genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  69  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20705535--20705588	20	2.8	20	71	23	51	42	1	9	46	1.46
20713522--20713548	12	2.2	12	100	0	54	44	7	18	29	1.77
20714575--20714646	22	3.4	22	68	12	60	50	2	4	43	1.36
20716191--20716437	122	2.0	122	93	0	422	40	14	15	29	1.88
20717613--20717664	27	1.9	27	88	0	77	51	1	1	44	1.23
20717759--20717799	19	2.1	20	86	13	59	75	0	24	0	0.80
20717758--20717799	15	2.9	15	83	16	61	76	0	23	0	0.79
20718509--20718603	23	4.2	22	65	30	58	40	1	18	40	1.58
20718484--20718619	67	2.0	67	100	0	272	37	1	19	41	1.60
20718525--20718618	23	4.2	23	62	32	60	37	1	20	41	1.59
20720799--20720835	18	2.1	18	90	5	58	45	5	16	32	1.70
20727146--20727175	9	3.3	9	95	0	51	86	0	10	3	0.67
20729549--20729583	18	1.9	18	88	0	52	71	8	2	17	1.23
20737140--20737178	13	3.2	13	89	10	57	48	0	15	35	1.45
20737558--20737613	29	1.9	30	85	7	80	44	0	0	55	0.99
20737997--20738049	16	3.3	16	94	0	97	35	0	35	28	1.58
20737980--20738049	32	2.2	32	92	0	113	34	1	34	30	1.67
20738261--20738302	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
20738270--20738311	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
20738399--20738435	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
20738478--20738537	28	2.2	28	85	5	79	51	3	0	45	1.17
20738452--20738750	91	3.3	91	93	1	492	46	4	3	45	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20738531--20738685	44	3.5	44	71	11	134	46	4	3	45	1.42
20752161--20752229	34	2.0	34	97	0	129	33	11	13	42	1.80
20783849--20783984	32	4.3	32	84	4	168	37	19	19	22	1.94
20783863--20783984	64	1.9	64	89	3	192	36	19	20	23	1.95
20784179--20784243	24	2.7	25	88	4	89	38	21	9	30	1.85
20784262--20784489	27	8.4	27	86	0	267	25	25	18	31	1.98
20784268--20784517	54	4.6	54	81	4	191	24	23	18	32	1.97
20784267--20784543	81	3.4	81	83	4	303	23	23	18	34	1.96
20784484--20784611	27	4.8	28	80	6	140	21	17	18	42	1.89
20784476--20784611	53	2.5	55	77	9	154	21	18	18	41	1.90
20789695--20789729	17	2.0	17	88	5	52	11	22	42	22	1.85
20789921--20790166	27	9.1	27	83	0	278	43	20	15	20	1.88
20789928--20790171	81	3.0	81	85	0	328	43	20	15	20	1.88
20790214--20790286	24	3.0	24	91	0	119	26	6	20	46	1.75
20790470--20790640	32	5.4	32	90	0	236	21	19	20	38	1.94
20794409--20794449	19	2.3	17	87	8	55	75	0	7	17	1.02
20795747--20795803	24	2.4	23	81	16	64	8	3	14	73	1.20
20796466--20796724	44	5.9	44	80	3	200	31	21	16	30	1.96
20796323--20796722	88	4.5	88	75	8	319	29	20	18	32	1.96
20796705--20796814	50	2.2	50	91	0	175	31	23	18	26	1.97
20798037--20798089	23	2.3	23	90	0	88	30	28	20	20	1.98
20811511--20811550	21	2.0	20	85	5	53	20	22	5	52	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20816184--20816214	13	2.4	13	94	0	53	61	0	12	25	1.32
20821551--20821623	6	12.2	6	100	0	146	34	0	16	49	1.46
20822912--20823027	44	2.7	43	80	14	139	30	27	18	23	1.98
20824543--20824642	42	2.4	41	83	12	123	17	27	34	22	1.95
20827032--20827114	27	3.1	27	84	3	105	40	16	21	20	1.91
20827077--20827311	27	8.8	25	77	10	132	34	18	21	24	1.96
20827101--20827309	53	3.9	54	79	8	228	34	18	21	25	1.95
20827051--20827309	81	3.2	79	78	5	207	35	18	21	25	1.95
20827102--20827309	108	1.9	108	82	7	262	34	18	21	25	1.96
20827500--20827559	27	2.2	27	82	11	70	23	25	20	31	1.98
20827513--20827565	27	2.0	27	81	7	63	24	26	18	30	1.98
20827603--20827842	32	7.5	32	75	10	161	19	20	22	37	1.94
20827729--20827849	64	1.9	63	94	0	197	20	19	23	36	1.95
20838938--20838974	18	2.0	19	89	5	58	5	45	0	48	1.25
20853444--20853483	20	2.0	21	90	5	64	42	0	0	57	0.98
20864384--20864543	46	3.5	46	91	2	254	34	14	23	28	1.94
20869713--20869742	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
20871766--20871816	4	12.8	4	75	8	50	27	1	0	70	0.98
20871762--20871897	29	4.9	28	74	16	115	24	5	0	69	1.16
20873641--20873739	6	16.0	6	93	6	171	18	0	1	80	0.76
20874353--20874381	14	2.1	14	100	0	58	20	20	6	51	1.70
20880411--20880455	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20880434--20880544	19	5.8	19	89	0	177	37	13	9	39	1.76
20880434--20880537	38	2.7	38	98	0	199	38	12	8	40	1.74
20881411--20881471	31	2.0	31	83	6	79	57	6	9	26	1.55
20882108--20882141	7	4.9	7	96	0	59	8	0	2	88	0.62
20882108--20882149	21	2.0	21	85	0	57	11	2	2	83	0.84
20884945--20885086	70	2.0	70	97	0	266	31	15	15	37	1.89
20890286--20890406	60	2.0	60	95	0	215	31	26	5	36	1.80
20890536--20890583	25	2.0	24	95	4	87	41	0	0	58	0.98
20894352--20894411	27	2.3	27	80	8	70	50	6	5	38	1.51
20899334--20899427	44	2.1	44	100	0	188	37	13	6	42	1.70
20899352--20899422	22	3.2	22	63	21	58	42	12	7	38	1.70
20899406--20899449	22	2.0	22	86	4	63	40	11	4	43	1.61
20899726--20899779	24	2.3	24	80	3	65	51	0	1	46	1.11
20901174--20901199	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
20901223--20901273	13	3.9	13	86	0	75	41	23	9	25	1.85
20908184--20908222	8	5.1	8	96	3	64	53	25	0	20	1.45
20915409--20915452	23	1.9	23	85	0	61	63	0	4	31	1.14
20916031--20916069	20	1.9	21	84	5	53	61	2	5	30	1.31
20923842--20923867	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
20926682--20926717	18	2.0	18	100	0	72	27	16	5	50	1.68
20928379--20928410	12	2.7	12	100	0	64	31	15	0	53	1.43
20933513--20933815	151	2.0	150	89	5	461	44	3	11	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20934304--20934367	10	6.1	10	75	13	58	18	4	4	71	1.21
20934330--20934360	16	1.9	16	93	0	53	22	3	6	67	1.28
20938911--20938996	30	2.8	30	78	5	93	37	8	17	37	1.80
20939374--20939421	23	2.1	23	84	3	62	43	0	4	52	1.20
20939440--20939464	11	2.3	11	100	0	50	48	8	16	28	1.74
20939831--20939927	45	2.2	45	87	10	139	34	27	4	34	1.76
20941120--20941148	14	2.0	15	93	6	51	55	13	13	17	1.70
20947467--20947753	153	1.9	152	88	2	432	24	18	27	29	1.98
20947467--20947763	51	5.9	50	83	2	319	23	18	28	29	1.98
20952088--20952127	20	2.0	20	85	0	53	55	0	22	22	1.44
20964612--20964636	11	2.3	11	100	0	50	56	16	12	16	1.68
20967946--20967981	16	2.2	17	90	5	56	61	0	5	33	1.19
20968158--20968220	31	2.0	31	84	0	81	31	6	12	49	1.66
20973857--20973960	36	2.9	36	98	0	199	38	9	20	31	1.85
20973880--20973945	21	3.5	20	63	25	52	34	9	19	36	1.84
20981580--20981771	83	2.3	82	90	0	285	38	13	20	28	1.90
20981621--20981833	118	1.8	118	93	2	374	36	14	19	29	1.91
20981699--20981807	36	3.0	35	85	5	155	37	12	20	29	1.90
20983499--20983539	21	2.0	21	85	0	55	41	9	12	36	1.76
20988627--20988683	28	2.0	28	87	12	82	35	0	21	43	1.52
20995057--20995170	42	2.7	42	78	15	128	15	21	17	45	1.85
20996845--20996873	13	2.1	14	93	6	51	62	6	10	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21009778--21009815	17	2.2	18	95	4	69	71	0	0	28	0.87
21011572--21011693	23	5.3	23	90	0	199	30	27	21	21	1.98
21011572--21011691	46	2.6	46	97	0	222	30	27	21	20	1.98
21019202--21019242	20	2.0	20	85	0	55	14	14	24	46	1.82
21020109--21020151	20	2.2	20	95	0	77	30	11	34	23	1.90
21024421--21024895	236	2.0	236	94	0	842	33	17	18	30	1.94
21025160--21025206	24	2.0	24	83	8	60	34	2	2	61	1.20
21025189--21025333	61	2.4	59	80	10	161	42	1	3	53	1.26
21025527--21025575	16	3.1	16	87	0	71	30	32	0	36	1.58
21028029--21028081	2	26.5	2	88	0	79	43	5	0	50	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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