genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  86  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25209694--25209957	86	3.1	84	80	7	309	24	18	30	26	1.98
25209715--25210046	43	7.8	42	73	7	258	24	20	30	25	1.99
25209915--25210070	85	1.8	85	83	2	206	24	23	27	25	2.00
25211796--25211839	22	2.0	21	82	4	52	56	6	4	31	1.46
25212477--25212501	12	2.1	12	100	0	50	36	0	0	64	0.94
25212669--25212706	17	2.3	17	86	4	51	39	2	2	55	1.28
25214223--25214248	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
25215669--25215764	35	2.8	35	74	13	83	51	0	3	45	1.17
25215668--25215764	34	2.7	37	76	13	96	50	0	3	46	1.17
25215755--25215801	20	2.4	21	75	13	55	57	2	0	40	1.11
25216507--25216553	24	1.9	24	91	4	76	31	0	0	68	0.90
25217891--25217922	14	2.2	15	94	5	57	25	6	0	68	1.12
25218008--25218048	21	2.0	21	85	4	57	36	0	7	56	1.27
25218033--25218097	25	2.5	25	80	5	67	30	4	6	58	1.43
25218065--25218121	27	2.1	27	83	0	69	28	5	5	61	1.39
25219628--25219680	18	3.1	17	78	10	54	62	1	35	0	1.06
25223835--25223907	29	2.5	29	95	0	128	42	16	15	26	1.87
25223933--25223995	32	2.0	32	90	0	99	25	20	15	38	1.92
25226315--25226344	12	2.5	12	94	0	51	76	13	3	6	1.11
25226758--25227242	108	4.4	108	83	7	591	60	14	1	24	1.41
25243682--25243745	13	4.9	13	76	0	74	34	20	7	37	1.81
25246490--25246554	19	3.2	19	72	16	58	43	3	0	53	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25248092--25248124	17	1.9	18	88	11	52	33	15	6	45	1.70
25249126--25249190	28	2.3	28	89	0	103	32	21	23	23	1.98
25249517--25249572	27	2.1	27	86	6	78	30	10	17	41	1.84
25249553--25249638	27	3.2	26	86	6	127	17	16	19	46	1.84
25253468--25253515	24	2.0	25	83	4	62	35	6	16	41	1.74
25253501--25253560	21	2.9	21	80	5	68	25	8	20	46	1.78
25256575--25257071	125	4.0	124	86	2	667	30	16	21	30	1.96
25256575--25257073	249	2.0	249	92	0	829	30	16	21	30	1.96
25260279--25260600	22	14.9	22	82	3	368	22	0	31	45	1.53
25260275--25260600	65	5.0	65	88	1	413	23	0	31	45	1.53
25260274--25260601	43	7.6	42	83	5	379	23	0	31	45	1.53
25261184--25261223	18	2.2	18	90	0	62	42	7	30	20	1.79
25263071--25263168	51	1.9	51	85	4	135	50	1	21	27	1.56
25263121--25263176	12	5.0	11	77	12	60	50	0	25	25	1.50
25263121--25263176	22	2.5	23	82	11	71	50	0	25	25	1.50
25266908--25266942	16	2.1	16	89	5	52	0	8	20	71	1.11
25272964--25273009	23	1.9	24	86	8	67	23	28	23	23	2.00
25272953--25273011	23	2.5	22	78	10	64	25	27	23	23	2.00
25274904--25274967	25	2.6	25	94	0	110	20	15	25	39	1.92
25275011--25275082	13	5.5	13	82	9	74	41	1	25	31	1.64
25275012--25275091	27	3.0	27	77	12	85	43	1	22	32	1.61
25282043--25282115	37	1.9	37	84	13	96	31	21	2	43	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25282103--25282146	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
25282191--25282284	45	2.1	45	87	0	134	31	20	18	29	1.96
25287686--25287816	67	2.0	67	96	0	244	26	32	19	21	1.97
25303651--25303767	28	4.2	29	89	6	179	30	23	23	22	1.99
25303869--25303947	26	3.0	27	87	7	110	31	25	22	20	1.98
25304128--25304758	27	23.4	27	79	7	246	21	13	19	44	1.85
25304181--25304748	54	10.5	54	79	7	526	21	13	20	45	1.85
25304183--25304676	81	6.1	81	83	5	586	20	13	20	45	1.84
25304127--25304758	270	2.3	271	92	2	1024	21	13	19	44	1.85
25304535--25304816	82	3.4	81	83	3	289	22	12	18	46	1.82
25304668--25304790	27	4.5	27	70	14	81	26	11	17	45	1.81
25305045--25305079	17	2.0	18	94	5	63	22	42	22	11	1.85
25305047--25305105	20	3.2	19	81	11	52	22	44	18	15	1.87
25308490--25308553	27	2.4	26	82	10	85	29	10	15	43	1.81
25311149--25311187	18	2.2	18	90	0	60	23	38	28	10	1.87
25317992--25318049	23	2.5	23	82	0	71	53	8	13	24	1.68
25321096--25321154	22	2.7	22	91	0	91	23	25	15	35	1.94
25322998--25323060	24	2.7	23	80	9	67	9	26	12	50	1.71
25329552--25329716	88	1.9	87	87	5	242	26	30	10	32	1.90
25331346--25331431	20	4.2	20	79	8	84	44	12	5	37	1.67
25331470--25331515	20	2.3	20	78	17	51	45	17	6	30	1.73
25332281--25332343	31	2.0	31	100	0	126	39	25	9	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25332325--25332393	34	2.0	34	100	0	138	26	30	11	31	1.91
25335144--25335219	26	2.9	26	82	0	80	34	14	7	43	1.74
25340916--25340965	26	1.9	26	91	4	75	56	0	0	44	0.99
25341434--25341483	26	1.9	26	91	4	75	56	0	0	44	0.99
25341551--25341671	64	1.9	64	94	0	215	52	9	7	30	1.62
25344401--25344698	91	3.3	91	94	0	508	46	3	3	45	1.37
25344714--25345131	120	3.5	120	94	1	721	42	2	5	49	1.38
25344834--25344869	18	2.0	18	88	0	54	44	0	5	50	1.25
25344968--25345014	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
25344907--25345094	61	3.1	61	69	17	192	43	1	6	48	1.38
25345088--25345129	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
25345079--25345120	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
25345546--25345679	50	2.9	45	71	16	119	28	5	14	51	1.65
25345536--25345656	50	2.4	49	82	5	127	27	4	14	54	1.58
25356633--25356679	23	2.0	23	100	0	94	31	29	8	29	1.87
25361128--25361179	20	2.6	20	75	0	59	44	13	11	30	1.79
25361485--25361519	17	2.1	17	88	0	52	48	2	22	25	1.64
25366255--25366331	15	5.3	15	72	20	56	44	0	2	53	1.14
25366225--25366362	58	2.3	57	79	13	145	40	0	2	55	1.20
25371470--25371515	21	2.2	21	84	7	58	63	0	4	32	1.14
25372951--25373076	44	2.9	44	95	0	216	28	26	19	25	1.98
25373137--25373278	43	3.3	43	68	7	133	17	27	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25373092--25373323	45	5.2	45	68	6	186	18	25	27	28	1.98
25373090--25373740	88	7.4	88	88	1	786	21	24	26	27	1.99
25375870--25375937	26	2.6	25	81	9	75	55	5	14	23	1.61
25381148--25381178	6	5.2	6	92	0	53	80	0	3	16	0.83
25384788--25384855	3	23.0	3	81	3	66	32	5	1	60	1.30
25384790--25384846	21	2.7	21	86	0	78	33	7	1	57	1.36
25388907--25388960	27	2.0	27	100	0	108	29	29	25	14	1.95
25398680--25398739	24	2.5	24	75	8	68	25	1	3	70	1.12
25408131--25408183	25	2.1	25	82	6	63	56	20	22	0	1.42
25408131--25408180	20	2.5	20	80	6	57	58	22	20	0	1.40
25416711--25416744	17	2.0	17	100	0	68	52	5	11	29	1.61
25419148--25419179	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
25419397--25419533	50	2.7	51	79	3	152	28	27	18	25	1.98
25423076--25423111	2	18.5	2	94	5	65	0	50	0	50	1.00
25433844--25433882	20	2.0	20	85	10	53	25	28	5	41	1.77
25456234--25456536	147	2.1	147	94	1	536	26	22	23	27	2.00
25471824--25472028	94	2.2	94	83	0	248	34	17	25	22	1.95
25471856--25472080	94	2.4	94	79	4	240	34	18	24	22	1.96
25474135--25474233	11	9.6	11	70	26	51	58	1	3	37	1.20
25474125--25474233	39	2.7	41	82	13	145	60	0	2	35	1.17
25474145--25474178	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
25474640--25474677	15	2.4	17	79	20	55	36	5	15	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25476703--25476756	17	3.0	17	73	23	56	70	1	1	25	1.07
25476703--25476758	16	3.2	16	72	27	51	69	1	1	26	1.08
25476844--25477257	146	2.9	134	75	16	379	51	12	11	24	1.73
25476910--25477257	146	2.4	142	80	9	404	52	11	12	24	1.72
25483606--25483648	19	2.4	18	85	11	61	41	0	32	25	1.56
25485604--25485643	5	8.2	5	84	15	57	0	20	0	80	0.72
25486912--25486939	14	2.0	14	100	0	56	35	14	0	50	1.43
25492021--25492051	15	2.1	15	100	0	62	54	25	0	19	1.44
25494635--25494667	9	3.7	9	91	0	57	27	12	21	39	1.88
25494637--25494677	18	2.2	18	86	4	55	31	14	19	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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