genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  31  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9988587--9988624	20	1.9	20	84	10	51	36	18	13	31	1.89
9988745--9988769	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
9988748--9988788	18	2.2	19	86	4	57	65	0	0	34	0.93
9988716--9988799	29	2.8	29	77	10	80	66	1	2	29	1.11
9988962--9989104	9	15.0	9	65	18	58	30	4	2	62	1.28
9988967--9989043	20	3.8	20	81	6	84	28	6	1	63	1.27
9988962--9989066	10	10.9	10	67	19	55	28	5	0	64	1.22
9988966--9989043	40	1.9	41	84	7	106	28	6	1	64	1.26
9989054--9989104	19	2.7	19	84	3	59	33	1	3	60	1.26
9989097--9989175	30	2.6	29	76	9	77	37	5	0	56	1.21
9992542--9992586	22	2.0	24	82	8	58	46	0	8	44	1.34
9996908--9996988	41	2.0	41	87	0	117	38	13	27	20	1.90
9996876--9997014	41	3.4	41	77	6	104	40	15	22	21	1.91
9997032--9997094	28	2.2	27	81	10	72	25	0	23	50	1.49
10004425--10004478	23	2.3	23	80	3	63	38	16	18	25	1.92
10006657--10006696	14	2.8	15	85	11	57	60	0	2	37	1.11
10010011--10010083	3	24.3	3	91	5	112	35	0	1	63	1.04
10010844--10010939	37	2.6	37	79	11	108	44	1	23	30	1.60
10028751--10028803	26	2.0	26	85	7	72	33	1	3	60	1.26
10034582--10034619	14	2.6	15	83	8	51	42	15	0	42	1.47
10035976--10036021	24	1.9	23	82	8	56	65	2	6	26	1.28
10036192--10036241	20	2.5	19	77	6	55	30	0	18	52	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10040122--10040313	58	3.3	58	78	9	185	23	16	13	47	1.81
10040462--10040531	31	2.3	31	90	5	106	21	15	15	47	1.83
10040462--10040540	31	2.5	31	86	8	90	22	16	15	45	1.84
10040832--10040944	60	1.9	60	82	10	142	49	14	15	21	1.79
10040831--10040958	60	2.1	60	78	8	136	52	13	15	18	1.75
10041148--10041260	60	1.9	60	82	10	142	49	14	15	21	1.79
10040664--10041294	316	2.0	315	99	0	1253	45	13	13	27	1.81
10041147--10041272	60	2.1	60	78	8	132	52	13	15	19	1.75
10047787--10047899	55	2.1	55	100	0	226	38	16	5	39	1.72
10048480--10048590	52	2.1	52	91	3	179	29	12	12	45	1.79
10056411--10056467	19	3.2	18	82	5	71	22	7	0	70	1.11
10061461--10061515	15	3.6	16	75	20	55	0	34	0	65	0.93
10061464--10061515	27	1.9	27	85	14	72	0	36	0	63	0.95
10061462--10061515	13	4.0	14	79	15	69	0	35	0	64	0.94
10063943--10063980	18	2.2	18	86	13	53	57	0	0	42	0.98
10064066--10064103	19	2.0	20	85	15	53	44	0	7	47	1.32
10065524--10065563	14	2.7	15	76	7	55	40	2	0	57	1.12
10065768--10065809	6	7.0	6	82	17	52	19	2	0	78	0.86
10066055--10066345	108	2.7	108	94	1	496	27	16	20	35	1.94
10080824--10080863	16	2.5	16	87	0	62	35	5	35	25	1.78
10080848--10080935	44	2.0	45	86	6	126	31	5	28	34	1.81
10081040--10081168	56	2.3	56	80	9	145	51	4	0	43	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10081401--10081446	23	2.0	24	100	0	78	52	13	0	34	1.40
10085068--10085206	50	2.7	51	83	2	181	20	31	24	23	1.98
10096331--10096395	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
10096898--10096933	13	2.5	15	86	13	58	55	2	0	41	1.14
10104359--10104432	31	2.4	31	86	0	103	44	4	0	51	1.20
10104357--10104449	31	3.0	31	78	7	98	43	3	1	52	1.24
10107466--10107498	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
10109513--10109550	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
10109923--10109962	15	2.5	17	80	15	50	5	10	17	67	1.37
10114472--10114499	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
10114990--10115056	3	22.7	3	84	6	84	32	2	1	62	1.19
10116643--10116696	17	3.1	17	70	19	56	48	14	11	25	1.77
10116626--10116696	36	2.0	36	94	5	126	47	12	11	28	1.76
10116628--10116688	17	3.5	17	71	20	54	49	11	11	27	1.73
10117571--10117621	26	2.0	26	96	0	93	60	7	3	27	1.42
10121157--10121195	4	9.8	4	94	0	69	51	23	0	25	1.49
10142444--10142494	26	1.9	26	84	4	66	60	1	11	25	1.41
10142996--10143043	24	2.0	24	88	4	71	6	6	16	70	1.28
10142996--10143046	21	2.3	22	83	12	61	7	5	15	70	1.30
10144141--10144337	98	2.0	99	82	3	236	29	11	17	42	1.84
10161668--10161720	21	2.5	21	78	3	52	33	1	13	50	1.52
10162815--10162928	42	2.7	42	82	5	133	15	22	17	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10162884--10162949	21	3.1	21	75	0	51	15	25	16	42	1.87
10162815--10162949	42	3.2	42	80	4	112	15	22	17	44	1.86
10170408--10170474	21	3.2	21	79	8	75	23	17	13	44	1.85
10170476--10170544	21	3.3	21	75	0	66	15	23	18	42	1.89
10170416--10170550	42	3.2	42	83	4	148	17	21	17	43	1.88
10171593--10171688	42	2.3	42	81	0	111	13	32	33	20	1.92
10184073--10184124	25	2.1	24	82	3	59	19	3	25	51	1.63
10187541--10187584	12	3.7	12	82	11	63	6	47	22	22	1.75
10187541--10187594	24	2.2	24	100	0	108	7	44	22	25	1.79
10187552--10187594	12	3.6	12	81	12	61	6	44	20	27	1.77
10188695--10188799	25	4.2	25	74	12	83	35	20	23	20	1.96
10188794--10188849	24	2.3	24	78	6	60	33	21	26	17	1.96
10192489--10192518	15	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00
10192486--10192523	15	2.6	14	77	22	51	50	0	0	50	1.00
10235944--10235986	18	2.4	18	88	0	59	44	41	2	11	1.53
10236090--10236147	9	6.4	9	78	7	64	27	10	20	41	1.85
10236090--10236147	18	3.2	18	85	0	80	27	10	20	41	1.85
10242623--10242819	98	2.0	98	91	0	322	38	24	10	26	1.88
10243305--10243363	28	2.1	28	81	6	66	52	5	10	32	1.57
10247830--10247947	59	2.0	59	96	0	218	42	16	7	33	1.77
10264610--10264747	73	1.9	73	80	3	161	35	20	22	21	1.96
10264703--10264748	25	1.9	23	82	8	56	32	21	26	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10264742--10264801	26	2.3	26	82	5	68	35	21	23	20	1.96
10265393--10265420	11	2.5	11	100	0	56	28	14	7	50	1.69
10265737--10265764	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
10270124--10270165	17	2.4	19	88	11	63	28	0	2	69	1.01
10270142--10270181	20	2.0	20	90	0	62	30	0	2	67	1.04
10278915--10278971	18	3.0	20	72	12	57	61	8	10	19	1.54
10290231--10290273	23	2.0	21	81	9	50	37	2	2	58	1.24
10291229--10291253	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
10293994--10294124	69	1.9	71	84	6	178	23	8	25	41	1.82
10298509--10298543	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
10298629--10298666	16	2.3	17	86	13	53	44	0	0	55	0.99
10301047--10301112	30	2.2	29	86	7	89	56	9	1	33	1.40
10319310--10319343	2	18.0	2	88	11	54	47	0	0	52	1.00
10319575--10319600	6	4.3	6	100	0	52	34	0	0	65	0.93
10321973--10322025	21	2.7	19	75	11	52	58	1	0	39	1.09
10321982--10322033	21	2.3	23	74	6	54	61	1	0	36	1.07
10322241--10322324	16	5.9	15	69	25	67	53	0	2	44	1.13
10322227--10322373	49	3.2	45	80	15	167	55	0	2	42	1.11
10322276--10322342	28	2.3	31	89	7	104	56	0	1	41	1.08
10322302--10322342	10	4.0	10	81	6	55	58	0	0	41	0.98
10322591--10322629	17	2.3	17	86	0	51	53	10	2	33	1.48
10323207--10323245	19	2.1	18	86	13	53	23	10	5	61	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10331678--10331711	9	3.7	9	88	7	50	64	0	0	35	0.94
10331679--10331712	10	3.5	10	92	4	52	67	0	0	32	0.91
10335450--10335733	51	5.6	49	87	5	327	29	15	25	29	1.96
10335934--10336006	37	1.9	38	88	2	112	43	4	20	31	1.70
10337712--10338328	311	2.0	308	89	1	948	44	10	17	27	1.82
10340314--10340443	55	2.5	50	81	14	161	44	14	13	26	1.83
10341939--10342024	7	12.0	7	95	4	154	13	0	41	44	1.44
10341939--10342024	29	3.0	29	98	1	165	13	0	41	44	1.44
10343247--10343303	25	2.3	24	84	3	69	17	28	22	31	1.97
10351597--10351657	30	2.0	30	84	6	79	27	4	24	42	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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