genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  201  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59204298--59204472	86	2.0	87	83	1	217	46	16	5	30	1.70
59205310--59205356	14	3.4	14	84	0	58	31	40	0	27	1.57
59205369--59205398	14	2.1	14	93	0	51	40	30	3	26	1.72
59205394--59205425	14	2.2	15	94	5	57	37	31	0	31	1.58
59205478--59205516	21	1.9	20	89	5	60	46	23	0	30	1.53
59205776--59205975	41	4.9	41	93	0	337	30	21	21	27	1.98
59206006--59206141	39	3.4	41	79	4	118	19	22	22	36	1.95
59210051--59210147	38	2.6	38	85	3	124	35	16	16	31	1.91
59213860--59213932	37	2.0	35	81	5	83	20	13	12	53	1.72
59214659--59214683	10	2.5	10	100	0	50	68	0	0	32	0.90
59219766--59219836	28	2.5	29	77	4	83	25	19	21	33	1.97
59224182--59224228	20	2.1	22	85	14	62	40	14	10	34	1.81
59226799--59226985	101	1.9	101	87	0	275	30	26	15	27	1.96
59232486--59232556	28	2.5	28	81	0	97	26	16	21	35	1.95
59236817--59236863	20	2.3	21	85	7	62	72	0	6	21	1.07
59236879--59236925	20	2.1	22	85	14	62	40	14	10	34	1.81
59244027--59244065	20	2.0	20	85	10	53	51	7	0	41	1.31
59245052--59245122	22	3.1	22	73	20	65	45	1	29	23	1.62
59245070--59245115	11	4.1	11	88	2	65	43	2	32	21	1.65
59245696--59245837	72	1.9	72	83	8	180	55	7	4	31	1.50
59249897--59249923	12	2.2	12	100	0	54	48	18	18	14	1.82
59260126--59260172	20	2.3	20	81	0	58	27	0	8	63	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59262501--59262525	11	2.3	11	100	0	50	40	0	0	60	0.97
59264166--59264291	70	1.9	63	83	15	159	42	15	11	29	1.83
59276879--59276907	6	4.8	6	100	0	58	65	17	0	17	1.27
59276947--59277039	9	10.3	9	81	4	80	23	10	25	39	1.87
59276947--59277039	27	3.4	27	85	5	109	23	10	25	39	1.87
59276947--59277039	18	5.2	18	80	7	91	23	10	25	39	1.87
59279807--59279851	20	2.2	20	88	0	63	31	33	4	31	1.78
59280312--59280496	46	4.0	46	94	0	307	28	26	9	35	1.87
59290286--59290316	16	1.9	16	93	0	53	16	16	9	58	1.63
59292382--59292462	31	2.6	31	86	0	99	50	9	14	24	1.73
59293063--59293151	6	13.8	6	82	13	97	52	1	44	1	1.15
59293041--59293151	39	2.8	39	80	2	134	51	1	45	1	1.22
59293055--59293145	33	2.7	34	81	8	107	52	1	45	1	1.15
59293043--59293143	27	3.6	27	75	18	91	50	1	45	1	1.24
59305903--59305975	28	2.8	27	82	10	89	65	1	1	31	1.09
59305902--59305972	26	2.7	26	80	16	76	66	1	1	30	1.09
59305999--59306059	3	21.3	3	77	15	67	65	0	3	31	1.09
59305997--59306059	24	2.6	24	80	10	74	65	0	3	31	1.09
59305999--59306059	18	3.2	20	82	13	76	65	0	3	31	1.09
59315634--59315680	21	2.2	21	88	7	69	25	25	19	29	1.98
59317563--59317605	22	2.0	22	90	0	68	34	9	4	51	1.55
59317731--59317757	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59321592--59321664	36	2.0	36	100	0	146	45	5	8	41	1.57
59328731--59328874	33	4.3	33	65	16	98	29	18	25	27	1.98
59328700--59328908	101	2.1	101	88	1	312	29	17	24	28	1.98
59330560--59330825	51	5.2	49	73	7	174	29	13	27	30	1.94
59330594--59330880	102	2.8	102	86	3	391	29	14	25	30	1.95
59331791--59331848	5	11.6	5	84	0	80	37	0	36	25	1.57
59336678--59336715	17	2.2	18	90	4	60	84	0	13	2	0.73
59352095--59352307	101	2.1	101	86	1	302	29	16	25	28	1.97
59352125--59352340	101	2.2	101	80	3	231	30	16	25	27	1.97
59359003--59359110	56	1.9	56	92	0	180	31	13	14	39	1.86
59359191--59359265	27	2.8	26	80	8	78	20	28	32	20	1.97
59359375--59359541	53	3.1	54	81	6	205	41	9	15	33	1.80
59365010--59365045	2	18.5	2	88	5	56	52	0	0	47	1.00
59370730--59370771	17	2.3	18	88	8	59	64	4	4	26	1.33
59376753--59376806	25	2.2	25	83	6	65	68	3	5	22	1.26
59377228--59377266	19	2.1	19	90	9	62	38	0	0	61	0.96
59377230--59377280	19	2.5	20	81	9	59	43	1	0	54	1.11
59400920--59400977	4	14.5	4	100	0	116	50	24	0	25	1.50
59404027--59404148	23	5.3	23	85	0	181	30	23	21	24	1.99
59404027--59404148	46	2.7	46	94	0	208	30	23	21	24	1.99
59406510--59406572	33	1.9	33	83	6	83	42	11	7	38	1.70
59406644--59406687	20	2.3	18	84	7	52	27	0	6	65	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59407203--59407231	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
59407624--59407752	51	2.5	51	75	2	116	37	19	5	37	1.75
59409338--59409388	24	2.1	24	88	0	75	50	11	1	35	1.50
59420078--59420125	16	2.8	17	71	9	53	37	12	2	47	1.53
59424239--59424280	22	1.9	22	95	0	75	69	16	4	9	1.33
59426280--59426319	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
59426477--59426546	20	3.6	19	72	16	54	25	2	0	71	1.00
59426511--59426543	4	8.2	4	93	0	57	24	3	0	72	0.98
59427962--59428012	3	17.3	3	77	4	50	58	1	1	37	1.20
59429532--59429587	3	19.3	3	76	7	53	58	1	1	37	1.19
59429533--59429587	20	2.7	21	86	5	78	58	1	1	38	1.20
59434650--59434682	16	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
59460666--59460699	7	4.9	7	100	0	68	29	26	0	44	1.55
59464694--59464745	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
59466413--59466442	15	2.0	15	100	0	60	40	20	13	26	1.89
59466678--59466729	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
59473653--59473711	25	2.3	26	82	5	66	66	3	6	23	1.32
59473671--59473711	13	3.0	14	79	17	50	70	2	4	21	1.18
59481724--59481788	23	2.8	23	97	0	121	29	24	30	15	1.96
59503937--59503967	16	2.0	15	93	6	53	32	12	29	25	1.93
59503991--59504079	44	2.0	44	100	0	178	16	17	15	49	1.80
59506871--59507007	52	2.7	50	77	10	125	38	19	5	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59509526--59509572	22	2.1	22	84	7	60	55	4	4	36	1.39
59509848--59509875	12	2.3	12	100	0	56	0	7	0	92	0.37
59512549--59512619	29	2.5	28	72	4	70	54	12	4	28	1.56
59517199--59517234	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
59520635--59520663	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
59523914--59524054	51	2.8	50	77	10	135	37	18	5	38	1.75
59530958--59530994	2	18.5	2	94	0	65	45	0	0	54	1.00
59531253--59531288	17	2.1	17	100	0	72	19	16	30	33	1.94
59534563--59534632	34	2.1	34	97	0	131	24	37	20	18	1.94
59538557--59538593	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
59539988--59540103	51	2.3	51	82	5	146	36	18	5	40	1.73
59544493--59544517	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
59544907--59544947	16	2.6	16	96	0	73	46	4	2	46	1.37
59544921--59544982	22	2.7	23	85	5	81	46	1	1	50	1.20
59548269--59548300	4	8.0	4	100	0	64	50	25	0	25	1.50
59557305--59557351	16	2.9	16	77	20	53	14	8	0	76	1.01
59558648--59558694	21	2.2	21	85	7	60	25	4	4	65	1.29
59558916--59559053	64	2.2	61	85	8	188	35	7	0	55	1.34
59558932--59559084	60	2.5	62	80	8	177	34	9	0	55	1.36
59561181--59561221	18	2.2	19	91	4	66	65	19	7	7	1.41
59565746--59565777	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
59566429--59566461	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59571456--59571601	4	36.5	4	94	0	247	46	24	3	25	1.68
59574359--59574385	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
59575549--59575574	8	3.2	8	100	0	52	38	11	11	38	1.78
59575569--59575640	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
59576751--59576806	20	2.8	20	82	12	62	76	1	10	10	1.09
59577367--59577502	51	2.7	50	78	8	141	37	19	5	37	1.74
59579165--59579480	108	2.9	109	88	2	469	34	20	16	28	1.94
59582318--59582352	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
59586420--59586460	18	2.3	18	83	4	57	29	0	7	63	1.21
59597402--59597439	13	2.8	14	80	19	53	21	7	5	65	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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