genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  42  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13204022--13204073	11	5.1	10	75	11	52	61	0	0	38	0.96
13204030--13204073	21	2.0	22	86	4	63	63	0	0	36	0.95
13207318--13207397	22	3.5	22	73	13	72	48	0	1	50	1.08
13207512--13207568	24	2.3	24	81	3	69	52	3	8	35	1.50
13235180--13235245	29	2.2	30	86	5	89	34	13	18	33	1.90
13236665--13236889	43	5.3	43	75	9	178	30	26	18	24	1.98
13237003--13237049	24	2.0	24	91	0	76	63	4	0	31	1.13
13237252--13237302	21	2.4	21	90	0	75	3	47	15	33	1.64
13237187--13237346	87	1.8	87	89	0	239	15	29	15	40	1.88
13242749--13243188	9	51.4	9	64	19	133	35	2	18	42	1.65
13242754--13242836	25	3.3	25	83	6	98	37	0	16	45	1.48
13242762--13243153	16	23.0	16	65	20	88	35	2	18	43	1.64
13242793--13242848	25	2.2	25	87	0	76	37	1	17	42	1.60
13242842--13242927	26	3.3	26	90	1	129	34	5	17	41	1.73
13242753--13243031	93	2.9	93	77	10	235	35	3	17	43	1.67
13242844--13243029	102	1.8	101	82	6	241	34	4	17	43	1.69
13242997--13243074	41	1.9	41	91	0	129	39	3	14	42	1.63
13242844--13243186	25	13.6	25	77	7	193	35	3	18	43	1.66
13243066--13243211	49	2.9	51	81	12	146	34	1	21	42	1.61
13243976--13244048	21	3.3	21	68	17	67	58	6	5	28	1.46
13244466--13244490	10	2.5	10	100	0	50	44	20	8	28	1.79
13244432--13244535	45	2.3	44	85	11	131	42	18	6	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13244435--13244515	19	4.9	18	68	28	65	44	18	6	30	1.74
13245921--13245951	16	1.9	16	93	0	53	9	6	6	77	1.12
13249309--13249372	21	3.0	21	79	4	74	45	39	0	15	1.47
13249307--13249389	7	11.9	7	70	13	55	45	38	0	15	1.47
13249346--13249524	94	1.9	94	94	2	315	52	24	1	21	1.56
13251688--13251820	4	33.5	4	95	1	196	19	0	30	49	1.49
13251699--13251733	2	17.5	2	93	0	61	2	0	45	51	1.16
13256909--13256947	19	2.0	20	90	9	64	64	0	5	30	1.15
13269925--13270004	40	2.0	40	97	0	151	45	13	15	26	1.83
13271318--13271351	16	2.2	15	89	5	50	26	2	0	70	1.01
13272254--13272289	17	2.1	17	94	0	63	52	0	5	41	1.24
13276446--13276476	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
13294584--13294636	27	2.0	27	96	0	97	18	0	49	32	1.48
13298564--13298600	19	1.9	19	100	0	74	48	8	10	32	1.67
13306116--13306141	7	3.7	7	100	0	52	46	11	15	26	1.80
13307767--13307806	18	2.2	18	90	0	62	72	0	0	27	0.85
13307770--13307813	18	2.6	18	78	7	56	65	0	0	34	0.93
13316987--13317036	26	1.9	26	95	0	91	46	12	12	30	1.77
13317554--13317584	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
13337932--13337963	16	2.0	16	93	0	55	37	34	0	28	1.57
13345617--13345678	23	2.6	24	80	14	74	22	1	4	70	1.14
13347353--13347511	81	2.0	81	87	0	228	35	20	24	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13350550--13350638	44	2.0	45	91	2	144	33	10	22	33	1.88
13355268--13355317	21	2.4	22	83	6	59	56	8	2	34	1.40
13361944--13361992	25	2.0	24	84	15	64	44	0	4	51	1.20
13362857--13362955	41	2.4	41	86	1	137	38	9	26	26	1.86
13364086--13364123	4	9.5	4	100	0	76	73	0	0	26	0.83
13386339--13386421	31	2.7	30	77	3	85	28	7	19	44	1.77
13386536--13386686	43	3.5	43	91	2	223	27	16	23	32	1.96
13390491--13390706	105	2.1	105	98	0	414	28	23	16	31	1.96
13399135--13399173	20	2.0	20	85	10	53	51	0	2	46	1.14
13399663--13399793	41	3.2	41	89	2	194	21	22	25	29	1.99
13400400--13400464	28	2.4	26	78	12	69	53	1	7	36	1.39
13400882--13400948	7	9.7	7	79	9	66	17	1	38	41	1.59
13401359--13401406	24	2.0	25	83	4	62	35	4	2	58	1.29
13405929--13405980	25	2.1	25	100	0	104	25	0	11	63	1.28
13406252--13406471	43	5.1	43	77	4	185	24	16	28	30	1.97
13407691--13407740	24	2.0	24	84	7	64	46	10	10	34	1.71
13407789--13407835	24	2.0	24	87	8	69	53	6	6	34	1.52
13407854--13407894	14	3.1	13	86	13	57	60	7	2	29	1.36
13408729--13408777	21	2.3	21	85	3	62	14	24	51	10	1.73
13411070--13411095	13	2.0	13	100	0	52	15	15	23	46	1.83
13414125--13414150	11	2.4	11	100	0	52	73	0	0	26	0.84
13414780--13414818	15	2.6	15	84	8	53	23	46	5	25	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13419908--13419953	20	2.3	20	81	7	58	28	0	2	69	1.00
13420326--13420372	2	24.0	2	91	4	78	48	0	2	48	1.13
13421245--13421290	19	2.4	19	81	0	65	39	0	0	60	0.97
13423923--13423960	20	1.9	19	89	5	58	76	2	13	7	1.11
13427504--13427563	30	2.0	30	96	0	111	33	28	3	35	1.74
13430533--13430582	6	8.2	6	79	20	59	80	0	14	6	0.90
13432394--13432433	13	3.0	13	92	3	62	22	2	2	72	1.09
13434199--13434265	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
13436475--13436669	62	3.2	58	78	14	214	53	3	1	41	1.27
13441255--13441309	27	2.0	27	89	3	83	52	10	3	32	1.54
13453068--13453115	25	1.9	25	82	0	60	18	20	18	41	1.90
13453094--13453160	25	2.7	25	83	2	82	26	23	22	26	2.00
13461590--13461680	28	3.2	28	92	0	137	29	25	17	27	1.97
13463177--13463222	22	2.1	22	92	8	76	36	19	28	15	1.92
13467942--13467981	20	2.0	20	85	9	55	45	2	15	37	1.59
13468027--13468140	48	2.4	48	88	1	167	30	13	21	34	1.92
13470458--13470981	259	2.0	259	98	0	1003	26	12	19	41	1.87
13473332--13473480	27	5.6	27	86	4	196	18	17	23	40	1.91
13473626--13473655	8	3.6	8	95	4	51	33	40	16	10	1.82
13475332--13475582	97	2.6	97	96	0	448	32	31	13	22	1.92
13475616--13475702	27	3.2	28	80	16	96	14	19	22	42	1.88
13475631--13475758	27	4.8	27	85	6	154	16	17	24	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13485826--13486219	27	14.6	27	84	4	465	18	17	20	43	1.88
13485825--13486219	81	4.9	81	86	5	525	18	17	20	43	1.88
13494977--13495042	29	2.3	29	86	0	87	28	22	10	37	1.88
13495997--13496050	22	2.5	21	85	5	81	40	14	12	31	1.84
13501019--13501101	30	2.8	29	83	3	112	24	26	12	37	1.90
13501081--13501150	29	2.4	29	82	0	95	24	20	12	42	1.86
13505887--13505916	10	3.0	10	90	0	51	30	13	0	56	1.37
13515743--13515972	41	5.6	41	87	2	325	23	28	20	28	1.99
13515742--13515972	84	2.8	82	89	2	345	22	28	20	28	1.99
13522251--13522524	41	6.7	41	85	2	354	24	28	19	28	1.98
13522251--13522524	123	2.2	123	91	0	440	24	28	19	28	1.98
13523484--13523517	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
13526746--13526775	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
13529402--13529438	19	2.1	18	85	14	51	54	2	0	43	1.14
13531655--13531727	30	2.5	29	86	4	101	26	8	13	52	1.68
13532031--13532070	18	2.2	19	86	13	57	25	2	5	67	1.23
13532483--13532521	21	1.9	20	84	5	51	30	5	12	51	1.62
13538925--13539052	62	2.1	62	96	0	238	23	8	17	50	1.73
13539912--13539962	26	2.0	26	96	0	93	17	11	23	47	1.81
13540043--13540076	12	2.8	12	100	0	68	0	23	14	61	1.33
13540111--13540135	10	2.5	10	100	0	50	20	8	28	44	1.79
13541646--13541679	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13541527--13541780	117	2.2	118	99	0	501	42	1	3	52	1.26
13541910--13542015	44	2.5	41	77	18	126	36	31	3	28	1.75
13541927--13542017	46	2.0	46	91	4	150	39	30	4	25	1.75
13541997--13542033	16	2.3	16	95	0	65	24	35	5	35	1.78
13549891--13550018	61	2.1	61	100	0	256	45	17	1	35	1.58
13551044--13551082	18	2.1	19	95	4	71	61	5	0	33	1.18
13551419--13551452	16	2.1	16	89	10	52	55	0	0	44	0.99
13556059--13556125	19	3.5	19	74	10	55	61	2	2	32	1.26
13556538--13556635	48	2.0	48	98	0	187	48	19	12	19	1.79
13559624--13559648	6	4.2	6	100	0	50	68	0	32	0	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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