genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  96  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28038957--28039094	27	5.1	27	85	0	168	35	15	25	23	1.94
28040131--28040174	18	2.4	18	81	11	54	47	13	13	25	1.79
28043422--28043596	44	4.0	44	93	1	289	37	18	22	21	1.95
28043869--28043965	46	2.1	44	80	14	108	39	19	7	34	1.79
28047268--28047305	16	2.4	16	82	13	51	60	15	0	23	1.35
28048548--28048649	50	2.0	51	96	1	188	20	6	24	48	1.74
28049658--28049706	24	2.0	25	88	11	75	42	0	30	26	1.55
28049666--28049709	12	3.4	14	73	20	51	40	0	31	27	1.56
28049686--28050042	119	3.0	119	97	0	660	31	2	38	28	1.69
28050983--28051534	27	20.6	27	83	0	588	42	22	17	18	1.89
28053426--28053452	13	2.1	13	100	0	54	55	7	22	14	1.64
28053571--28053703	70	1.9	70	96	0	248	36	6	22	34	1.81
28069452--28069566	22	5.3	21	71	14	74	37	7	2	52	1.45
28071755--28071779	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
28074253--28074285	15	2.2	15	94	0	57	27	3	21	48	1.64
28077809--28077848	20	2.0	20	90	0	62	27	22	15	35	1.94
28085914--28086448	222	2.4	222	88	1	743	30	18	23	27	1.98
28085948--28086423	133	3.6	133	90	1	686	30	18	22	27	1.98
28085922--28086448	89	5.9	89	84	3	603	30	19	22	27	1.98
28091146--28091204	18	3.4	16	75	13	55	25	0	5	69	1.09
28091156--28091204	18	2.7	18	84	6	64	22	0	4	73	1.00
28091156--28091215	18	3.2	18	79	13	61	23	1	6	68	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28094173--28094412	43	5.8	42	90	6	368	33	22	21	22	1.97
28094404--28094483	42	1.9	42	84	5	108	31	18	20	30	1.96
28094173--28094499	166	2.0	164	83	4	415	32	21	20	25	1.98
28094817--28094866	21	2.4	21	79	0	64	2	42	18	38	1.61
28100471--28100811	9	37.8	9	66	16	136	34	2	19	43	1.67
28100480--28100515	16	2.2	17	90	5	56	27	2	19	50	1.62
28100472--28100692	51	4.3	51	67	19	152	34	3	19	42	1.67
28100404--28100716	155	2.0	155	99	0	617	35	3	18	42	1.67
28100732--28100860	54	2.4	53	82	7	136	30	3	21	44	1.67
28100900--28100996	37	2.6	38	93	1	169	44	0	12	43	1.42
28100976--28101019	23	1.9	23	95	0	79	38	0	18	43	1.50
28101018--28101136	63	1.9	63	100	0	238	42	7	9	41	1.65
28101113--28101164	13	4.0	13	77	5	52	46	3	7	42	1.51
28102543--28102580	18	2.1	18	90	0	58	44	13	13	28	1.81
28102950--28103663	365	2.0	364	84	3	936	34	20	16	28	1.94
28103698--28103778	24	3.2	24	74	19	83	43	11	0	45	1.39
28103698--28103781	28	3.2	26	74	12	73	41	10	0	47	1.38
28104200--28104233	14	2.4	14	90	0	50	32	47	0	20	1.51
28104330--28104373	14	3.3	13	81	15	54	36	45	0	18	1.49
28104337--28104393	14	4.2	14	86	4	64	36	43	0	19	1.51
28104995--28105522	113	4.7	113	83	3	589	26	22	24	26	2.00
28104995--28105532	227	2.4	225	83	3	659	26	22	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28108751--28108927	24	7.4	24	76	2	149	16	14	24	44	1.85
28108751--28108926	72	2.4	73	81	2	212	16	14	24	44	1.85
28108751--28108933	48	3.8	48	78	2	179	16	14	24	44	1.85
28112443--28112678	87	2.7	88	86	5	313	37	18	10	33	1.85
28112764--28112838	29	2.6	28	75	12	71	61	0	2	36	1.10
28112776--28112816	21	1.9	22	85	5	57	63	0	0	36	0.95
28112825--28112849	11	2.3	11	100	0	50	76	0	8	16	1.02
28112987--28113018	11	2.8	11	95	4	55	28	9	0	62	1.26
28113158--28113205	22	2.2	22	88	7	71	22	6	2	68	1.23
28113458--28113631	94	1.9	94	84	4	235	36	8	17	37	1.81
28128620--28128657	18	2.1	18	85	9	51	34	10	5	50	1.59
28135344--28135406	25	2.5	25	87	5	83	31	15	14	38	1.88
28135835--28135879	23	1.9	24	86	4	65	26	51	2	20	1.59
28137895--28138307	208	2.0	208	94	0	720	26	19	4	49	1.67
28139979--28140043	18	3.4	18	74	12	67	35	23	20	21	1.96
28139988--28140063	21	3.8	21	72	10	77	31	18	23	26	1.97
28139971--28140063	39	2.4	39	96	0	168	31	19	21	27	1.97
28142105--28142316	41	5.1	41	94	0	334	28	19	27	25	1.99
28154878--28154972	3	31.3	3	73	12	70	28	5	2	64	1.27
28154878--28154924	14	3.5	13	86	13	69	29	0	2	68	1.02
28155152--28155195	22	2.1	20	83	8	52	31	18	2	47	1.61
28156506--28156546	18	2.3	18	87	4	57	36	2	0	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28160876--28160927	27	1.9	27	88	0	77	34	19	25	21	1.96
28161109--28161255	26	5.7	26	81	10	167	27	16	17	38	1.91
28161109--28161255	52	2.8	51	86	4	197	27	16	17	38	1.91
28162046--28162118	25	2.7	29	77	16	100	42	6	28	21	1.79
28165790--28165830	10	4.1	10	80	0	55	31	0	0	68	0.90
28167564--28167602	18	2.2	18	90	0	60	23	33	7	35	1.83
28168021--28168108	45	2.0	45	93	0	149	36	0	12	51	1.40
28168076--28168132	25	2.3	24	93	3	96	40	0	14	45	1.44
28168031--28168160	69	1.9	70	95	1	235	36	0	13	49	1.47
28174298--28174942	321	2.0	322	95	0	1148	29	15	20	34	1.93
28176175--28176205	6	5.2	6	100	0	62	32	0	0	67	0.91
28184721--28184746	13	2.0	13	100	0	52	46	7	23	23	1.78
28185397--28185430	17	2.0	17	94	0	59	73	0	0	26	0.83
28185995--28186042	14	3.5	14	88	8	64	58	2	0	39	1.10
28186593--28186645	23	2.2	26	83	10	67	30	1	20	47	1.61
28187110--28187139	14	2.1	15	93	6	53	43	0	6	50	1.28
28189814--28189840	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28197480--28197509	9	3.3	9	95	0	51	90	0	3	6	0.56
28198652--28198690	15	2.7	15	92	7	64	46	0	0	53	1.00
28200843--28200910	3	22.7	3	100	0	136	67	0	0	32	0.91
28205050--28205134	25	3.2	25	70	15	62	41	4	2	51	1.35
28205062--28205171	55	2.0	56	87	8	163	44	4	0	50	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28205064--28205147	25	3.2	25	75	14	80	44	3	1	51	1.26
28211641--28211698	22	2.7	21	76	10	53	41	18	5	34	1.73
28212072--28212886	88	9.3	88	88	0	919	23	25	24	26	2.00
28212625--28212764	45	3.2	45	68	4	140	22	25	22	29	1.99
28212303--28212883	44	13.2	44	66	9	191	24	25	23	25	2.00
28219782--28219833	21	2.6	21	93	6	90	38	13	11	36	1.81
28223883--28223911	12	2.3	13	94	5	51	13	0	0	86	0.58
28224120--28224253	73	1.9	72	86	6	193	14	17	10	58	1.63
28224699--28224755	29	2.0	28	86	3	78	21	14	42	22	1.88
28227971--28228089	20	6.4	19	70	20	65	38	0	5	54	1.30
28227954--28228058	42	2.6	40	77	14	99	40	0	4	54	1.22
28235569--28235623	17	3.2	17	72	25	53	52	1	43	1	1.22
28241758--28241906	54	2.8	54	77	4	158	27	28	24	19	1.99
28242085--28242109	8	3.1	8	100	0	50	60	16	0	24	1.36
28255760--28255799	21	2.0	21	85	5	55	47	20	0	32	1.50
28269415--28269498	31	2.7	31	87	1	107	32	8	13	46	1.72
28273321--28273543	45	5.0	45	89	0	302	43	10	21	24	1.84
28276002--28276046	18	2.5	18	88	0	72	51	2	0	46	1.13
28280209--28280255	20	2.3	20	88	0	67	10	25	36	27	1.89
28283388--28283435	19	2.5	20	80	19	66	68	0	0	31	0.90
28283394--28283436	17	2.7	15	82	7	50	67	0	0	32	0.91
28283793--28283849	26	2.2	26	81	9	71	28	0	3	68	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28283962--28284016	20	3.0	20	73	21	57	32	0	1	65	1.03
28285931--28286112	51	3.6	51	82	5	194	25	15	28	30	1.96
28287451--28287505	20	2.8	20	83	10	76	23	21	16	38	1.93
28288977--28289008	12	2.7	12	95	0	55	59	9	9	21	1.57
28290133--28290173	21	2.0	21	85	4	57	65	0	19	14	1.26
28290207--28290274	12	5.7	12	69	19	52	64	0	25	10	1.24
28290230--28290263	15	2.3	15	89	0	50	67	0	29	2	1.05
28290217--28290269	18	2.8	20	68	26	53	64	0	24	11	1.26
28292059--28292113	20	2.8	20	83	10	76	23	21	16	38	1.93
28294804--28294830	13	2.1	13	100	0	54	48	14	7	29	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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