genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  46  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14282520--14282569	25	2.0	25	88	0	73	20	0	26	54	1.45
14283947--14284051	42	2.5	42	85	3	149	24	21	26	26	2.00
14287542--14287577	9	3.9	9	89	7	54	41	13	0	44	1.44
14287542--14287577	19	1.9	18	88	5	54	41	13	0	44	1.44
14287674--14287711	19	1.9	20	89	10	60	23	0	13	63	1.30
14290333--14290368	18	2.0	18	89	10	56	16	2	30	50	1.60
14291610--14291998	199	1.9	201	90	1	620	33	6	13	46	1.70
14295271--14295321	16	3.2	16	78	10	59	17	31	1	49	1.58
14297239--14297303	21	3.0	21	84	6	76	50	12	24	12	1.74
14302316--14302399	26	3.2	26	93	0	132	34	22	21	21	1.97
14304983--14305533	271	2.0	270	87	5	801	35	23	9	31	1.87
14310914--14310951	6	6.5	6	90	3	60	36	0	63	0	0.95
14312347--14312482	28	4.6	28	77	9	119	36	0	19	43	1.57
14312400--14312467	33	2.1	33	94	0	118	41	1	13	44	1.52
14312807--14312863	25	2.3	25	93	0	96	50	1	22	24	1.58
14315858--14316048	62	3.2	60	86	6	237	50	8	4	36	1.53
14316403--14316440	18	2.1	18	95	0	67	42	7	26	23	1.81
14318560--14318623	30	2.2	29	82	2	74	35	9	18	35	1.83
14322831--14322937	43	2.5	43	76	1	117	28	28	19	23	1.98
14329844--14329903	28	2.1	28	84	6	77	16	20	25	38	1.93
14341715--14341777	32	2.0	32	90	9	103	58	0	0	41	0.98
14342992--14343035	23	2.0	22	86	13	63	45	2	2	50	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14343001--14343054	23	2.4	22	78	12	56	44	5	3	46	1.44
14345950--14345999	26	1.9	26	100	0	100	32	8	22	38	1.83
14347568--14347601	15	2.3	15	89	0	50	8	26	11	52	1.67
14350594--14350621	6	4.7	6	100	0	56	50	0	17	32	1.47
14355546--14355620	19	4.3	17	74	21	59	60	2	1	36	1.20
14357686--14357719	12	2.8	12	90	4	50	70	11	0	17	1.16
14358154--14358205	24	2.2	24	85	0	68	53	11	1	32	1.48
14360785--14361029	67	3.7	67	87	2	305	38	17	23	21	1.93
14360767--14361050	67	4.2	67	84	2	295	37	17	22	22	1.94
14360763--14361088	134	2.4	133	76	5	341	37	17	23	22	1.94
14364749--14364837	24	3.8	23	83	8	108	30	24	13	31	1.94
14367910--14367943	14	2.4	14	100	0	68	41	5	23	29	1.78
14368011--14368249	44	5.4	45	84	4	301	24	15	23	36	1.93
14367996--14368242	88	2.8	88	86	1	352	25	15	21	37	1.93
14371747--14371817	34	2.1	34	97	0	133	29	30	2	36	1.72
14388738--14388762	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
14392467--14392509	5	8.4	5	97	2	77	79	0	0	20	0.74
14392952--14393017	33	1.9	34	85	11	91	48	0	0	51	1.00
14392968--14393017	18	2.8	18	84	3	75	52	0	0	48	1.00
14392960--14393027	33	2.1	33	81	10	77	51	1	0	47	1.09
14395085--14395129	20	2.4	19	85	10	65	35	6	24	33	1.82
14395094--14395134	20	2.0	20	100	0	82	34	4	24	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14402371--14402410	11	3.6	11	100	0	80	20	0	42	37	1.52
14402371--14402457	22	4.0	22	87	3	104	28	2	36	32	1.70
14410006--14410052	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
14410647--14410910	54	5.0	54	82	4	331	40	20	18	20	1.91
14410647--14410939	27	11.0	26	80	8	297	39	20	19	20	1.92
14418618--14418678	31	1.9	32	86	3	88	44	11	9	34	1.74
14418630--14418694	31	2.1	31	82	5	78	47	10	6	35	1.63
14423950--14424055	30	3.6	29	82	7	124	31	23	8	36	1.85
14424218--14424325	19	5.8	19	83	6	150	39	9	12	37	1.76
14424225--14424325	35	2.7	37	89	9	161	40	8	11	38	1.73
14424219--14424325	54	2.0	54	90	0	169	40	9	12	38	1.75
14424257--14424290	16	2.3	15	90	10	52	41	8	8	41	1.67
14424218--14424351	19	6.9	21	81	9	87	38	8	14	38	1.76
14424814--14424884	32	2.2	30	77	20	72	23	2	4	69	1.20
14424848--14424919	24	3.2	22	81	16	85	22	1	1	75	0.96
14424832--14424894	32	1.9	34	93	6	112	22	1	3	73	1.07
14427437--14427482	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
14431797--14431830	5	6.8	5	100	0	68	82	17	0	0	0.67
14432079--14432111	14	2.3	15	89	5	50	27	15	33	24	1.95
14433517--14434279	132	5.8	132	93	1	1262	28	18	24	29	1.98
14434604--14434714	19	5.8	19	86	0	168	39	9	13	36	1.78
14434611--14434714	38	2.7	38	96	0	190	40	9	12	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14434604--14434740	19	6.9	21	84	4	105	38	8	14	37	1.77
14435205--14435280	33	2.2	33	83	6	89	21	5	5	68	1.29
14435251--14435307	20	2.8	19	77	12	60	22	3	1	71	1.10
14435251--14435298	21	2.3	20	78	3	51	22	4	2	70	1.15
14436625--14436701	30	2.6	30	78	12	86	20	24	12	41	1.88
14443815--14443846	11	3.1	11	91	8	50	15	6	0	78	0.95
14444905--14445014	40	2.7	41	77	4	107	20	20	17	40	1.91
14445481--14445520	22	1.9	20	85	10	53	22	25	0	52	1.47
14454028--14454069	20	2.2	19	87	8	59	7	38	0	54	1.28
14454800--14454964	27	6.2	26	80	4	177	43	18	18	20	1.89
14454809--14454966	81	2.0	81	88	3	239	41	18	19	19	1.90
14455254--14455319	28	2.4	28	87	5	89	27	24	21	27	1.99
14455251--14455331	28	2.6	33	70	22	84	27	20	22	29	1.99
14459569--14459736	91	1.8	91	92	0	282	46	3	2	47	1.35
14459852--14459881	16	1.9	15	93	6	51	40	0	10	50	1.36
14459752--14460168	120	3.5	120	92	1	667	42	2	5	49	1.39
14459873--14459907	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14460006--14460052	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
14460002--14460052	15	3.5	15	82	12	54	47	0	1	50	1.12
14460380--14460412	16	2.1	16	100	0	66	27	36	6	30	1.81
14464877--14464990	62	1.9	59	87	5	165	39	5	5	50	1.48
14465297--14465331	18	1.9	18	88	0	52	25	25	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14469512--14469580	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
14469512--14469580	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
14469561--14469651	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
14469799--14470545	122	6.2	121	97	1	1390	48	6	1	43	1.39
14469799--14470545	243	3.1	242	97	0	1390	48	6	1	43	1.39
14473562--14474011	224	2.0	224	100	0	900	41	7	17	33	1.78
14474016--14474085	20	3.3	20	66	11	59	48	4	1	45	1.30
14474004--14474110	43	2.5	43	100	0	214	47	3	2	45	1.35
14474036--14474108	23	3.3	23	66	11	71	47	4	2	45	1.36
14475122--14475163	21	2.0	21	95	0	75	40	23	11	23	1.88
14477128--14477195	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
14477409--14477450	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
14477418--14477459	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
14477626--14477686	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
14497494--14497596	14	7.5	13	69	16	66	74	2	2	19	1.07
14497485--14497596	10	10.5	10	70	23	70	74	2	2	20	1.07
14502960--14502999	17	2.4	17	87	4	55	22	0	2	75	0.93
14506266--14506319	9	6.1	9	77	14	51	33	1	1	62	1.16
14506527--14506561	18	1.9	18	88	0	52	31	17	2	48	1.61
14506651--14506698	20	2.4	21	82	10	64	31	6	0	62	1.20
14507574--14507612	19	2.1	19	90	4	62	84	0	5	10	0.76
14508771--14508800	14	2.1	14	93	0	51	50	0	16	33	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14512847--14512917	37	1.9	37	85	5	99	39	28	9	22	1.86
14514584--14514639	10	5.6	10	79	8	51	30	3	1	64	1.21
14514645--14514697	19	2.8	18	85	5	70	39	0	7	52	1.30
14520705--14520739	18	1.9	18	88	11	54	28	0	11	60	1.32
14534505--14534567	22	2.9	21	75	15	56	44	20	23	11	1.83
14534650--14534715	27	2.4	27	79	2	69	13	15	22	48	1.80
14536698--14536739	21	2.0	21	95	0	75	16	14	30	38	1.89
14537292--14537380	28	3.2	28	88	0	124	31	23	22	22	1.98
14537792--14537954	27	6.0	26	74	11	82	21	16	19	42	1.89
14537802--14537927	55	2.3	53	82	9	148	21	17	17	43	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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