13
7.1
13
81
2
85
35
17
2
45
1.61
43165992--43166092
26
3.9
25
76
6
94
34
17
1
45
1.60
43166001--43166092
13
7.2
12
77
8
58
32
18
2
46
1.61
43166252--43166316
25
2.6
25
73
9
69
32
23
15
29
1.95
43185819--43185866
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2.3
21
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33
4
2
60
1.27
43189978--43191070
546
2.0
547
90
0
1706
25
15
25
33
1.95
43197326--43197396
17
3.9
17
72
18
54
54
0
2
42
1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210