genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  87  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25500796--25500860	26	2.5	26	84	0	94	38	23	7	30	1.83
25500797--25500860	13	4.9	13	82	0	83	37	23	7	31	1.83
25501412--25501446	10	3.5	10	88	0	52	48	20	31	0	1.50
25502326--25502633	146	2.1	146	86	1	420	20	32	24	23	1.98
25502420--25502517	42	2.3	42	80	0	124	17	39	23	19	1.92
25506023--25506073	23	2.2	23	100	0	102	37	11	23	27	1.90
25521209--25521277	21	3.4	19	80	7	66	43	17	24	14	1.86
25523328--25523436	4	27.2	4	100	0	218	24	0	24	50	1.50
25523427--25523506	40	2.0	40	97	0	151	35	2	16	46	1.60
25525200--25525240	19	2.2	18	87	12	57	39	0	0	60	0.96
25525713--25525743	16	1.9	16	93	0	53	58	3	6	32	1.40
25531032--25531434	44	9.2	44	62	10	151	26	27	24	21	1.99
25530979--25531560	88	6.6	88	90	0	849	28	28	23	20	1.99
25531252--25531483	44	5.3	44	61	10	114	26	31	22	18	1.97
25531560--25532484	44	21.7	44	79	8	905	30	17	24	27	1.97
25531593--25532461	126	6.9	126	86	5	915	30	17	24	27	1.97
25531560--25532484	170	5.4	172	80	9	884	30	17	24	27	1.97
25532193--25532349	81	1.9	82	86	1	226	29	18	24	27	1.98
25532802--25532922	44	2.8	44	78	10	124	31	17	20	30	1.96
25534046--25534098	11	4.6	12	81	6	65	18	35	37	7	1.80
25534046--25534098	23	2.3	23	96	0	97	18	35	37	7	1.80
25534847--25534905	29	2.0	30	83	3	75	40	10	0	49	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25536193--25536221	15	1.9	15	100	0	58	86	0	13	0	0.58
25549096--25549297	105	1.9	105	85	4	282	32	12	26	28	1.93
25549149--25549337	105	1.8	105	81	2	236	34	13	23	28	1.93
25553658--25553682	10	2.5	10	100	0	50	40	0	8	52	1.31
25555124--25555153	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
25555228--25555271	19	2.3	19	84	11	54	59	4	0	36	1.18
25555241--25555302	18	3.4	17	72	12	52	56	4	1	37	1.30
25563048--25563086	20	1.9	21	89	5	62	17	17	2	61	1.46
25574055--25574117	21	3.1	21	86	6	94	36	9	14	39	1.78
25574054--25574128	19	3.8	19	79	6	87	37	9	16	37	1.80
25574851--25574894	23	2.0	22	86	4	61	31	9	4	54	1.52
25577612--25577706	41	2.5	36	76	20	102	45	13	8	32	1.74
25577625--25577709	41	2.1	41	91	4	136	47	12	9	30	1.74
25578637--25578867	105	2.2	105	85	1	293	32	12	23	30	1.92
25578698--25578888	105	1.8	105	81	4	242	34	13	23	29	1.93
25582388--25582593	105	2.0	105	81	3	245	35	13	22	28	1.92
25589987--25590235	102	2.5	104	84	8	320	32	11	25	30	1.91
25590054--25590258	105	2.0	102	80	6	234	32	12	25	30	1.92
25594388--25594441	19	2.9	18	79	15	56	62	3	3	29	1.29
25595087--25595134	22	2.2	22	96	0	87	33	12	16	37	1.86
25595951--25596005	20	2.8	19	75	10	58	78	3	7	10	1.08
25595951--25596002	27	1.9	27	84	0	68	76	3	7	11	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25596226--25596280	27	2.0	27	82	0	65	74	5	5	14	1.18
25597775--25597851	36	2.1	36	83	4	93	42	5	0	51	1.24
25602273--25602462	91	2.1	89	83	2	229	32	15	21	30	1.95
25603396--25604058	221	3.0	221	96	0	1195	44	6	20	27	1.77
25604627--25604660	7	4.6	7	89	10	50	58	0	2	38	1.13
25604649--25604673	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
25609177--25609235	30	2.0	30	86	6	84	20	32	25	22	1.98
25610575--25610701	66	1.9	66	83	0	164	29	22	25	23	1.99
25611050--25611089	20	2.0	20	90	0	62	45	17	25	12	1.83
25611072--25611191	41	2.9	41	82	2	143	39	15	25	20	1.91
25615285--25615346	31	2.1	30	84	6	81	40	9	8	41	1.67
25615310--25615368	29	2.0	30	83	6	75	35	13	13	37	1.84
25619084--25620043	27	39.7	27	68	25	493	53	14	0	32	1.44
25619084--25620045	49	20.0	49	77	15	859	53	14	0	32	1.44
25619198--25619588	66	4.9	80	74	18	275	52	14	0	32	1.44
25619502--25619602	8	12.1	8	70	15	62	53	12	0	33	1.39
25619486--25619958	76	6.4	78	76	14	277	53	13	0	32	1.42
25619969--25620026	22	2.9	19	76	14	62	53	12	1	32	1.48
25619086--25620041	287	3.3	280	82	10	1146	53	14	0	32	1.44
25621955--25621979	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25624695--25624721	12	2.2	12	100	0	54	55	0	0	44	0.99
25624820--25624864	15	2.8	17	80	19	60	68	4	0	26	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25630710--25631041	131	2.5	131	87	0	466	32	14	15	37	1.88
25630935--25631138	95	2.1	95	89	1	302	31	13	15	39	1.87
25630802--25631332	226	2.3	226	84	2	672	32	14	15	37	1.88
25631030--25631241	64	3.3	63	71	10	176	33	14	15	37	1.87
25647577--25647609	14	2.3	15	85	15	52	63	0	18	18	1.31
25651321--25651458	27	5.1	27	76	3	127	45	17	18	18	1.86
25651853--25651919	28	2.4	28	87	5	91	22	25	25	26	2.00
25653576--25653607	11	2.6	13	90	9	50	46	9	6	37	1.61
25654675--25654727	27	2.0	27	100	0	106	18	24	30	26	1.98
25654677--25654860	102	1.8	102	96	0	341	18	21	27	33	1.96
25654779--25654889	27	3.9	27	82	13	141	16	25	28	29	1.96
25654781--25654916	60	2.3	60	93	2	229	17	22	28	31	1.96
25662223--25662275	27	2.0	27	96	0	97	18	26	30	24	1.98
25662223--25662554	102	3.3	100	88	6	488	20	20	27	31	1.98
25662324--25662408	33	2.8	29	84	13	102	20	21	28	30	1.98
25668631--25668746	25	4.6	25	70	15	87	18	24	22	35	1.96
25669242--25669284	17	2.5	17	92	0	68	23	13	32	30	1.93
25669788--25669989	83	2.4	83	80	4	190	25	22	21	30	1.99
25675358--25675395	7	5.4	7	100	0	76	52	15	0	31	1.43
25678465--25678547	33	2.5	33	86	0	121	16	7	34	40	1.76
25681934--25682044	47	2.3	46	84	6	141	19	11	21	46	1.82
25690033--25690094	26	2.4	26	94	0	106	38	14	12	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25690144--25690184	14	3.0	14	83	13	50	51	17	2	29	1.58
25695690--25695770	21	3.9	21	79	9	76	27	20	34	17	1.95
25695690--25695769	42	1.9	42	86	0	115	27	20	35	17	1.95
25703729--25703753	13	1.9	13	100	0	50	40	0	12	48	1.40
25705259--25705434	51	3.5	49	82	3	199	24	17	27	30	1.97
25705441--25705650	42	5.0	42	75	11	182	20	16	24	37	1.93
25705441--25705661	84	2.6	84	89	1	336	20	17	24	37	1.94
25705441--25705698	84	3.1	82	87	5	322	20	17	25	36	1.94
25709405--25709452	23	2.1	23	84	7	62	10	31	10	47	1.71
25709975--25710185	26	8.0	26	75	14	175	40	18	15	25	1.90
25709974--25710185	52	4.0	54	78	7	220	41	18	15	25	1.89
25709975--25710185	106	2.0	104	82	7	257	40	18	15	25	1.90
25713663--25713853	50	3.7	50	82	6	213	26	20	29	23	1.99
25720504--25720791	50	5.7	50	83	4	312	27	20	28	23	1.99
25720507--25720791	148	1.9	152	82	7	364	27	20	29	23	1.99
25733749--25733793	23	2.1	21	88	12	65	48	24	2	24	1.62
25737359--25737642	138	2.1	138	87	0	406	39	10	5	45	1.61
25740020--25740066	20	2.3	20	85	7	60	19	12	21	46	1.82
25742640--25742680	11	3.9	11	76	23	52	48	0	7	43	1.30
25749894--25749942	5	10.6	5	82	12	61	67	0	0	32	0.91
25749894--25749938	18	2.5	17	82	10	54	66	0	0	33	0.92
25749894--25749942	23	2.1	23	92	0	80	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25749906--25749942	18	2.0	19	89	5	58	67	0	0	32	0.91
25750054--25750095	21	2.0	20	86	13	59	19	9	50	21	1.75
25750611--25750652	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
25763797--25763832	15	2.5	15	90	4	56	38	0	47	13	1.44
25769392--25769452	27	2.3	26	80	8	68	18	8	3	70	1.26
25775957--25775997	20	2.0	21	85	9	57	29	19	9	41	1.83
25779230--25779260	13	2.4	13	94	0	53	48	9	0	41	1.36
25780997--25781135	32	4.4	32	86	0	181	39	18	20	21	1.92
25781281--25781354	24	3.1	24	88	3	105	48	25	6	18	1.73
25781352--25781404	26	2.0	26	88	0	79	39	15	18	26	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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